genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.77.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr10 ID=Chr10-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62175169

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   

This is table  77  of  202  ( 24201 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22813480--22813539	26	2.3	26	88	2	86	38	0	1	60	1.07
22817419--22817519	52	1.9	52	90	4	159	32	20	19	26	1.97
22828071--22828139	27	2.6	27	93	4	113	40	10	1	47	1.46
22828196--22828262	27	2.5	27	90	0	98	19	28	35	16	1.93
22828309--22828386	18	4.5	17	78	15	72	66	0	33	0	0.92
22828311--22828382	10	6.6	10	73	17	54	68	0	31	0	0.90
22828311--22828393	24	3.6	23	73	12	71	67	0	32	0	0.91
22828314--22828387	14	5.1	13	71	25	51	68	0	31	0	0.89
22828314--22828393	34	2.8	28	75	24	85	67	0	32	0	0.91
22828329--22828487	38	4.3	36	79	12	137	66	0	31	1	1.02
22828331--22828455	10	12.7	10	69	14	64	66	0	31	2	1.05
22828345--22828393	18	2.6	19	75	18	57	65	0	34	0	0.93
22829172--22829213	20	2.2	19	86	4	57	23	0	4	71	1.05
22829296--22829330	9	3.8	9	88	3	52	85	8	2	2	0.79
22830629--22830665	17	2.2	17	100	0	74	29	16	8	45	1.76
22831622--22831650	14	2.1	14	100	0	58	37	6	0	55	1.27
22835137--22835188	27	1.9	27	96	0	95	19	36	26	17	1.94
22835246--22835288	1	43.0	1	80	0	50	0	2	6	90	0.52
22835246--22835288	20	2.2	20	91	4	70	0	2	6	90	0.52
22835245--22835289	16	2.8	16	89	0	72	0	2	11	86	0.65
22835290--22835354	27	2.3	29	92	7	109	49	0	9	41	1.35
22841693--22841776	42	2.0	42	90	2	134	30	11	10	46	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22844779--22844932	76	2.1	74	81	4	175	44	7	5	42	1.56
22857098--22857125	3	9.3	3	100	0	56	32	0	0	67	0.91
22857844--22857900	12	4.6	12	86	4	78	0	57	0	42	0.98
22857844--22857900	6	9.2	6	86	1	69	0	57	0	42	0.98
22858200--22858225	11	2.4	11	100	0	52	23	0	15	61	1.33
22860515--22860553	20	2.0	20	94	0	69	48	0	2	48	1.15
22860636--22860712	14	5.0	15	71	20	52	42	15	9	32	1.78
22860652--22860691	20	2.0	20	90	0	62	50	12	10	27	1.72
22860640--22860706	34	1.9	35	90	3	109	46	13	8	31	1.74
22860675--22860714	14	2.9	14	84	0	53	42	17	7	32	1.77
22860989--22861039	23	2.2	23	86	6	68	47	5	0	47	1.26
22861054--22861092	20	2.0	20	90	5	62	46	2	0	51	1.14
22861206--22861255	22	2.3	21	80	6	55	44	0	2	54	1.11
22861641--22861685	21	2.3	19	84	7	54	40	2	0	57	1.11
22863056--22863092	14	2.6	14	100	0	74	54	13	8	24	1.66
22867178--22867341	29	5.9	29	68	19	109	32	15	23	28	1.95
22867178--22867341	83	2.0	84	87	3	242	32	15	23	28	1.95
22868389--22868415	4	6.8	4	100	0	54	48	0	0	51	1.00
22872599--22872652	22	2.5	22	84	0	63	16	11	20	51	1.74
22877863--22877925	27	2.3	27	75	0	72	26	22	14	36	1.92
22880182--22880239	24	2.5	24	91	2	91	13	20	27	37	1.91
22889497--22889608	55	2.0	55	94	0	197	45	12	7	34	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22890412--22890507	49	2.0	48	82	10	115	19	27	19	33	1.96
22890445--22890512	25	2.8	25	77	2	75	19	26	20	33	1.96
22894531--22894583	16	3.3	16	72	0	61	58	7	16	16	1.60
22906991--22907057	29	2.3	30	89	7	102	58	10	2	28	1.46
22907863--22907887	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
22910736--22910760	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
22911576--22911742	86	2.0	85	83	3	210	34	17	10	37	1.84
22922289--22922356	26	2.7	25	91	8	111	44	10	0	45	1.38
22922415--22922457	18	2.4	18	100	0	86	23	27	32	16	1.96
22922526--22922682	4	37.8	4	73	18	94	68	0	29	1	0.97
22922517--22922706	23	8.1	23	70	21	101	66	0	32	1	0.98
22922530--22922662	18	7.8	16	76	18	101	67	0	30	1	1.00
22922567--22922682	5	22.2	5	68	18	51	71	0	27	0	0.92
22922530--22922677	38	3.8	37	77	17	140	68	0	30	1	0.98
22922594--22922709	38	3.3	33	75	19	101	70	0	29	0	0.87
22922549--22922707	83	1.9	85	84	7	218	69	0	29	1	0.97
22929273--22929311	20	2.0	21	85	10	55	66	10	0	23	1.22
22929444--22929520	27	2.9	27	86	7	95	20	29	25	23	1.99
22929579--22929623	22	2.0	22	100	0	90	55	0	8	35	1.31
22935472--22935507	17	2.1	17	89	5	54	41	0	0	58	0.98
22942087--22942128	21	2.0	22	90	4	68	54	4	0	40	1.21
22942145--22942210	19	3.6	17	75	20	62	46	0	0	53	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22942146--22942217	36	1.9	38	86	5	103	48	0	0	51	1.00
22942539--22942576	18	2.2	18	90	4	60	50	0	5	44	1.24
22943139--22943199	22	2.7	22	87	2	77	49	1	1	47	1.21
22943175--22943214	16	2.5	16	91	0	62	47	2	7	42	1.45
22943225--22943394	59	2.9	59	98	0	322	40	5	9	44	1.59
22943459--22943510	23	2.3	23	81	18	65	59	1	0	38	1.08
22943461--22943509	24	2.1	22	85	14	64	63	2	0	34	1.06
22947205--22947252	25	2.0	25	88	12	73	54	2	0	43	1.12
22948798--22948843	20	2.3	21	77	11	51	2	8	21	67	1.29
22952385--22952428	20	2.1	21	83	4	54	59	0	36	4	1.18
22966797--22966838	21	2.0	21	90	9	68	61	4	9	23	1.45
22967748--22967817	33	2.1	33	91	0	113	17	10	31	41	1.82
22967763--22967832	33	2.1	33	83	0	86	21	10	32	35	1.87
22968286--22968319	10	3.3	10	84	8	50	52	5	29	11	1.61
22969513--22969550	13	2.9	13	100	0	76	13	31	31	23	1.93
22971368--22971403	11	3.2	11	88	7	54	69	8	11	11	1.37
22971898--22971940	22	2.0	22	100	0	86	37	13	25	23	1.92
22996266--22996303	20	2.0	21	85	15	55	60	0	0	39	0.97
23002864--23002951	6	14.3	6	87	9	115	79	5	1	13	0.96
23004640--23004684	5	9.4	5	77	18	51	75	2	0	22	0.91
23004633--23004686	18	3.2	16	82	15	65	74	1	1	22	1.02
23004640--23004686	8	5.6	9	80	19	57	74	2	0	23	0.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23004633--23004684	23	2.3	22	84	15	70	75	1	1	21	1.00
23011385--23011426	12	3.6	12	80	6	50	73	4	0	21	1.01
23011385--23011429	17	2.6	17	82	13	56	75	4	0	20	0.97
23012970--23013006	19	1.9	19	94	0	65	40	21	18	18	1.91
23014344--23014373	5	6.2	5	92	7	53	0	23	0	76	0.78
23015398--23015426	2	14.5	2	100	0	58	51	48	0	0	1.00
23015773--23015810	11	3.3	12	78	14	53	23	26	5	44	1.74
23015774--23015823	22	2.3	22	86	6	66	22	24	8	46	1.78
23022752--23022785	17	2.0	17	88	0	50	38	2	0	58	1.13
23026556--23026580	6	4.2	6	100	0	50	52	16	0	32	1.44
23028899--23028932	17	2.0	17	88	0	50	50	11	20	17	1.77
23029730--23029844	41	2.8	41	83	0	131	25	19	26	28	1.98
23030147--23030173	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
23034755--23034823	34	2.0	34	100	0	138	40	11	23	24	1.88
23036481--23036514	17	2.0	17	88	0	50	50	11	20	17	1.77
23040854--23041075	109	2.0	108	95	0	399	34	17	29	18	1.94
23044557--23044798	50	4.8	50	85	1	324	20	30	22	26	1.98
23050897--23050926	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
23051433--23051568	41	3.3	41	88	0	200	29	21	15	33	1.94
23058811--23058848	18	2.2	18	85	4	51	15	2	10	71	1.25
23063559--23063620	28	2.3	27	86	8	81	30	25	22	20	1.98
23063710--23063816	26	4.1	26	83	4	135	35	23	19	21	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23066245--23066284	18	2.2	18	86	0	53	20	17	17	45	1.86
23066238--23066290	12	4.4	12	75	0	52	18	16	18	45	1.86
23070260--23070307	20	2.4	20	92	0	78	8	20	33	37	1.83
23076685--23076733	22	2.2	22	78	7	55	48	18	14	18	1.80
23076725--23076894	32	5.4	32	77	4	157	37	20	21	20	1.95
23076938--23077001	27	2.4	27	84	7	78	32	20	23	23	1.98
23077169--23077292	27	4.7	27	85	4	137	25	22	17	34	1.96
23079528--23079575	20	2.4	21	89	6	73	22	0	0	77	0.78
23079531--23079575	16	2.8	17	90	6	67	22	0	0	77	0.76
23079527--23079572	23	2.0	24	91	4	76	21	0	0	78	0.76

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