genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.64.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr10 ID=Chr10-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62175169

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   

This is table  64  of  202  ( 24201 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18963465--18964572	390	2.8	389	77	9	1275	29	19	22	27	1.98
18965960--18965995	13	2.6	14	91	4	56	22	5	0	72	1.05
18968943--18969361	43	9.8	43	79	5	352	25	30	18	24	1.98
18969682--18969732	21	2.4	21	90	0	84	5	45	15	33	1.71
18969714--18969893	66	2.7	65	79	6	193	13	25	18	42	1.87
18970781--18970843	31	2.0	31	93	0	108	11	31	12	44	1.78
18975349--18975766	9	48.7	9	65	23	131	33	1	19	45	1.60
18975362--18975481	25	4.8	25	80	5	143	33	1	20	45	1.61
18975350--18975481	50	2.6	50	86	3	183	34	2	20	43	1.64
18975491--18975544	22	2.4	21	90	9	81	38	0	14	46	1.45
18975464--18975623	61	2.7	60	74	14	143	36	0	18	45	1.54
18975462--18975871	55	8.0	51	70	20	225	34	0	18	46	1.54
18975593--18975635	16	2.7	16	88	0	59	30	0	23	46	1.52
18975612--18975692	25	3.2	25	78	1	99	29	2	20	46	1.64
18975584--18975696	41	2.8	41	81	7	126	30	1	23	45	1.63
18975672--18975716	23	1.9	24	90	4	74	40	0	17	42	1.50
18975685--18975878	32	6.2	32	69	22	126	35	0	15	48	1.46
18975712--18975850	21	6.0	21	66	22	66	33	0	16	49	1.46
18975402--18975804	211	1.9	210	95	0	734	33	1	18	46	1.58
18975712--18975900	49	3.9	49	79	12	217	33	0	16	49	1.46
18975682--18975904	96	2.3	97	89	6	339	35	0	15	48	1.45
18975759--18975830	36	2.0	36	89	5	110	37	0	12	50	1.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18975673--18975848	12	15.1	12	70	21	74	35	0	15	48	1.46
18975402--18975858	211	2.2	210	90	3	688	33	1	18	46	1.57
18975910--18975950	19	2.2	19	86	8	57	51	2	0	46	1.14
18975923--18975984	29	2.1	29	85	5	81	51	1	1	45	1.20
18978604--18978670	20	3.2	21	75	14	59	49	0	7	43	1.31
18978689--18978721	11	3.1	11	86	8	50	15	3	0	81	0.80
18978913--18978952	2	20.5	2	94	5	73	47	0	0	52	1.00
18979416--18979466	15	3.2	17	84	15	74	35	49	0	15	1.45
18979416--18979466	8	6.5	8	86	8	70	35	49	0	15	1.45
18979390--18979463	7	9.9	7	85	7	67	33	47	1	17	1.56
18979594--18979636	21	2.0	21	82	8	52	37	39	0	23	1.55
18980209--18980565	41	8.7	41	78	1	347	30	23	20	25	1.98
18980222--18980565	124	2.8	121	80	2	355	31	23	20	24	1.98
18980209--18980564	83	4.3	82	76	9	323	30	23	20	25	1.99
18984794--18984832	13	3.2	13	85	7	55	53	0	0	46	1.00
18984794--18984888	24	4.0	24	81	9	86	56	0	2	41	1.11
18984818--18984884	24	2.7	25	93	6	109	58	0	2	38	1.14
18990753--18991087	166	2.0	166	94	0	589	24	12	18	44	1.84
18997194--18997238	16	2.9	15	83	6	54	66	2	0	31	1.04
18999069--18999093	6	4.2	6	100	0	50	20	48	16	16	1.82
19000774--19000943	81	2.1	81	96	2	315	35	21	21	20	1.96
19000921--19000969	20	2.5	19	80	6	62	26	26	22	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19003859--19003887	10	2.9	10	100	0	58	72	0	10	17	1.11
19007533--19007585	27	2.0	27	96	0	97	20	20	28	30	1.98
19007537--19007880	33	9.7	33	70	18	169	22	18	26	32	1.97
19007565--19007799	108	2.2	108	86	3	321	22	17	25	35	1.95
19007685--19007879	76	2.6	76	87	0	275	22	19	25	32	1.97
19009561--19009701	20	7.1	20	80	5	90	37	18	28	15	1.91
19009623--19009698	40	1.9	40	83	5	100	36	17	31	14	1.90
19012967--19013067	40	2.5	40	91	0	157	32	22	19	24	1.97
19016134--19016191	11	5.4	11	74	17	59	55	1	1	41	1.20
19020804--19020875	37	1.9	37	88	0	108	27	26	22	23	1.99
19028482--19028531	6	8.2	6	80	12	57	80	2	2	16	0.91
19028468--19028526	31	1.9	31	86	6	84	81	3	5	10	0.96
19028466--19028526	12	5.0	11	82	11	59	81	3	4	9	0.94
19028493--19028538	18	2.7	18	83	10	60	80	0	4	15	0.86
19035330--19035368	20	2.0	20	85	10	53	48	30	7	12	1.69
19039950--19040025	34	2.2	34	83	2	89	36	11	2	48	1.54
19042818--19042862	9	5.0	9	83	0	63	22	8	22	46	1.79
19043189--19043224	18	1.9	19	94	5	65	11	8	13	66	1.44
19044407--19044459	23	2.5	21	73	11	54	62	15	9	13	1.54
19051858--19051911	27	2.0	27	92	0	90	22	25	20	31	1.98
19052835--19052904	21	3.3	21	71	23	65	62	1	1	34	1.13
19053260--19053322	18	3.5	18	76	22	53	68	0	3	28	1.05
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19053287--19053322	18	1.9	18	88	5	54	66	0	2	30	1.06
19057292--19057316	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
19057426--19057567	41	3.5	41	87	1	196	21	16	23	37	1.94
19057427--19057601	82	2.1	81	80	10	196	22	16	23	37	1.93
19059922--19059969	11	4.3	12	77	15	50	41	10	27	20	1.85
19059932--19059978	22	2.1	23	88	4	69	40	14	25	19	1.90
19060641--19060835	62	3.1	63	74	6	196	28	29	20	21	1.98
19061372--19061416	20	2.1	21	84	12	56	80	0	17	2	0.82
19062191--19062225	18	2.0	18	88	5	54	20	8	0	71	1.11
19062200--19062242	18	2.3	19	84	4	52	27	9	0	62	1.25
19062724--19062786	30	2.1	30	93	0	108	22	3	17	57	1.54
19062907--19062938	11	2.8	12	86	13	50	68	0	0	31	0.90
19063821--19063876	20	2.8	21	81	10	73	58	8	0	32	1.29
19067986--19068011	11	2.4	11	100	0	52	38	7	0	53	1.30
19067969--19068079	39	2.8	39	88	1	177	30	3	0	65	1.09
19070720--19070859	25	5.6	25	74	0	127	28	21	22	27	1.99
19070728--19070859	50	2.6	50	78	0	147	28	20	23	28	1.99
19071959--19071997	20	2.0	20	90	10	62	15	2	30	51	1.57
19077964--19078098	37	3.7	36	80	5	137	17	14	29	39	1.88
19084441--19084524	40	2.1	40	86	0	114	35	17	23	22	1.95
19086514--19086541	14	2.0	14	100	0	56	42	0	14	42	1.45
19096353--19096426	28	2.6	29	80	4	89	16	28	0	55	1.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19096353--19096425	29	2.6	28	84	2	92	16	27	0	56	1.41
19099229--19099267	16	2.4	16	86	0	51	69	7	2	20	1.26
19105961--19106193	25	9.3	25	71	3	164	22	16	25	35	1.95
19105936--19106432	50	9.9	50	74	5	304	22	15	25	36	1.94
19105936--19106322	100	3.9	100	82	0	416	21	15	26	35	1.94
19105936--19106319	150	2.6	150	81	1	403	21	15	26	35	1.94
19106288--19106346	25	2.4	25	82	5	66	11	11	35	40	1.79
19106349--19106396	25	1.9	25	95	0	87	29	16	18	35	1.93
19110023--19110048	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
19110824--19110867	22	1.9	24	90	9	74	25	20	0	54	1.45
19111474--19111509	19	1.9	19	88	5	56	61	0	0	38	0.96
19112747--19112777	15	2.1	15	100	0	62	54	6	12	25	1.62
19113720--19113775	20	2.7	21	81	13	53	69	7	12	10	1.36
19113731--19113775	21	2.1	23	88	12	69	68	8	8	13	1.38
19116601--19116730	34	3.8	33	76	8	118	42	13	23	20	1.88
19116600--19116734	69	2.0	69	86	2	191	42	14	23	20	1.88
19116585--19116734	34	4.4	34	74	5	104	42	13	23	20	1.87
19116773--19116813	19	2.2	19	100	0	82	36	4	14	43	1.67
19116947--19116989	22	2.0	23	90	9	72	34	20	4	39	1.74
19116948--19116993	11	4.3	11	76	15	51	32	19	2	45	1.62
19117028--19117065	14	2.8	13	88	7	58	36	13	5	44	1.66
19119864--19120007	34	4.2	34	78	5	155	18	23	13	43	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19119860--19120007	69	2.2	68	83	3	181	18	23	14	43	1.86
19122723--19122753	15	2.1	15	100	0	62	25	12	6	54	1.62
19126049--19126086	14	2.8	13	88	7	58	47	5	13	34	1.65
19126049--19126086	13	2.9	14	92	7	62	47	5	13	34	1.65
19126038--19126121	43	2.0	43	83	9	109	42	4	13	39	1.65
19126084--19126126	22	2.0	22	86	4	61	46	4	9	39	1.57
19126125--19126167	21	2.0	21	86	4	59	39	6	18	34	1.78
19126212--19126254	17	2.6	16	88	7	59	58	0	0	41	0.98
19126212--19126256	15	2.9	16	81	15	51	60	0	0	40	0.97
19128199--19128286	43	2.0	43	87	8	126	31	23	0	44	1.54

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202