genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.29.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  24583705

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8657442--8657540	44	2.2	44	85	1	135	23	18	24	34	1.96
8670253--8670297	23	2.0	23	87	8	67	17	22	37	22	1.94
8670263--8670306	23	1.9	23	90	0	70	18	18	38	25	1.92
8670545--8670596	5	9.7	6	73	23	53	50	0	0	50	1.00
8672485--8672524	20	2.0	21	95	5	73	32	5	0	62	1.17
8672748--8672886	46	3.0	45	89	6	208	35	8	25	30	1.86
8678077--8678164	36	2.4	36	85	7	108	22	7	15	53	1.68
8678186--8678278	36	2.6	36	77	3	98	26	13	12	46	1.80
8684321--8684345	12	2.1	12	100	0	50	40	0	24	36	1.55
8685295--8685335	5	8.2	5	91	0	64	2	19	56	21	1.54
8691034--8691070	13	2.9	13	96	4	67	78	0	8	13	0.96
8691211--8691287	29	2.6	29	79	4	82	49	15	12	22	1.78
8696635--8696690	27	2.1	27	86	0	76	37	0	44	17	1.49
8696863--8696996	42	3.2	42	85	4	171	11	18	17	51	1.76
8696975--8697009	13	2.7	13	95	0	61	11	22	17	48	1.79
8703764--8703801	3	12.7	3	94	0	67	36	0	28	34	1.58
8706078--8706165	41	2.1	41	93	0	149	46	11	11	30	1.75
8710123--8710316	67	2.9	68	77	3	194	36	18	19	25	1.94
8721882--8721945	32	2.0	32	90	0	101	31	17	21	29	1.96
8726380--8727898	759	2.0	760	99	0	3031	47	12	9	31	1.72
8730961--8730991	14	2.2	14	94	0	53	48	12	6	32	1.67
8733379--8733403	12	2.1	12	100	0	50	24	28	0	48	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8735349--8735457	49	2.3	46	84	4	128	40	14	12	32	1.84
8736102--8736211	55	2.0	55	100	0	220	23	29	12	34	1.92
8749714--8749759	23	2.0	23	83	8	58	32	2	2	63	1.19
8752335--8752371	15	2.5	15	100	0	74	24	27	40	8	1.83
8760259--8760294	18	2.0	18	89	10	56	19	11	13	55	1.68
8768164--8768206	22	2.0	22	86	9	61	20	2	13	62	1.42
8775225--8775273	24	2.0	24	100	0	98	59	12	12	16	1.62
8782090--8782128	17	2.3	17	100	0	78	15	35	35	12	1.86
8786164--8786541	40	9.5	40	82	4	381	14	14	27	43	1.84
8786166--8786485	159	2.0	160	86	1	446	14	14	27	44	1.83
8787199--8787254	20	2.8	20	86	0	67	46	1	30	21	1.62
8789807--8789847	12	3.4	12	86	6	57	7	43	21	26	1.79
8789843--8789965	54	2.3	54	84	2	158	17	26	27	27	1.98
8803463--8803512	18	2.5	20	87	9	68	72	4	20	4	1.18
8821294--8821331	19	2.0	19	85	10	51	63	2	21	13	1.42
8823234--8823326	27	3.4	27	83	1	96	31	29	21	18	1.97
8823255--8823326	27	2.7	27	86	0	108	33	29	23	13	1.93
8831531--8831569	21	1.9	20	84	5	51	41	12	7	38	1.72
8836200--8836424	60	3.8	59	85	3	281	28	26	11	33	1.91
8836224--8836333	31	3.6	31	65	14	75	28	29	10	31	1.91
8836277--8836432	31	5.3	28	68	13	89	27	26	9	35	1.88
8838581--8838969	194	2.0	195	99	0	771	33	10	15	40	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8845094--8845151	25	2.3	25	87	0	80	22	17	27	32	1.96
8845110--8845157	25	2.0	23	88	11	71	22	12	27	37	1.90
8845153--8845200	25	1.9	25	86	0	69	31	18	20	29	1.97
8865127--8865174	24	2.0	25	91	4	80	31	20	20	27	1.98
8868962--8868995	9	3.7	9	84	7	50	26	20	0	52	1.46
8868963--8869000	19	2.0	19	100	0	76	31	21	0	47	1.51
8880362--8880392	15	2.1	15	100	0	62	25	0	38	35	1.56
8880978--8881029	20	2.7	18	72	16	50	34	15	26	23	1.94
8894379--8894422	22	1.9	22	86	9	61	38	15	2	43	1.60
8900547--8900587	18	2.3	19	80	16	52	36	0	14	48	1.44
8901262--8901316	20	2.8	19	79	15	67	9	25	21	43	1.82
8901258--8901315	19	3.1	18	79	13	71	8	24	20	46	1.78
8905098--8905137	20	2.0	20	85	0	53	25	20	12	42	1.86
8913965--8914016	27	1.9	27	84	0	68	28	30	19	21	1.97
8916211--8916419	107	2.0	101	88	5	310	38	9	17	31	1.82
8917560--8917603	22	2.0	23	82	13	56	40	9	11	38	1.73
8921863--8922362	249	2.0	249	98	0	973	35	13	22	29	1.92
8931320--8931556	104	2.3	104	97	0	447	29	19	25	24	1.99
8936670--8936810	31	4.5	31	81	7	122	45	19	9	25	1.81
8936635--8936810	95	1.8	97	86	2	257	44	19	9	26	1.80
8936703--8936891	66	2.9	65	86	7	267	44	17	9	27	1.80
8937235--8937484	78	3.3	76	87	4	312	39	17	4	39	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8940544--8940575	12	2.6	13	85	14	50	37	0	6	56	1.25
8940971--8941017	24	2.0	24	83	8	60	48	0	34	17	1.47
8943738--8943915	94	1.9	94	85	2	250	32	21	19	26	1.97
8945824--8945869	19	2.6	17	82	6	56	23	10	4	60	1.47
8957896--8957922	2	13.5	2	100	0	54	0	51	0	48	1.00
8966985--8967082	48	2.0	48	96	0	178	35	10	20	33	1.86
8968187--8968258	27	2.8	25	71	8	63	43	8	15	33	1.76
8978345--8978390	23	2.0	23	100	0	92	52	8	17	21	1.71
8987825--8987886	10	6.4	10	70	26	53	61	1	0	37	1.06
8987825--8987888	9	6.8	9	79	15	58	59	1	0	39	1.07
8987825--8987887	19	3.3	19	73	20	60	60	1	0	38	1.07
8988008--8988063	27	2.1	27	83	6	69	23	16	7	53	1.67
8996147--8996186	3	13.3	3	100	0	80	67	0	0	32	0.91
9000542--9000810	38	7.1	38	83	2	335	14	23	28	34	1.93
9000564--9000635	22	3.5	22	63	27	59	13	23	30	31	1.94
9000790--9000848	25	2.4	25	88	0	91	13	18	32	35	1.90
9002587--9002657	30	2.4	30	87	0	97	22	30	28	18	1.97
9026389--9026415	14	1.9	14	100	0	54	37	25	14	22	1.93
9028363--9028427	23	2.8	23	92	2	103	23	24	4	47	1.70
9033254--9033289	19	1.9	18	88	5	54	36	5	5	52	1.48
9047523--9047551	15	1.9	15	100	0	58	68	0	6	24	1.13
9047526--9047560	15	2.3	15	90	0	52	71	0	8	20	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9047523--9047560	18	2.1	18	85	9	51	71	0	7	21	1.11
9059155--9059188	17	2.0	17	88	0	50	17	20	8	52	1.71
9060185--9060356	65	2.6	65	85	0	227	26	23	20	30	1.98
9067086--9067119	11	2.9	11	91	8	50	50	11	11	26	1.73
9073815--9073844	9	3.2	9	90	9	51	80	0	0	20	0.72
9073815--9073844	10	3.1	10	95	4	53	80	0	0	20	0.72
9089936--9089978	12	3.6	12	87	0	59	23	48	20	6	1.73
9095451--9095483	17	1.9	17	93	0	57	60	12	12	15	1.59
9111554--9111685	54	2.4	54	91	2	203	25	26	15	31	1.96
9111554--9111704	54	2.8	54	83	6	164	24	25	16	33	1.96
9119850--9119962	41	2.8	40	81	4	127	23	19	30	26	1.98
9119850--9119991	41	3.5	40	78	10	114	26	19	28	26	1.98
9124814--9124859	16	2.8	16	81	15	58	60	2	2	34	1.21
9146902--9146963	22	2.8	22	76	9	63	43	24	22	9	1.83
9152180--9152227	22	2.2	22	100	0	96	39	0	35	25	1.56
9156803--9156960	43	3.7	43	88	0	217	27	13	24	34	1.92
9167898--9168186	50	5.7	50	79	2	238	23	25	22	28	1.99
9167947--9168186	100	2.3	105	82	4	274	22	27	22	27	1.99
9186584--9186690	25	4.3	25	77	15	91	27	25	19	28	1.99
9208326--9208445	46	2.6	46	83	6	147	19	18	15	47	1.83
9208456--9208579	45	2.8	45	93	2	214	25	22	17	34	1.96
9208569--9208668	46	2.2	46	90	1	157	19	15	20	46	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9210285--9210317	16	2.1	16	100	0	66	42	18	12	27	1.85
9211002--9211162	80	2.0	80	100	0	322	21	7	17	53	1.68
9212191--9212312	35	3.5	35	78	3	102	23	24	15	36	1.94
9214491--9214523	17	1.9	17	93	0	57	42	15	0	42	1.46
9236677--9236792	43	2.7	43	89	4	171	23	22	3	50	1.64
9241797--9241846	18	2.8	17	85	8	64	44	0	20	36	1.52
9244344--9244457	42	2.7	43	91	2	185	23	23	0	51	1.54
9246107--9246387	137	2.0	139	98	1	548	42	8	11	37	1.72
9247470--9247500	10	3.1	10	100	0	62	51	9	0	38	1.35
9248695--9248727	17	1.9	17	100	0	66	30	6	27	36	1.81

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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