genome.fa.s224.2.7.7.80.10.50.1000.18.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168049.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_30, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  11202444

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2420879--2420917	13	3.0	12	82	17	51	51	0	0	48	1.00
2420875--2420916	14	3.1	14	86	6	59	52	0	0	47	1.00
2420774--2421040	65	4.1	65	76	4	182	44	7	6	40	1.59
2420764--2421040	130	2.1	129	78	5	290	44	7	6	41	1.57
2423125--2423169	24	1.9	23	86	4	63	15	8	0	75	1.03
2423116--2423174	12	5.1	12	72	13	52	15	13	0	71	1.15
2423149--2423183	14	2.4	14	90	9	52	20	8	0	71	1.11
2423122--2423183	30	2.1	30	81	6	72	16	9	0	74	1.07
2424118--2424152	17	2.2	15	90	10	52	0	11	0	88	0.51
2424156--2424193	19	2.0	19	85	10	51	21	2	0	76	0.91
2424156--2424199	12	3.7	12	84	0	52	25	2	0	72	0.96
2428364--2428435	36	2.0	36	83	5	92	61	0	4	34	1.16
2428578--2428630	13	4.2	13	87	2	72	49	18	11	20	1.78
2428574--2428627	26	2.1	26	93	3	92	48	20	11	20	1.80
2429999--2430054	26	2.1	27	90	3	87	55	14	7	23	1.63
2433646--2433673	3	9.3	3	100	0	56	67	0	0	32	0.91
2437555--2437831	130	2.1	129	78	8	285	43	7	6	42	1.59
2437552--2437831	65	4.3	64	76	9	237	43	7	6	42	1.59
2439929--2440020	6	15.5	6	83	10	64	18	9	0	71	1.12
2439929--2439991	12	5.3	12	90	3	92	17	12	0	69	1.18
2439941--2440001	18	3.6	17	87	10	81	18	13	0	68	1.20
2439988--2440014	14	1.9	14	100	0	54	22	0	0	77	0.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2441137--2441201	13	5.2	13	72	20	66	23	7	13	55	1.64
2441128--2441216	24	3.6	24	84	11	101	23	6	11	58	1.56
2441182--2441230	24	2.1	23	84	3	62	28	4	12	55	1.55
2453584--2453615	13	2.6	12	90	9	55	81	0	3	15	0.82
2453584--2453615	6	5.2	6	92	7	55	81	0	3	15	0.82
2455017--2455054	18	2.0	20	90	10	62	47	10	18	23	1.79
2455150--2455210	26	2.3	26	78	15	72	21	1	34	42	1.63
2455173--2455214	20	2.1	20	90	0	66	19	0	33	47	1.49
2456677--2456865	95	2.0	95	83	6	240	47	10	10	32	1.70
2457245--2457325	41	2.0	41	82	4	101	39	12	22	25	1.89
2457405--2457795	42	9.3	42	80	2	338	38	12	18	30	1.88
2457405--2457645	127	1.9	126	82	0	302	38	12	18	31	1.87
2457881--2457913	16	2.0	17	94	5	59	48	15	6	30	1.69
2458233--2458272	17	2.4	17	91	4	64	52	17	7	22	1.69
2458083--2458403	141	2.3	141	87	1	437	42	11	16	28	1.83
2458020--2458398	71	5.4	71	78	5	356	42	12	15	29	1.84
2459997--2460037	18	2.2	20	80	20	54	7	19	0	73	1.07
2459999--2460043	16	2.6	17	81	18	58	4	24	0	71	1.05
2460364--2460414	23	2.1	23	92	7	84	15	13	0	70	1.17
2460551--2460594	23	2.0	23	95	4	81	11	9	0	79	0.93
2461252--2461306	16	3.6	15	87	9	76	1	23	0	74	0.91
2461335--2461365	5	6.0	5	92	7	53	0	22	0	77	0.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2461335--2461365	16	2.0	15	93	6	53	0	22	0	77	0.77
2464225--2464275	22	2.5	22	81	9	63	3	3	9	82	0.93
2465008--2465059	19	2.8	20	86	13	67	28	5	1	63	1.28
2465954--2466067	7	17.7	6	72	19	70	19	0	32	47	1.56
2465954--2466067	13	8.3	13	71	21	65	19	0	32	47	1.56
2465955--2466002	25	2.0	24	87	4	69	25	0	31	43	1.55
2465991--2466066	20	3.9	19	77	8	82	14	1	34	50	1.52
2469013--2469061	17	3.2	15	81	13	55	26	0	4	69	1.06
2469041--2469184	26	5.8	25	75	12	100	26	6	7	59	1.51
2469081--2469184	50	2.1	49	82	10	122	26	5	8	58	1.50
2469974--2469998	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
2472293--2472343	2	27.0	2	80	11	63	50	0	1	47	1.12
2478148--2478172	3	8.3	3	100	0	50	68	0	0	32	0.90
2478710--2478997	55	5.3	55	69	12	184	27	18	12	42	1.85
2478900--2479032	54	2.4	54	75	8	135	30	12	12	43	1.80
2479144--2479189	23	2.0	24	83	12	60	41	2	2	54	1.25
2480599--2480654	19	3.0	19	82	12	80	58	7	0	33	1.25
2480594--2480674	37	2.2	37	88	0	126	59	9	2	28	1.42
2480600--2480654	18	3.0	18	82	12	76	58	7	0	34	1.26
2480820--2480923	30	3.2	30	81	10	109	55	11	1	30	1.46
2480815--2480895	37	2.2	37	93	0	135	58	12	2	27	1.47
2481798--2482092	147	2.0	147	93	0	500	41	14	10	33	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2482523--2482983	243	1.9	242	80	5	536	34	13	16	36	1.87
2483048--2483117	35	2.0	35	88	0	104	30	10	24	35	1.88
2486418--2486514	39	2.5	39	89	0	149	26	5	32	35	1.79
2496584--2496613	1	30.0	1	100	0	60	100	0	0	0	0.00
2498368--2498985	309	2.0	310	91	0	1015	30	21	17	30	1.96
2504372--2504414	22	1.9	22	81	13	52	41	11	23	23	1.87
2517658--2517702	21	2.1	21	88	8	65	57	6	0	35	1.25
2523302--2523335	17	1.9	18	94	5	61	82	0	11	5	0.83
2525539--2525751	32	6.7	32	70	6	90	36	15	16	31	1.90
2525705--2525941	32	7.5	31	77	9	196	37	18	15	28	1.91
2525614--2525940	64	5.2	64	78	5	252	37	16	15	30	1.90
2525765--2525948	92	2.0	92	94	0	323	36	19	14	29	1.91
2525930--2525991	32	1.9	32	83	6	81	38	17	11	32	1.85
2525739--2525981	64	3.9	64	77	7	149	38	17	14	30	1.89
2526766--2526806	15	2.9	14	79	20	50	78	0	0	21	0.76
2526773--2526806	11	2.8	12	86	13	52	79	0	0	20	0.73
2527207--2527244	15	2.4	16	86	8	60	68	18	13	0	1.21
2527219--2527254	18	2.0	18	94	0	63	69	16	13	0	1.19
2530045--2530099	21	2.8	19	79	15	58	69	5	0	25	1.10
2530431--2530510	3	27.0	3	76	12	58	62	2	6	28	1.32
2530609--2530656	19	2.5	19	82	0	60	43	20	12	22	1.86
2531100--2531253	79	2.0	78	94	3	276	33	10	8	48	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2533618--2533679	24	2.6	24	92	0	97	58	12	1	27	1.44
2533612--2533695	24	3.5	24	85	0	87	55	14	2	27	1.51
2533689--2533751	32	2.0	32	87	0	90	53	9	6	30	1.58
2535123--2535154	16	2.0	17	88	11	50	25	0	18	56	1.42
2540435--2540478	17	2.8	15	81	18	54	4	9	4	81	0.96
2540440--2540478	18	2.2	17	86	4	51	5	7	5	82	0.96
2540486--2540511	13	2.0	13	100	0	52	69	0	7	23	1.14
2543030--2543065	16	2.2	17	90	9	58	8	13	0	77	0.98
2543030--2543077	17	2.9	16	85	14	55	6	16	0	77	0.97
2548336--2548455	63	1.9	63	84	5	161	41	9	5	44	1.58
2551593--2551626	17	1.9	18	94	5	61	64	2	0	32	1.08
2551631--2551663	9	3.7	9	92	8	50	90	0	3	6	0.52
2551631--2551664	10	3.5	10	92	4	52	91	0	2	5	0.51
2552756--2552805	23	2.1	25	92	7	86	66	0	4	30	1.10
2552762--2552845	18	4.2	19	72	23	57	64	0	3	32	1.11
2553110--2553232	33	3.8	32	84	7	149	47	37	0	14	1.50
2553110--2553307	15	12.5	16	72	13	142	45	36	0	17	1.52
2553165--2553200	18	1.9	19	88	5	56	36	47	2	13	1.58
2553132--2553228	17	5.8	18	75	17	68	45	39	1	14	1.52
2553265--2553364	51	2.0	50	82	7	121	50	33	0	17	1.46
2554346--2554379	17	1.9	18	94	5	61	64	2	0	32	1.08
2554368--2554394	14	1.9	14	100	0	54	74	0	3	22	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2554369--2554402	14	2.5	14	90	4	52	82	0	2	14	0.79
2554365--2554411	23	2.1	23	84	4	60	78	0	6	14	0.93
2555370--2555425	22	2.5	22	85	5	78	23	0	3	73	0.99
2555472--2555520	24	2.1	23	88	11	73	67	0	4	28	1.09
2555822--2555923	16	6.2	16	73	12	91	50	30	1	17	1.58
2555823--2555922	32	3.1	32	81	4	121	49	31	2	18	1.59
2555914--2555995	41	2.0	41	80	4	94	50	28	0	21	1.49
2557577--2557656	26	3.0	26	72	18	67	65	2	1	31	1.14
2557611--2557644	13	2.6	13	85	0	50	64	5	0	29	1.17
2557771--2557814	21	2.1	21	83	8	54	45	0	2	52	1.13

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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