genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.197.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr10 ID=Chr10-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62175169

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   

This is table  197  of  202  ( 24201 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60159925--60159953	11	2.5	12	94	5	51	72	6	0	20	1.07
60178211--60178283	24	3.0	24	89	0	119	12	46	4	36	1.61
60184505--60184535	15	2.1	15	93	0	53	25	29	6	38	1.81
60185822--60185850	11	2.5	12	94	5	51	72	6	0	20	1.07
60192276--60192348	24	3.0	24	89	0	119	12	46	4	36	1.61
60194829--60194859	15	2.1	15	93	0	53	25	32	3	38	1.72
60198390--60198420	15	2.1	15	93	0	53	25	29	6	38	1.81
60199705--60199733	11	2.5	12	94	5	51	72	6	0	20	1.07
60206159--60206231	24	3.0	24	89	0	119	12	46	4	36	1.61
60216265--60216330	31	2.2	30	84	7	82	33	7	15	43	1.74
60216291--60216347	29	1.9	30	85	3	80	31	14	17	36	1.89
60216537--60216600	31	2.1	30	85	5	85	43	15	9	31	1.78
60217463--60217487	13	1.9	13	100	0	50	48	16	0	36	1.46
60224556--60224594	2	19.5	2	100	0	78	48	0	0	51	1.00
60226114--60226153	20	2.0	20	85	0	53	57	0	5	37	1.21
60235277--60235306	10	2.9	10	95	5	51	86	0	3	10	0.67
60236078--60236143	24	2.8	24	80	11	73	60	1	0	37	1.06
60236474--60236515	15	2.9	15	82	3	50	21	0	0	78	0.75
60238769--60238808	17	2.2	17	86	8	53	52	0	15	32	1.43
60239486--60239989	252	2.0	244	83	8	635	48	14	11	25	1.77
60247001--60247046	20	2.4	19	82	13	58	60	4	0	34	1.16
60247778--60247818	16	2.6	16	88	0	55	36	0	0	63	0.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60248803--60248835	13	2.5	13	95	0	57	9	33	36	21	1.85
60252042--60252078	18	2.1	17	90	5	56	56	0	0	43	0.99
60253942--60253972	9	3.4	9	90	0	53	25	12	22	38	1.90
60254025--60254061	9	4.1	9	92	0	65	45	13	10	29	1.77
60254116--60254179	30	2.2	30	83	10	80	17	51	0	31	1.45
60254281--60254340	30	2.0	31	86	3	86	20	40	0	40	1.52
60255070--60255100	5	6.2	5	100	0	62	19	19	19	41	1.90
60258269--60258333	34	1.9	34	84	6	87	36	18	16	27	1.93
60277336--60277406	31	2.2	32	85	2	90	45	9	18	26	1.81
60277347--60277431	32	2.9	28	74	17	75	43	12	15	28	1.83
60280026--60280061	3	12.0	3	88	11	56	66	0	2	30	1.06
60284113--60284254	70	2.0	70	98	0	275	37	14	16	32	1.88
60298877--60298951	28	2.7	28	77	8	89	53	1	12	33	1.46
60306536--60306912	195	1.9	196	85	3	528	42	19	7	29	1.79
60311283--60311307	6	4.2	6	100	0	50	16	0	0	84	0.63
60311203--60311360	85	1.9	85	86	5	230	32	6	17	42	1.76
60319004--60319042	9	3.9	10	86	10	53	61	0	0	38	0.96
60318978--60319031	19	2.9	19	76	18	60	61	0	0	38	0.96
60319004--60319046	11	4.2	11	85	8	56	60	0	0	39	0.97
60322506--60322720	57	3.8	56	84	5	179	37	18	21	22	1.94
60322562--60322726	57	2.9	57	88	3	233	38	19	20	21	1.94
60323335--60323371	18	2.1	18	100	0	74	32	10	21	35	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60327691--60327716	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
60332210--60332248	19	2.0	20	85	5	53	43	2	2	51	1.29
60332243--60332303	20	3.1	20	79	13	56	39	3	4	52	1.39
60332241--60332298	29	2.0	29	83	6	73	43	1	5	50	1.35
60336369--60336395	14	1.9	14	100	0	54	55	0	0	44	0.99
60337841--60337899	31	1.9	31	89	6	93	25	11	6	55	1.60
60337872--60337910	20	2.0	20	94	0	69	30	12	5	51	1.62
60337992--60338037	22	2.1	22	84	4	58	17	4	2	76	1.06
60338329--60338381	17	3.0	17	76	10	61	56	1	3	37	1.28
60338961--60339016	18	3.3	18	78	12	73	64	0	0	35	0.94
60338961--60339016	16	3.3	17	77	7	60	64	0	0	35	0.94
60343296--60343448	22	7.0	22	90	0	225	26	26	14	32	1.94
60347690--60347715	6	4.3	6	100	0	52	19	34	15	30	1.93
60358657--60358704	20	2.5	20	86	10	64	58	4	0	37	1.18
60358636--60358699	20	3.3	20	76	8	62	57	1	0	40	1.08
60359165--60359196	16	1.9	17	93	6	57	31	12	0	56	1.37
60359589--60360308	242	3.0	242	89	3	1033	19	13	13	53	1.72
60363922--60363966	3	15.0	3	100	0	90	33	0	0	66	0.92
60366031--60366724	104	6.6	104	74	8	521	29	12	17	40	1.86
60366033--60366724	211	3.3	210	88	3	998	29	12	17	40	1.87
60371223--60371263	7	5.7	7	94	5	73	87	0	0	12	0.53
60372790--60372829	2	20.0	2	94	0	71	47	0	2	50	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60374707--60374741	18	1.9	18	88	0	52	54	0	2	42	1.15
60380150--60380201	6	8.7	6	100	0	104	50	15	0	34	1.45
60383041--60383079	14	2.7	15	84	4	53	64	12	2	20	1.40
60383836--60383888	26	2.0	27	81	3	63	37	0	26	35	1.57
60384383--60384422	20	2.0	20	85	0	53	22	5	2	70	1.19
60404128--60404182	27	2.0	28	82	3	67	36	0	25	38	1.56
60404676--60404715	20	2.0	20	85	0	53	22	5	2	70	1.19
60405521--60405791	43	6.3	43	86	1	330	29	26	20	23	1.99
60405521--60405804	86	3.3	86	86	2	376	29	26	19	24	1.98
60407600--60407639	18	2.2	18	86	0	53	67	7	15	10	1.41
60411373--60411440	34	2.0	34	82	0	82	35	39	0	25	1.56
60411397--60411440	20	2.2	20	88	12	63	36	45	0	18	1.49
60411421--60411553	70	1.9	69	84	7	180	43	27	1	27	1.64
60411983--60412025	19	2.3	19	80	11	52	65	4	4	25	1.32
60412030--60412187	41	3.9	41	92	0	253	29	24	22	24	1.99
60412227--60412319	40	2.3	39	83	9	114	18	21	24	35	1.95
60413209--60413259	14	3.6	14	74	12	50	17	13	35	33	1.89
60413854--60414348	100	4.9	101	91	1	762	25	26	21	27	1.99
60413985--60414354	50	7.4	50	67	4	242	24	27	21	27	1.99
60413885--60414348	201	2.3	201	92	0	768	25	26	20	27	1.99
60416465--60416532	14	4.9	14	72	15	52	16	11	38	33	1.85
60417107--60417136	9	3.3	9	95	0	51	50	3	6	40	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60417537--60417598	27	2.3	27	94	0	106	11	38	29	20	1.88
60418002--60418063	32	1.9	32	83	6	81	24	1	8	66	1.28
60418748--60418814	33	2.0	33	97	0	125	38	19	11	29	1.88
60420797--60420845	19	2.8	17	79	14	55	42	0	30	26	1.55
60425088--60425122	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
60425355--60425393	16	2.4	16	86	0	51	28	33	2	35	1.71
60425368--60425424	16	3.6	16	90	0	78	33	35	0	31	1.58
60429897--60429968	28	2.6	28	78	12	76	37	0	2	59	1.12
60439158--60439219	31	2.0	31	90	0	97	43	6	20	29	1.77
60439328--60439367	18	2.4	18	80	12	50	32	0	7	60	1.25
60440814--60440868	28	2.0	28	86	13	78	25	1	0	72	0.94
60440810--60440882	31	2.4	31	77	8	80	31	1	0	67	1.00
60442451--60442510	3	20.0	3	100	0	120	33	0	0	66	0.92
60444268--60444506	120	2.0	119	98	0	460	28	27	14	29	1.95
60444842--60444938	33	2.8	35	72	20	89	44	3	1	51	1.24
60445107--60445131	13	1.9	13	100	0	50	40	24	4	32	1.73
60455159--60455192	17	2.0	17	88	11	52	50	14	11	23	1.76
60459266--60459303	16	2.3	16	82	17	51	7	13	0	78	0.94
60489339--60489503	36	4.3	36	80	14	177	30	20	13	35	1.91
60489385--60489539	46	3.6	46	78	16	204	29	22	12	36	1.90
60489349--60489539	82	2.3	82	94	0	337	29	21	12	36	1.91
60491720--60491780	2	30.5	2	100	0	122	50	0	0	49	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60492184--60492238	4	13.8	4	92	0	74	25	7	23	43	1.79
60492184--60492238	16	3.4	16	89	0	83	25	7	23	43	1.79
60492189--60492238	20	2.5	20	100	0	100	26	8	24	42	1.82
60494621--60494668	20	2.4	21	75	10	55	43	8	6	41	1.60
60500087--60500161	14	5.3	14	76	13	73	56	2	1	40	1.22
60504369--60504412	15	2.9	15	75	3	52	61	0	0	38	0.96
60509699--60509731	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
60510239--60510310	20	3.5	21	74	14	78	33	23	16	26	1.96
60519123--60519189	34	1.9	35	87	3	100	47	8	8	34	1.66
60525451--60525495	3	15.3	3	86	13	67	35	0	0	64	0.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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