genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.9.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  24583705

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2407982--2408044	15	3.9	16	84	11	76	76	0	22	1	0.88
2408147--2408185	20	2.1	17	86	13	51	71	0	28	0	0.86
2408161--2408198	15	2.5	16	87	8	53	81	0	18	0	0.69
2408958--2409013	16	3.1	19	77	17	64	35	12	7	44	1.70
2408967--2409012	18	2.5	19	80	16	53	39	13	6	41	1.70
2408973--2409011	18	2.3	18	86	8	55	38	12	7	41	1.72
2409866--2409903	15	2.5	15	95	0	67	50	0	28	21	1.49
2422439--2422469	7	4.4	7	100	0	62	74	0	0	25	0.82
2422596--2422636	6	6.8	6	97	0	64	85	4	0	9	0.73
2422593--2422639	18	2.5	19	86	6	69	82	4	0	12	0.80
2426549--2426579	14	2.2	14	94	0	53	38	0	12	48	1.42
2429106--2429139	17	1.9	17	88	5	50	14	0	8	76	1.01
2430159--2430207	24	2.0	24	92	0	80	67	2	4	26	1.19
2430153--2430207	24	2.3	25	84	9	78	69	1	5	23	1.19
2439351--2439515	81	2.0	82	98	1	323	49	12	6	32	1.65
2444585--2444657	29	2.5	29	88	0	101	13	24	42	19	1.87
2445306--2445349	23	1.9	23	86	9	63	27	13	13	45	1.81
2447460--2447536	37	2.1	37	83	7	95	42	6	2	48	1.42
2447790--2447833	16	2.7	16	82	3	52	63	2	2	31	1.19
2453192--2453222	3	10.0	3	93	6	53	64	0	0	35	0.94
2454874--2454912	1	39.0	1	100	0	78	100	0	0	0	0.00
2454953--2454977	2	12.5	2	100	0	50	52	48	0	0	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2458509--2459174	330	2.0	330	100	0	1332	46	6	11	35	1.66
2467087--2467116	15	2.0	15	93	0	51	40	10	0	50	1.36
2472043--2472070	1	28.0	1	100	0	56	100	0	0	0	0.00
2478810--2478845	12	3.0	12	91	0	63	22	11	16	50	1.77
2484238--2484288	15	3.4	15	71	17	52	52	27	0	19	1.46
2484232--2484296	30	2.2	29	91	5	105	49	27	0	23	1.50
2484249--2484303	16	3.6	16	74	16	53	49	30	0	20	1.49
2484249--2484311	15	4.1	16	75	15	62	47	31	0	20	1.51
2484360--2484715	44	7.8	44	69	16	167	50	24	0	25	1.54
2484539--2484587	15	3.3	15	81	13	57	53	26	0	20	1.46
2484539--2484576	14	2.6	14	84	15	51	55	26	0	18	1.43
2484425--2484565	66	2.1	67	79	7	173	49	26	0	22	1.55
2484617--2484797	21	8.5	20	68	15	62	47	23	0	28	1.56
2484617--2484706	42	2.1	42	82	8	103	47	22	0	30	1.51
2484340--2485014	22	30.2	22	66	18	145	48	25	0	25	1.56
2484560--2484809	65	3.8	65	71	7	175	48	24	0	27	1.54
2484572--2484801	43	5.3	44	72	14	140	48	23	0	27	1.54
2484828--2485014	43	4.2	44	72	17	138	49	28	0	21	1.50
2484833--2485014	21	8.2	21	68	18	73	48	29	0	21	1.50
2484863--2484915	14	3.7	14	85	7	63	47	28	0	24	1.52
2484863--2485008	65	2.2	64	83	8	170	47	29	0	22	1.51
2485111--2486185	53	20.3	53	97	0	1830	43	8	3	44	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2489187--2489641	126	3.6	126	92	1	698	28	24	17	29	1.97
2489974--2490032	29	2.1	29	84	9	77	42	15	20	22	1.89
2492472--2492502	15	2.0	16	93	6	55	35	6	0	58	1.24
2509657--2509743	44	2.0	44	82	13	108	63	5	11	19	1.47
2512551--2512626	24	3.1	24	79	5	82	36	17	25	21	1.94
2514788--2514859	28	2.6	28	88	0	99	31	12	26	29	1.93
2518420--2518454	3	11.7	3	100	0	70	31	0	0	68	0.90
2519846--2519894	23	2.1	23	84	3	62	48	8	2	40	1.44
2519810--2520088	145	1.9	146	86	7	397	41	8	5	44	1.58
2520515--2520546	2	16.0	2	100	0	64	0	50	0	50	1.00
2520549--2520600	23	2.2	24	80	16	56	0	9	9	80	0.90
2520657--2520722	13	5.1	13	76	7	62	33	4	24	37	1.76
2528518--2528647	61	2.1	61	78	5	138	44	3	13	39	1.59
2541482--2541535	21	2.6	21	81	0	63	53	12	1	31	1.50
2555038--2555114	41	1.9	41	84	7	104	58	2	2	36	1.26
2557228--2557261	15	2.3	15	89	0	50	20	26	5	47	1.73
2559017--2559066	22	2.2	24	80	16	63	56	18	0	26	1.42
2559890--2560071	71	2.6	71	88	1	258	30	21	22	25	1.99
2562592--2562825	36	6.4	36	70	9	159	34	22	20	22	1.97
2563097--2563548	2	226.0	2	100	0	904	50	0	0	50	1.00
2565432--2565469	16	2.2	18	86	9	53	68	2	0	28	1.03
2567546--2567660	38	3.2	38	62	28	95	34	13	12	39	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2567501--2567715	71	3.0	71	98	0	412	35	13	11	39	1.81
2568187--2568218	15	2.1	15	94	0	55	31	0	25	43	1.55
2574607--2574790	91	2.0	92	98	1	361	44	7	8	40	1.63
2577687--2578102	207	2.0	208	99	0	825	31	15	13	39	1.86
2578897--2578965	31	2.2	31	82	5	86	37	13	7	42	1.71
2583741--2583780	20	2.0	20	85	4	55	57	7	2	32	1.40
2594708--2594776	28	2.4	29	83	9	90	37	13	23	26	1.91
2594708--2594785	28	2.8	28	78	3	68	41	11	21	25	1.87
2601084--2601144	2	30.5	2	100	0	122	0	0	49	50	1.00
2604840--2605492	108	6.0	108	93	0	1081	29	5	27	37	1.80
2608771--2608828	29	2.0	29	83	12	75	32	8	12	46	1.71
2611198--2611222	4	6.2	4	100	0	50	76	0	0	24	0.80
2613637--2613733	40	2.3	41	91	5	151	62	0	2	35	1.07
2615397--2615427	9	3.4	9	95	0	53	25	0	3	70	1.02
2615424--2615452	12	2.3	13	94	5	51	27	0	0	72	0.85
2618941--2618989	27	1.9	25	84	12	64	38	0	8	53	1.31
2624084--2624144	28	2.1	30	82	11	74	36	3	1	59	1.24
2624167--2624404	118	2.0	119	99	0	469	41	8	10	40	1.69
2624902--2624930	14	2.1	14	100	0	58	44	6	27	20	1.77
2630519--2630557	21	1.9	20	84	5	51	2	10	23	64	1.37
2635680--2635707	13	2.2	13	100	0	56	39	0	0	60	0.97
2636379--2636444	31	2.2	31	83	5	82	21	12	10	56	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2643455--2643484	10	3.0	10	90	0	51	70	3	0	26	1.03
2643473--2643512	19	2.2	18	86	4	53	62	0	5	32	1.17
2643559--2643677	17	6.4	17	67	24	62	48	1	4	45	1.31
2643543--2643616	36	2.1	34	78	14	78	54	1	1	43	1.17
2643645--2643679	8	4.2	8	85	7	52	51	0	0	48	1.00
2644375--2644412	16	2.4	16	90	0	58	2	10	7	78	1.04
2644391--2644444	24	2.2	24	81	12	67	7	12	5	74	1.21
2644407--2644470	32	2.0	32	82	11	78	12	12	4	70	1.31
2644463--2644526	4	16.8	4	78	15	55	15	1	6	76	1.06
2644463--2644501	13	3.2	12	86	10	53	17	2	5	74	1.12
2644471--2644526	17	3.6	16	86	11	64	14	1	7	76	1.07
2654851--2654878	7	4.0	7	100	0	56	42	0	0	57	0.99
2654966--2655009	23	1.9	23	85	0	61	40	0	4	54	1.21
2655011--2655058	25	1.9	25	84	16	64	60	4	2	33	1.27
2656878--2656905	7	4.0	7	100	0	56	42	0	0	57	0.99
2656993--2657036	23	1.9	23	85	0	61	40	0	4	54	1.21
2657038--2657085	25	1.9	25	84	16	64	60	4	2	33	1.27
2657291--2657325	17	2.0	18	88	5	54	88	8	0	2	0.61
2657291--2657316	13	2.0	13	100	0	52	92	7	0	0	0.39
2659194--2659221	14	2.0	14	100	0	56	7	28	0	64	1.20
2659174--2659218	19	2.5	18	83	16	58	6	26	0	66	1.16
2662319--2662426	45	2.6	43	82	8	116	33	29	4	32	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2663310--2663593	126	2.3	126	93	1	489	32	19	21	27	1.97
2666670--2666737	33	2.2	30	80	12	75	41	10	5	42	1.63
2667238--2667280	18	2.4	18	88	0	59	44	9	27	18	1.80
2667359--2667428	30	2.3	30	80	0	77	11	15	42	30	1.82
2669279--2669335	22	2.6	22	83	2	62	49	3	28	19	1.65
2669694--2669742	19	2.6	18	78	9	53	22	6	0	71	1.08
2669680--2669745	18	3.6	18	74	13	62	28	7	0	63	1.21
2671123--2671160	15	2.5	15	87	8	51	31	2	2	63	1.22
2690284--2690360	29	2.6	29	83	4	91	45	15	12	25	1.82
2694163--2694199	15	2.4	16	82	17	51	59	0	5	35	1.20

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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