genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.25.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  24583705

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7461501--7461532	17	1.9	17	93	6	57	46	0	9	43	1.35
7470086--7470123	15	2.6	14	84	8	58	26	10	0	63	1.27
7474609--7474707	33	3.1	33	88	2	130	50	1	5	43	1.30
7474653--7474709	17	3.4	17	69	13	55	54	1	5	38	1.33
7476023--7476084	32	1.9	32	90	6	99	30	19	12	37	1.89
7478161--7478240	42	1.9	42	82	10	101	17	32	25	25	1.97
7482947--7483281	167	2.0	167	100	0	670	30	13	17	38	1.88
7486013--7486037	13	1.9	13	100	0	50	40	16	4	40	1.67
7486805--7486874	24	2.8	25	74	20	83	28	28	15	27	1.96
7486805--7486900	49	1.9	49	85	6	131	29	27	16	27	1.97
7513289--7513370	32	2.6	32	82	5	103	26	2	19	51	1.59
7514721--7514767	19	2.4	19	85	3	67	51	12	8	27	1.69
7517263--7517294	7	4.6	7	96	0	55	9	0	15	75	1.05
7524094--7524144	21	2.4	21	100	0	102	29	11	21	37	1.89
7524642--7524702	31	2.0	31	90	0	95	39	8	8	44	1.64
7525498--7525552	22	2.5	22	82	8	69	43	18	21	16	1.88
7525506--7525552	11	4.4	11	84	12	53	44	19	23	12	1.85
7525505--7525556	27	1.9	27	88	7	79	44	19	23	13	1.86
7525498--7525553	5	10.2	6	75	14	50	42	17	21	17	1.89
7528396--7528561	28	6.0	28	79	4	156	21	13	8	56	1.63
7528396--7528561	57	3.0	55	78	6	165	21	13	8	56	1.63
7528416--7528588	28	6.3	27	75	7	114	22	13	6	57	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7528445--7528597	83	1.8	83	81	5	193	24	13	5	57	1.56
7530606--7530778	20	8.7	19	72	13	109	50	9	18	21	1.75
7530639--7530778	40	3.5	39	77	9	131	50	10	19	20	1.75
7530606--7530778	80	2.2	80	80	6	190	50	9	18	21	1.75
7531626--7531672	20	2.3	20	82	7	60	65	6	6	21	1.38
7537052--7537101	27	1.9	27	84	8	68	66	4	0	30	1.10
7545276--7545415	42	3.3	42	75	11	133	25	16	22	36	1.94
7547359--7547415	21	2.7	22	76	15	59	47	10	1	40	1.48
7548579--7548657	40	2.0	40	84	0	104	32	22	30	13	1.93
7548600--7548657	20	2.9	21	82	10	84	27	24	32	15	1.95
7548594--7548687	40	2.4	39	82	7	100	31	22	29	15	1.95
7551957--7551994	20	1.9	20	88	0	58	68	0	5	26	1.11
7559150--7559260	45	2.5	45	74	2	107	34	17	25	23	1.96
7579116--7579196	23	3.5	23	83	5	92	40	16	11	32	1.83
7579860--7579902	18	2.4	18	92	7	70	25	48	4	20	1.69
7580034--7580089	23	2.5	23	83	13	64	57	0	5	37	1.22
7580826--7580884	29	2.0	29	80	6	66	42	1	16	38	1.59
7581485--7581527	18	2.4	19	92	7	72	48	0	0	51	1.00
7592840--7592947	51	2.1	51	91	0	171	42	11	14	31	1.81
7595238--7595284	20	2.3	20	92	0	76	38	19	19	23	1.93
7600155--7600188	12	3.0	11	87	8	50	23	5	0	70	1.09
7604850--7605032	43	4.3	43	83	2	233	25	30	20	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7604850--7605032	86	2.1	86	89	2	278	25	30	20	24	1.99
7605004--7605059	27	2.1	27	86	0	76	23	35	21	19	1.96
7604961--7605102	70	2.0	70	90	2	223	22	30	19	26	1.98
7604918--7605145	113	2.0	113	87	1	323	21	30	20	26	1.98
7604875--7605170	156	1.9	156	86	4	427	21	29	20	27	1.98
7605031--7605172	43	3.3	43	79	5	171	19	28	21	30	1.97
7605031--7605215	86	2.2	85	83	3	219	21	26	21	31	1.98
7612618--7612661	19	2.2	20	88	4	63	29	2	40	27	1.68
7613180--7613217	20	1.9	20	88	0	58	55	7	2	34	1.43
7613501--7613556	7	8.0	7	79	0	58	44	35	1	17	1.60
7613485--7613555	14	5.1	14	76	8	65	42	33	2	21	1.67
7613489--7613555	21	3.2	21	84	0	89	44	32	2	19	1.66
7614165--7614478	114	2.8	110	71	8	245	25	20	24	29	1.99
7622206--7622246	21	2.0	21	85	0	55	26	9	2	60	1.40
7623842--7623890	21	2.4	21	86	3	64	34	12	22	30	1.91
7623925--7623959	18	2.0	17	88	5	52	48	11	14	25	1.77
7624393--7624450	26	2.2	26	79	11	66	50	3	0	46	1.18
7624547--7624593	25	1.9	24	82	4	58	48	8	4	38	1.53
7626276--7626334	29	2.0	30	86	3	84	30	6	16	45	1.74
7626468--7626535	31	2.2	32	82	7	79	48	7	4	39	1.51
7638151--7638194	22	2.0	23	86	4	63	50	2	9	38	1.47
7639651--7639882	89	2.6	89	91	0	365	28	24	15	31	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7639673--7639996	133	2.4	133	86	0	414	29	23	16	30	1.96
7640026--7640242	45	4.9	44	76	4	220	27	21	18	32	1.97
7639865--7640150	152	1.9	152	95	0	518	28	24	15	32	1.95
7640026--7640237	89	2.4	89	95	0	370	28	22	18	31	1.97
7646996--7647039	22	2.0	23	86	4	63	50	2	9	38	1.47
7653476--7653693	47	4.6	48	79	7	230	24	28	20	26	1.99
7653524--7653792	50	5.6	48	76	11	237	21	30	20	27	1.98
7653476--7653793	95	3.3	95	86	4	390	22	29	20	27	1.98
7656332--7656364	15	2.2	15	100	0	66	45	18	9	27	1.79
7668915--7669042	57	2.3	56	87	1	184	35	18	4	40	1.72
7673230--7673290	24	2.5	24	82	7	70	54	1	4	39	1.32
7673934--7673977	21	2.2	20	88	8	63	38	15	6	38	1.75
7674030--7674143	40	2.9	39	87	6	151	32	22	22	21	1.98
7674198--7674341	40	3.5	39	86	7	189	24	20	22	32	1.98
7674198--7674353	41	3.8	41	86	2	233	25	21	23	30	1.99
7675068--7675110	21	2.0	21	86	0	59	20	0	39	39	1.53
7675399--7676040	284	2.2	288	88	3	931	21	18	18	41	1.90
7677613--7677638	9	2.9	9	100	0	52	46	11	11	30	1.76
7677852--7678075	43	5.3	43	84	3	274	24	19	29	26	1.99
7677852--7678075	85	2.6	85	88	2	306	24	19	29	26	1.99
7681470--7681503	2	17.5	2	93	6	61	52	0	0	47	1.00
7684052--7684376	161	2.0	161	98	0	623	36	19	17	26	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7684387--7684412	3	8.7	3	100	0	52	34	0	65	0	0.93
7686990--7687151	63	2.6	63	86	3	227	37	17	25	19	1.94
7687173--7687248	33	2.3	33	84	4	100	42	14	23	19	1.88
7687239--7687314	33	2.3	33	81	4	100	47	13	18	21	1.82
7692511--7692553	14	3.1	14	80	10	52	58	0	0	41	0.98
7698494--7698564	34	2.1	34	97	0	133	26	16	19	36	1.94
7699423--7699500	29	2.7	29	76	11	88	19	14	24	42	1.88
7700735--7700868	68	2.0	68	86	5	191	51	3	2	41	1.35
7717664--7717690	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
7719796--7719852	25	2.2	27	81	12	75	26	3	8	61	1.42
7721471--7721593	49	2.5	49	86	4	158	36	31	13	18	1.89
7723833--7723879	23	2.0	23	88	8	69	25	0	4	70	1.05
7725031--7725073	19	2.3	19	80	8	52	16	13	16	53	1.73
7730170--7730625	138	3.4	137	73	12	410	32	18	22	26	1.97
7730014--7730734	261	2.8	260	87	0	1019	31	17	23	27	1.97
7730303--7730736	123	3.4	123	71	12	388	32	16	23	28	1.96
7730373--7730521	51	2.9	51	76	0	154	30	20	23	26	1.98
7730519--7730628	51	2.2	51	86	0	148	32	15	21	30	1.94
7730750--7731101	44	7.8	43	75	10	226	30	18	20	29	1.97
7730755--7731113	183	2.0	182	80	4	411	31	18	20	29	1.96
7730750--7731204	227	2.0	227	89	0	703	31	18	20	29	1.96
7732660--7732720	23	2.7	21	73	16	59	24	1	3	70	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7732798--7732858	3	20.3	3	86	0	77	32	6	1	59	1.33
7734806--7734833	10	2.8	10	100	0	56	28	0	0	71	0.86
7735268--7735306	20	2.0	20	89	0	60	35	10	23	30	1.88
7736839--7736899	24	2.5	24	76	5	61	16	37	3	42	1.64
7737118--7737146	12	2.4	12	100	0	58	37	17	17	27	1.92
7739211--7739253	14	3.1	14	81	15	54	67	2	0	30	1.03
7741512--7741573	29	2.1	31	81	6	74	37	1	12	48	1.51
7744352--7744385	18	1.9	18	88	5	52	38	0	0	61	0.96
7757796--7757846	6	8.5	6	91	0	75	0	62	0	37	0.95
7760438--7760504	34	1.9	35	87	3	100	46	11	8	32	1.72

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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