genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.89.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr10 ID=Chr10-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62175169

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   

This is table  89  of  202  ( 24201 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26670681--26670913	69	3.4	68	88	3	351	19	23	17	39	1.92
26670681--26670927	137	1.8	137	90	1	406	19	23	17	39	1.92
26674771--26674801	15	2.1	15	100	0	62	25	12	6	54	1.62
26677524--26677555	15	2.1	15	94	0	55	15	9	6	68	1.36
26684961--26684998	9	4.1	9	86	6	58	73	0	2	23	0.95
26687415--26687493	36	2.2	36	97	0	149	35	17	13	32	1.90
26689161--26689197	19	1.9	19	94	0	65	37	0	5	56	1.22
26691685--26691710	5	5.2	5	100	0	52	42	19	19	19	1.90
26692463--26692522	30	2.0	30	83	3	75	43	0	35	21	1.53
26692737--26692773	9	4.1	9	92	0	65	29	10	13	45	1.77
26692826--26692856	9	3.4	9	90	0	53	38	22	12	25	1.90
26693249--26693288	13	2.8	14	85	14	55	52	0	0	47	1.00
26693390--26693437	11	4.3	11	78	5	51	52	0	0	47	1.00
26702909--26703038	66	2.0	66	93	0	224	23	22	16	37	1.94
26706857--26707049	67	3.0	64	69	20	161	40	4	5	49	1.46
26718545--26718580	18	2.0	18	94	0	63	13	38	30	16	1.88
26718489--26718673	92	2.0	93	87	3	266	28	31	21	18	1.97
26723270--26723310	19	2.0	20	86	9	57	53	4	0	41	1.22
26723270--26723315	21	2.2	20	85	14	58	54	4	0	41	1.20
26733161--26733219	9	6.6	9	74	25	54	52	0	3	44	1.17
26733340--26733407	23	3.0	23	95	0	118	45	5	2	45	1.42
26733484--26733569	43	2.0	43	95	0	154	47	10	12	29	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26733929--26733980	22	2.4	22	100	0	104	48	17	0	34	1.48
26735852--26735894	22	2.0	22	85	0	59	60	2	6	30	1.35
26741513--26741934	125	3.4	125	85	1	585	29	18	22	30	1.97
26747508--26747579	22	3.2	21	85	14	92	45	1	31	20	1.60
26747517--26747578	11	5.6	11	92	3	99	43	1	33	20	1.62
26750377--26750578	98	2.1	98	100	0	404	28	14	18	37	1.91
26752615--26752655	18	2.3	19	83	12	59	24	9	0	65	1.22
26752678--26752785	3	36.0	3	88	0	99	34	9	0	55	1.38
26757661--26757694	16	2.1	16	100	0	68	23	0	0	76	0.79
26757922--26757984	30	2.2	28	83	8	74	42	4	4	47	1.45
26758901--26758993	44	2.1	44	88	6	134	35	26	5	32	1.79
26758975--26759030	16	3.5	16	85	9	87	30	28	5	35	1.80
26759736--26759789	6	8.7	6	89	6	65	77	0	0	22	0.76
26763922--26763992	2	35.5	2	85	0	97	49	5	1	43	1.35
26765046--26765101	22	2.5	22	85	0	67	16	8	55	19	1.67
26767780--26767817	19	2.0	19	85	10	51	21	42	0	36	1.53
26782065--26782110	23	2.0	23	95	0	83	50	26	10	13	1.74
26790118--26790165	15	3.2	14	77	13	51	52	2	2	43	1.24
26790215--26790272	21	2.7	21	78	7	55	48	0	3	48	1.18
26793083--26793289	27	7.7	27	91	0	288	38	19	18	23	1.93
26794540--26795142	309	2.0	309	95	0	1089	34	9	16	38	1.82
26796578--26797125	69	7.9	69	76	6	376	33	25	21	19	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26796576--26797125	138	4.0	138	78	2	523	33	25	21	19	1.97
26796615--26797142	207	2.6	207	82	1	601	33	25	21	18	1.96
26800965--26801006	10	4.2	10	81	9	50	21	2	0	76	0.90
26815584--26815617	15	2.2	16	89	5	52	61	5	5	26	1.42
26828482--26828537	22	2.4	23	76	5	60	35	3	7	53	1.46
26828939--26828991	25	2.0	27	85	7	74	66	0	0	33	0.92
26828964--26828998	18	2.0	17	88	5	52	60	0	0	40	0.97
26829115--26829185	35	2.1	34	84	7	90	53	2	1	42	1.24
26832328--26832434	25	4.3	25	81	2	117	37	16	21	24	1.94
26838038--26838082	19	2.3	19	84	3	54	51	8	4	35	1.54
26839519--26839611	25	3.7	25	88	2	125	32	20	24	22	1.98
26842380--26842409	15	1.9	16	93	6	53	66	0	0	33	0.92
26842373--26842447	37	1.9	39	84	12	102	58	0	1	40	1.06
26842668--26842785	59	2.0	59	96	0	218	34	11	6	46	1.67
26845799--26846373	294	2.0	289	90	3	902	31	13	21	33	1.92
26856568--26856669	48	2.1	49	81	7	118	26	22	33	17	1.96
26856913--26856951	20	2.0	20	90	10	62	56	5	23	15	1.59
26862122--26862284	45	3.6	45	80	3	193	35	25	14	23	1.94
26868570--26868860	49	5.8	49	80	5	181	29	20	24	24	1.99
26868682--26868860	49	3.6	49	86	2	216	32	19	24	23	1.97
26869063--26869101	20	2.0	20	90	10	62	56	5	23	15	1.59
26872582--26872611	14	2.1	14	93	0	51	30	6	13	50	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26875179--26875220	21	2.0	21	95	0	75	28	7	33	30	1.84
26894759--26894788	15	1.9	16	93	6	53	66	0	23	10	1.21
26895724--26895788	20	3.0	21	75	6	69	36	0	7	55	1.29
26898911--26898937	12	2.2	12	100	0	54	62	7	22	7	1.46
26923860--26923904	20	2.3	20	82	14	58	4	26	0	68	1.08
26927568--26927601	17	1.9	18	94	5	61	38	14	5	41	1.70
26928923--26928966	17	2.6	17	88	0	70	59	2	9	29	1.41
26929906--26929950	18	2.5	18	85	0	63	68	4	20	6	1.29
26931799--26931832	17	1.9	18	94	5	61	38	14	5	41	1.70
26934502--26936937	829	2.9	826	88	3	3621	25	10	22	41	1.85
26947259--26947310	20	2.6	19	82	8	59	65	1	0	32	1.04
26947267--26947311	19	2.4	18	82	10	54	64	2	0	33	1.06
26949335--26949385	27	1.9	26	84	4	66	49	0	23	27	1.51
26955943--26955969	14	1.9	14	100	0	54	14	0	37	48	1.45
26967468--26967825	178	2.0	178	93	0	608	36	24	8	30	1.86
26968353--26968397	21	2.2	20	84	4	54	53	15	4	26	1.61
26978586--26978664	27	2.9	27	76	10	72	36	36	13	12	1.83
26978796--26978840	16	2.8	16	96	0	81	13	37	20	28	1.90
26979224--26979251	4	7.0	4	100	0	56	50	0	0	50	1.00
26985489--26985532	20	2.1	21	91	4	72	45	2	0	52	1.13
27010402--27010450	21	2.2	23	82	7	57	32	6	0	61	1.21
27016395--27016421	3	9.0	3	100	0	54	33	0	0	66	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27016890--27016936	10	4.7	10	82	10	60	65	4	0	29	1.11
27016889--27016936	19	2.4	20	89	6	71	64	4	0	31	1.12
27016890--27016947	10	5.8	10	78	15	57	65	3	1	29	1.19
27017567--27017800	117	2.0	117	99	0	459	34	10	10	44	1.73
27018082--27018138	22	2.7	21	84	12	73	43	0	29	26	1.55
27023064--27023102	16	2.5	15	84	12	51	28	5	25	41	1.77
27030210--27030254	22	2.0	22	100	0	90	35	17	13	33	1.89
27034262--27034299	20	1.9	20	88	0	58	47	10	0	42	1.38
27034640--27034680	21	2.0	21	85	0	55	56	7	9	26	1.58
27035829--27035867	16	2.4	16	91	4	60	58	15	0	25	1.37
27045565--27045896	22	15.2	22	81	3	402	40	18	11	28	1.86
27045565--27045899	44	7.7	44	88	4	482	40	18	11	28	1.86
27046581--27046739	43	3.7	42	78	5	133	30	28	18	23	1.97
27049123--27049161	19	2.1	18	90	4	60	76	5	7	10	1.13
27049542--27049571	15	2.0	15	100	0	60	40	6	13	40	1.71
27050494--27050658	80	2.1	80	88	3	244	36	12	10	40	1.79
27052670--27052699	11	2.6	12	94	5	53	40	0	0	60	0.97
27052796--27052885	45	2.0	45	95	2	164	43	13	24	18	1.86
27057135--27057188	25	2.2	25	96	0	99	31	25	9	33	1.88
27057788--27057833	19	2.4	19	85	0	56	34	2	39	23	1.67
27057771--27057833	9	6.8	9	77	10	56	33	3	41	22	1.70
27058087--27058145	28	2.1	29	83	3	75	40	18	11	28	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27058513--27058565	22	2.4	22	81	6	63	22	1	22	52	1.56
27060352--27060459	56	1.9	56	96	0	198	28	17	31	22	1.97
27062922--27062976	20	2.4	25	77	22	68	58	5	5	30	1.44
27063026--27063062	3	12.3	3	88	0	56	62	2	2	32	1.23
27067901--27067952	27	2.0	26	84	3	68	53	0	0	46	1.00
27068621--27068671	15	3.5	15	76	15	61	33	0	1	64	1.05
27068647--27068684	20	1.9	20	84	10	51	31	2	2	63	1.22
27068789--27068832	14	2.8	16	80	16	56	52	0	0	47	1.00
27068871--27068918	15	3.3	15	76	5	53	6	10	6	77	1.13
27069085--27069117	13	2.4	14	85	5	50	66	18	6	9	1.40

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202