genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.67.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  24583705

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21821249--21821285	11	3.4	11	88	0	56	54	0	0	45	1.00
21821256--21821325	26	2.7	25	80	6	95	54	0	1	44	1.09
21825918--21825955	20	1.9	20	88	0	58	18	5	10	65	1.41
21829402--21829777	110	3.4	110	92	1	590	33	19	16	30	1.94
21829702--21829852	75	2.0	75	94	0	266	37	15	15	31	1.89
21830176--21830200	3	8.3	3	100	0	50	68	32	0	0	0.90
21831322--21831363	22	1.9	22	90	0	66	2	4	40	52	1.35
21836317--21836373	24	2.4	24	82	5	71	40	1	5	52	1.34
21838159--21838188	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
21840923--21840954	16	2.1	15	94	5	55	40	6	6	43	1.55
21840988--21841030	21	2.0	21	81	4	50	46	2	2	48	1.27
21844491--21844524	3	11.3	3	100	0	68	67	0	32	0	0.91
21848889--21849315	222	1.9	222	96	0	782	31	20	17	31	1.95
21852986--21853030	20	2.2	20	92	0	72	60	4	0	35	1.17
21860747--21860797	5	10.2	5	81	8	59	19	5	0	74	1.02
21861356--21861440	9	9.4	9	80	0	89	44	20	7	28	1.77
21861356--21861440	18	4.7	18	83	0	107	44	20	7	28	1.77
21861356--21861440	27	3.1	27	86	0	116	44	20	7	28	1.77
21861543--21861586	18	2.4	18	88	0	61	13	2	43	40	1.57
21864139--21864180	20	2.1	20	82	8	50	35	11	7	45	1.69
21868801--21868847	19	2.3	21	80	20	55	27	4	0	68	1.08
21868615--21869107	246	2.0	247	99	0	979	34	6	7	51	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21869047--21869093	19	2.3	21	80	20	55	27	4	0	68	1.08
21870139--21870272	70	1.9	69	89	1	205	33	11	13	41	1.80
21870731--21870757	7	3.9	7	100	0	54	14	14	11	59	1.62
21878005--21878052	14	3.2	14	80	19	53	43	0	0	56	0.99
21877997--21878060	31	2.0	32	90	3	103	45	0	0	54	0.99
21877987--21878051	18	3.9	18	69	19	59	41	0	0	58	0.98
21879068--21879112	23	2.0	23	81	0	54	42	2	4	51	1.34
21880664--21880708	22	2.1	21	84	8	56	55	8	8	26	1.60
21884141--21884174	16	2.1	16	100	0	68	35	23	5	35	1.79
21888342--21888392	22	2.3	22	93	0	84	19	5	13	60	1.53
21888336--21888389	22	2.6	20	80	11	63	18	7	12	61	1.54
21892587--21892735	67	2.2	67	80	3	176	46	18	15	19	1.84
21905665--21905859	97	2.0	97	88	4	286	30	15	15	38	1.88
21921986--21922025	17	2.3	18	95	4	73	25	5	32	37	1.77
21926746--21926789	15	2.7	18	80	20	60	36	52	11	0	1.38
21927179--21927365	90	2.1	90	96	0	347	48	12	8	31	1.69
21936553--21936583	15	2.1	15	93	0	53	54	6	0	38	1.26
21947307--21947483	97	1.8	98	92	1	302	29	16	6	47	1.71
21947859--21948057	99	2.0	100	99	1	391	47	14	7	31	1.70
21948032--21948083	15	3.4	16	76	15	56	55	1	0	42	1.10
21949903--21949935	16	2.1	16	100	0	66	24	6	12	57	1.57
21971850--21971901	28	1.9	28	84	7	72	48	9	15	26	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21972788--21972852	15	4.4	14	73	7	58	58	4	0	36	1.19
21976513--21976545	15	2.2	15	94	0	57	30	9	33	27	1.88
21977214--21977279	32	2.1	32	97	0	123	39	12	13	34	1.82
21977940--21977988	4	12.2	4	87	12	66	24	0	28	46	1.53
21977940--21977991	16	2.8	19	88	11	74	25	0	28	46	1.53
21978485--21978520	9	4.0	9	85	0	54	80	2	0	16	0.83
21985130--21985178	18	2.7	19	84	9	66	73	6	4	16	1.19
21989335--21989389	28	2.0	28	89	7	85	41	0	18	40	1.50
21989348--21989480	67	2.0	67	85	4	180	40	0	15	43	1.47
21989356--21989471	34	3.5	33	84	3	151	38	0	18	43	1.50
21992316--21992609	23	12.7	23	82	1	345	26	11	19	42	1.86
21993108--21993145	18	2.1	18	90	0	58	42	10	23	23	1.85
21994549--21994677	43	3.0	42	80	15	156	22	18	28	30	1.97
22001739--22001858	35	3.3	35	86	8	177	22	8	40	28	1.83
22002544--22002597	22	2.5	22	81	6	65	29	1	1	66	1.12
22004775--22004806	16	2.0	17	88	11	50	6	34	0	59	1.23
22005542--22005653	54	2.1	54	100	0	224	25	14	33	26	1.94
22009353--22009410	24	2.4	24	82	0	71	31	24	10	34	1.89
22010327--22010411	1	85.0	1	71	0	62	2	9	2	85	0.76
22010327--22010411	17	4.9	17	85	5	91	2	9	2	85	0.76
22014866--22014895	6	5.0	6	100	0	60	33	0	16	50	1.46
22014960--22015026	29	2.2	30	79	10	75	58	0	7	34	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22017867--22018215	3	116.0	3	99	0	689	66	0	0	33	0.94
22020160--22020320	51	3.3	50	81	15	219	34	14	22	28	1.93
22020177--22020320	44	3.1	44	80	16	191	32	15	22	29	1.95
22021577--22021639	30	2.1	30	84	0	81	42	0	6	50	1.27
22023133--22023263	69	1.9	69	90	0	208	27	20	20	31	1.98
22024579--22024614	18	2.1	18	90	10	58	66	8	0	25	1.19
22027519--22027694	94	1.9	94	100	0	352	37	14	7	40	1.75
22028425--22028464	19	2.0	21	85	9	57	52	10	0	37	1.35
22029039--22029080	13	3.4	13	75	24	54	47	9	0	42	1.36
22032373--22032572	41	4.9	41	85	2	249	32	17	25	25	1.96
22034482--22034681	41	4.9	41	82	4	233	32	17	25	25	1.96
22035485--22035724	122	2.0	122	95	0	435	35	7	15	41	1.75
22047154--22047205	22	2.3	22	83	6	59	23	25	19	32	1.97
22047167--22047211	22	2.0	22	100	0	90	20	22	17	40	1.92
22048209--22048268	31	1.9	31	96	0	111	23	1	26	48	1.60
22050379--22050495	58	2.0	58	96	3	218	35	6	5	52	1.50
22050768--22050797	6	5.2	6	96	4	53	86	13	0	0	0.57
22051619--22051746	34	3.9	34	73	10	113	40	0	14	44	1.50
22051957--22051982	10	2.6	10	100	0	52	73	7	0	19	1.07
22052871--22052899	15	1.9	15	100	0	58	37	6	41	13	1.72
22054919--22054958	18	2.2	18	90	0	62	42	10	30	17	1.82
22059313--22059383	34	2.1	34	94	0	124	54	19	11	14	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22059380--22059405	1	26.0	1	100	0	52	100	0	0	0	0.00
22062764--22062816	26	2.0	26	85	0	70	32	16	9	41	1.81
22063718--22063773	23	2.4	23	82	8	60	62	0	3	33	1.12
22064878--22065052	91	1.9	94	84	3	239	36	13	9	40	1.77
22067780--22067807	11	2.5	11	100	0	56	42	10	0	46	1.38
22080229--22080271	18	2.5	17	80	3	50	60	2	0	37	1.10
22082099--22082151	11	4.7	11	77	11	54	66	1	1	30	1.13
22091340--22091393	26	2.0	27	92	3	92	40	11	1	46	1.50
22091865--22091915	21	2.4	21	75	12	59	45	37	5	11	1.65
22095478--22095504	13	2.1	13	100	0	54	29	22	22	25	1.99
22097532--22097566	18	1.9	18	100	0	70	31	28	17	22	1.96
22105084--22105116	5	6.6	5	92	0	57	3	0	57	39	1.14
22105084--22105124	10	4.1	10	93	0	55	7	0	51	41	1.30
22105317--22105366	18	2.8	18	77	17	50	72	6	0	22	1.07
22106628--22106658	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
22107915--22107940	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
22117135--22117186	21	2.5	22	81	12	65	28	0	1	69	0.99
22120695--22120742	24	2.0	24	100	0	96	37	12	20	29	1.90
22135802--22135826	10	2.5	10	100	0	50	88	0	12	0	0.53
22135803--22135850	15	3.1	15	79	5	51	83	0	8	8	0.82
22135808--22135855	15	3.2	15	80	8	53	79	0	8	12	0.94
22141689--22141759	28	2.5	28	88	2	97	56	7	7	29	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22146693--22146733	20	2.1	20	86	13	59	65	0	0	34	0.93
22148992--22149043	20	2.7	19	83	13	70	28	0	1	69	0.99
22149792--22150060	141	1.9	142	83	5	348	38	13	15	32	1.86
22150307--22150469	69	2.3	74	78	15	205	40	5	14	39	1.70
22150088--22150563	237	2.0	238	81	3	564	38	6	17	37	1.75
22151038--22151117	39	2.1	38	92	2	133	65	0	3	31	1.11
22152084--22152129	23	2.0	23	86	0	65	28	8	17	45	1.78
22154929--22154977	13	3.9	13	81	5	57	67	20	0	12	1.22
22157045--22157126	33	2.6	32	90	5	123	57	8	8	25	1.57
22157513--22157543	14	2.2	14	100	0	62	58	12	6	22	1.58

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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