genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.68.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  24583705

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22164790--22164844	19	2.8	20	78	13	60	43	9	12	34	1.74
22164970--22165009	21	2.0	20	85	5	53	45	2	5	47	1.38
22165162--22165213	20	2.6	20	84	0	68	26	5	21	46	1.74
22165585--22167510	963	2.0	963	100	0	3852	34	11	12	40	1.81
22170148--22170188	19	2.0	21	86	9	59	56	4	0	39	1.21
22175943--22176005	18	3.3	19	79	18	76	33	3	0	63	1.10
22175942--22176007	22	3.2	22	83	14	88	31	3	0	65	1.08
22186512--22186577	34	1.9	33	82	11	80	53	9	9	28	1.63
22188865--22188900	11	3.3	11	88	11	56	55	0	2	41	1.14
22188874--22188958	39	2.2	38	91	2	134	64	0	3	31	1.10
22191078--22191140	27	2.3	27	97	0	117	39	22	22	15	1.92
22197031--22197084	3	18.7	3	90	7	85	68	1	29	0	1.00
22199450--22199483	16	2.1	16	100	0	68	41	17	0	41	1.50
22206225--22206398	88	2.0	89	84	5	228	24	20	16	37	1.93
22208113--22208163	23	2.2	23	85	0	66	43	19	7	29	1.79
22211931--22211959	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
22214636--22215464	157	5.3	152	89	6	1122	51	7	11	30	1.64
22222864--22223300	218	2.0	219	99	0	867	45	10	9	35	1.70
22223326--22223354	3	9.7	3	100	0	58	65	0	0	34	0.93
22224647--22224723	23	3.5	22	75	16	61	29	2	3	63	1.25
22225271--22225304	18	1.9	17	88	5	50	47	17	5	29	1.71
22229205--22229234	15	2.0	15	93	0	51	70	0	0	30	0.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22231102--22231158	26	2.1	27	81	9	64	28	1	5	64	1.25
22236717--22236770	18	2.9	19	83	8	58	48	9	0	42	1.35
22240222--22240256	15	2.3	15	90	0	52	40	8	2	48	1.49
22244523--22244584	31	2.0	31	93	0	106	50	16	8	25	1.72
22248147--22248195	21	2.2	23	82	7	57	59	2	0	38	1.09
22254578--22254623	20	2.2	21	88	3	67	56	0	6	36	1.25
22259611--22259641	16	1.9	16	100	0	62	45	16	38	0	1.47
22264578--22264728	60	2.5	59	82	6	160	33	0	10	54	1.39
22282313--22282357	16	2.8	16	82	0	63	20	2	26	51	1.59
22282451--22282617	53	3.4	51	69	16	161	41	1	18	38	1.61
22282425--22282664	96	2.5	96	89	4	358	40	1	19	38	1.61
22282465--22282614	46	3.2	47	65	14	110	40	2	18	39	1.62
22282701--22282991	126	2.3	125	90	1	465	34	18	19	27	1.95
22284611--22284716	52	2.1	52	84	5	137	29	7	5	57	1.49
22284699--22284764	17	3.7	17	74	18	71	31	3	1	63	1.19
22284699--22284771	21	3.8	20	72	18	73	31	2	2	63	1.23
22289979--22290254	33	7.5	33	67	21	147	33	27	18	20	1.96
22290008--22290146	43	3.5	43	75	18	181	35	28	15	20	1.93
22289974--22290258	76	3.8	76	92	0	464	32	27	18	21	1.96
22291765--22291797	7	4.7	7	100	0	66	57	15	0	27	1.38
22292948--22292990	11	3.9	11	93	0	68	39	0	32	27	1.57
22293182--22293227	21	2.2	21	88	0	65	15	26	26	32	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22295618--22295652	18	1.9	18	88	0	52	22	28	2	45	1.67
22296155--22296332	58	3.1	55	73	15	162	38	6	5	49	1.53
22297633--22297932	126	2.4	126	93	0	501	26	22	19	32	1.97
22297961--22298264	96	3.2	95	85	5	398	39	19	2	38	1.67
22298305--22298346	7	6.0	7	88	8	59	54	42	0	2	1.13
22298306--22298347	21	2.0	21	90	9	68	52	42	0	4	1.22
22300147--22300207	31	2.0	31	90	0	95	31	9	16	42	1.81
22305667--22305744	33	2.4	32	80	6	84	26	23	17	32	1.97
22306906--22307056	75	2.0	76	94	1	268	24	25	15	34	1.94
22317261--22317331	30	2.4	30	83	9	83	45	7	2	45	1.45
22319393--22319456	21	3.0	21	97	0	119	37	6	28	28	1.81
22322658--22322725	9	7.4	9	86	3	82	22	10	26	41	1.85
22322886--22322910	12	2.1	12	100	0	50	16	24	36	24	1.94
22323087--22323112	5	5.2	5	100	0	52	61	0	0	38	0.96
22323518--22323566	25	2.0	25	100	0	98	48	4	8	38	1.52
22326691--22326715	10	2.5	10	100	0	50	12	8	20	60	1.57
22336425--22336508	26	3.4	25	82	9	111	38	2	4	54	1.34
22336432--22336505	22	3.2	21	77	14	60	37	2	5	54	1.38
22341545--22341573	3	9.7	3	100	0	58	68	0	0	31	0.89
22341767--22341808	3	13.7	3	95	5	75	66	0	2	30	1.04
22342625--22342826	44	4.7	44	76	8	216	25	24	21	28	1.99
22342623--22342823	85	2.3	87	82	5	230	24	25	20	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22342874--22343844	98	9.8	98	86	3	1216	23	20	22	33	1.97
22342874--22343844	197	4.9	195	89	2	1243	23	20	22	33	1.97
22351175--22351214	17	2.4	17	87	8	55	45	7	15	32	1.74
22351232--22351288	16	3.6	16	90	0	87	45	3	3	47	1.37
22351262--22351323	22	2.7	23	90	5	90	48	1	1	48	1.21
22353067--22353138	31	2.3	31	78	0	81	23	15	15	45	1.84
22354082--22354108	3	9.0	3	100	0	54	33	0	0	66	0.92
22354329--22354361	16	2.1	16	94	0	57	45	9	6	39	1.61
22355532--22355596	30	2.2	30	86	5	87	30	13	9	46	1.75
22362582--22362612	16	1.9	16	100	0	62	45	16	38	0	1.47
22363240--22363291	22	2.3	23	81	12	63	65	1	0	32	1.04
22367273--22367326	25	2.0	28	82	10	69	48	1	1	48	1.23
22370673--22370722	25	2.0	25	88	0	73	38	36	4	22	1.73
22372300--22372365	31	2.1	31	82	0	78	34	12	13	39	1.82
22372538--22372671	56	2.3	58	87	5	193	24	10	11	52	1.69
22372542--22372644	31	3.5	30	71	20	101	26	10	9	53	1.66
22372538--22372691	56	2.7	56	84	4	139	24	12	12	50	1.74
22375765--22375920	42	3.7	43	75	7	149	17	21	15	45	1.85
22375767--22375847	21	3.9	21	78	0	81	17	20	14	46	1.83
22380364--22381994	816	2.0	816	99	0	3226	42	3	19	34	1.68
22383836--22383873	17	2.2	17	95	0	67	23	28	10	36	1.88
22384976--22385041	31	2.2	31	86	2	89	43	6	4	45	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22390225--22390249	10	2.5	10	100	0	50	12	8	20	60	1.57
22394424--22394500	29	2.5	31	83	4	95	25	11	12	49	1.75
22402850--22402893	20	2.2	20	87	0	61	34	0	2	63	1.07
22403154--22403205	27	2.0	24	82	10	59	50	7	7	34	1.60
22403369--22403393	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
22407781--22407805	13	1.9	13	100	0	50	0	12	0	88	0.53
22408002--22408031	12	2.5	12	94	0	51	10	0	13	76	1.01
22412211--22412279	31	2.2	32	84	7	97	28	17	8	44	1.78
22414286--22414321	18	1.9	19	88	5	56	44	11	13	30	1.79
22414855--22414918	25	2.6	25	85	4	78	50	3	4	42	1.39
22429521--22429629	54	2.0	54	98	0	209	26	23	22	27	1.99
22429790--22429932	73	1.9	74	87	5	209	24	25	23	25	2.00
22429649--22430046	188	2.1	188	80	8	456	23	24	25	26	2.00
22429862--22430167	113	2.7	111	84	7	384	23	21	25	29	1.99
22438917--22439015	43	2.3	43	91	3	155	35	30	15	19	1.92
22438943--22439077	43	3.2	43	82	3	139	27	29	20	22	1.98
22439183--22439225	22	2.0	22	90	0	68	44	27	18	9	1.80
22443851--22443893	16	2.6	16	77	3	50	11	11	4	72	1.27
22446512--22447257	372	2.0	374	88	3	1112	25	21	24	28	1.99
22450722--22450754	1	33.0	1	93	0	57	96	3	0	0	0.20
22451532--22451560	14	2.1	14	100	0	58	34	0	31	34	1.58
22451891--22451971	34	2.4	35	77	6	94	20	22	25	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22451890--22451969	17	4.7	18	70	17	62	21	22	27	28	1.99
22454473--22454572	45	2.2	45	81	0	119	40	19	19	22	1.92
22455821--22455861	12	3.5	12	81	15	50	0	19	7	73	1.07
22456006--22456041	18	1.9	19	94	5	65	55	5	0	38	1.23
22456010--22456051	18	2.3	18	84	12	50	57	7	0	35	1.26
22456272--22456332	24	2.5	23	80	15	61	49	4	0	45	1.23
22456280--22456353	35	2.1	34	85	7	96	48	5	0	45	1.25
22461559--22461594	9	4.0	9	92	0	54	44	16	11	27	1.82
22461556--22461593	18	2.1	18	95	0	67	47	13	10	28	1.76
22469202--22469261	21	2.8	21	78	14	68	35	6	16	41	1.75

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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