genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.26.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  24583705

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7775788--7775825	20	1.9	19	89	5	58	36	2	2	57	1.26
7779123--7779309	41	4.6	41	79	7	184	33	22	22	21	1.97
7787630--7787662	15	2.1	16	94	5	59	42	0	15	42	1.46
7787897--7787941	20	2.2	20	96	0	81	26	13	24	35	1.92
7791080--7791114	18	1.9	18	88	0	52	11	14	22	51	1.74
7791790--7792089	119	2.5	117	77	2	321	28	24	21	25	1.99
7793752--7794069	170	1.9	171	83	3	417	33	16	19	30	1.94
7793738--7794089	85	4.1	83	80	5	373	33	16	19	30	1.94
7794918--7794991	16	4.6	16	75	18	55	2	20	2	74	1.07
7794940--7795003	15	4.1	15	75	18	58	1	20	1	76	0.95
7800195--7800329	41	3.3	41	82	3	148	33	18	24	23	1.97
7802278--7802345	29	2.3	29	80	9	75	35	17	5	41	1.74
7802277--7802345	30	2.3	30	80	7	79	36	17	5	40	1.74
7802506--7802564	4	14.8	4	96	0	109	49	0	25	25	1.51
7814603--7814732	64	2.0	64	93	0	224	27	15	15	41	1.87
7820267--7820333	23	2.9	23	81	0	89	31	26	20	20	1.98
7827303--7827551	128	1.9	129	84	0	329	28	28	18	25	1.98
7829506--7829717	102	2.1	103	95	0	381	37	6	19	36	1.77
7840847--7840905	22	2.7	22	83	0	73	25	13	25	35	1.93
7843325--7843533	37	5.7	37	83	7	248	38	30	12	18	1.88
7843325--7843533	74	2.8	74	85	7	275	38	30	12	18	1.88
7847032--7847099	31	2.3	29	76	14	75	69	16	1	13	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7847269--7847301	14	2.5	13	95	5	57	78	12	9	0	0.95
7849377--7849419	20	2.0	22	86	8	63	51	11	0	37	1.39
7867045--7867086	20	2.0	21	90	4	68	14	4	2	78	1.01
7875712--7875737	5	5.2	5	100	0	52	42	19	19	19	1.90
7877839--7877983	57	2.5	57	85	2	193	39	12	23	24	1.89
7877989--7878078	27	3.3	27	84	0	108	36	17	26	18	1.94
7883193--7883225	17	1.9	17	100	0	66	48	0	9	42	1.35
7884189--7884226	6	6.2	6	90	3	58	39	44	0	15	1.47
7884269--7884590	102	3.0	102	66	18	281	42	16	4	36	1.68
7884991--7885035	7	6.3	7	79	5	54	46	37	0	15	1.46
7884991--7885039	22	2.2	22	88	0	71	44	40	0	14	1.45
7885099--7885258	82	2.0	82	89	2	250	25	21	22	31	1.98
7886361--7886424	22	2.9	22	95	0	110	51	12	7	28	1.67
7901748--7901778	5	6.2	5	100	0	62	38	19	19	22	1.93
7901922--7901974	26	2.0	26	100	0	106	11	18	11	58	1.62
7906910--7906949	15	2.7	15	88	3	55	75	0	0	25	0.81
7906910--7906955	20	2.2	21	92	3	76	73	0	0	26	0.83
7908521--7908584	31	2.1	31	96	0	119	31	18	17	32	1.94
7916665--7917002	69	5.0	69	72	14	231	62	2	7	27	1.34
7916782--7916898	53	2.2	52	88	7	166	64	0	5	29	1.23
7916887--7916925	4	9.5	4	83	5	51	71	0	5	23	1.05
7916887--7916934	21	2.3	21	96	0	87	72	2	4	20	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7916782--7916898	52	2.2	53	88	7	168	64	0	5	29	1.23
7916838--7916997	86	1.9	86	90	5	261	63	2	6	26	1.32
7918117--7918149	4	8.5	4	93	6	59	0	21	0	78	0.75
7918456--7919264	44	18.2	44	77	4	649	27	19	17	34	1.95
7918465--7919212	89	8.4	89	82	3	688	27	19	17	34	1.95
7918465--7919212	133	5.6	133	84	2	772	27	19	17	34	1.95
7920763--7920826	27	2.3	27	84	7	76	29	12	9	48	1.72
7922703--7923070	184	2.0	184	94	1	648	39	19	23	17	1.92
7926598--7926640	22	2.0	22	90	0	68	11	20	25	41	1.86
7926723--7926845	43	2.9	42	92	4	194	30	30	19	19	1.96
7934318--7934517	41	4.9	41	93	0	337	30	21	21	27	1.98
7934548--7934684	40	3.4	41	79	3	118	19	21	21	36	1.95
7938713--7938968	86	3.0	86	97	1	469	25	21	18	33	1.96
7947937--7947979	19	2.3	19	84	11	54	74	0	4	20	1.00
7947941--7947979	15	2.5	17	84	15	50	74	0	5	20	1.01
7950017--7950078	23	2.8	22	80	4	70	41	22	20	14	1.89
7950063--7950113	23	2.2	23	92	0	84	33	29	19	17	1.95
7950673--7950764	40	2.3	40	86	0	121	22	29	20	27	1.99
7950665--7950739	22	3.6	21	73	14	66	24	25	20	30	1.98
7952821--7953183	32	11.3	32	81	1	411	32	11	15	40	1.82
7952820--7953172	64	5.5	64	92	1	537	33	11	15	40	1.82
7954367--7954393	14	1.9	14	100	0	54	33	7	22	37	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7956982--7957031	25	2.0	25	92	0	82	56	4	36	4	1.37
7959664--7959910	95	2.6	95	85	1	307	44	17	2	35	1.64
7962121--7962163	4	10.8	4	80	9	52	20	4	0	74	1.00
7963158--7963195	16	2.3	17	86	4	51	2	15	0	81	0.80
7963253--7963282	14	2.1	14	93	6	51	0	23	0	76	0.78
7967102--7967126	12	2.1	12	100	0	50	24	8	44	24	1.80
7967244--7967274	8	3.9	8	91	0	53	19	0	16	64	1.29
7967244--7967275	16	2.0	16	100	0	64	18	0	18	62	1.33
7971733--7972030	147	2.0	148	89	0	454	38	17	12	31	1.87
7994586--7994629	21	2.1	21	100	0	88	27	20	9	43	1.82
8005683--8005922	50	4.8	50	83	5	272	26	22	29	21	1.99
8021770--8021869	43	2.3	43	94	0	173	44	21	9	26	1.81
8027167--8027200	15	2.2	16	89	5	52	58	0	11	29	1.33
8029296--8029526	50	4.6	51	72	7	195	23	16	24	35	1.94
8029220--8029526	100	3.1	100	84	2	384	23	17	23	35	1.95
8029445--8029611	85	2.0	85	87	0	244	23	17	27	31	1.97
8029538--8029694	50	3.1	50	75	3	181	25	21	22	30	1.99
8029345--8030074	185	3.9	185	85	5	874	24	19	24	32	1.98
8029554--8029711	50	3.2	50	74	3	174	24	20	22	32	1.97
8029531--8030059	100	5.4	99	83	9	599	24	20	23	31	1.98
8029624--8029796	85	2.0	85	93	0	292	26	20	24	29	1.99
8029716--8030074	50	7.2	50	68	6	208	24	20	23	32	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8033724--8033768	21	2.1	22	83	4	56	28	0	0	71	0.87
8034522--8034581	29	2.0	30	87	3	86	21	28	33	16	1.95
8036166--8036214	23	2.0	24	84	11	64	28	24	6	40	1.79
8042741--8042776	3	12.3	3	88	5	56	63	0	36	0	0.94
8042939--8042999	19	3.2	19	79	9	70	34	0	14	50	1.43
8042946--8043004	19	3.0	20	90	5	84	32	0	15	52	1.43
8042947--8043004	20	3.0	20	89	2	91	32	0	15	51	1.44
8050651--8050687	14	2.5	14	91	8	56	59	0	40	0	0.97
8050648--8050697	20	2.8	17	77	16	55	64	0	36	0	0.94
8050765--8050790	12	2.2	12	100	0	52	38	0	15	46	1.46
8050859--8050927	22	3.2	22	93	2	113	27	1	11	59	1.41
8050915--8051036	60	2.0	60	85	3	165	30	0	14	54	1.47
8051070--8051151	38	2.2	38	97	0	155	54	3	2	39	1.31
8053211--8053269	27	2.2	27	96	0	109	37	0	8	54	1.31
8056237--8056290	22	2.4	23	76	20	60	1	27	1	68	1.10
8056243--8056279	18	2.1	18	94	0	65	0	29	2	67	1.04
8061664--8061749	10	8.6	10	69	18	54	53	1	4	40	1.29
8062165--8062209	22	2.0	22	100	0	90	8	13	42	35	1.75
8066980--8067025	21	2.2	20	88	3	65	32	0	0	67	0.91
8068497--8068549	27	1.9	28	88	3	81	24	20	26	28	1.99
8079459--8079526	28	2.4	27	80	7	82	32	25	22	20	1.98
8079907--8080240	27	12.4	26	78	6	317	20	16	19	42	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8079907--8080239	54	6.2	54	83	5	413	21	16	19	42	1.89
8084487--8084516	9	3.2	9	90	9	51	13	0	0	86	0.57
8085605--8085651	9	4.8	10	79	10	53	78	2	8	10	1.04
8085600--8085650	20	2.6	20	84	3	68	74	1	9	13	1.15
8092783--8092840	23	2.5	24	86	11	84	41	29	10	18	1.84
8095920--8095951	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
8095965--8096124	85	1.9	85	100	0	320	40	10	12	36	1.77
8101184--8101221	4	10.0	4	88	11	62	47	0	0	52	1.00
8101184--8101239	16	3.7	14	84	13	67	44	3	0	51	1.18
8103143--8103177	18	1.9	18	94	0	61	48	2	2	45	1.32

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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