genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.62.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr10 ID=Chr10-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62175169

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   

This is table  62  of  202  ( 24201 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18317012--18317088	37	2.0	39	92	5	131	18	2	28	50	1.60
18317069--18317093	13	1.9	13	100	0	50	12	0	48	40	1.40
18318724--18318757	17	1.9	18	88	5	52	35	23	0	41	1.55
18319212--18319273	28	2.1	28	91	5	97	50	6	1	41	1.38
18327628--18327683	27	2.1	27	100	0	112	33	10	14	41	1.80
18329816--18329975	55	2.9	55	82	0	203	51	12	6	29	1.64
18331375--18331419	23	2.0	23	86	8	65	35	22	31	11	1.89
18333272--18333315	22	2.0	22	82	13	54	11	36	0	52	1.38
18336778--18336819	13	3.5	12	84	15	52	50	14	0	35	1.43
18337928--18337997	32	2.2	32	84	0	86	42	14	2	40	1.60
18339786--18339887	26	3.9	26	85	5	127	28	17	11	42	1.85
18341709--18341778	21	3.2	21	64	18	52	45	11	20	22	1.82
18341665--18341831	45	3.7	45	84	6	205	48	13	17	20	1.81
18341665--18341831	90	1.9	90	84	5	230	48	13	17	20	1.81
18353241--18353320	26	3.1	26	87	1	117	22	17	16	43	1.87
18357124--18357163	21	1.9	21	90	10	64	25	22	32	20	1.98
18361025--18361082	17	3.3	17	74	13	55	37	3	3	55	1.34
18367400--18367488	26	3.4	26	90	3	135	41	12	10	35	1.76
18367400--18367502	26	4.0	26	87	7	113	40	10	12	35	1.78
18369035--18369132	50	2.0	50	100	0	196	37	18	13	30	1.89
18378744--18378787	20	2.2	20	100	0	88	40	9	0	50	1.34
18379822--18379870	21	2.3	21	86	6	64	59	0	2	38	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18381947--18382006	19	3.1	19	77	11	68	23	1	1	73	1.01
18381947--18382007	21	3.0	20	70	15	63	22	1	1	73	1.01
18385041--18385167	44	2.9	43	78	12	152	25	18	25	29	1.98
18386518--18386551	10	3.4	10	91	0	50	44	2	5	47	1.42
18399025--18399050	5	5.2	5	100	0	52	0	19	0	80	0.71
18399513--18399548	17	2.1	17	89	0	54	11	44	0	44	1.39
18404152--18404195	21	2.2	20	83	4	52	56	0	2	40	1.11
18417235--18417259	8	3.1	8	100	0	50	48	0	0	52	1.00
18417419--18417514	21	4.6	21	70	5	77	43	17	22	15	1.87
18417420--18417521	42	2.4	42	88	0	141	44	16	22	16	1.87
18422995--18423055	16	3.6	17	77	18	56	8	22	3	65	1.34
18423726--18423987	84	3.1	84	77	6	298	46	11	11	31	1.75
18423752--18424156	87	4.8	86	79	6	353	43	12	11	32	1.79
18424119--18424311	76	2.5	78	85	7	259	38	13	16	31	1.87
18424245--18424411	89	1.9	87	84	6	221	42	13	11	32	1.79
18424342--18424480	74	1.9	73	83	2	181	43	12	13	30	1.81
18430454--18430490	19	1.9	19	88	0	56	75	0	5	18	0.99
18438667--18438743	39	2.0	39	81	0	91	33	7	12	45	1.72
18441406--18441454	25	1.9	26	88	12	75	63	0	4	32	1.13
18442345--18442389	21	2.1	21	88	8	65	28	2	2	66	1.15
18442343--18442389	10	4.6	10	79	10	51	31	2	2	63	1.18
18451444--18451471	6	4.7	6	100	0	56	35	14	32	17	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18451441--18451483	18	2.4	18	84	0	59	39	11	34	13	1.82
18453470--18453544	13	6.2	13	70	11	61	53	1	1	44	1.17
18453511--18453547	11	3.4	11	84	0	56	51	0	0	48	1.00
18454982--18455023	5	8.4	5	94	0	57	19	42	26	11	1.85
18455390--18455443	24	2.2	24	96	0	99	0	12	22	64	1.27
18455390--18455443	6	9.0	6	79	0	63	0	12	22	64	1.27
18459984--18460053	27	2.6	27	80	8	79	25	2	21	50	1.63
18460022--18460089	35	2.0	33	86	13	95	27	2	19	50	1.62
18461460--18461526	34	1.9	35	87	3	100	47	8	7	35	1.63
18464610--18464805	56	3.4	56	74	10	173	25	11	13	49	1.76
18464917--18464983	31	2.2	31	86	0	89	43	17	11	26	1.84
18465080--18465121	18	2.3	18	88	8	59	61	2	0	35	1.09
18465674--18465753	40	2.0	40	100	0	160	22	15	17	45	1.85
18472317--18472458	76	1.9	76	85	5	198	30	19	18	32	1.95
18485683--18485735	24	2.2	24	96	0	97	52	1	24	20	1.56
18488708--18488737	16	1.9	15	93	6	51	13	10	3	73	1.21
18491313--18491373	27	2.2	27	97	2	113	42	14	3	39	1.62
18493640--18493696	22	2.6	21	81	15	62	26	21	1	50	1.58
18494092--18494131	17	2.4	17	100	0	80	12	17	5	65	1.44
18495466--18495583	59	2.0	59	100	0	236	28	28	18	23	1.98
18500784--18500831	17	2.6	18	83	9	53	60	0	2	37	1.09
18500793--18500846	25	2.1	27	86	13	78	59	0	1	38	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18501393--18501454	30	2.1	30	84	6	81	50	11	8	30	1.67
18508349--18508385	2	18.5	2	100	0	74	51	0	0	48	1.00
18508628--18508705	23	3.5	22	78	16	88	20	33	15	30	1.94
18511168--18511208	21	1.9	22	85	5	57	58	7	7	26	1.51
18511309--18511370	27	2.3	26	81	10	72	64	8	8	19	1.45
18516914--18517162	50	4.8	50	82	4	273	20	28	23	26	1.99
18516913--18517162	100	2.4	104	87	5	346	21	28	23	26	1.99
18517257--18517287	13	2.4	13	94	0	53	54	12	0	32	1.38
18524339--18524403	25	2.6	25	87	4	87	32	15	13	38	1.87
18524349--18524417	25	2.8	25	86	4	77	34	15	14	34	1.89
18524503--18524537	14	2.5	14	90	9	54	48	14	5	31	1.67
18540529--18540707	50	3.6	49	78	5	182	29	22	26	21	1.99
18543380--18543405	7	3.7	7	100	0	52	88	11	0	0	0.52
18545916--18546055	47	3.0	47	81	0	163	22	19	16	41	1.90
18548647--18548684	18	2.1	18	90	0	58	71	5	5	18	1.25
18557210--18557299	31	3.1	29	74	21	80	25	6	13	54	1.63
18560248--18560277	13	2.3	13	94	0	51	46	0	3	50	1.18
18566579--18566618	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
18567812--18567860	21	2.3	20	79	6	53	38	20	0	40	1.53
18569355--18569503	81	1.8	81	82	2	192	35	20	11	32	1.89
18569327--18569503	27	6.6	27	83	2	167	34	20	12	32	1.90
18570891--18570950	27	2.2	27	79	5	68	33	16	28	21	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18576366--18576420	4	14.5	4	88	11	89	0	21	0	78	0.76
18577656--18577821	81	2.0	81	97	0	314	27	20	19	33	1.96
18585468--18585507	21	1.9	21	84	0	53	65	2	12	20	1.38
18586752--18586814	30	2.1	30	90	0	99	60	11	3	25	1.45
18586839--18586875	14	2.6	14	86	0	56	67	10	2	18	1.32
18590077--18590101	12	2.1	12	100	0	50	0	16	0	84	0.63
18600104--18600227	38	3.3	38	98	0	239	16	52	9	20	1.72
18601866--18601907	3	14.0	3	100	0	84	33	0	0	66	0.92
18602300--18602372	37	1.9	39	81	13	91	60	13	12	13	1.60
18603284--18603327	20	2.2	20	88	4	63	59	4	0	36	1.18
18612626--18612673	16	3.1	16	84	3	53	18	0	25	56	1.42
18632922--18633107	66	2.8	66	82	4	223	22	25	26	26	2.00
18640334--18640401	27	2.5	28	80	7	77	52	20	4	22	1.63
18642466--18642504	2	19.5	2	100	0	78	48	0	0	51	1.00
18646851--18646968	54	2.2	54	86	6	159	18	26	29	25	1.98
18669593--18669771	95	1.9	95	87	2	261	36	12	19	31	1.90
18673391--18673415	13	1.9	13	100	0	50	40	4	24	32	1.73
18673353--18673418	26	2.5	26	82	0	69	43	1	22	31	1.62
18676568--18676592	6	4.2	6	100	0	50	32	0	0	68	0.90
18682908--18682950	22	2.0	22	86	9	61	34	0	2	62	1.08
18690965--18691004	12	2.9	15	75	21	50	25	5	5	65	1.34
18691404--18691483	2	41.5	2	72	12	60	45	7	0	47	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18691342--18691418	36	2.1	36	81	9	86	38	12	0	48	1.42
18691395--18691434	16	2.5	16	91	0	62	45	10	0	45	1.37
18691395--18691482	22	4.2	22	73	14	87	45	9	0	45	1.35
18691860--18691899	19	2.1	19	100	0	80	75	10	0	15	1.05
18695161--18695231	36	1.9	38	88	5	110	67	11	9	11	1.42
18695161--18695246	36	2.4	36	84	5	102	67	10	11	10	1.43
18697405--18697460	3	18.0	3	82	14	69	33	5	0	60	1.19
18697405--18697460	13	4.5	12	80	14	69	33	5	0	60	1.19
18697405--18697466	16	3.7	18	75	22	62	33	8	0	58	1.28
18698304--18698343	21	1.9	21	85	10	55	67	0	5	27	1.11

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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