genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.74.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  24583705

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24071079--24071125	20	2.3	20	85	3	58	57	2	2	38	1.23
24071290--24071324	15	2.3	15	90	5	52	22	2	0	74	0.95
24071580--24071633	10	5.4	10	78	8	56	27	1	1	68	1.10
24073537--24073574	17	2.1	18	85	9	51	68	0	0	31	0.90
24073566--24073607	22	1.9	23	85	9	61	38	0	9	52	1.34
24075761--24075882	36	3.1	36	66	25	95	50	4	2	42	1.37
24075728--24075898	81	2.1	82	97	2	326	46	4	3	46	1.39
24075748--24075872	38	3.2	38	66	26	105	47	4	4	44	1.40
24078309--24078347	16	2.3	18	86	8	55	25	2	7	64	1.33
24079718--24079784	5	13.8	5	80	12	77	56	4	0	38	1.19
24083233--24083285	27	2.0	27	96	0	97	33	18	20	26	1.96
24083774--24083815	20	2.1	20	91	8	68	61	2	2	33	1.21
24084470--24084551	29	2.8	28	71	14	76	39	4	18	37	1.72
24085135--24085188	20	2.7	21	73	18	53	35	0	1	62	1.06
24086541--24086611	28	2.7	26	79	14	83	28	28	5	38	1.79
24086892--24086967	26	3.0	25	84	5	98	38	7	17	36	1.79
24090346--24090388	22	2.0	22	90	0	68	9	18	27	44	1.80
24090652--24090839	43	4.3	43	79	6	184	29	30	18	20	1.97
24090696--24090853	86	1.8	86	84	0	217	30	29	17	22	1.97
24091189--24091279	21	4.3	21	78	0	101	5	41	18	34	1.74
24091255--24091299	21	2.1	21	84	8	56	8	40	13	37	1.76
24091291--24091435	66	2.2	66	85	4	195	14	26	18	40	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24102392--24102483	47	2.0	47	82	0	112	46	4	7	41	1.52
24102480--24102520	18	2.3	18	91	4	66	12	4	0	82	0.81
24102557--24102583	14	1.9	14	100	0	54	44	7	0	48	1.31
24102809--24102905	7	13.9	7	81	4	97	29	47	1	21	1.58
24102812--24102905	21	4.5	21	80	5	109	30	45	1	22	1.59
24102809--24102901	14	6.6	14	80	8	109	29	48	1	21	1.57
24103004--24103036	7	5.0	7	85	14	52	30	54	0	15	1.41
24103004--24103028	12	2.1	12	100	0	50	32	52	0	16	1.44
24103412--24103813	113	3.5	112	73	12	350	29	21	15	33	1.94
24103365--24103922	115	4.9	114	72	12	466	28	20	16	34	1.95
24103365--24103917	228	2.4	228	90	3	846	29	20	16	33	1.95
24112648--24112701	27	2.0	27	88	0	81	44	24	20	11	1.83
24116796--24116838	22	2.0	22	85	0	59	27	11	9	51	1.69
24119841--24119875	5	7.0	5	96	0	61	60	22	0	17	1.37
24132278--24132312	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
24133319--24134636	659	2.0	659	100	0	2636	38	13	7	40	1.72
24144387--24144429	19	2.3	18	84	11	59	32	16	0	51	1.45
24149523--24149565	19	2.3	18	84	11	59	32	16	0	51	1.45
24149629--24149716	44	2.0	44	91	4	142	42	23	12	21	1.87
24151741--24151794	29	1.9	27	85	7	72	51	0	7	40	1.30
24154722--24154764	19	2.3	18	84	11	59	32	16	0	51	1.45
24154828--24154915	44	2.0	44	91	4	142	42	23	12	21	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24155624--24155731	54	2.0	53	98	1	207	26	19	5	48	1.71
24166879--24167486	303	2.0	304	93	0	1047	39	18	9	31	1.84
24168036--24168741	352	2.0	352	98	0	1367	31	19	7	41	1.79
24170234--24170292	30	1.9	31	89	3	93	32	20	0	47	1.50
24170234--24170302	30	2.3	31	85	7	88	31	18	2	46	1.64
24183681--24183832	13	11.1	13	70	12	90	36	5	20	36	1.77
24183689--24183817	43	3.0	43	94	0	222	39	5	20	34	1.75
24183860--24183934	13	5.5	13	71	12	51	36	6	18	38	1.77
24183868--24184039	43	4.0	43	90	3	247	42	5	18	33	1.74
24183672--24183996	179	1.8	179	93	0	569	36	6	20	36	1.78
24183959--24184052	13	6.9	13	71	15	57	39	6	18	36	1.76
24183689--24184100	222	1.9	222	93	0	707	37	6	19	36	1.77
24184372--24184419	21	2.2	22	85	10	64	33	2	0	64	1.05
24189857--24189918	29	2.1	29	87	6	88	43	17	8	30	1.78
24195232--24195258	8	3.4	8	100	0	54	0	0	11	88	0.50
24203163--24203188	12	2.2	12	100	0	52	34	7	34	23	1.83
24215866--24215891	12	2.2	12	100	0	52	23	7	7	61	1.49
24219639--24219689	16	3.2	15	80	5	57	21	15	17	45	1.86
24219851--24219901	19	2.6	19	80	20	61	54	1	7	35	1.40
24226424--24226477	25	2.2	24	90	6	83	55	5	0	38	1.23
24230031--24230082	1	52.0	1	100	0	104	100	0	0	0	0.00
24231581--24231624	21	2.1	21	95	0	79	59	11	0	29	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24231658--24231695	19	1.9	19	89	5	58	57	7	0	34	1.28
24231694--24231760	27	2.5	27	97	0	125	11	32	23	31	1.91
24231841--24231873	17	1.9	17	88	11	50	57	3	0	39	1.14
24236748--24236787	19	2.0	20	85	4	55	47	17	15	20	1.83
24247297--24247386	25	3.6	25	79	5	65	32	17	23	26	1.97
24249484--24249517	16	2.0	18	88	11	54	29	20	0	50	1.49
24250588--24250637	25	2.0	25	100	0	100	44	24	8	24	1.80
24251945--24251974	15	1.9	15	93	6	51	56	6	0	36	1.26
24263174--24263307	39	3.4	40	82	4	166	44	19	5	30	1.72
24265160--24265204	21	2.2	20	88	7	65	31	0	0	68	0.89
24270186--24270249	24	2.8	24	77	13	71	23	1	3	71	1.08
24270318--24270356	17	2.4	16	83	8	51	23	2	5	69	1.21
24272494--24272752	129	2.0	130	97	0	493	39	13	6	40	1.70
24278388--24278416	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
24280960--24281097	72	1.9	70	86	2	195	26	31	6	36	1.82
24281322--24281484	65	2.5	65	84	5	202	44	19	11	24	1.83
24292989--24293041	24	2.2	25	86	6	74	73	3	0	22	0.99
24296818--24296857	20	2.0	20	100	0	80	30	20	10	40	1.85
24297001--24297135	40	3.4	40	76	11	143	33	22	17	26	1.96
24297970--24298018	17	2.9	17	90	3	73	2	28	6	63	1.30
24298227--24298495	136	2.0	133	91	2	430	34	21	4	39	1.75
24300102--24300136	15	2.3	15	95	0	61	48	8	0	42	1.33
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24306128--24306154	12	2.2	12	100	0	54	37	0	37	25	1.57
24309772--24309807	6	6.0	6	100	0	72	0	0	66	33	0.92
24312355--24312449	49	1.9	49	97	0	181	22	35	20	22	1.96
24312512--24312550	20	2.0	20	84	0	51	25	25	20	28	1.99
24317738--24317774	12	3.2	12	88	7	51	81	0	5	13	0.86
24317746--24317788	21	2.0	22	86	9	61	79	2	11	6	1.02
24317744--24317804	13	4.9	13	78	8	56	77	1	13	8	1.07
24318849--24318895	15	3.1	15	84	9	60	70	0	17	12	1.17
24318925--24319000	12	6.3	12	68	17	50	61	1	25	11	1.38
24318948--24318981	15	2.3	15	89	0	50	67	0	29	2	1.05
24326756--24326785	15	1.9	16	93	6	53	66	6	3	23	1.30
24327962--24327995	14	2.5	14	90	4	52	17	0	32	50	1.47
24328124--24328171	24	2.0	25	83	4	62	68	6	6	18	1.32
24328300--24328350	15	3.5	15	69	15	52	52	15	9	21	1.71
24333409--24333508	51	1.9	52	84	6	132	33	16	6	45	1.71
24351492--24351527	2	18.0	2	94	0	63	0	50	2	47	1.15
24355650--24355687	19	2.1	19	90	5	60	55	2	0	42	1.14
24355693--24355751	9	5.8	10	76	11	50	71	3	5	20	1.20
24362605--24362747	61	2.4	61	79	6	157	39	4	7	47	1.54
24362850--24362888	20	2.0	20	85	10	53	58	0	5	35	1.20
24363197--24363277	24	3.2	24	77	15	85	43	2	1	53	1.22
24363226--24363268	22	2.0	22	85	0	59	48	4	2	44	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24375559--24375583	12	2.1	12	100	0	50	44	8	8	40	1.63
24387829--24387879	21	2.4	22	83	6	61	7	21	1	68	1.25
24396932--24397042	52	2.1	53	89	1	170	35	14	18	32	1.91
24402925--24402998	32	2.2	33	92	4	123	32	0	36	31	1.58
24403513--24403538	10	2.6	10	100	0	52	69	11	0	19	1.18
24406005--24406094	42	2.1	42	85	0	117	24	26	21	27	1.99
24414605--24414657	26	2.1	25	89	3	79	71	16	0	11	1.13
24414871--24414920	13	3.8	13	82	10	66	26	6	26	42	1.78
24416828--24416885	29	2.0	28	83	9	73	48	8	12	31	1.70
24425354--24425510	82	1.9	82	100	0	314	38	21	15	24	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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