genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.96.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr10 ID=Chr10-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62175169

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   

This is table  96  of  202  ( 24201 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29088589--29088633	19	2.3	21	82	17	62	17	4	0	77	0.92
29089489--29089675	100	1.9	99	86	6	270	25	16	28	30	1.96
29094200--29094224	13	1.9	13	100	0	50	40	8	8	44	1.63
29095832--29095856	11	2.3	11	100	0	50	16	0	8	76	1.02
29097002--29097050	20	2.5	20	81	15	66	57	6	24	12	1.58
29100367--29100407	11	3.6	11	90	3	55	82	4	2	9	0.89
29100367--29100396	12	2.5	12	100	0	60	86	6	0	6	0.70
29113491--29113562	25	2.8	26	83	6	103	27	23	19	29	1.98
29121725--29121997	30	9.2	30	77	8	195	40	11	24	23	1.87
29121784--29121852	27	2.5	27	84	15	88	43	11	27	17	1.83
29121725--29121997	116	2.3	117	86	3	379	40	11	24	23	1.87
29124533--29124590	20	2.9	20	77	10	64	12	29	20	37	1.89
29125302--29125341	19	2.1	19	100	0	80	35	5	27	32	1.79
29127511--29127535	6	4.2	6	100	0	50	0	32	0	68	0.90
29146156--29146219	27	2.4	27	89	0	92	39	21	15	23	1.92
29146442--29146522	26	3.1	26	89	0	117	28	22	13	35	1.92
29146630--29146694	28	2.3	28	86	0	94	24	23	21	30	1.99
29151094--29151118	7	3.6	7	100	0	50	60	0	12	28	1.32
29153711--29153744	18	1.9	18	88	5	52	38	2	0	58	1.13
29156518--29156581	27	2.4	26	79	10	67	25	18	17	39	1.92
29159142--29159166	11	2.3	11	100	0	50	48	20	16	16	1.82
29162376--29162485	24	4.6	24	82	4	105	26	7	20	45	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29162659--29162858	32	6.3	32	80	5	190	21	17	20	41	1.91
29162656--29162839	64	2.9	64	81	4	219	22	16	20	40	1.91
29162666--29162845	96	1.9	96	84	4	247	21	17	19	41	1.91
29162850--29162923	22	3.3	22	73	5	69	18	21	17	41	1.90
29165766--29165813	22	2.2	23	85	14	66	58	6	0	35	1.23
29168357--29168409	17	3.5	16	79	20	53	18	3	0	77	0.92
29168368--29168414	15	2.9	16	81	18	62	23	2	0	74	0.93
29168504--29168536	14	2.3	15	89	5	50	24	3	3	69	1.16
29168503--29168546	12	3.5	12	79	11	52	25	9	2	63	1.35
29168580--29168640	6	10.5	6	91	8	83	14	13	0	72	1.13
29170240--29170419	89	2.0	89	98	0	351	36	10	21	32	1.87
29174303--29174984	340	2.0	341	97	0	1294	38	13	15	31	1.87
29175676--29175722	23	2.0	23	92	8	78	14	12	14	57	1.66
29177873--29177915	12	3.5	12	81	6	50	27	9	2	60	1.40
29177873--29177905	13	2.6	13	85	4	50	24	6	3	66	1.28
29177950--29178010	6	9.7	6	79	10	68	13	3	6	77	1.09
29189114--29189251	42	3.2	42	78	7	136	29	21	17	31	1.96
29189132--29189258	42	3.0	42	80	8	141	30	22	17	29	1.97
29189134--29189257	44	2.9	41	83	7	149	30	22	17	29	1.97
29193930--29194002	37	1.9	38	83	2	94	32	20	2	43	1.66
29193990--29194033	23	1.9	22	82	17	54	38	22	0	38	1.55
29194218--29194390	51	3.4	49	78	5	186	31	25	18	24	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29194205--29194389	101	1.8	102	87	3	275	32	24	17	24	1.97
29196898--29197152	29	8.8	29	82	8	286	36	12	26	24	1.92
29196898--29197272	29	12.9	29	76	8	217	36	12	26	24	1.91
29202512--29202561	27	1.9	25	84	8	64	8	32	2	58	1.39
29203502--29203536	14	2.6	13	86	8	52	28	17	2	51	1.59
29203574--29203607	12	2.8	12	95	0	59	17	8	5	67	1.37
29214366--29214417	20	2.6	20	90	0	86	26	11	17	44	1.83
29219577--29219603	13	2.1	13	100	0	54	55	0	22	22	1.44
29223105--29223129	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
29234221--29234259	21	1.9	19	85	10	51	23	5	15	56	1.59
29236025--29236066	22	1.9	22	90	0	66	64	4	2	28	1.26
29236664--29236693	4	7.5	4	100	0	60	46	0	0	53	1.00
29239447--29239565	61	1.9	62	89	5	188	28	13	13	44	1.81
29241336--29241457	57	2.1	58	90	1	192	27	22	13	36	1.92
29243931--29243989	29	2.0	31	90	6	95	38	27	5	28	1.78
29245085--29245207	43	2.9	43	74	14	112	30	26	19	23	1.98
29248726--29248842	27	4.3	27	85	2	130	20	17	22	40	1.92
29248741--29248851	54	2.1	53	88	5	161	21	17	18	43	1.88
29250990--29251304	41	7.8	41	83	6	367	22	21	26	29	1.99
29250995--29251302	162	1.9	161	89	3	485	22	21	26	30	1.99
29251005--29251304	121	2.5	121	84	6	378	22	21	26	29	1.99
29251696--29251735	21	1.9	21	94	0	71	17	5	37	40	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29251724--29251775	22	2.3	23	80	9	63	19	0	38	42	1.51
29251716--29251774	7	8.1	7	75	14	57	16	1	38	42	1.59
29251744--29251772	15	1.9	15	100	0	58	13	0	41	44	1.44
29254293--29254338	21	2.2	21	92	0	74	17	8	23	50	1.74
29256264--29256291	14	2.0	14	100	0	56	28	14	7	50	1.69
29256278--29256360	43	1.9	43	85	0	112	31	10	9	48	1.70
29256764--29256969	43	4.7	43	85	1	223	27	16	25	30	1.97
29264780--29265530	376	2.0	376	92	1	1263	33	15	22	27	1.95
29266328--29266360	16	2.1	16	100	0	66	42	0	24	33	1.55
29268994--29269025	12	2.7	12	95	0	55	15	0	25	59	1.36
29274729--29275112	147	2.6	148	87	3	544	43	4	9	42	1.58
29275312--29275345	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
29281404--29281745	170	2.0	170	92	0	567	30	25	18	25	1.98
29282794--29282818	13	1.9	13	100	0	50	32	24	12	32	1.91
29286641--29286716	37	2.1	37	94	0	134	48	7	7	35	1.61
29287167--29287229	32	1.9	33	87	6	92	49	7	3	39	1.48
29287167--29287236	33	2.1	34	84	7	90	47	8	4	40	1.54
29298539--29298578	19	2.1	19	85	0	53	10	27	35	27	1.89
29298910--29299010	25	4.1	25	92	1	159	24	4	27	42	1.75
29299141--29299194	26	2.1	26	96	0	99	14	22	27	35	1.93
29299151--29299206	26	2.2	26	86	0	76	12	23	32	32	1.92
29299275--29299409	64	2.1	63	84	2	182	20	22	23	33	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29299195--29299409	32	6.8	32	73	5	141	21	22	22	33	1.97
29299431--29299485	22	2.5	22	76	5	58	20	21	16	41	1.90
29301027--29301078	15	3.6	14	75	17	52	17	5	3	73	1.19
29303483--29303507	8	3.1	8	100	0	50	76	0	0	24	0.80
29314400--29314634	51	4.7	50	81	6	197	27	18	24	29	1.98
29314400--29314675	101	2.7	102	81	6	310	28	16	24	30	1.97
29316803--29316852	21	2.4	20	80	9	55	22	0	4	74	0.99
29316877--29316917	19	2.4	16	84	15	55	34	0	2	63	1.08
29316858--29316924	28	2.5	25	77	13	71	34	1	4	59	1.26
29319511--29319592	42	2.0	42	87	4	121	31	24	13	30	1.93
29322114--29322157	23	1.9	22	82	17	54	36	25	0	38	1.56
29324905--29324934	8	3.6	8	95	4	51	23	10	0	66	1.21
29331818--29331858	18	2.3	18	95	4	75	39	24	24	12	1.89
29335276--29335340	25	2.6	25	90	0	103	32	20	20	27	1.97
29335333--29335389	25	2.3	25	87	6	80	31	24	21	22	1.98
29345676--29345719	19	2.3	19	84	4	52	2	11	9	77	1.08
29353466--29353636	85	2.0	85	91	0	279	39	17	15	27	1.89
29363292--29363354	25	2.6	25	94	2	110	19	28	11	41	1.85
29380243--29380267	7	3.6	7	100	0	50	0	12	0	88	0.53
29380243--29380276	14	2.4	14	90	5	50	2	11	2	82	0.89
29382859--29383483	27	23.3	27	82	5	658	43	19	18	17	1.88
29390839--29391049	53	3.9	53	89	1	305	42	19	20	17	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29390839--29391049	27	7.9	27	87	4	293	42	19	20	17	1.89
29400052--29400109	25	2.3	25	85	5	82	34	25	17	22	1.96
29406892--29407860	484	2.0	483	91	1	1564	25	19	18	35	1.95
29409667--29409786	50	2.4	50	82	0	132	28	25	20	25	1.99
29421744--29421777	15	2.3	15	94	0	59	64	17	0	17	1.29
29423194--29423225	4	8.0	4	92	0	55	71	0	0	28	0.86
29433309--29433664	27	13.3	27	84	4	461	44	20	19	16	1.87
29443750--29443783	15	2.3	15	94	0	59	38	35	11	14	1.83
29447795--29447852	25	2.3	25	85	5	82	34	25	17	22	1.96
29469196--29469751	27	20.6	27	81	2	555	42	21	17	18	1.89

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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