genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.46.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  24583705

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14652593--14652824	117	2.0	118	88	5	353	19	25	15	39	1.91
14652927--14652973	23	2.0	23	87	0	67	42	29	21	6	1.77
14653511--14653540	13	2.3	13	100	0	60	23	33	6	36	1.81
14654328--14654378	24	2.1	24	100	0	102	29	19	3	47	1.68
14659165--14659216	21	2.3	21	78	15	52	42	1	0	55	1.10
14664287--14664328	18	2.3	19	88	12	61	21	26	0	52	1.47
14674813--14674953	48	3.0	48	72	13	119	28	15	22	33	1.95
14675157--14675254	49	2.0	49	95	0	178	21	31	11	35	1.89
14676925--14676990	32	2.1	32	97	0	123	43	15	0	40	1.46
14676930--14676999	32	2.3	29	87	5	86	41	15	0	42	1.47
14677478--14677543	22	2.9	23	75	22	75	3	19	0	77	0.90
14677476--14677516	20	2.2	20	86	8	59	2	14	0	82	0.76
14678421--14679038	307	2.0	307	97	0	1173	29	11	24	33	1.91
14683219--14683250	15	2.2	15	94	5	57	65	0	3	31	1.08
14688403--14688473	27	2.7	26	76	6	81	29	15	19	35	1.93
14688754--14688821	34	2.1	31	86	8	91	35	19	25	20	1.96
14689050--14689079	15	2.0	15	100	0	60	20	6	0	73	1.05
14693187--14693258	36	2.0	36	94	0	126	12	4	9	73	1.22
14693177--14693258	42	2.0	41	86	11	114	12	4	9	73	1.24
14698222--14698262	19	2.2	19	86	0	55	63	7	2	26	1.33
14699320--14699353	12	2.8	13	91	8	54	20	0	5	73	1.04
14711064--14711238	72	2.5	72	89	3	266	54	13	6	25	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14714220--14714268	23	2.2	22	85	3	62	34	10	14	40	1.79
14720369--14720428	14	4.3	14	76	16	61	55	1	13	30	1.48
14727921--14727966	24	1.9	24	90	0	74	58	6	0	34	1.24
14727921--14727973	24	2.2	24	86	3	72	62	5	0	32	1.19
14728099--14728198	29	3.4	29	71	15	71	51	2	4	43	1.32
14728155--14728203	20	2.5	19	83	9	62	53	0	2	44	1.12
14729131--14729230	29	3.4	29	71	15	71	51	2	4	43	1.32
14729187--14729235	20	2.5	19	83	9	62	53	0	2	44	1.12
14749233--14749401	43	3.9	43	92	1	275	21	18	30	28	1.97
14749233--14749401	87	1.9	87	95	0	302	21	18	30	28	1.97
14749237--14749541	43	7.1	43	82	2	234	24	25	23	25	2.00
14749643--14749691	21	2.3	21	89	0	71	4	44	16	34	1.66
14753705--14753760	29	1.9	29	85	0	76	28	14	12	44	1.81
14755165--14755200	3	12.3	3	88	5	56	30	2	0	66	1.06
14767967--14768094	45	2.9	45	77	4	134	31	21	22	25	1.98
14767967--14768181	44	4.8	45	73	4	157	29	18	25	27	1.98
14769876--14769911	3	12.3	3	88	5	56	30	2	0	66	1.06
14771606--14771644	21	2.0	21	85	10	55	28	5	5	61	1.39
14771939--14771978	21	1.9	21	94	0	71	27	5	27	40	1.77
14773230--14773460	43	5.3	43	84	7	277	25	18	30	25	1.98
14773272--14773447	92	1.9	92	91	0	289	26	19	31	22	1.98
14773246--14773509	135	2.0	134	79	5	291	28	19	26	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14780256--14780291	7	5.1	7	100	0	72	58	0	0	41	0.98
14780256--14780298	21	2.0	21	90	0	68	62	0	0	37	0.95
14780580--14780615	7	5.1	7	100	0	72	58	0	0	41	0.98
14780580--14780622	21	2.0	21	90	0	68	62	0	0	37	0.95
14780182--14780831	324	2.0	324	99	0	1291	30	24	4	40	1.76
14782973--14782999	8	3.4	8	100	0	54	77	0	11	11	0.99
14786737--14786831	41	2.3	42	87	5	142	28	30	21	20	1.98
14786865--14787002	40	3.4	41	73	6	122	22	20	18	38	1.93
14788559--14788602	14	3.1	14	76	3	52	40	4	4	50	1.43
14788449--14788678	108	2.1	108	97	1	437	37	6	4	51	1.49
14801359--14801480	44	2.8	44	89	2	183	30	19	21	28	1.98
14801279--14801480	89	2.3	88	80	9	207	29	19	23	27	1.98
14803793--14804002	110	1.9	109	96	0	384	31	11	19	37	1.88
14806434--14806483	20	2.5	20	80	0	64	46	22	22	10	1.81
14819366--14819442	37	2.1	37	97	0	145	37	18	15	28	1.91
14824649--14824827	88	2.0	88	95	0	322	46	14	20	18	1.83
14825143--14825175	14	2.3	15	84	10	50	33	9	0	57	1.30
14827705--14827750	1	46.0	1	91	0	56	4	0	4	91	0.51
14827705--14827750	19	2.4	19	92	0	74	4	0	4	91	0.51
14835416--14835529	56	2.0	56	84	3	149	30	16	13	39	1.87
14844634--14844675	21	2.0	21	90	4	66	2	11	4	80	0.95
14844691--14844739	24	2.0	24	88	4	71	63	2	0	34	1.06
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14847763--14847824	33	1.9	32	93	3	106	37	22	4	35	1.76
14855190--14855236	23	2.0	23	91	0	76	27	6	6	59	1.46
14855551--14855592	19	2.2	20	82	4	50	30	7	11	50	1.66
14867467--14867578	44	2.5	44	80	13	115	30	19	22	27	1.98
14867554--14867607	26	2.0	27	85	3	74	25	22	18	33	1.97
14867382--14867904	199	2.5	199	84	7	647	28	20	22	28	1.99
14867666--14867863	44	4.5	44	76	14	169	29	22	22	25	1.99
14867580--14867869	44	6.7	43	72	11	141	29	21	22	27	1.99
14869546--14869592	23	2.0	23	91	0	76	27	6	6	59	1.46
14869905--14869946	19	2.2	20	82	4	50	30	7	11	50	1.66
14873812--14873853	9	4.8	9	79	5	50	19	2	4	73	1.12
14878199--14878399	42	4.7	42	83	6	142	30	24	16	27	1.97
14878221--14878414	42	4.5	42	85	2	219	31	23	16	28	1.96
14882348--14882394	19	2.4	19	89	3	67	10	10	8	70	1.35
14882948--14882989	18	2.2	19	84	16	52	33	28	0	38	1.58
14886913--14886941	12	2.4	12	100	0	58	58	20	0	20	1.39
14888237--14888261	13	1.9	13	100	0	50	64	16	8	12	1.49
14888461--14888931	188	2.5	186	88	2	667	27	22	17	32	1.96
14892171--14892203	12	2.8	12	86	13	50	54	18	18	9	1.69
14892271--14892431	33	4.8	32	72	11	126	28	25	16	29	1.96
14892268--14892498	101	2.3	101	96	0	426	28	25	16	29	1.97
14892353--14892496	33	4.3	33	69	10	103	27	25	17	29	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14897496--14897537	20	2.2	19	86	4	57	42	7	7	42	1.59
14897661--14897704	23	1.9	23	86	9	63	40	13	2	43	1.57
14897935--14897971	9	4.1	9	92	0	65	45	13	10	29	1.77
14898007--14898049	21	2.0	21	82	8	52	23	34	0	41	1.55
14898185--14898244	30	2.0	31	83	9	79	20	35	0	45	1.51
14899353--14899644	55	5.2	55	80	6	307	27	8	14	49	1.72
14899353--14899643	116	2.6	116	82	3	333	27	8	14	49	1.72
14899905--14899933	13	2.2	13	100	0	58	93	6	0	0	0.36
14901989--14902146	78	2.0	79	98	1	309	51	7	6	34	1.56
14903252--14903291	19	2.0	21	85	9	57	35	0	2	62	1.09
14903606--14903656	26	2.0	26	84	0	66	37	23	3	35	1.74
14912672--14912788	60	2.0	60	80	13	134	22	4	6	66	1.33
14916501--14916538	9	4.2	9	89	0	58	15	0	26	57	1.38
14916501--14916538	18	2.1	18	100	0	76	15	0	26	57	1.38
14916653--14917342	126	5.5	126	86	1	838	31	16	21	29	1.96
14920800--14921675	43	20.0	42	72	12	343	26	1	26	45	1.62
14920803--14921476	64	10.4	63	77	9	461	26	1	25	45	1.63
14921154--14921189	8	4.5	8	89	0	54	16	0	27	55	1.42
14921154--14921187	16	2.2	16	94	5	61	14	0	29	55	1.40
14920800--14921675	22	41.0	22	68	14	297	26	1	26	45	1.62
14921458--14921566	38	2.9	38	84	8	127	23	0	27	48	1.51
14920800--14921675	21	41.0	21	69	14	388	26	1	26	45	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14925535--14925579	21	2.0	23	87	8	67	46	13	4	35	1.63
14925571--14925646	21	3.7	21	78	7	93	32	11	14	40	1.82
14925584--14925647	19	3.3	19	80	8	67	32	14	14	39	1.85
14925904--14925967	33	1.9	33	84	6	85	28	18	18	34	1.95
14925942--14926456	44	11.9	43	68	15	179	27	23	20	29	1.98
14925939--14926454	217	2.4	217	89	0	784	27	23	19	29	1.98
14926329--14926470	45	3.2	44	75	5	124	27	23	18	30	1.98
14926397--14926671	44	6.2	44	65	11	132	25	23	20	30	1.99
14926451--14926721	132	2.1	132	95	0	488	24	23	20	31	1.98
14927988--14928013	8	3.2	8	100	0	52	11	11	0	76	1.01

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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