genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.3.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  24583705

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   

This is table  3  of  75  ( 8944 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
672419--672459	21	2.0	20	90	4	64	31	12	9	46	1.74
672445--672480	17	2.2	17	90	5	56	47	11	5	36	1.63
672516--672635	38	3.2	39	74	9	133	41	10	16	30	1.83
672532--672831	17	16.6	17	70	15	156	43	9	14	33	1.78
672517--672763	74	3.4	75	77	10	214	43	10	15	30	1.80
672532--672769	38	6.6	34	72	15	142	42	9	15	32	1.79
672748--672842	37	2.6	36	84	12	131	36	10	10	42	1.74
672748--672842	19	5.2	18	72	14	79	36	10	10	42	1.74
673607--673681	3	23.3	3	82	15	80	0	34	0	65	0.93
673604--673681	10	8.0	10	83	12	92	0	34	0	65	0.93
673608--673681	14	5.4	14	74	19	59	0	33	0	66	0.92
673629--673680	7	7.7	7	87	8	72	0	32	0	67	0.91
673996--674087	30	3.1	29	83	6	114	41	2	21	34	1.66
681425--681491	31	2.2	29	86	5	89	31	11	11	44	1.78
681424--681492	29	2.3	30	85	5	95	30	11	13	44	1.78
683366--683410	10	4.6	10	86	5	65	44	0	0	55	0.99
683366--683410	19	2.3	20	88	3	65	44	0	0	55	0.99
685588--685668	39	2.1	39	83	4	101	32	20	29	17	1.96
689812--689964	75	2.0	76	98	1	299	31	7	13	47	1.71
695189--695254	31	2.1	31	94	0	114	33	12	12	42	1.79
696050--696086	19	2.0	19	89	5	58	54	0	18	27	1.44
703289--703446	79	2.0	79	97	0	298	28	24	11	36	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
704790--705362	284	2.0	284	97	0	1092	28	22	21	26	1.99
711269--711334	31	2.1	31	94	0	114	33	12	12	42	1.79
712571--712604	17	2.1	16	88	5	50	70	2	0	26	1.01
725503--725569	32	2.1	32	97	0	125	28	4	17	49	1.66
731435--731510	9	8.4	9	85	0	107	39	23	11	25	1.89
743316--743342	14	1.9	14	100	0	54	22	0	11	66	1.22
748808--748860	21	2.5	21	87	0	70	33	35	5	24	1.79
751007--751034	13	2.2	13	100	0	56	32	32	7	28	1.84
754031--754070	17	2.3	18	80	20	50	35	2	0	62	1.09
755168--755204	3	12.3	3	100	0	74	35	0	32	32	1.58
758894--759284	200	2.0	200	100	0	782	35	14	12	38	1.83
760303--760334	10	3.2	10	95	0	55	31	21	25	21	1.98
765007--765044	16	2.3	17	81	9	51	2	18	7	71	1.23
765852--765880	8	3.6	8	100	0	58	75	0	0	24	0.80
769025--769067	3	14.3	3	100	0	86	32	0	0	67	0.91
770082--770115	17	2.0	17	88	0	50	35	0	5	58	1.22
772937--772984	25	2.0	24	91	4	78	37	22	25	14	1.92
772933--772999	24	2.7	26	84	9	95	37	20	25	16	1.93
772964--773015	24	2.2	24	85	0	68	38	21	21	19	1.94
773066--773125	26	2.3	26	80	5	68	35	23	25	16	1.95
775472--775666	78	2.5	78	93	0	329	38	4	13	43	1.64
775467--775770	153	2.0	155	80	8	352	38	3	15	42	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
776409--776641	41	5.7	41	89	1	333	27	20	28	24	1.99
776360--776636	82	3.4	82	84	5	335	29	19	27	24	1.98
780453--780592	60	2.3	60	81	1	172	42	17	17	22	1.89
783426--783464	18	2.2	17	86	13	53	33	0	20	46	1.51
792794--792880	32	2.8	30	83	10	104	63	0	4	32	1.15
792813--792880	32	2.1	32	91	5	111	63	0	4	32	1.14
793501--793600	37	2.6	38	74	6	94	28	29	20	23	1.98
794370--794405	16	2.2	16	90	0	54	61	2	0	36	1.11
795385--795427	22	2.0	22	81	9	52	60	11	11	16	1.59
797595--797623	14	2.1	14	93	6	51	37	0	0	62	0.96
797573--797715	68	2.1	69	81	7	166	38	2	2	57	1.22
797680--797956	140	2.0	139	95	0	500	47	7	5	39	1.55
798308--798343	19	1.9	18	88	5	54	36	2	0	61	1.11
798444--798477	3	11.3	3	93	0	59	67	2	29	0	1.05
799885--799921	3	12.3	3	100	0	74	32	0	0	67	0.91
804901--804929	14	2.1	14	93	6	51	37	0	0	62	0.96
804879--805021	68	2.1	69	81	7	166	38	2	2	57	1.22
805996--806024	14	2.1	14	93	6	51	37	0	0	62	0.96
805974--806116	68	2.1	69	81	7	166	38	2	2	57	1.22
808891--808957	36	1.9	35	84	6	91	44	7	7	40	1.61
808928--809410	17	27.3	18	74	11	331	47	9	11	31	1.72
809172--809214	21	2.0	21	81	0	50	44	6	4	44	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
809086--809245	55	3.0	56	80	9	165	48	10	9	31	1.69
808929--809413	71	6.8	69	73	9	275	47	9	11	32	1.72
809066--809434	72	5.2	73	74	13	243	47	8	11	32	1.70
809052--809464	35	11.6	33	68	18	136	46	8	11	33	1.70
809388--809430	20	2.1	21	86	4	61	34	9	9	46	1.68
809278--809436	18	8.9	16	69	21	70	47	8	11	32	1.70
809457--809485	9	3.2	9	100	0	58	27	0	0	72	0.85
809446--809710	133	2.0	132	83	4	329	31	13	15	40	1.85
809912--809967	11	5.6	10	81	14	71	0	16	0	83	0.64
809927--809977	12	4.4	11	81	18	59	0	19	0	80	0.71
809912--809951	19	2.2	17	91	8	62	0	15	0	85	0.61
809912--809964	25	2.2	24	86	3	70	0	15	0	84	0.61
809935--809977	12	3.3	13	87	9	61	0	18	0	81	0.69
810239--810323	7	12.0	7	76	19	52	0	21	0	78	0.74
810237--810309	20	3.3	21	79	14	76	0	17	0	82	0.68
810237--810322	28	3.0	29	88	8	124	0	19	0	80	0.72
810240--810320	21	4.1	20	76	17	80	0	19	0	80	0.72
810668--810790	29	4.2	30	73	14	85	43	5	17	33	1.73
810686--810790	29	3.6	29	77	7	131	42	5	18	33	1.73
810668--810790	59	2.1	59	87	3	176	43	5	17	33	1.73
811558--811887	50	6.8	49	78	10	288	22	30	20	26	1.98
811606--811883	97	2.8	97	90	2	423	21	31	19	27	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
821585--821729	72	2.0	73	98	1	283	30	12	20	36	1.90
828260--828328	30	2.3	31	87	2	95	37	10	15	36	1.82
830769--830816	24	2.0	24	87	0	69	50	8	18	22	1.74
836970--837008	18	2.2	18	85	0	51	69	10	2	17	1.28
837409--837441	15	2.1	16	94	5	59	60	0	6	33	1.21
851628--851689	32	2.0	31	84	9	81	61	1	3	33	1.22
852400--852442	19	2.3	19	87	0	59	79	2	9	9	1.03
854309--854380	19	3.5	22	68	14	71	69	5	8	16	1.33
854296--854373	40	2.0	39	92	7	131	66	5	10	17	1.39
854301--854385	40	2.2	38	87	8	118	70	4	7	17	1.27
859424--859467	6	7.3	6	81	0	52	31	29	34	4	1.78
862739--862783	22	2.1	21	91	4	72	0	33	2	64	1.06
862741--862792	22	2.8	18	75	25	54	0	36	1	61	1.07
862849--862933	27	3.2	26	85	6	107	24	35	17	22	1.95
862920--862947	14	2.0	14	100	0	56	28	35	14	21	1.92
865575--865642	35	1.9	35	91	5	111	39	14	2	42	1.61
865575--865632	20	3.2	19	68	31	54	39	15	1	43	1.57
872201--872254	28	1.9	28	81	7	65	57	9	5	27	1.52
872772--872816	23	2.0	23	82	8	56	31	4	2	62	1.27
884356--884414	31	1.9	31	82	6	75	64	1	0	33	1.04
896482--896763	140	2.0	141	99	0	557	36	16	17	29	1.92
898610--898672	15	4.0	15	74	15	56	34	1	0	63	1.04
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
901523--901553	2	15.5	2	93	0	53	3	0	45	51	1.17
901521--901559	12	3.2	12	88	0	60	10	0	38	51	1.36
907126--907166	19	2.2	19	100	0	82	29	4	17	48	1.67
909265--909314	26	1.9	25	84	15	66	56	2	2	40	1.22
909284--909340	30	1.9	30	89	7	89	54	1	1	42	1.21
909271--909344	30	2.6	27	78	17	78	54	1	2	41	1.23
910096--910158	31	2.0	31	87	0	90	31	12	12	42	1.81
911096--911136	13	3.0	14	79	17	50	56	2	0	41	1.13
911123--911173	23	2.2	23	86	6	68	64	3	0	31	1.11
911394--911487	49	1.9	49	93	2	163	27	27	17	27	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75