genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.65.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  24583705

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20915671--20915709	10	3.9	10	86	0	60	38	0	2	58	1.12
20916731--20916928	16	12.0	16	64	27	69	45	18	2	34	1.61
20916731--20916956	9	25.0	9	67	24	95	45	18	1	34	1.60
20916778--20916802	13	1.9	13	100	0	50	40	8	0	52	1.31
20916759--20916861	38	2.7	39	89	7	149	44	15	0	38	1.53
20916836--20916920	43	2.0	43	83	4	109	47	22	2	28	1.64
20916864--20916923	25	2.3	26	80	13	70	50	21	1	26	1.59
20916856--20916927	34	2.1	34	86	0	99	48	22	2	26	1.64
20916902--20916958	28	2.0	27	83	12	71	47	21	0	31	1.51
20926194--20926264	21	3.4	21	78	0	79	32	21	45	1	1.61
20926585--20926694	42	2.6	42	88	5	152	36	20	17	25	1.94
20926673--20926831	83	1.9	84	83	3	205	23	18	22	35	1.95
20926626--20926820	42	4.7	42	84	4	218	27	19	21	31	1.97
20929549--20929594	5	9.0	5	97	2	83	41	0	0	58	0.98
20930292--20930379	43	2.0	44	97	2	169	38	20	12	28	1.89
20936284--20936343	31	1.9	31	90	6	95	35	23	6	35	1.81
20937724--20937785	21	3.0	20	84	11	81	50	3	1	45	1.27
20937679--20937797	16	7.8	16	67	19	67	49	3	2	44	1.32
20954185--20954252	7	9.9	7	83	3	75	16	1	39	42	1.57
20954324--20954364	21	2.0	21	85	0	55	21	2	24	51	1.60
20954379--20954428	7	7.1	7	83	0	55	20	0	36	44	1.52
20954379--20954435	21	2.7	21	83	0	78	21	0	33	45	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20958571--20958869	148	2.0	149	99	0	591	38	9	12	40	1.75
20959037--20959133	40	2.4	39	81	6	113	36	17	21	24	1.95
20959181--20959430	82	3.1	79	82	8	261	18	18	30	32	1.95
20959181--20959434	41	6.2	40	81	8	219	18	18	30	33	1.95
20959648--20959713	21	3.2	21	75	10	55	18	3	25	53	1.59
20959803--20960116	156	2.0	156	96	1	585	29	10	15	44	1.80
20960386--20960648	83	3.2	83	93	0	436	39	14	17	29	1.89
20961550--20961629	31	2.6	31	93	0	133	20	15	20	45	1.86
20962458--20962485	12	2.3	12	100	0	56	32	7	10	50	1.64
20966995--20967117	45	2.7	45	86	2	149	32	14	13	39	1.86
20974760--20974786	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
20980866--20980933	27	2.5	27	85	0	100	32	17	19	30	1.95
20981153--20981187	18	2.0	18	94	5	63	25	40	22	11	1.88
20982049--20982140	46	2.0	46	100	0	184	43	13	13	30	1.81
20987101--20987156	18	3.1	18	82	5	60	33	1	1	62	1.16
20987061--20987184	47	2.6	45	81	12	135	33	2	1	62	1.18
20987061--20987182	46	2.6	45	83	8	140	33	2	1	62	1.18
20994213--20994253	5	8.4	5	94	5	75	41	0	0	58	0.98
20994766--20994831	31	2.1	31	83	5	80	31	13	15	39	1.86
20994905--20995056	3	49.0	3	71	13	78	58	5	4	30	1.42
20995114--20995162	23	2.1	24	84	3	64	67	4	4	24	1.26
21003327--21003645	44	7.0	44	75	14	250	31	18	20	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21003570--21003659	44	2.0	44	86	0	126	28	20	24	26	1.99
21007108--21007177	24	3.1	24	82	15	96	5	28	14	51	1.65
21007520--21007552	14	2.4	14	94	0	57	18	15	15	51	1.77
21015328--21015470	24	6.0	24	93	0	223	19	30	29	20	1.97
21023775--21023804	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
21032116--21032254	46	3.0	46	96	0	251	28	26	8	35	1.86
21043949--21043988	18	2.2	18	86	0	53	40	40	5	15	1.68
21044138--21044213	9	8.4	9	85	0	89	26	10	23	39	1.87
21044138--21044213	27	2.8	27	84	4	100	26	10	23	39	1.87
21049247--21049295	21	2.3	21	78	0	53	10	36	20	32	1.86
21056787--21056825	3	13.0	3	88	0	60	0	38	0	61	0.96
21056787--21056825	12	3.2	12	96	0	69	0	38	0	61	0.96
21059220--21060260	421	2.5	419	91	2	1635	34	14	17	32	1.91
21071930--21071988	25	2.3	27	80	16	72	27	23	3	45	1.68
21076922--21076954	2	16.5	2	93	0	57	51	0	3	45	1.16
21077167--21077307	44	3.2	43	83	3	174	38	23	6	31	1.80
21081502--21081545	22	2.0	22	100	0	88	22	9	13	54	1.67
21084889--21084929	21	2.0	21	90	9	66	41	4	2	51	1.36
21086322--21086365	23	2.0	21	86	8	61	38	11	2	47	1.52
21098467--21098525	32	1.9	31	86	6	84	62	6	0	30	1.21
21098879--21099144	131	2.0	132	99	0	525	39	9	1	48	1.47
21103135--21103191	6	9.5	6	80	12	55	3	17	0	78	0.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21112991--21113062	34	2.1	34	100	0	144	48	8	18	25	1.75
21113874--21113904	5	6.4	5	92	7	55	80	0	19	0	0.71
21113875--21113919	14	3.2	14	87	0	63	75	4	17	2	1.07
21119479--21119536	25	2.3	25	78	0	62	31	17	25	25	1.97
21119592--21119639	24	2.0	24	87	0	69	31	18	25	25	1.98
21119651--21119699	26	1.9	25	91	4	80	32	20	26	20	1.97
21124493--21124573	24	3.4	23	70	16	58	28	19	13	38	1.90
21126648--21126675	8	3.5	8	100	0	56	39	0	0	60	0.97
21128530--21128581	24	2.2	24	82	6	61	65	1	3	28	1.21
21128788--21128824	15	2.3	17	86	9	51	54	0	8	37	1.30
21129325--21129378	17	3.2	17	73	19	51	57	1	5	35	1.33
21129374--21129410	19	2.0	20	89	10	60	56	0	2	40	1.13
21129576--21129618	21	2.0	21	82	8	52	37	9	4	48	1.56
21130286--21130352	27	2.5	28	82	4	75	53	2	2	40	1.31
21135805--21135875	35	2.0	35	100	0	142	25	16	19	38	1.93
21137949--21137989	20	2.0	20	85	0	55	48	4	0	46	1.23
21146504--21146532	13	2.1	14	93	6	51	13	0	6	79	0.93
21151022--21151212	28	6.8	28	68	4	107	33	12	19	34	1.89
21151068--21151212	56	2.6	56	83	2	175	35	14	17	32	1.91
21176385--21176412	13	2.2	13	100	0	56	64	0	14	21	1.29
21177098--21177154	30	1.9	30	82	10	73	31	1	12	54	1.48
21177434--21177491	26	2.2	26	87	6	82	15	22	24	37	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21180966--21181108	71	2.0	69	93	2	241	40	6	18	33	1.78
21198128--21198153	2	13.0	2	100	0	52	0	50	0	50	1.00
21208616--21208669	22	2.6	21	77	8	65	33	0	3	62	1.12
21209841--21209898	30	1.9	30	85	0	80	29	6	18	44	1.76
21213873--21213902	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
21238693--21238747	24	2.4	24	84	6	69	21	18	30	29	1.97
21238680--21238747	22	3.0	22	79	8	82	23	19	29	27	1.98
21238829--21238899	28	2.6	29	82	8	94	38	16	21	23	1.93
21240541--21240738	97	2.1	96	97	0	369	29	16	18	36	1.92
21260222--21260268	4	10.8	4	82	17	58	21	2	4	72	1.12
21267204--21267230	5	5.4	5	100	0	54	0	22	0	77	0.76
21269598--21270320	361	2.0	362	99	0	1439	40	8	11	39	1.72
21278322--21278346	13	1.9	13	100	0	50	24	8	4	64	1.38
21280670--21280822	60	2.5	60	83	4	200	24	15	14	45	1.83
21308909--21308954	3	15.3	3	100	0	92	0	34	0	65	0.93
21309726--21309796	27	2.6	27	77	0	70	26	25	28	19	1.99
21315089--21315126	20	1.9	20	88	0	58	44	10	7	36	1.68
21315426--21315505	27	3.0	27	79	0	79	25	27	22	25	2.00
21315456--21315523	27	2.5	27	80	0	64	27	27	20	23	1.99
21317168--21317359	97	2.0	97	96	0	357	31	11	13	43	1.80
21317448--21317491	22	1.9	24	86	9	65	40	13	2	43	1.57
21318406--21318439	11	2.8	13	91	8	54	44	11	8	35	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21339479--21339610	62	2.1	62	98	0	255	36	9	12	40	1.77
21347133--21347161	3	9.7	3	100	0	58	68	0	31	0	0.89
21355566--21355735	53	3.2	53	67	11	166	43	5	4	46	1.47
21355555--21355770	107	2.0	108	99	0	425	44	4	6	44	1.49
21355589--21355753	53	3.1	53	66	11	156	43	6	4	45	1.50
21373270--21373299	7	4.3	7	95	0	51	16	0	40	43	1.48
21374111--21374182	30	2.4	30	86	9	101	38	13	18	29	1.89
21375390--21375587	44	4.3	44	84	11	254	30	23	15	30	1.95
21375382--21375584	95	2.1	95	91	1	327	30	24	14	31	1.95
21390450--21390533	9	9.3	9	75	5	62	28	1	41	28	1.64

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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