genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.8.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  24583705

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2129919--2129963	21	2.2	20	84	4	54	48	0	0	51	1.00
2136331--2136389	22	2.7	22	72	0	64	61	6	10	22	1.51
2138085--2138355	48	5.5	47	82	7	258	25	36	22	15	1.94
2138085--2138355	96	2.8	96	83	5	312	25	36	22	15	1.94
2138148--2138372	48	4.4	54	89	4	285	26	35	21	16	1.95
2143792--2143893	33	3.1	33	79	0	105	31	28	19	20	1.97
2143840--2143988	51	2.9	51	81	0	172	28	25	22	24	1.99
2143882--2143961	18	4.6	18	69	9	58	32	22	21	23	1.98
2144014--2144225	99	2.1	99	83	3	266	34	27	16	21	1.94
2144059--2144219	33	4.9	33	80	3	162	34	26	16	22	1.95
2144137--2144303	81	2.1	81	82	0	199	34	27	16	22	1.95
2144105--2144471	114	3.2	115	85	3	443	33	28	17	20	1.96
2144218--2144356	33	4.2	33	77	0	116	31	28	17	22	1.97
2144296--2144407	51	2.2	51	85	3	145	32	26	20	20	1.97
2144344--2144524	66	2.7	65	82	3	209	37	26	15	20	1.92
2144398--2144603	99	2.1	99	82	1	261	36	26	15	21	1.93
2144360--2144603	33	7.4	33	75	0	182	36	26	15	21	1.94
2146112--2146167	22	2.6	21	81	13	60	28	16	25	30	1.96
2146670--2146712	5	9.0	5	82	10	54	55	0	4	39	1.20
2146689--2146728	21	1.9	21	89	0	62	57	2	0	40	1.12
2150760--2150861	33	3.1	33	79	0	105	31	28	19	20	1.97
2150808--2150956	51	2.9	51	81	0	172	28	25	22	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2150850--2150929	18	4.6	18	69	9	58	32	22	21	23	1.98
2151027--2151187	66	2.4	66	80	2	189	33	26	17	22	1.96
2151027--2151187	33	4.9	33	81	3	171	33	26	17	22	1.96
2151105--2151271	81	2.1	81	84	0	217	34	27	16	22	1.95
2151073--2151386	114	2.7	114	86	2	405	34	26	17	22	1.96
2151186--2151325	33	4.2	33	78	0	118	32	27	17	22	1.97
2151023--2151209	99	1.9	98	82	6	236	34	28	16	20	1.95
2151315--2151598	33	8.6	33	75	3	221	37	25	15	21	1.93
2151315--2151598	66	4.3	66	78	1	255	37	25	15	21	1.93
2151228--2151410	84	2.2	84	82	0	213	35	23	18	22	1.95
2151399--2151604	99	2.1	99	82	1	261	35	26	15	21	1.94
2153354--2153416	7	8.7	7	73	23	51	57	1	1	39	1.18
2156705--2156781	15	5.3	15	76	20	67	28	3	1	66	1.17
2156732--2156767	3	12.0	3	100	0	72	33	0	0	66	0.92
2157838--2157993	20	7.4	21	68	18	67	59	5	15	19	1.54
2158343--2158382	19	2.0	20	85	4	55	72	2	0	25	0.97
2159153--2159292	73	1.9	73	89	2	219	28	17	21	32	1.96
2159734--2159828	18	5.2	17	64	14	55	35	3	3	57	1.30
2160500--2160559	15	3.8	15	75	12	57	26	26	23	23	2.00
2160492--2160562	33	2.2	33	89	0	106	30	25	19	23	1.98
2160504--2160574	33	2.2	33	92	0	115	26	23	23	25	2.00
2160528--2160676	51	2.9	51	89	0	226	28	24	22	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2160765--2160829	33	2.0	33	87	6	96	26	29	26	18	1.98
2160783--2160847	33	2.0	33	87	0	94	23	32	27	16	1.96
2160789--2160889	51	2.0	51	88	0	148	25	29	25	18	1.98
2160891--2161001	33	3.4	33	79	0	105	41	25	13	19	1.88
2178769--2178821	26	2.0	26	100	0	106	33	15	18	32	1.92
2179016--2179357	171	2.0	167	93	3	578	45	6	6	41	1.57
2180461--2180572	33	3.4	33	77	2	109	35	23	18	22	1.96
2180668--2181178	33	15.5	33	70	5	210	35	24	15	25	1.94
2180629--2180853	100	2.3	99	84	0	279	37	24	14	23	1.92
2180806--2180903	18	5.8	18	67	16	57	37	21	13	27	1.91
2180628--2181177	66	8.3	66	72	3	291	35	24	15	24	1.94
2180776--2181184	99	4.1	99	82	2	426	35	23	15	25	1.94
2181140--2181178	15	2.4	17	87	12	55	38	25	10	25	1.87
2183413--2183576	66	2.5	66	83	0	211	34	29	16	19	1.94
2183346--2183606	66	3.9	66	79	4	179	36	26	15	21	1.93
2183480--2183741	99	2.6	99	83	2	276	37	27	14	20	1.92
2183414--2183646	33	7.1	33	75	2	164	34	28	16	20	1.94
2186578--2186648	38	1.9	37	85	5	99	63	2	2	30	1.23
2190248--2190313	32	2.1	32	100	0	132	34	3	3	59	1.28
2192105--2192237	65	2.0	65	87	5	189	39	9	12	38	1.75
2198340--2198364	13	1.9	13	100	0	50	84	0	0	16	0.63
2200897--2200931	17	1.9	19	88	11	56	20	8	11	60	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2201103--2201129	5	5.4	5	100	0	54	0	37	44	18	1.50
2208633--2208660	13	2.2	13	100	0	56	21	7	17	53	1.67
2211269--2211312	23	1.9	23	85	0	61	54	15	4	25	1.60
2211982--2212429	223	2.0	224	99	0	880	40	13	9	35	1.78
2212737--2212779	22	1.9	23	81	13	54	65	0	4	30	1.13
2213004--2213046	21	2.0	21	82	8	52	39	2	0	58	1.11
2224874--2224902	5	5.8	5	100	0	58	82	0	17	0	0.66
2249354--2249391	20	2.0	20	89	5	60	34	0	7	57	1.28
2249359--2249432	20	3.7	21	78	12	84	35	0	6	58	1.25
2258051--2258115	14	4.3	15	68	14	53	50	7	9	32	1.63
2258026--2258118	45	2.1	45	95	0	168	53	8	8	29	1.61
2258026--2258106	25	3.5	24	69	19	73	53	8	8	29	1.62
2259740--2259782	22	2.0	22	90	0	68	32	9	30	27	1.88
2264334--2264493	25	6.6	25	80	8	165	23	23	15	38	1.93
2264444--2264486	22	2.0	22	86	9	61	16	25	18	39	1.91
2269600--2269630	1	31.0	1	100	0	62	100	0	0	0	0.00
2284640--2284698	27	2.2	27	81	0	64	52	0	3	44	1.17
2289317--2289371	28	2.0	28	92	0	92	34	7	14	43	1.73
2289320--2289379	28	2.1	28	87	0	84	33	6	16	43	1.74
2289469--2289506	20	1.9	20	84	10	51	55	0	5	39	1.23
2294519--2294567	25	2.0	25	87	0	71	36	14	22	26	1.92
2294532--2294623	24	3.8	24	79	1	85	36	20	25	17	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2308131--2308199	35	2.0	34	91	5	113	37	2	13	46	1.58
2312863--2312890	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
2312962--2312999	18	2.2	18	90	4	60	26	2	10	60	1.43
2319128--2319184	30	1.9	30	100	0	114	52	22	10	14	1.71
2332882--2332951	20	3.6	19	81	14	81	57	8	0	34	1.29
2332932--2332980	25	2.0	24	84	4	62	53	2	0	44	1.12
2337993--2338051	28	2.1	28	87	3	82	66	3	1	28	1.18
2342849--2342903	21	2.6	21	91	0	92	21	9	40	29	1.84
2343932--2344066	13	9.6	13	71	19	76	11	47	2	37	1.56
2343932--2344066	7	19.1	7	66	19	52	11	47	2	37	1.56
2343945--2344056	43	2.5	44	91	2	172	10	50	3	35	1.55
2348605--2348663	29	2.0	29	100	0	118	57	10	10	22	1.61
2350300--2350341	20	2.1	20	86	8	59	28	7	2	61	1.35
2350491--2350558	10	6.7	10	73	21	61	39	0	2	57	1.14
2350516--2350559	21	2.1	21	87	8	63	43	0	2	54	1.12
2357291--2357331	19	2.0	21	86	9	59	9	9	29	51	1.67
2365596--2365654	30	2.0	30	89	0	91	42	8	6	42	1.61
2366277--2366315	17	2.3	17	81	0	51	33	2	2	61	1.23
2372557--2372609	18	2.9	18	82	0	70	43	20	22	13	1.86
2376232--2376334	30	3.4	30	80	6	120	34	18	0	45	1.56
2376233--2376368	60	2.3	60	83	6	161	34	19	2	43	1.64
2376582--2376623	22	2.0	21	85	4	57	80	14	4	0	0.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2382473--2382668	110	1.8	107	87	3	293	33	19	16	30	1.95
2383170--2383202	17	1.9	17	88	11	50	57	0	3	39	1.14
2405590--2405650	26	2.5	24	76	10	68	47	0	3	49	1.18
2405616--2405647	17	1.9	17	93	6	57	43	0	3	53	1.16
2405668--2405702	17	2.1	17	88	0	52	77	5	11	5	1.12
2406400--2406446	12	3.9	12	94	0	76	36	0	8	55	1.31
2406400--2406446	6	7.8	6	90	0	67	36	0	8	55	1.31
2407519--2407742	123	1.8	122	92	0	376	37	5	20	37	1.75
2407989--2408055	19	3.3	19	80	16	73	74	0	23	1	0.90
2407989--2408034	18	2.5	19	92	3	76	78	0	21	0	0.76

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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