genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.3.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr10 ID=Chr10-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62175169

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  3  of  202  ( 24201 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
817390--817435	23	2.0	23	83	8	58	28	2	0	69	1.00
817419--817471	9	5.8	9	75	4	52	20	0	0	79	0.74
817401--817461	28	2.2	28	94	5	106	22	1	0	75	0.89
817395--817469	28	2.7	29	88	10	104	24	1	0	74	0.89
817426--817471	19	2.4	18	86	10	65	23	0	0	76	0.79
818423--818477	28	1.9	29	82	10	69	56	1	1	40	1.21
824933--824973	17	2.4	17	95	4	73	29	17	14	39	1.89
826703--826727	1	25.0	1	100	0	50	0	0	0	100	0.00
828169--828210	20	2.1	20	90	0	66	45	16	4	33	1.69
828189--828261	30	2.4	30	80	8	87	36	10	9	42	1.73
830061--830147	20	4.3	20	69	16	54	27	2	6	63	1.32
833878--833922	22	2.0	22	95	0	81	35	22	8	33	1.85
835502--835539	17	2.3	17	86	13	53	71	2	0	26	1.00
835502--835539	16	2.3	16	86	13	51	71	2	0	26	1.00
842490--842518	3	9.7	3	100	0	58	0	0	65	34	0.93
847701--847747	24	2.0	24	91	0	76	36	19	23	21	1.95
850127--850175	24	2.0	24	92	0	80	32	6	10	51	1.61
854277--854320	23	1.9	23	86	9	63	47	11	0	40	1.39
856718--856756	21	2.0	21	85	10	55	33	0	12	53	1.39
859358--859421	30	2.1	30	97	0	119	9	39	9	42	1.70
859812--859837	5	5.2	5	100	0	52	0	0	57	42	0.98
860249--860292	18	2.4	19	81	14	56	22	4	11	61	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
860344--860375	5	6.2	5	96	3	55	37	3	0	59	1.13
862652--862700	22	2.3	21	82	10	55	67	14	2	16	1.33
863329--863831	215	2.3	215	88	0	720	31	14	23	31	1.94
868080--868104	12	2.1	12	100	0	50	24	32	0	44	1.54
870277--870346	31	2.3	31	84	0	95	42	10	11	35	1.74
872631--872690	2	30.5	2	93	3	104	51	0	0	48	1.00
877608--877661	29	1.9	27	88	7	81	59	5	12	22	1.54
878683--878746	31	2.1	31	82	5	76	31	12	17	39	1.87
879380--879406	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
879727--879759	17	1.9	17	88	11	50	66	3	9	21	1.33
883792--883889	40	2.4	40	89	5	144	47	13	16	22	1.81
896160--896257	49	2.0	48	96	2	178	14	11	19	55	1.69
897197--897280	40	2.1	40	97	0	159	48	10	8	32	1.68
897751--897810	31	2.0	30	83	3	75	45	10	5	40	1.60
898270--898346	30	2.4	33	85	6	106	33	14	10	41	1.80
899055--899095	18	2.2	19	86	4	57	24	0	4	70	1.06
901863--901912	24	2.1	24	92	0	82	48	6	10	36	1.61
902707--902748	22	2.0	21	90	4	66	50	2	0	47	1.14
903519--903559	15	2.7	15	92	0	64	68	0	29	2	1.03
921325--921357	11	2.8	12	86	9	50	45	0	0	54	0.99
924130--924166	2	18.5	2	100	0	74	51	0	0	48	1.00
925958--926028	31	2.2	32	82	5	90	49	11	7	32	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
927320--927382	31	2.0	31	84	3	81	46	15	9	28	1.78
929631--929691	4	15.0	4	77	19	56	0	22	3	73	0.97
929620--929693	24	3.0	24	86	9	96	0	25	2	71	0.99
932562--932593	12	2.8	12	90	9	50	50	0	6	43	1.27
932571--932682	31	3.7	30	73	13	97	41	6	12	39	1.68
938397--938446	3	16.7	3	100	0	100	34	0	0	66	0.92
940859--940889	16	1.9	16	93	0	53	54	3	6	35	1.42
949567--949608	2	21.0	2	95	0	75	47	0	2	50	1.14
953009--953370	124	2.9	122	81	4	399	38	17	13	30	1.89
953536--953564	8	3.6	8	100	0	58	37	24	0	37	1.56
953528--953574	16	2.9	16	81	12	60	38	25	2	34	1.68
953405--953715	168	1.9	165	87	2	460	40	19	9	30	1.84
953813--953857	4	11.2	4	100	0	90	51	24	0	24	1.49
953696--953968	143	1.9	141	82	8	340	42	17	9	30	1.81
955023--955059	20	2.0	20	84	10	51	40	2	2	54	1.29
959119--959162	16	2.9	15	83	6	54	38	0	2	59	1.10
959512--959750	68	3.4	67	73	10	178	44	11	11	32	1.76
960430--960475	25	2.0	25	84	16	64	82	6	10	0	0.83
962472--962512	20	2.0	22	90	9	68	41	0	7	51	1.30
964966--965006	20	2.0	20	90	9	66	12	9	4	73	1.24
968201--968300	49	2.0	49	98	0	191	31	12	12	45	1.78
973817--973885	33	2.1	33	86	2	95	59	5	8	26	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
974879--974920	21	2.0	21	100	0	84	38	19	14	28	1.90
979296--979344	16	3.1	16	79	5	55	51	22	8	18	1.72
982791--982830	19	2.1	19	95	0	71	40	2	0	57	1.12
983591--983786	84	2.3	84	83	0	230	34	9	19	36	1.84
994223--994255	8	4.2	8	92	3	50	12	0	6	81	0.85
995100--995126	2	13.5	2	100	0	54	0	0	48	51	1.00
997900--997941	2	21.0	2	100	0	84	50	0	0	50	1.00
998267--998291	2	12.5	2	100	0	50	0	48	0	52	1.00
1002924--1002954	3	10.3	3	100	0	62	67	0	0	32	0.91
1022025--1022204	49	3.7	48	79	8	213	26	19	32	21	1.97
1022025--1022215	50	3.9	49	80	6	219	26	20	31	20	1.97
1023813--1023843	15	2.1	15	93	0	53	51	6	6	35	1.53
1024977--1025039	27	2.2	29	77	5	76	33	3	0	63	1.10
1037581--1037610	7	4.3	7	100	0	60	73	0	0	26	0.84
1037591--1037626	19	1.9	18	88	5	54	63	0	0	36	0.94
1042694--1042732	18	2.1	19	85	4	53	58	2	0	38	1.12
1044228--1044410	91	2.0	91	91	0	294	37	15	18	28	1.91
1049566--1049645	39	2.1	39	85	0	106	50	13	15	21	1.78
1052656--1052716	29	2.1	29	82	11	72	40	8	4	45	1.55
1059760--1059802	22	2.0	22	86	9	61	58	6	11	23	1.57
1059812--1059856	22	2.0	22	86	4	63	77	11	4	6	1.09
1060924--1060969	23	2.0	24	86	4	67	63	6	6	23	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1064755--1064797	19	2.3	20	80	11	56	16	4	13	65	1.43
1068769--1068824	24	2.3	25	81	9	71	35	0	1	62	1.06
1070142--1070209	30	2.4	28	84	13	95	64	0	1	33	1.02
1073258--1073331	29	2.6	27	83	10	94	13	25	35	25	1.93
1073279--1073341	29	2.2	29	91	0	99	11	25	38	25	1.89
1087377--1087408	14	2.3	14	100	0	64	31	46	15	6	1.71
1088045--1088100	20	2.8	20	81	5	69	51	7	1	39	1.40
1088164--1088213	20	2.5	21	81	12	61	34	2	16	48	1.57
1088164--1088207	19	2.2	20	84	12	54	36	2	13	47	1.56
1095845--1095940	41	2.3	41	87	0	129	36	26	18	18	1.94
1106058--1106093	18	2.0	18	88	0	54	38	27	0	33	1.57
1107439--1107482	2	22.0	2	100	0	88	50	0	0	50	1.00
1107528--1107571	23	2.0	23	81	4	54	29	11	4	54	1.56
1116322--1116353	16	1.9	17	93	6	57	75	3	18	3	1.08
1120617--1120720	50	2.1	50	98	0	199	37	15	11	35	1.84
1122309--1122633	162	2.0	162	90	2	510	29	17	9	43	1.80
1122734--1122779	23	2.0	23	83	8	58	43	8	6	41	1.61
1124185--1124218	13	2.6	13	86	13	52	73	5	5	14	1.21
1124186--1124217	12	2.6	12	95	5	55	71	6	6	15	1.26
1125020--1125067	3	16.0	3	82	0	60	29	4	4	62	1.32
1126321--1126359	19	2.1	19	95	0	69	38	15	5	41	1.69
1128319--1128371	16	3.3	15	75	12	52	3	30	0	66	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1133810--1134127	169	1.9	169	80	3	381	32	17	21	28	1.96
1135900--1135944	18	2.4	18	82	13	56	44	0	4	51	1.21
1137029--1137081	18	3.0	17	80	20	56	54	0	0	45	0.99
1139232--1139335	50	2.1	50	98	0	199	37	16	11	34	1.85
1140886--1140947	33	1.9	32	90	6	99	24	17	6	51	1.69
1141684--1141733	21	2.4	22	83	6	59	16	8	18	58	1.62
1141750--1141782	15	2.1	16	88	5	50	42	0	0	57	0.98
1142298--1142336	19	2.1	19	95	0	69	35	17	0	46	1.49
1143546--1143675	46	2.8	45	85	5	172	29	24	10	35	1.89
1159803--1159859	18	3.2	17	78	7	60	40	3	5	50	1.42

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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