genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.8.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr10 ID=Chr10-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62175169

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  8  of  202  ( 24201 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2647277--2647336	30	2.0	31	86	3	86	20	40	0	40	1.52
2650241--2650301	31	2.0	31	84	12	81	50	8	11	29	1.67
2652263--2652312	21	2.3	23	86	6	68	30	0	2	68	1.01
2656333--2656361	6	4.8	6	100	0	58	0	13	0	86	0.58
2658119--2658154	18	2.0	18	88	0	54	30	0	8	61	1.26
2658329--2658368	20	2.0	20	95	0	71	40	12	10	37	1.77
2658318--2658381	34	1.9	33	84	9	85	37	14	10	37	1.81
2661094--2661131	20	1.9	20	88	0	58	39	2	0	57	1.12
2662190--2662356	83	2.0	84	92	3	282	37	4	36	20	1.74
2664145--2664195	23	2.2	23	82	6	59	25	23	19	31	1.98
2669245--2669284	6	6.8	6	88	5	64	55	12	32	0	1.38
2677114--2677177	4	15.0	4	83	6	56	40	28	7	23	1.82
2677143--2677239	28	3.4	27	69	17	72	39	29	10	20	1.86
2677163--2677208	14	3.3	14	78	0	56	43	30	6	19	1.76
2687855--2687912	30	1.9	30	100	0	116	36	18	10	34	1.85
2691488--2691533	24	2.0	22	84	12	58	67	4	4	23	1.27
2691450--2691626	89	2.0	89	79	10	193	62	3	3	29	1.31
2691632--2691711	27	3.1	24	77	12	79	60	2	6	31	1.35
2691632--2691687	26	2.2	26	81	12	73	57	1	5	35	1.32
2692479--2692507	12	2.3	13	94	5	51	79	0	6	13	0.93
2694428--2694567	40	3.6	39	77	10	133	32	24	17	25	1.97
2694986--2695060	22	3.4	21	78	7	78	2	26	1	69	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2697984--2698376	197	2.0	197	99	0	777	42	11	9	36	1.72
2713627--2713663	9	4.1	9	100	0	74	32	0	10	56	1.34
2720159--2720190	16	2.0	16	100	0	64	43	0	43	12	1.42
2723627--2723911	140	2.0	140	92	0	471	33	23	10	32	1.89
2735649--2735694	23	2.0	23	83	8	58	36	0	0	63	0.95
2750869--2750931	26	2.3	28	86	8	94	39	12	25	22	1.89
2750884--2750931	13	3.7	13	75	10	53	39	12	27	20	1.89
2753078--2753329	62	4.0	62	91	2	396	31	23	12	32	1.91
2753078--2753329	126	2.0	124	90	1	396	31	23	12	32	1.91
2753900--2753928	6	4.8	6	100	0	58	86	0	0	13	0.58
2763545--2763588	2	22.0	2	100	0	88	50	0	0	50	1.00
2765699--2765747	22	2.3	20	86	6	62	46	12	10	30	1.74
2768047--2768112	31	2.1	32	85	5	89	42	10	6	40	1.64
2768081--2768139	30	2.0	30	89	0	91	32	15	5	47	1.67
2775306--2775334	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
2777970--2778020	22	2.3	22	80	6	59	68	1	0	29	1.00
2778772--2779306	125	4.3	125	83	4	684	28	17	24	29	1.97
2778778--2779306	251	2.1	250	91	1	862	28	17	24	30	1.97
2779804--2779925	59	2.1	59	95	1	219	24	12	27	35	1.91
2780800--2780844	24	1.9	23	86	4	63	31	8	2	57	1.41
2780967--2781004	20	1.9	20	88	0	58	47	13	2	36	1.56
2781095--2781138	18	2.5	18	92	3	72	15	4	4	75	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2787417--2787488	22	3.3	21	78	3	72	13	1	40	44	1.53
2788066--2788105	18	2.2	18	86	0	53	40	7	32	20	1.80
2790004--2790042	11	3.5	11	93	6	62	43	0	35	20	1.52
2790978--2791036	30	2.0	30	96	0	109	52	13	5	28	1.61
2791068--2791110	22	2.0	22	90	0	68	58	13	11	16	1.64
2791680--2791709	14	2.1	15	93	6	53	46	33	0	20	1.51
2792826--2792933	23	4.5	22	72	19	83	29	5	3	61	1.36
2798722--2798754	6	5.5	6	100	0	66	51	0	15	33	1.43
2806751--2806799	26	2.0	26	84	8	66	38	14	8	38	1.76
2812086--2812152	30	2.2	30	86	0	89	16	37	25	20	1.93
2817282--2817394	36	3.1	36	67	9	95	25	11	16	46	1.81
2817271--2817411	72	2.0	72	89	0	219	25	12	16	45	1.83
2818844--2818886	22	1.9	23	86	13	63	44	0	4	51	1.22
2822954--2823011	27	2.2	26	78	6	62	56	10	8	24	1.60
2824465--2824502	20	1.9	20	88	0	58	0	10	31	57	1.32
2825332--2825394	21	3.0	21	95	0	108	36	0	17	46	1.49
2825928--2825994	21	3.1	21	77	18	66	46	0	4	49	1.22
2825831--2826030	68	3.2	59	76	14	181	43	3	4	50	1.36
2827707--2827805	36	2.8	36	92	0	162	29	21	10	39	1.86
2827662--2827790	36	3.2	42	78	15	121	30	21	10	37	1.88
2833368--2833402	18	2.0	18	88	5	54	8	31	45	14	1.75
2834313--2834356	18	2.5	17	79	20	54	43	0	13	43	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2836422--2836452	2	16.0	2	93	6	55	51	0	0	48	1.00
2841100--2841149	25	2.0	25	85	14	68	70	0	6	24	1.10
2848531--2848560	8	3.8	8	100	0	60	60	0	0	40	0.97
2848884--2849023	72	2.0	71	97	1	262	25	5	11	58	1.53
2849575--2849616	22	1.9	22	85	0	57	40	7	2	50	1.43
2849775--2849818	18	2.4	18	88	7	63	43	13	15	27	1.85
2850113--2850305	100	1.9	100	95	0	350	45	7	2	45	1.45
2850120--2850277	50	3.2	49	65	20	119	44	6	2	46	1.42
2851618--2851705	39	2.3	39	80	7	99	32	4	4	57	1.39
2859233--2859331	32	3.0	32	74	11	101	33	11	7	48	1.66
2878028--2878053	13	2.0	13	100	0	52	53	7	0	38	1.30
2883754--2883842	31	3.0	29	79	14	83	35	11	10	42	1.74
2885237--2885298	14	4.4	14	74	8	54	38	0	1	59	1.07
2887685--2888245	279	2.0	279	98	0	1077	39	12	9	37	1.77
2889106--2889150	19	2.3	19	92	3	72	37	0	0	62	0.96
2889116--2889158	20	2.2	19	83	4	50	34	0	6	58	1.25
2897080--2897122	17	2.5	17	96	0	77	39	4	6	48	1.51
2903840--2903869	12	2.4	13	94	5	53	43	10	0	46	1.37
2903865--2903994	66	1.9	67	85	3	181	26	24	16	31	1.97
2909693--2910763	216	5.0	215	86	2	1413	33	18	17	30	1.94
2914292--2914380	43	2.1	43	100	0	178	39	17	23	19	1.92
2918600--2919071	138	3.2	145	82	11	513	52	7	9	31	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2918707--2919071	150	2.4	150	85	4	495	53	6	8	31	1.57
2919763--2919793	16	1.9	16	93	0	53	32	0	0	67	0.91
2919795--2919824	15	1.9	15	93	6	51	60	6	0	33	1.23
2924668--2924722	24	2.3	24	87	3	76	58	0	10	30	1.33
2926814--2926967	61	2.5	60	81	7	177	40	9	5	44	1.62
2929207--2929235	15	1.9	15	100	0	58	27	0	0	72	0.85
2931936--2931964	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
2933585--2933624	22	1.9	22	90	10	66	10	12	15	62	1.54
2938296--2938387	19	4.8	20	72	9	75	61	1	1	35	1.10
2938259--2938386	10	14.1	9	70	16	77	64	1	2	31	1.15
2938259--2938363	28	3.8	27	72	14	81	66	1	2	28	1.16
2938302--2938389	38	2.3	40	76	11	94	63	1	1	34	1.09
2938560--2938635	21	3.8	20	82	8	91	31	6	1	60	1.30
2938563--2938629	19	3.4	20	82	10	84	29	7	1	61	1.32
2938558--2938676	49	2.4	50	73	19	124	29	6	0	63	1.26
2938604--2938682	28	2.7	28	75	16	72	26	6	2	64	1.30
2938621--2938666	19	2.4	20	71	10	51	32	4	0	63	1.14
2938621--2938671	9	5.6	9	79	9	50	29	3	0	66	1.09
2938696--2938776	9	8.9	9	74	17	78	33	1	0	65	1.01
2957308--2957356	21	2.2	22	82	13	57	48	0	6	44	1.27
2970546--2970580	15	2.2	16	90	5	54	45	0	0	54	0.99
2971592--2971635	23	2.0	22	81	4	52	75	2	11	11	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2983563--2983597	18	1.9	18	94	0	61	25	37	22	14	1.92
2991220--2991266	23	2.0	23	100	0	94	34	8	0	57	1.29
2991309--2991392	27	3.1	27	89	0	123	25	28	30	15	1.96
2991318--2991392	27	2.8	27	93	4	125	25	29	29	16	1.96
2991492--2991521	11	2.7	11	89	0	51	70	0	30	0	0.88
2991544--2991582	19	2.0	21	85	10	55	23	0	10	66	1.22
2991649--2991683	3	11.7	3	100	0	70	0	0	31	68	0.90
2992472--2992509	18	2.1	18	95	0	67	34	7	47	10	1.67
2996180--2996418	27	9.3	27	66	25	76	0	29	0	69	0.94
2996240--2996435	4	48.0	4	73	21	133	0	29	1	69	0.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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