genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.66.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  24583705

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21390450--21390533	6	14.0	6	80	5	62	28	1	41	28	1.64
21390450--21390533	15	5.6	15	76	5	62	28	1	41	28	1.64
21392965--21392997	2	17.5	2	87	12	52	51	0	0	48	1.00
21392965--21392994	11	2.7	11	89	0	51	50	0	0	50	1.00
21393080--21393257	95	1.9	94	81	5	216	48	10	11	29	1.71
21393584--21393644	22	2.8	21	70	18	52	31	0	3	65	1.09
21394211--21394278	34	2.0	34	97	0	127	60	22	14	2	1.48
21414224--21414261	20	1.9	20	89	10	60	60	5	2	31	1.33
21415951--21415988	16	2.4	16	86	4	51	34	2	2	60	1.24
21421696--21421762	34	1.9	35	90	3	109	46	10	8	34	1.70
21421979--21422024	23	2.0	23	87	4	67	32	15	13	39	1.85
21424972--21425045	9	7.9	9	72	20	55	31	5	1	62	1.26
21426247--21426405	29	5.4	28	82	6	156	32	17	3	45	1.66
21426623--21426656	16	2.1	17	94	5	61	67	0	32	0	0.91
21426742--21426802	10	6.3	11	72	24	57	73	0	26	0	0.83
21426753--21426801	3	15.7	3	79	8	53	73	0	26	0	0.83
21426739--21426806	33	2.2	33	89	7	106	75	0	25	0	0.81
21427080--21427112	12	2.6	13	90	4	50	84	3	12	0	0.72
21427500--21427550	18	2.7	20	87	6	70	43	13	5	37	1.69
21427521--21427562	16	2.5	17	84	7	50	45	14	4	35	1.66
21434517--21434542	12	2.2	12	100	0	52	46	15	0	38	1.46
21434920--21434963	5	8.4	5	82	7	52	22	4	2	70	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21438400--21438440	19	2.1	20	86	4	57	21	7	4	65	1.37
21438424--21438453	11	2.7	11	89	0	51	30	0	6	63	1.20
21440914--21440970	26	2.1	27	83	3	71	29	1	3	64	1.20
21443445--21443497	25	2.1	25	89	0	79	39	9	13	37	1.77
21443445--21443506	25	2.5	25	84	5	63	40	9	14	35	1.79
21473753--21473812	29	2.1	28	84	6	77	23	13	18	45	1.84
21473820--21473925	42	2.5	42	92	0	167	19	28	31	20	1.97
21477189--21477231	21	2.0	21	100	0	86	51	0	18	30	1.47
21480831--21480877	9	5.2	9	80	10	51	59	0	0	40	0.97
21480843--21480881	10	4.0	10	86	6	53	64	0	0	35	0.94
21486744--21486771	14	2.0	14	100	0	56	0	21	57	21	1.41
21495545--21495605	29	2.1	30	87	3	88	22	19	9	47	1.79
21503480--21503507	3	9.3	3	100	0	56	32	0	0	67	0.91
21514734--21514762	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
21516062--21516087	12	2.2	12	100	0	52	30	7	30	30	1.85
21518207--21518238	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
21527960--21528026	31	2.2	31	83	0	80	35	16	13	34	1.88
21529684--21529750	31	2.2	31	89	5	100	44	11	20	22	1.84
21535363--21535403	20	2.0	20	85	4	55	48	9	4	36	1.58
21537364--21537412	21	2.3	22	89	10	75	38	26	4	30	1.75
21541885--21541921	14	2.6	14	91	0	65	72	18	5	2	1.15
21542062--21542111	7	7.0	7	80	13	57	40	28	4	28	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21542063--21542111	21	2.3	22	89	10	75	38	28	4	28	1.75
21543011--21543059	18	2.8	18	78	6	57	42	0	0	57	0.99
21554785--21554818	14	2.3	15	90	5	52	32	5	23	38	1.79
21561186--21561372	96	1.9	97	98	1	367	29	7	25	37	1.83
21561699--21561725	14	1.9	14	100	0	54	14	0	33	51	1.43
21568653--21568678	13	2.0	13	100	0	52	46	15	15	23	1.83
21579095--21579134	7	5.7	7	96	0	71	42	0	27	30	1.56
21579599--21579663	31	2.1	30	85	2	85	23	12	16	47	1.80
21579604--21579678	31	2.4	31	82	4	80	25	16	14	44	1.85
21580898--21580922	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
21581500--21581607	55	2.0	55	88	0	162	30	8	10	50	1.65
21581584--21581655	37	2.0	36	83	8	92	29	9	6	54	1.59
21582558--21582584	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
21583565--21583594	15	1.9	16	93	6	53	36	20	26	16	1.93
21589024--21589052	12	2.4	12	100	0	58	55	13	6	24	1.63
21598378--21598431	16	3.4	16	76	0	63	46	16	18	18	1.85
21598378--21598447	32	2.2	32	86	0	104	44	15	18	21	1.87
21610127--21610163	19	1.9	19	88	0	56	16	0	8	75	1.02
21620485--21620636	76	2.0	76	96	2	279	42	13	11	32	1.81
21620618--21620664	14	3.1	15	72	9	51	29	0	17	53	1.44
21629893--21629982	42	2.1	42	91	0	144	31	3	13	52	1.56
21634336--21634448	50	2.3	50	80	11	126	22	20	23	33	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21634388--21634448	26	2.4	26	78	5	72	19	19	24	36	1.95
21639640--21639718	35	2.3	33	80	16	90	32	26	11	29	1.91
21639920--21640078	41	3.9	41	81	6	171	20	27	21	30	1.98
21640303--21640357	25	2.4	23	85	11	69	34	20	27	18	1.95
21641266--21641290	13	1.9	13	100	0	50	68	24	0	8	1.16
21646821--21646897	33	2.4	31	81	16	93	32	28	11	27	1.92
21646842--21646905	33	1.9	33	93	0	110	34	26	9	29	1.88
21647108--21647730	41	15.2	41	97	0	1124	17	29	23	29	1.97
21649539--21649563	13	1.9	13	100	0	50	68	24	0	8	1.16
21652725--21652772	19	2.6	19	86	3	71	35	2	14	47	1.56
21659351--21659388	18	2.1	18	90	0	58	52	18	13	15	1.74
21663767--21663809	20	2.2	20	83	8	52	51	0	11	37	1.39
21668021--21668139	38	3.1	38	78	7	134	31	25	11	31	1.91
21670996--21671321	180	1.8	181	91	1	537	27	5	25	41	1.77
21671542--21671752	105	2.0	106	96	0	388	35	8	18	36	1.82
21672261--21672357	46	2.0	48	84	9	128	34	20	25	19	1.96
21672559--21672603	21	2.2	20	84	4	54	42	2	20	35	1.64
21674955--21674999	24	1.9	23	90	4	72	0	44	0	55	0.99
21674954--21675019	24	2.8	23	79	6	69	1	39	1	57	1.17
21675006--21675034	15	1.9	15	100	0	58	3	34	6	55	1.44
21674963--21675032	24	2.9	24	82	0	77	2	40	2	54	1.30
21678500--21678554	28	1.9	28	88	3	83	40	10	5	43	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21680722--21680749	2	14.0	2	100	0	56	0	50	0	50	1.00
21684520--21684556	17	2.2	17	90	0	56	64	2	2	29	1.21
21688913--21688988	27	2.8	27	80	4	91	19	25	32	22	1.97
21689054--21689098	21	2.1	21	88	12	65	66	2	31	0	1.04
21689046--21689106	24	2.7	22	77	7	61	65	1	29	3	1.18
21694088--21694129	16	2.7	15	85	7	57	57	2	2	38	1.25
21694854--21694900	3	16.3	3	86	8	71	0	34	0	65	0.93
21694853--21694900	14	3.6	14	86	11	64	0	33	0	66	0.92
21694848--21694900	17	3.1	17	89	8	72	0	32	0	67	0.91
21694850--21694909	14	4.4	14	83	12	63	0	35	0	65	0.93
21694849--21694923	17	4.4	17	75	19	68	0	32	0	68	0.90
21702247--21702305	31	1.9	31	93	6	102	40	3	11	44	1.58
21702259--21702323	31	2.1	32	82	2	78	40	3	9	47	1.51
21709917--21709974	23	2.5	22	83	5	71	36	1	0	62	1.06
21709923--21709973	22	2.3	22	80	6	59	33	1	0	64	1.05
21710002--21710041	6	6.5	6	83	16	55	32	17	0	50	1.47
21711307--21711350	22	2.0	23	86	13	65	22	4	2	70	1.17
21711460--21711534	31	2.4	31	81	0	87	28	14	10	46	1.78
21711550--21711617	32	2.2	31	82	10	77	22	7	7	63	1.45
21711724--21711768	24	1.9	23	81	4	54	26	4	2	66	1.22
21714787--21714825	6	6.5	6	81	0	51	33	43	2	20	1.65
21715566--21715620	26	2.1	27	86	3	76	30	18	5	45	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21727682--21727755	23	3.3	23	80	1	87	20	13	24	41	1.88
21728277--21728436	87	1.8	87	91	2	268	30	13	13	42	1.83
21760762--21760851	23	3.9	23	75	5	83	16	18	21	43	1.88
21761181--21761224	19	2.2	21	77	22	51	56	0	15	27	1.40
21763781--21763875	41	2.3	41	85	7	122	32	25	17	24	1.97
21767156--21767193	18	2.1	18	90	0	58	26	34	0	39	1.57
21810000--21810258	129	2.0	130	99	0	511	37	10	10	42	1.74
21818099--21818134	18	2.0	18	88	0	54	72	0	0	27	0.85
21818285--21818319	18	1.9	18	94	0	61	28	25	5	40	1.78
21819578--21819637	28	2.1	28	87	0	84	41	15	5	38	1.68

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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