genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.63.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr10 ID=Chr10-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62175169

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   

This is table  63  of  202  ( 24201 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18699989--18700468	44	10.9	43	67	13	201	27	23	18	30	1.98
18699989--18701261	132	9.7	132	87	4	1779	27	23	18	30	1.98
18700033--18700461	88	4.9	88	67	13	229	27	24	18	30	1.98
18699830--18701145	654	2.0	654	96	0	2434	28	22	17	30	1.97
18701247--18702980	89	19.6	89	82	6	1288	27	23	18	31	1.97
18701285--18702980	841	2.0	842	95	0	3072	27	23	18	31	1.97
18704226--18704274	14	3.6	14	74	20	50	14	22	0	63	1.30
18704238--18704290	14	3.8	13	77	18	54	15	20	0	64	1.29
18704244--18704291	16	3.2	16	78	18	50	14	18	0	66	1.25
18705220--18705268	22	2.2	23	81	7	64	67	8	16	8	1.40
18707222--18707246	13	1.9	13	100	0	50	48	12	8	32	1.69
18712197--18712227	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
18712418--18712463	22	2.0	23	87	4	67	32	8	0	58	1.28
18715868--18715906	13	2.9	14	85	14	55	46	5	5	43	1.48
18715868--18715904	14	2.7	14	88	12	51	48	5	2	43	1.40
18717131--18717159	13	2.2	13	100	0	58	37	6	17	37	1.76
18720701--18720731	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
18728144--18728329	41	4.5	41	93	0	309	23	26	22	27	1.99
18728144--18728358	82	2.6	82	86	5	301	24	26	20	28	1.99
18728763--18728815	2	26.5	2	81	7	54	47	3	3	45	1.39
18729218--18729403	41	4.5	41	94	0	318	23	27	22	26	1.99
18729218--18729432	82	2.6	82	87	5	310	25	26	20	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18734735--18734759	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
18738471--18738581	40	2.8	39	83	4	125	34	21	23	20	1.97
18738646--18739071	41	10.3	41	87	1	593	19	18	31	30	1.96
18738646--18739140	82	6.0	81	84	4	523	20	18	30	30	1.97
18738646--18739129	41	11.8	40	83	6	247	20	19	30	30	1.97
18739313--18739488	14	12.4	14	75	9	142	18	0	32	47	1.53
18739313--18739487	7	24.7	7	72	12	108	18	0	32	48	1.53
18739417--18739487	15	4.9	15	71	20	53	19	0	32	47	1.50
18739734--18739771	14	2.7	15	88	12	62	26	0	31	42	1.56
18743885--18743941	27	2.2	26	81	9	62	26	8	1	63	1.34
18744152--18744311	43	3.7	42	84	5	185	23	19	29	27	1.98
18744187--18744311	43	2.9	43	92	0	205	24	20	29	24	1.99
18744152--18744311	86	1.9	86	84	2	214	23	19	29	27	1.98
18750881--18750907	12	2.2	12	100	0	54	40	0	0	59	0.98
18758088--18758112	13	1.9	13	100	0	50	20	0	32	48	1.50
18778176--18778352	84	2.1	84	100	0	354	33	9	18	39	1.82
18778357--18778383	5	5.4	5	100	0	54	62	0	0	37	0.95
18783417--18783505	19	4.7	19	75	14	60	58	2	5	33	1.34
18783440--18783494	10	5.6	10	75	12	51	60	1	5	32	1.30
18783417--18783505	29	3.0	28	80	8	88	58	2	5	33	1.34
18785946--18785989	2	22.0	2	100	0	88	50	0	0	50	1.00
18786341--18786413	38	1.9	37	86	8	103	31	21	1	45	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18786338--18786419	37	2.2	37	82	8	105	31	21	1	45	1.60
18786551--18786602	23	2.3	23	93	0	86	32	25	21	21	1.98
18789562--18789594	15	2.2	15	94	0	57	78	0	3	18	0.87
18789772--18789809	3	12.7	3	100	0	76	0	34	0	65	0.93
18798912--18798942	9	3.4	9	90	0	53	25	12	22	38	1.90
18799234--18799292	30	2.0	30	86	6	84	20	38	0	40	1.53
18802612--18802690	38	2.0	38	85	7	104	51	13	2	31	1.55
18802729--18802754	13	2.0	13	100	0	52	38	30	0	30	1.58
18806622--18806700	39	2.0	39	90	4	124	31	1	8	58	1.37
18806622--18806678	19	2.9	20	68	21	57	29	0	8	61	1.26
18807843--18807880	12	2.8	13	88	11	51	52	0	2	44	1.14
18811437--18811651	36	5.8	36	71	8	151	26	20	22	31	1.98
18811469--18811670	76	2.6	76	83	1	260	24	19	21	33	1.97
18813403--18813440	20	1.9	19	85	15	51	13	18	28	39	1.88
18820070--18820124	28	2.0	28	88	0	83	58	3	10	27	1.49
18829451--18829602	75	2.0	75	100	0	304	27	16	17	38	1.91
18831514--18831565	27	1.9	27	92	0	86	19	5	28	46	1.73
18832884--18832926	23	1.9	23	90	4	70	32	2	2	62	1.20
18832885--18832934	22	2.2	23	82	10	59	36	4	2	58	1.29
18835096--18835133	17	2.2	17	86	9	51	55	2	0	42	1.14
18835090--18835142	18	2.9	18	78	16	56	52	5	0	41	1.25
18837192--18837240	10	4.9	10	89	0	53	55	4	2	38	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18837188--18837218	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
18837387--18837431	22	2.0	22	87	8	65	60	4	2	33	1.29
18837400--18837446	19	2.5	19	82	6	60	61	4	2	31	1.27
18838972--18839034	26	2.4	28	82	12	80	66	1	3	28	1.16
18840490--18840878	44	8.8	44	92	0	580	27	24	20	27	1.99
18840955--18841123	43	3.9	43	79	9	164	24	25	26	23	2.00
18842393--18842433	6	6.0	7	85	8	50	14	14	0	70	1.16
18846627--18846702	23	3.3	23	92	0	134	22	21	26	30	1.99
18854177--18854252	23	3.3	23	92	0	134	22	21	26	30	1.99
18858650--18858709	28	2.1	27	82	14	68	65	3	3	28	1.25
18858650--18858709	29	2.1	29	82	17	72	65	3	3	28	1.25
18861239--18861272	16	2.1	16	100	0	68	29	29	5	35	1.81
18863196--18863237	21	2.0	22	95	4	77	28	2	21	47	1.63
18866383--18866481	23	4.3	23	79	5	110	24	20	24	31	1.98
18866383--18866481	46	2.2	46	86	0	144	24	20	24	31	1.98
18867662--18867849	49	3.8	49	89	0	286	26	13	26	34	1.93
18867662--18867848	98	1.9	98	93	0	320	26	13	25	34	1.93
18867674--18867877	98	2.1	97	84	5	259	30	12	24	31	1.93
18873368--18873416	20	2.4	20	82	3	53	48	4	4	42	1.40
18883462--18883493	3	10.7	3	100	0	64	31	0	0	68	0.90
18886553--18886595	21	2.1	21	83	12	54	44	25	4	25	1.73
18891336--18891385	25	2.0	25	85	14	68	36	0	6	58	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18893594--18893642	20	2.4	21	82	3	55	42	4	4	48	1.40
18897259--18897315	24	2.3	24	82	8	71	40	26	5	28	1.77
18903399--18903461	31	2.0	31	100	0	126	52	19	6	22	1.68
18906462--18906518	29	2.0	29	82	6	71	31	24	17	26	1.97
18908341--18908447	53	2.0	53	100	0	214	41	16	9	32	1.81
18910569--18910660	5	18.2	5	83	10	107	40	0	2	57	1.11
18911500--18911570	3	23.7	3	82	0	88	35	0	2	61	1.10
18911500--18911576	27	2.9	27	98	0	145	35	0	2	62	1.09
18918169--18918238	5	14.2	5	80	14	74	41	0	1	57	1.08
18918245--18918272	6	4.7	6	100	0	56	85	0	0	14	0.59
18920962--18921098	40	3.3	40	70	23	95	61	7	25	5	1.45
18930762--18930786	5	5.0	5	100	0	50	80	0	0	20	0.72
18936035--18936116	43	1.9	43	100	0	164	36	9	10	42	1.73
18936055--18936123	22	3.2	22	62	12	52	33	10	10	46	1.71
18938897--18939046	35	4.3	34	75	6	131	44	10	11	34	1.75
18938930--18938977	19	2.6	19	83	3	62	39	6	16	37	1.74
18938899--18939040	16	8.3	16	73	18	108	43	11	11	33	1.77
18939517--18939558	14	3.1	14	86	6	59	0	16	2	80	0.81
18939517--18939558	13	3.1	13	89	6	57	0	16	2	80	0.81
18939813--18939894	4	22.0	4	75	22	65	0	29	0	70	0.87
18939824--18939892	13	5.2	13	78	16	70	0	27	0	72	0.85
18939823--18939894	27	2.7	27	87	10	96	0	27	0	72	0.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18940405--18940539	30	4.6	29	84	2	128	38	3	24	33	1.73
18943028--18943106	27	2.9	27	88	0	113	15	17	36	30	1.91
18946703--18946751	25	2.0	25	83	0	62	38	0	16	44	1.48
18947147--18947232	43	2.0	43	93	0	145	51	2	23	23	1.60
18948117--18948191	30	2.5	30	88	0	114	30	29	25	14	1.95
18963377--18964576	44	27.7	43	68	17	292	29	19	22	28	1.98
18963379--18964270	173	5.2	173	84	5	985	29	19	21	28	1.98
18963465--18963925	217	2.1	218	78	8	467	29	19	22	27	1.98
18963379--18964237	348	2.5	346	82	8	1014	30	19	22	28	1.98
18963900--18964576	215	3.1	215	90	3	1013	29	19	22	28	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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