genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.10.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  24583705

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2695103--2695148	20	2.2	22	84	7	60	19	28	17	34	1.94
2695144--2695205	22	2.8	22	87	0	88	16	27	22	33	1.95
2698778--2698852	22	3.5	22	79	1	71	12	10	17	60	1.59
2699142--2699262	60	2.0	60	96	0	224	39	22	10	27	1.87
2703082--2703116	18	1.9	18	94	0	61	85	0	8	5	0.73
2710552--2710692	21	6.8	21	71	3	97	19	19	16	44	1.87
2710555--2710692	42	3.3	43	79	5	140	19	19	16	44	1.87
2710668--2710713	21	2.2	21	84	0	56	23	21	10	43	1.84
2710630--2710715	42	2.0	42	82	4	102	19	22	16	41	1.90
2714274--2714417	64	2.2	64	92	2	245	14	32	24	28	1.94
2714277--2714399	32	3.8	32	100	0	246	15	30	22	30	1.95
2719544--2719571	5	5.6	5	100	0	56	17	0	39	42	1.50
2722541--2722579	18	2.2	17	86	9	51	25	0	2	71	0.98
2723377--2723401	4	6.2	4	100	0	50	76	0	0	24	0.80
2725672--2725704	17	1.9	17	100	0	66	57	18	18	6	1.60
2731858--2731915	29	2.0	29	100	0	116	37	6	10	44	1.65
2734959--2734989	16	1.9	16	93	0	53	48	0	3	48	1.17
2741947--2741980	3	11.3	3	100	0	68	32	0	0	67	0.91
2743602--2743640	19	2.1	19	85	0	51	43	0	2	53	1.14
2749781--2749825	16	2.6	18	80	16	51	4	22	0	73	1.01
2751128--2751186	30	2.1	29	87	9	86	35	16	18	28	1.93
2758227--2758272	9	5.1	9	86	0	65	28	13	15	43	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2758227--2758272	18	2.6	18	96	0	83	28	13	15	43	1.83
2760482--2760568	31	2.8	32	89	3	131	43	17	11	27	1.83
2760953--2761007	25	2.2	25	83	6	67	45	12	18	23	1.83
2774401--2774433	16	2.0	17	88	5	50	51	33	0	15	1.43
2780091--2780157	29	2.2	29	84	5	80	38	8	5	46	1.60
2780113--2780171	29	2.0	30	93	3	102	38	5	3	52	1.40
2784048--2784092	23	1.9	24	86	13	67	20	22	2	55	1.54
2784957--2784983	14	1.9	14	100	0	54	66	0	0	33	0.92
2788275--2788320	21	2.3	20	82	10	58	63	4	8	23	1.42
2793019--2793077	31	2.0	29	83	6	73	20	3	5	71	1.20
2793425--2793459	18	1.9	18	88	11	54	57	0	5	37	1.23
2796009--2796086	25	3.2	25	83	5	90	37	16	26	19	1.93
2801179--2801238	23	2.5	24	83	10	77	31	18	25	25	1.97
2801890--2801930	21	1.9	22	90	5	66	46	19	0	34	1.50
2806078--2806104	10	2.7	10	100	0	54	44	0	0	55	0.99
2806620--2806649	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
2808727--2808766	18	2.2	18	86	8	55	60	2	0	37	1.11
2808737--2808787	17	2.8	19	82	11	54	60	0	0	39	0.97
2813217--2813243	5	5.4	5	100	0	54	0	22	0	77	0.76
2819522--2819568	23	2.0	23	100	0	94	38	8	25	27	1.85
2821405--2821431	13	2.1	13	100	0	54	7	22	7	62	1.46
2825684--2825756	30	2.4	30	81	6	85	41	10	5	42	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2834186--2834237	26	2.0	26	100	0	104	65	0	11	23	1.25
2839623--2839678	26	2.0	28	86	10	80	37	12	16	33	1.86
2843116--2843496	186	2.0	186	97	0	717	39	14	23	21	1.91
2853052--2853092	20	2.0	20	95	0	73	36	36	9	17	1.82
2855363--2855448	44	2.0	43	93	2	145	40	16	16	26	1.89
2855804--2855837	17	1.9	17	88	5	50	67	2	0	29	1.05
2856207--2856237	16	1.9	16	93	0	53	64	0	6	29	1.18
2857008--2857068	19	3.2	19	79	9	70	34	0	14	50	1.43
2857015--2857073	19	3.0	20	90	5	84	32	0	15	52	1.43
2857016--2857283	22	12.9	20	67	23	112	32	0	13	54	1.42
2857013--2857229	41	5.1	41	70	20	151	32	0	12	53	1.42
2857117--2857229	22	5.0	22	79	14	133	30	0	12	55	1.43
2857127--2857379	49	5.1	49	79	11	266	32	0	13	53	1.45
2857131--2857334	105	1.9	105	95	2	365	31	0	12	55	1.43
2857242--2857334	22	4.0	22	81	13	82	30	1	11	56	1.42
2857509--2857592	38	2.2	39	89	4	134	51	7	3	38	1.47
2857628--2857669	16	2.7	15	85	7	57	35	2	2	59	1.23
2861163--2861207	22	2.1	21	83	4	54	2	28	2	66	1.15
2869890--2869941	18	2.8	18	77	11	52	23	3	1	71	1.13
2870133--2870338	88	2.4	88	85	5	258	35	10	16	38	1.82
2870175--2870354	89	2.1	88	79	6	188	41	10	15	33	1.80
2879291--2879570	103	2.7	103	96	0	515	31	17	17	33	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2887028--2887079	27	1.9	27	84	0	68	28	7	11	51	1.65
2887342--2887379	14	2.7	14	100	0	76	26	0	7	65	1.19
2889733--2889772	21	2.0	21	90	5	64	67	0	2	30	1.04
2890459--2890772	88	3.6	87	82	6	341	41	15	10	32	1.81
2891195--2891365	9	18.2	9	67	17	64	61	1	5	31	1.28
2891204--2891259	29	1.9	29	82	13	71	60	1	1	35	1.17
2893651--2893821	9	18.2	9	67	17	64	61	1	5	31	1.28
2893660--2893715	29	1.9	29	82	13	71	60	1	1	35	1.17
2897672--2897731	29	2.1	29	83	0	75	28	8	21	41	1.82
2904551--2904587	19	1.9	19	94	0	65	64	0	0	35	0.94
2914232--2914588	80	4.4	80	94	1	588	51	9	5	33	1.58
2925323--2925494	31	5.2	31	67	24	109	49	7	16	26	1.72
2925304--2925497	68	2.9	68	99	0	379	47	7	18	26	1.75
2925357--2925474	37	3.4	37	70	22	128	48	6	16	27	1.72
2926404--2926718	130	2.4	130	88	5	474	29	19	26	24	1.98
2928297--2928360	6	10.8	6	80	12	53	18	4	1	75	1.06
2928286--2928332	22	2.1	22	84	7	60	19	2	0	78	0.85
2928301--2928360	12	5.2	11	78	13	59	18	5	1	75	1.07
2930746--2930790	23	2.0	23	82	8	56	48	2	2	46	1.26
2937157--2937228	35	2.0	36	91	5	119	27	8	12	51	1.68
2938439--2938547	44	2.6	39	80	16	128	35	31	3	29	1.75
2938455--2938547	44	2.1	46	93	4	163	36	31	4	27	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2938529--2938565	16	2.3	16	95	0	65	24	32	5	37	1.78
2943526--2943577	24	2.2	24	86	6	70	53	11	1	32	1.48
2944338--2944362	12	2.1	12	100	0	50	16	44	0	40	1.47
2946425--2946460	18	1.9	19	88	5	56	25	5	2	66	1.27
2950699--2950788	21	4.4	21	64	20	64	50	15	8	25	1.73
2950676--2950793	61	1.9	61	91	3	193	50	15	9	24	1.73
2950662--2950829	61	3.0	56	78	13	164	49	15	9	25	1.75
2951364--2951412	13	3.7	13	78	5	53	40	0	18	40	1.50
2951612--2951657	24	1.9	24	86	0	65	47	0	4	47	1.21
2954113--2954158	6	7.7	6	97	0	83	2	0	13	84	0.71
2964376--2964401	6	4.3	6	100	0	52	69	15	0	15	1.20
2970675--2970704	3	10.0	3	100	0	60	33	0	33	33	1.58
2972800--2972834	18	1.9	18	88	0	52	28	25	14	31	1.95
2976613--2976656	22	2.0	23	86	4	63	54	2	2	40	1.25
2981939--2981963	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
2982094--2982118	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
2981882--2982192	155	2.0	156	99	0	615	28	13	17	40	1.88
2983456--2983485	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
2986419--2986458	20	2.0	20	90	0	62	27	10	12	50	1.72
2991460--2991526	31	2.2	31	81	5	73	38	10	13	37	1.79
2993744--2993803	28	2.1	28	87	0	84	40	10	16	33	1.82
3000924--3000967	22	1.9	24	86	9	65	15	15	4	63	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3005246--3005278	15	2.3	15	89	5	50	57	0	3	39	1.14
3011863--3011991	61	2.1	61	88	5	190	47	10	13	28	1.76
3018254--3018385	60	2.2	60	87	1	185	22	25	9	41	1.85
3020517--3020547	5	6.2	5	100	0	62	80	0	19	0	0.71
3023015--3023056	20	2.0	21	86	9	59	50	0	7	42	1.30
3023020--3023062	21	2.0	21	82	8	52	51	2	4	41	1.35
3026334--3026377	23	1.9	23	86	9	63	50	13	9	27	1.72
3026491--3026605	46	2.5	47	75	12	114	33	20	21	23	1.97
3029499--3029547	10	4.7	11	85	10	52	69	0	2	28	1.00
3031889--3031946	28	2.1	28	96	0	107	56	6	15	20	1.62

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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