genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr10 ID=Chr10-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62175169

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   

This is table  5  of  202  ( 24201 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1556694--1556778	25	3.4	25	70	12	84	38	16	24	20	1.92
1556665--1556782	50	2.4	50	98	0	227	38	15	25	21	1.92
1559789--1559822	13	2.5	14	85	4	52	44	8	17	29	1.79
1559813--1559857	20	2.3	20	85	11	58	33	11	11	44	1.75
1560397--1560457	19	3.2	18	76	19	61	52	0	0	47	1.00
1571208--1571258	12	4.0	13	73	14	52	62	0	1	35	1.06
1571200--1571247	22	2.2	23	85	10	66	62	0	2	35	1.07
1571784--1571833	24	2.1	23	82	10	57	48	6	0	46	1.27
1571950--1572014	31	2.2	29	84	15	82	50	0	0	49	1.00
1571978--1572029	25	2.0	26	82	14	63	46	1	0	51	1.12
1573181--1573205	5	5.0	5	100	0	50	20	60	20	0	1.37
1573214--1573247	13	2.5	13	85	4	50	26	0	0	73	0.83
1573860--1573969	37	3.0	37	82	0	130	47	15	17	20	1.83
1585367--1585401	12	2.8	12	91	4	52	68	2	20	8	1.29
1585644--1585719	33	2.3	33	90	0	116	32	14	2	50	1.57
1585709--1585758	21	2.4	22	73	10	59	46	0	12	42	1.41
1585716--1585760	19	2.3	19	81	11	56	46	0	13	40	1.43
1602985--1603039	23	2.4	23	96	0	101	23	36	29	10	1.89
1604415--1604444	16	1.9	15	93	6	51	26	6	3	63	1.35
1605786--1605825	20	2.0	21	85	9	57	52	7	10	30	1.62
1608436--1608497	27	2.3	27	91	0	97	25	25	30	17	1.97
1608653--1608699	3	16.3	3	86	8	71	63	0	36	0	0.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1608641--1608693	17	3.3	17	75	19	60	62	0	37	0	0.96
1608653--1608699	23	2.0	23	95	0	85	63	0	36	0	0.94
1608655--1608707	17	3.3	15	82	17	63	66	0	33	0	0.92
1608653--1608707	20	2.7	19	86	10	74	65	0	34	0	0.93
1608841--1608906	19	3.2	21	87	10	100	28	0	12	59	1.33
1612953--1612997	22	2.1	21	87	4	63	64	2	31	2	1.18
1612953--1613005	21	2.5	22	84	6	65	64	1	30	3	1.22
1615293--1615360	27	2.5	27	90	4	111	54	7	0	38	1.28
1615684--1615736	6	8.8	6	87	0	61	3	28	32	35	1.75
1617435--1617516	38	2.2	38	97	0	155	39	2	3	54	1.31
1617550--1617671	60	2.0	60	85	3	165	54	14	0	30	1.47
1617686--1617776	8	10.4	8	69	17	56	48	14	1	36	1.51
1617712--1617855	27	5.8	26	78	14	162	54	13	0	31	1.44
1617689--1617783	19	5.2	19	65	19	51	49	16	1	32	1.53
1617665--1617846	76	2.4	73	85	9	242	52	14	1	32	1.49
1617739--1617855	49	2.4	48	88	1	171	54	13	0	30	1.45
1617815--1617857	21	2.0	22	95	4	79	58	13	0	27	1.37
1617896--1617978	19	4.2	19	83	8	112	53	13	2	31	1.53
1617930--1617976	22	2.2	21	92	3	76	59	10	4	25	1.49
1617889--1617978	41	2.3	38	86	7	117	54	12	2	31	1.49
1618045--1618070	12	2.2	12	100	0	52	46	15	0	38	1.46
1620390--1620518	60	2.1	60	80	9	147	27	11	15	44	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1628085--1628137	22	2.5	22	72	6	56	58	3	1	35	1.27
1628180--1628228	15	3.2	15	76	2	53	71	2	4	22	1.13
1629333--1629375	16	2.8	15	72	6	50	48	6	4	39	1.51
1630239--1630272	16	2.1	16	88	0	50	17	5	0	76	0.98
1631108--1631423	27	11.7	27	85	3	388	31	17	14	35	1.90
1631703--1631765	34	1.9	32	90	6	99	31	19	25	23	1.98
1635465--1635557	17	5.7	17	75	10	86	36	2	0	61	1.08
1635474--1635538	30	2.2	29	86	7	96	30	1	0	67	1.00
1640290--1640381	3	30.3	3	77	10	80	58	6	2	32	1.36
1641386--1641443	10	5.3	10	76	15	53	79	1	5	13	0.98
1641645--1641685	16	2.6	15	85	11	55	4	12	60	21	1.50
1652710--1652940	77	3.0	77	98	0	444	40	19	4	35	1.72
1653384--1653422	16	2.4	17	83	12	55	30	0	0	69	0.89
1660332--1660450	11	11.4	11	70	22	78	59	0	2	37	1.11
1660344--1660499	40	3.9	40	91	5	246	60	0	2	36	1.10
1660320--1660498	41	4.4	41	88	4	240	59	0	2	37	1.12
1660393--1660426	17	2.0	17	88	0	50	64	0	0	35	0.94
1662810--1663233	76	5.6	76	78	4	356	24	17	13	43	1.86
1662762--1663256	152	3.3	149	80	3	513	25	18	13	42	1.86
1662809--1663233	228	1.9	227	79	4	489	24	18	13	43	1.86
1663616--1663653	18	2.1	19	90	5	60	44	0	2	52	1.14
1666061--1666102	13	3.2	13	81	15	50	73	0	0	26	0.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1669958--1669996	19	2.0	20	90	10	62	20	2	12	64	1.40
1671751--1671808	15	3.6	15	72	17	53	46	0	3	50	1.18
1673009--1673114	54	2.0	54	88	0	158	26	18	33	20	1.96
1673389--1673481	48	1.9	48	88	0	141	40	10	25	22	1.86
1674420--1674463	22	2.1	21	88	12	65	38	4	13	43	1.65
1676590--1676664	26	2.7	28	75	8	73	52	5	6	36	1.51
1677647--1677676	3	10.0	3	100	0	60	66	0	0	33	0.92
1681876--1681913	17	2.2	18	85	4	51	28	0	13	57	1.36
1695329--1695411	16	5.2	16	67	11	62	50	21	6	21	1.70
1704413--1704495	25	3.3	25	80	10	80	54	2	2	40	1.27
1704427--1704495	23	2.9	24	76	8	79	53	1	2	42	1.24
1707572--1707625	24	2.2	25	90	3	83	20	25	14	38	1.91
1707607--1707671	22	3.0	22	81	0	76	16	21	16	44	1.86
1710253--1710311	23	2.6	23	78	2	66	54	1	0	44	1.10
1712640--1712664	11	2.3	11	100	0	50	16	16	20	48	1.82
1713023--1713062	20	2.0	20	100	0	80	30	25	10	35	1.88
1734323--1734731	46	9.6	46	82	10	432	34	14	21	29	1.92
1734359--1734549	36	5.0	36	84	12	256	36	14	19	30	1.91
1734323--1734714	82	4.6	88	84	10	423	34	14	20	30	1.92
1734469--1734534	21	3.5	20	63	25	52	34	12	19	33	1.89
1743901--1743937	18	2.1	18	94	0	65	54	29	0	16	1.43
1744105--1744176	35	2.1	35	100	0	144	54	8	11	26	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1745953--1745990	18	2.1	19	85	5	51	52	0	0	47	1.00
1750576--1750611	16	2.2	16	95	0	63	27	0	33	38	1.57
1761269--1761307	20	1.9	21	89	5	62	41	0	0	58	0.98
1761263--1761313	21	2.5	22	78	12	63	37	0	0	62	0.95
1762780--1762826	9	4.9	10	82	7	62	65	0	0	34	0.93
1762772--1762840	28	2.5	29	86	6	90	62	1	1	34	1.13
1763147--1763171	2	12.5	2	100	0	50	52	48	0	0	1.00
1772522--1772889	184	2.0	183	80	5	413	33	8	14	43	1.75
1772522--1772889	92	4.0	92	76	4	332	33	8	14	43	1.75
1773657--1773699	21	2.2	20	87	8	61	30	0	4	65	1.13
1773656--1773700	20	2.3	18	82	14	54	33	0	4	62	1.15
1774494--1774531	18	2.1	19	90	5	60	68	0	0	31	0.90
1781000--1781278	141	2.0	141	89	2	427	27	21	20	30	1.98
1781491--1781873	129	2.8	133	83	5	452	28	18	20	32	1.96
1782093--1782751	142	4.7	141	84	4	870	27	20	21	30	1.98
1803728--1803762	16	2.1	16	89	10	52	54	0	0	45	0.99
1811501--1811533	2	17.0	2	93	6	59	48	0	0	51	1.00
1812078--1812377	151	2.0	151	80	3	345	44	16	14	24	1.85
1821354--1821394	19	2.1	20	86	4	57	34	0	0	65	0.93
1822958--1822986	14	2.0	15	93	6	51	55	0	0	44	0.99
1831621--1831651	10	2.9	11	90	9	55	35	0	0	64	0.94
1836211--1836255	11	3.9	11	83	11	63	60	4	0	35	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1838793--1838860	19	3.7	19	77	11	70	57	5	0	36	1.23
1838794--1838935	9	14.7	9	66	20	56	59	3	1	35	1.23
1843112--1843158	24	2.0	24	84	16	62	51	14	0	34	1.43
1843967--1844005	20	2.0	20	95	5	71	41	5	2	51	1.38
1849587--1849619	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
1850280--1850328	3	16.3	3	100	0	98	32	0	0	67	0.91
1853598--1853657	23	2.6	22	82	7	75	28	8	1	61	1.34
1853639--1853676	19	2.0	20	94	5	69	34	7	0	57	1.28
1855925--1855974	24	2.1	24	100	0	100	20	8	36	36	1.82
1855744--1856182	232	1.9	232	95	0	788	32	18	18	29	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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