genome.fa.s224.2.7.7.80.10.50.1000.16.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168049.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_30, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  11202444

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2088144--2088212	26	2.6	26	81	4	75	43	1	2	52	1.25
2090028--2090066	13	2.9	13	88	3	51	66	2	5	25	1.25
2096086--2096144	30	2.0	30	93	6	102	37	8	0	54	1.31
2096427--2096456	11	2.7	11	89	0	51	20	0	0	80	0.72
2096424--2096459	17	2.2	17	95	5	65	27	0	0	72	0.85
2096293--2096570	135	2.0	137	91	4	447	39	3	6	50	1.44
2097222--2097267	21	2.2	21	88	11	69	41	2	0	56	1.11
2097191--2097277	45	1.9	45	83	4	113	41	1	0	57	1.06
2100760--2101005	46	5.6	45	72	15	208	40	17	10	31	1.84
2100807--2100957	82	1.9	81	85	4	205	39	15	10	33	1.82
2100725--2101003	128	2.2	128	96	0	522	40	17	10	31	1.84
2101001--2101305	50	6.1	48	76	6	223	42	16	9	30	1.81
2101001--2101119	49	2.4	49	90	2	177	44	15	7	31	1.75
2101238--2101370	67	2.0	66	86	4	187	44	17	8	30	1.78
2101883--2101930	15	3.2	15	77	11	53	4	14	0	81	0.84
2101899--2101946	23	2.1	23	84	0	60	4	16	0	79	0.89
2102524--2102588	12	5.2	12	75	12	51	6	3	6	84	0.85
2102525--2102613	20	4.7	18	68	26	58	6	4	6	82	0.96
2102537--2102589	6	9.0	6	85	4	63	5	1	9	83	0.89
2102573--2102631	27	2.2	26	82	11	75	6	10	3	79	1.03
2114592--2115014	143	3.0	144	84	4	552	33	12	11	42	1.80
2123593--2123631	20	2.0	20	89	0	60	7	0	41	51	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2123588--2123769	7	27.4	7	67	15	75	12	2	37	47	1.54
2123613--2123735	13	9.4	13	74	9	99	11	3	39	46	1.56
2123613--2123742	52	2.5	52	80	6	145	12	3	38	46	1.57
2123602--2123742	26	5.4	25	75	11	104	12	2	37	47	1.55
2123647--2123735	39	2.3	40	86	5	128	11	4	37	47	1.60
2124707--2124736	16	1.9	15	93	6	51	66	6	0	26	1.16
2126262--2126773	49	10.5	48	79	7	489	41	12	15	30	1.84
2126262--2126773	196	2.6	195	83	4	624	41	12	15	30	1.84
2127203--2127240	19	2.0	20	89	5	60	15	28	0	55	1.41
2127393--2127476	33	2.6	33	87	7	111	23	20	20	35	1.96
2127511--2127562	20	2.6	21	75	25	58	23	23	0	53	1.46
2127208--2127765	274	2.0	274	94	0	981	20	21	10	47	1.79
2127667--2127750	33	2.6	33	85	7	111	23	20	19	36	1.95
2127777--2127852	31	2.5	31	82	2	82	23	21	22	32	1.98
2130723--2130762	20	2.0	20	85	9	55	5	17	0	77	0.94
2132786--2132832	24	2.0	24	86	0	67	14	23	17	44	1.85
2133803--2133861	31	1.9	31	82	0	73	38	8	15	37	1.78
2133982--2134107	30	4.2	30	78	2	137	25	12	23	38	1.90
2133982--2134107	59	2.1	60	82	1	155	25	12	23	38	1.90
2134263--2134480	48	4.6	47	74	7	145	27	12	22	37	1.91
2135658--2135712	21	2.7	21	77	2	67	27	21	25	25	2.00
2139483--2139783	155	1.9	155	100	0	602	31	7	14	45	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2140177--2140292	43	2.7	42	73	9	108	25	10	14	50	1.74
2152060--2153020	236	4.0	237	81	5	1091	46	12	8	32	1.72
2160830--2160948	16	7.2	16	66	8	60	30	9	8	52	1.63
2160880--2160938	17	3.5	17	69	4	57	30	6	6	55	1.52
2160880--2160955	33	2.3	32	82	6	100	28	9	6	55	1.57
2161014--2161080	32	2.1	32	83	5	82	29	13	5	50	1.65
2167320--2167359	21	1.9	21	84	0	53	32	15	2	50	1.57
2169807--2169866	31	1.9	31	86	0	84	53	16	6	23	1.66
2174788--2174822	18	1.9	18	94	0	61	42	2	0	54	1.15
2175582--2175620	16	2.3	16	86	8	51	35	0	2	61	1.10
2175644--2175685	10	4.2	10	82	8	50	54	0	0	45	0.99
2175926--2175950	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
2176329--2176583	119	2.1	120	87	6	376	49	2	5	43	1.39
2176558--2176595	15	2.5	15	91	0	58	47	0	0	52	1.00
2177386--2177424	19	2.1	19	90	0	60	38	0	0	61	0.96
2189299--2189324	12	2.2	12	100	0	52	84	7	0	7	0.77
2193647--2193703	27	2.2	26	83	3	69	31	8	0	59	1.28
2198218--2198268	2	25.5	2	87	0	75	45	1	3	49	1.32
2201849--2201917	17	4.0	17	80	15	88	34	7	0	57	1.26
2204692--2204897	90	2.4	83	84	8	254	33	7	26	32	1.85
2209408--2209628	51	4.4	49	80	7	230	36	14	13	35	1.86
2210960--2210993	10	3.4	10	87	0	50	14	5	0	79	0.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2210987--2211044	26	2.2	26	84	6	73	1	6	5	86	0.77
2211001--2211044	13	3.5	13	81	6	54	2	9	2	86	0.75
2210967--2211045	11	6.8	11	72	18	54	6	7	3	82	0.95
2212521--2212571	23	2.2	23	96	0	93	37	11	17	33	1.86
2221137--2221210	3	25.0	3	77	8	53	28	4	4	63	1.31
2242477--2242524	20	2.5	19	83	6	53	22	2	4	70	1.15
2242545--2242581	13	2.8	13	91	4	56	72	2	0	24	0.97
2243874--2243915	21	1.9	23	85	9	61	19	7	0	73	1.05
2243955--2243992	11	3.5	11	82	3	51	21	0	0	78	0.74
2244125--2244174	8	5.7	9	77	17	52	20	2	2	76	0.99
2244119--2244156	20	1.9	19	89	5	58	23	5	0	71	1.07
2244141--2244173	15	2.1	16	94	5	59	15	0	3	81	0.80
2245910--2245950	19	2.2	19	90	0	64	80	0	9	9	0.91
2246003--2246033	15	2.1	15	93	0	53	22	6	19	51	1.69
2246365--2246480	8	14.4	8	73	18	64	3	3	18	74	1.11
2246407--2246433	11	2.5	11	100	0	54	7	0	7	85	0.75
2246405--2246471	11	5.3	13	72	13	50	2	4	13	79	1.01
2246396--2246512	12	9.8	12	69	13	55	2	5	17	75	1.10
2246352--2246471	25	4.8	25	68	15	61	5	3	16	75	1.12
2246365--2246498	47	2.8	48	73	14	125	2	4	18	73	1.13
2246610--2246990	207	1.8	207	84	3	516	38	13	13	33	1.84
2246610--2246990	104	3.7	103	75	6	358	38	13	13	33	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2246926--2247060	73	1.9	73	87	1	200	36	17	11	34	1.87
2247145--2247246	41	2.5	41	77	16	106	36	8	11	43	1.73
2247404--2247459	23	2.5	23	83	11	64	28	17	5	48	1.69
2247691--2247739	25	2.0	25	83	0	62	32	16	12	38	1.86
2248177--2248218	20	2.0	20	86	4	57	47	19	4	28	1.69
2249368--2249476	6	17.3	6	72	15	62	6	13	1	77	1.03
2249339--2249486	57	2.5	57	80	13	151	6	16	1	76	1.05
2249364--2249476	19	6.1	18	68	19	63	6	14	1	77	1.03
2249408--2249474	27	2.4	28	80	9	66	4	11	2	80	0.97
2249337--2249514	33	5.2	32	71	20	105	6	17	1	74	1.08
2249356--2249479	50	2.5	50	79	10	137	5	15	1	77	1.03
2249958--2250016	5	11.8	5	75	13	59	3	20	1	74	1.05
2249958--2250016	14	3.9	14	77	8	55	3	20	1	74	1.05
2254773--2254807	4	9.2	4	87	12	56	25	0	0	74	0.82
2254777--2254816	7	5.7	7	91	8	64	27	0	0	72	0.85
2256048--2256184	45	3.0	45	82	3	159	41	18	8	31	1.81
2256813--2256915	51	2.0	51	86	3	145	38	14	20	26	1.91
2256939--2257051	51	2.2	51	80	0	127	39	14	17	28	1.89
2257712--2257848	33	4.1	33	70	15	111	47	10	21	19	1.80
2262920--2262992	36	2.0	36	82	10	87	73	4	1	20	1.06
2262950--2263000	25	2.1	25	92	7	88	80	3	0	15	0.86
2265138--2265176	16	2.6	14	88	12	51	5	0	15	79	0.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2265152--2265178	11	2.5	11	100	0	54	0	0	14	85	0.61
2266700--2266745	17	2.8	16	80	9	56	19	0	2	78	0.86
2266699--2266743	23	2.0	22	87	12	65	20	0	2	77	0.87
2266827--2266882	26	2.2	24	78	9	58	35	7	1	55	1.38
2267094--2267134	21	2.0	21	81	18	50	68	0	2	29	1.03
2267098--2267146	25	2.0	25	83	0	62	73	2	2	22	1.04
2268754--2268802	20	2.5	19	78	12	55	30	8	18	42	1.79
2275320--2275370	25	2.0	26	88	3	77	58	0	0	41	0.98
2276815--2276997	76	2.4	76	79	9	194	36	8	6	48	1.60
2277364--2277407	9	4.3	10	78	16	54	70	2	0	27	0.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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