genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.19.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr10 ID=Chr10-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62175169

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  19  of  202  ( 24201 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5714687--5714821	40	3.4	39	81	6	148	37	20	21	20	1.95
5714857--5715182	41	8.0	41	91	1	510	20	25	27	26	1.99
5715547--5715583	14	2.6	14	91	0	65	24	0	29	45	1.53
5715793--5715838	20	2.3	20	85	11	67	17	0	45	36	1.49
5715881--5715926	14	3.3	14	84	0	56	23	0	43	32	1.54
5715875--5715926	21	2.5	21	78	6	61	26	0	40	32	1.57
5722092--5722151	18	3.4	18	64	13	52	43	6	10	40	1.64
5722351--5722555	43	4.8	43	94	0	358	19	19	32	28	1.96
5723830--5723879	25	2.0	25	88	0	73	54	8	0	38	1.30
5723816--5723874	12	5.2	12	71	17	54	62	3	0	33	1.12
5725912--5726061	43	3.5	43	80	8	162	24	16	27	31	1.97
5728979--5729003	7	3.6	7	100	0	50	56	0	16	28	1.41
5732723--5732867	71	2.0	71	97	2	274	28	13	15	42	1.85
5732900--5732954	3	18.3	3	96	0	101	65	0	34	0	0.93
5738695--5738911	121	1.8	120	90	3	355	32	23	15	29	1.95
5746682--5746776	37	2.6	37	88	1	147	38	31	12	16	1.86
5749096--5749142	23	2.0	23	84	8	60	31	2	0	65	1.04
5749219--5749250	16	2.0	16	93	0	55	68	3	0	28	1.04
5754448--5754514	34	1.9	35	88	8	102	44	11	8	34	1.73
5763377--5763403	5	5.4	5	100	0	54	81	0	0	18	0.69
5770916--5771092	88	2.0	88	100	0	354	35	6	12	45	1.69
5771469--5771504	17	2.1	18	94	5	65	19	5	0	75	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5771472--5771511	17	2.4	17	86	0	62	17	10	0	72	1.11
5771658--5771688	9	3.4	9	100	0	62	19	0	45	35	1.51
5782881--5782943	31	2.0	31	90	0	99	36	15	15	31	1.90
5782991--5783016	6	4.3	6	100	0	52	53	0	0	46	1.00
5784041--5784081	20	2.0	21	85	9	57	73	2	2	21	1.07
5785388--5785764	43	8.8	43	73	6	183	25	28	20	24	1.99
5785554--5785765	43	4.9	43	81	5	196	28	30	16	24	1.96
5785555--5785765	87	2.4	87	81	2	237	28	30	16	24	1.96
5785598--5785785	87	2.2	87	80	1	198	31	30	15	21	1.95
5786088--5786180	21	4.4	21	83	0	114	6	43	17	33	1.74
5786156--5786200	21	2.1	21	92	8	74	8	37	15	37	1.79
5786177--5786341	66	2.5	65	83	4	197	13	27	18	40	1.88
5791811--5791943	9	15.9	9	72	13	97	36	3	18	42	1.65
5791831--5791943	34	3.7	32	75	14	89	36	2	17	43	1.63
5791832--5791951	25	4.8	25	70	13	77	35	2	17	44	1.62
5791841--5791935	48	2.0	48	83	4	120	36	3	17	42	1.66
5791808--5791957	73	2.1	73	82	5	178	36	3	16	43	1.65
5791966--5792095	34	3.8	34	83	9	174	40	0	10	48	1.44
5792008--5792042	13	2.7	13	95	0	61	40	0	8	51	1.33
5791969--5792098	69	1.9	69	96	0	242	40	0	10	47	1.44
5792021--5792147	56	2.3	56	100	0	254	40	0	10	48	1.37
5792072--5792122	22	2.4	22	90	3	86	41	0	9	49	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5792214--5792254	13	2.8	15	85	14	59	34	0	19	46	1.50
5794074--5794101	6	4.7	6	100	0	56	0	17	17	64	1.30
5797299--5797391	41	2.3	42	79	3	100	33	26	20	19	1.96
5797358--5798060	114	6.2	114	89	1	1018	28	23	19	29	1.98
5797340--5798060	230	3.2	228	89	1	1088	27	23	19	29	1.98
5799531--5799568	11	3.5	11	85	7	51	21	2	0	76	0.91
5800001--5800040	21	2.0	21	85	5	55	57	0	0	42	0.98
5804039--5804096	28	2.1	28	86	0	80	39	13	13	32	1.85
5807832--5807879	24	2.0	24	84	8	62	22	16	12	47	1.80
5810032--5810062	13	2.4	13	94	0	53	51	3	0	45	1.17
5818047--5818092	23	2.0	23	100	0	92	26	4	17	52	1.63
5824647--5824693	22	2.1	23	84	11	62	27	10	4	57	1.51
5825499--5825575	13	5.9	13	89	0	118	38	25	7	27	1.83
5826946--5826970	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
5827549--5827587	19	2.1	19	85	9	53	25	5	20	48	1.70
5827549--5827586	18	2.1	19	85	5	51	26	5	21	47	1.71
5848361--5848391	6	5.2	6	92	0	53	19	16	12	51	1.76
5853847--5853895	13	4.0	12	84	10	64	71	2	26	0	0.97
5853854--5853895	11	3.5	11	87	12	57	69	2	28	0	1.01
5862028--5862105	25	3.1	25	76	12	79	34	20	19	25	1.96
5863849--5863893	16	2.8	16	83	10	56	37	8	11	42	1.72
5865351--5865379	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5868350--5868387	19	2.0	19	100	0	76	31	10	10	47	1.72
5872789--5872854	19	3.4	19	72	12	53	56	1	3	39	1.24
5873314--5873366	18	2.9	18	80	2	61	41	45	1	11	1.51
5873470--5873518	9	5.4	9	95	0	89	24	10	22	42	1.84
5873656--5873709	15	3.7	15	72	5	56	18	9	25	46	1.79
5873651--5873718	29	2.3	29	97	0	127	19	10	27	42	1.83
5873753--5873968	98	2.3	96	85	4	276	42	10	18	28	1.83
5876284--5876408	29	4.3	28	77	6	106	32	20	4	42	1.73
5876283--5876411	58	2.2	59	84	2	161	32	19	4	43	1.71
5876371--5876428	30	1.9	30	85	0	80	37	22	5	34	1.76
5876779--5876812	3	11.0	3	87	6	50	64	0	35	0	0.94
5876776--5876811	12	3.2	12	92	7	58	61	0	38	0	0.96
5876780--5876840	10	6.2	10	81	14	58	73	0	26	0	0.83
5876792--5876840	14	3.6	15	84	13	54	77	0	22	0	0.77
5876798--5876843	7	6.3	7	82	9	56	80	0	19	0	0.71
5877152--5877220	5	13.8	5	75	17	63	81	0	18	0	0.70
5877149--5877240	11	7.6	11	82	13	85	80	0	19	0	0.71
5877155--5877239	34	2.4	34	83	14	95	80	0	20	0	0.72
5877149--5877239	16	5.4	16	75	19	71	80	0	19	0	0.72
5879792--5879984	41	4.7	41	81	4	230	16	23	21	38	1.93
5879791--5879984	82	2.4	82	98	0	372	16	23	21	38	1.93
5880124--5880382	82	3.2	82	94	0	446	29	14	19	36	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5881281--5881317	10	3.7	10	92	0	65	43	0	13	43	1.44
5881389--5881440	27	1.9	27	88	0	77	40	0	9	50	1.35
5887025--5887095	29	2.4	29	95	0	133	42	12	7	38	1.70
5887343--5887477	9	15.2	9	72	14	84	46	18	2	32	1.61
5887373--5887427	25	2.2	25	86	0	74	45	20	1	32	1.61
5887490--5887614	9	14.6	9	70	21	56	50	9	2	37	1.48
5887477--5887518	12	3.7	12	76	23	54	54	9	4	30	1.53
5887511--5887614	31	3.5	31	89	7	162	50	9	1	38	1.46
5887529--5887618	27	3.2	27	92	6	135	48	7	2	41	1.44
5897692--5897718	6	4.5	6	100	0	54	81	0	0	18	0.69
5902209--5902260	19	2.7	19	75	3	59	65	3	1	28	1.21
5902765--5902808	19	2.2	20	80	4	54	20	4	4	70	1.23
5903636--5903673	16	2.2	17	90	9	60	73	0	0	26	0.83
5903636--5903675	18	2.3	18	91	4	64	72	0	0	27	0.85
5911855--5911891	6	6.2	6	90	0	56	0	18	59	21	1.38
5911855--5911891	18	2.1	18	94	0	65	0	18	59	21	1.38
5915978--5916178	76	2.6	76	80	6	244	31	23	20	23	1.98
5919149--5919220	25	2.9	26	73	21	73	26	26	19	27	1.99
5937711--5937754	3	14.7	3	100	0	88	34	0	0	65	0.93
5937848--5938098	43	5.8	43	90	1	369	28	33	17	21	1.96
5937848--5938152	43	7.1	43	86	4	204	31	31	15	21	1.94
5942741--5942772	13	2.3	15	89	10	50	56	0	0	43	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5943367--5943478	7	15.9	7	72	12	68	44	35	0	18	1.56
5943367--5943558	14	13.4	14	71	10	84	45	31	1	21	1.61
5943367--5943408	20	2.0	21	90	4	68	45	38	2	14	1.58
5943860--5944058	41	4.9	41	94	1	346	30	32	20	17	1.95
5945099--5945296	55	3.5	56	88	3	292	25	7	16	51	1.70
5945202--5945293	21	4.8	20	71	15	52	27	5	14	53	1.62
5950009--5950600	44	13.3	44	74	4	247	27	23	17	31	1.97
5950032--5950600	89	6.4	89	88	2	788	26	24	18	30	1.97
5958665--5958704	20	2.0	20	90	0	62	32	12	22	32	1.91
5962254--5962286	15	2.2	15	94	0	57	48	21	0	30	1.50

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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