genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.83.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr10 ID=Chr10-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62175169

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   

This is table  83  of  202  ( 24201 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24476124--24476195	32	2.2	32	85	4	92	16	45	20	16	1.85
24484993--24485030	16	2.3	17	86	4	51	36	0	2	60	1.11
24485073--24485128	27	2.1	27	82	0	67	32	1	5	60	1.29
24491534--24491566	10	3.4	10	87	8	50	48	0	0	51	1.00
24493344--24493421	36	2.1	36	85	2	102	11	33	0	55	1.36
24507508--24507540	16	2.1	16	94	5	59	27	0	42	30	1.56
24514634--24514658	10	2.5	10	100	0	50	8	0	0	92	0.40
24515049--24515116	3	23.3	3	72	11	52	32	7	1	58	1.34
24519069--24519108	20	2.0	20	100	0	80	35	25	10	30	1.88
24525699--24526109	44	9.3	43	81	5	426	29	16	24	29	1.97
24525699--24526109	89	4.6	89	89	1	531	29	16	24	29	1.97
24525723--24526109	133	2.9	132	86	3	517	30	16	24	28	1.96
24525723--24526137	222	1.9	222	90	2	672	31	16	24	27	1.96
24526146--24526304	44	3.6	44	77	16	141	32	20	19	27	1.97
24527529--24527596	3	23.3	3	72	11	52	32	7	1	58	1.34
24527802--24527832	13	2.3	14	94	5	55	38	0	0	61	0.96
24527852--24527878	6	4.5	6	100	0	54	51	14	0	33	1.43
24530272--24530312	20	2.0	20	90	9	66	14	14	4	65	1.42
24531644--24531668	13	1.9	13	100	0	50	12	24	8	56	1.62
24532540--24532886	44	7.9	44	65	15	171	29	18	24	27	1.98
24532627--24532928	44	6.9	45	67	15	141	28	18	24	28	1.98
24532467--24532952	132	3.7	132	93	0	785	28	18	24	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24536684--24536736	21	2.5	20	77	17	54	20	7	3	67	1.31
24543861--24543964	51	2.0	51	90	0	163	47	11	14	26	1.78
24546993--24547039	21	2.3	21	88	3	69	40	10	4	44	1.59
24548543--24548615	23	3.2	23	76	7	76	26	13	30	30	1.94
24559264--24559425	70	2.3	70	77	10	188	27	35	19	17	1.94
24559363--24559454	29	3.2	28	83	6	96	27	39	19	14	1.90
24560364--24560403	20	2.0	20	100	0	80	55	10	10	25	1.64
24563128--24563262	63	2.1	64	82	9	161	22	24	28	25	1.99
24568744--24568925	87	2.1	87	95	0	328	24	19	19	36	1.95
24580242--24580291	8	6.4	8	74	21	52	0	24	2	74	0.93
24588196--24588240	23	2.0	23	86	8	65	24	22	0	53	1.46
24589621--24589661	2	20.5	2	100	0	82	48	0	51	0	1.00
24590995--24591089	29	3.3	28	72	10	75	22	33	23	21	1.97
24591594--24591644	24	2.1	24	85	7	68	80	3	9	5	1.01
24593071--24593181	47	2.4	47	80	3	134	40	22	17	19	1.91
24593174--24593224	22	2.3	22	100	0	102	41	25	11	21	1.87
24596486--24596535	6	8.2	6	86	8	66	60	36	0	4	1.16
24597330--24597410	41	2.0	41	80	9	94	24	37	22	16	1.93
24597388--24597455	29	2.3	29	82	5	84	23	32	25	19	1.97
24599014--24599083	21	3.5	19	78	9	61	35	10	10	44	1.72
24606457--24606487	10	3.0	10	90	9	53	12	9	29	48	1.73
24609132--24609156	11	2.3	11	100	0	50	16	24	0	60	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24612321--24612354	14	2.4	14	90	0	50	41	5	0	52	1.25
24612805--24612842	19	2.0	19	85	10	51	21	42	0	36	1.53
24618966--24619011	3	15.3	3	100	0	92	67	0	0	32	0.91
24620620--24620687	34	2.0	34	91	0	109	17	5	45	30	1.72
24623732--24623793	31	2.0	31	87	0	88	17	17	41	22	1.90
24626268--24626324	25	2.1	27	81	9	64	54	5	1	38	1.33
24627309--24627342	2	17.5	2	93	6	61	50	0	0	50	1.00
24627633--24627673	15	2.6	16	84	7	57	46	4	0	48	1.23
24630656--24630686	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
24635743--24636002	122	2.1	121	79	4	263	31	25	15	28	1.96
24642592--24642813	122	1.8	122	81	3	277	29	25	16	28	1.97
24648524--24648583	26	2.3	26	88	2	84	40	8	13	38	1.75
24648661--24648704	19	2.4	18	81	7	54	59	2	9	29	1.41
24652509--24652688	42	4.3	42	86	0	243	36	23	19	20	1.95
24662448--24662472	11	2.3	11	100	0	50	40	16	12	32	1.84
24663181--24663351	43	4.0	43	72	11	136	23	18	25	33	1.97
24669048--24669097	20	2.3	20	80	10	55	56	12	6	26	1.58
24669630--24669677	25	2.0	24	84	12	62	37	18	2	41	1.63
24670156--24670217	27	2.2	28	97	2	117	41	8	11	38	1.70
24671195--24671293	51	1.9	52	87	8	148	47	13	3	36	1.58
24671476--24671769	157	1.9	158	89	0	455	40	9	4	45	1.57
24678486--24678520	18	2.0	18	94	5	63	11	25	45	17	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24695031--24695059	15	1.9	15	100	0	58	24	34	20	20	1.97
24703644--24703860	27	8.0	27	80	0	182	27	23	15	33	1.95
24703635--24703853	81	2.7	81	79	0	213	27	23	15	34	1.94
24703651--24703860	54	3.9	54	78	0	204	26	24	15	33	1.95
24711090--24711129	16	2.5	15	88	4	53	25	0	27	47	1.52
24711073--24711424	156	2.3	155	88	1	533	31	5	20	42	1.74
24712988--24713021	17	2.0	17	88	11	52	23	41	0	35	1.55
24713447--24713501	21	2.6	21	97	0	101	65	0	9	25	1.22
24714440--24714476	17	2.2	17	90	0	56	81	2	0	16	0.81
24725779--24725853	29	2.6	29	84	0	96	30	22	13	33	1.92
24727918--24728029	61	1.9	58	87	5	161	50	4	5	40	1.45
24728003--24728076	17	4.5	17	70	16	66	54	1	4	40	1.28
24731236--24731429	68	2.8	69	80	6	198	34	15	25	25	1.95
24731312--24731446	68	2.0	68	83	2	173	37	14	23	25	1.92
24735815--24735860	17	2.7	17	82	0	56	73	4	4	17	1.15
24737154--24737200	15	2.9	16	76	23	53	23	21	2	53	1.57
24748283--24748324	21	2.0	21	86	4	59	38	0	4	57	1.20
24748316--24748361	20	2.2	20	84	7	56	39	0	8	52	1.33
24751615--24751703	45	2.0	45	86	0	124	32	21	19	26	1.97
24751715--24751845	50	2.6	50	86	3	174	32	27	16	23	1.96
24762312--24762353	21	2.0	21	81	9	50	42	2	11	42	1.54
24777159--24778147	327	3.0	328	91	1	1583	35	16	23	24	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24782229--24782376	40	3.6	39	77	11	145	28	18	20	32	1.96
24782201--24782561	84	4.2	84	77	10	390	30	18	22	28	1.97
24782201--24782602	44	9.4	44	72	10	253	30	18	22	28	1.98
24782358--24782652	45	6.7	44	76	6	192	30	22	22	25	1.99
24782277--24782604	173	1.9	173	90	2	525	30	19	21	28	1.98
24782529--24782692	90	1.8	89	85	1	229	29	22	23	24	1.99
24790729--24790782	25	2.1	25	86	10	74	33	3	1	61	1.25
24791680--24791757	3	26.0	3	94	0	138	66	0	33	0	0.92
24793057--24793099	5	8.4	5	82	5	50	79	0	18	2	0.85
24802480--24802512	16	2.1	16	88	5	50	21	15	6	57	1.59
24802743--24802929	51	3.7	50	78	7	198	31	26	17	25	1.97
24802735--24802925	102	1.9	102	86	3	269	31	25	17	25	1.97
24803152--24803183	16	2.0	16	93	0	55	37	15	6	40	1.73
24820714--24820766	27	2.0	26	92	3	88	13	22	33	30	1.92
24820636--24821006	104	3.6	103	94	1	609	19	20	29	30	1.97
24832273--24832365	46	2.0	46	97	0	177	33	13	10	41	1.80
24832980--24833073	20	4.4	22	74	12	79	44	25	14	14	1.84
24834019--24834264	115	2.2	111	92	2	402	33	17	11	36	1.87
24836124--24836227	52	2.0	52	96	0	190	30	16	16	36	1.91
24840623--24840926	27	11.2	27	84	3	387	19	18	21	41	1.91
24857376--24857464	29	3.1	29	98	0	169	28	21	17	32	1.96
24860743--24860803	23	2.7	23	86	0	86	34	16	11	37	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24866214--24866512	50	5.8	50	85	2	364	26	20	30	22	1.98
24882135--24882211	22	3.5	22	87	0	109	27	15	27	29	1.96
24885156--24885250	23	4.1	23	86	0	136	11	17	25	45	1.82
24885156--24885250	46	2.1	46	93	0	163	11	17	25	45	1.82
24897072--24897099	14	2.0	14	100	0	56	57	0	7	35	1.26
24899296--24899347	15	3.2	15	73	19	50	44	0	1	53	1.11
24906996--24907025	14	2.1	14	100	0	60	36	6	43	13	1.70
24907416--24907467	27	2.0	26	92	3	86	34	3	23	38	1.73
24907710--24907761	22	2.4	22	83	0	68	36	17	32	13	1.89
24907833--24907888	29	1.9	29	82	7	69	39	17	8	33	1.81

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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