genome.fa.s224.2.7.7.80.10.50.1000.9.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168049.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_30, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  11202444

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
722460--722511	9	5.4	10	84	11	65	34	0	1	63	1.06
722459--722512	19	2.8	19	78	13	65	33	0	1	64	1.04
722499--722529	16	1.9	16	93	0	53	22	0	3	74	0.96
722459--722528	26	2.5	29	82	13	85	30	0	2	67	1.05
722459--722512	10	5.6	9	85	10	63	33	0	1	64	1.04
722886--722935	7	7.4	7	84	15	70	12	12	0	76	1.04
722899--722937	18	2.2	18	100	0	78	10	10	0	79	0.94
722886--722941	18	2.7	22	76	23	75	12	12	0	75	1.06
722865--722953	26	3.5	24	71	18	65	8	10	4	76	1.14
722945--722983	20	2.0	20	84	0	51	2	5	15	76	1.06
723376--723503	31	4.1	31	68	9	82	40	14	24	20	1.90
723661--723737	33	2.5	31	81	10	86	37	15	15	31	1.89
723747--723812	32	2.1	32	82	5	80	39	10	13	36	1.80
724048--724220	92	1.8	93	81	6	215	33	16	17	32	1.93
724019--724244	32	7.2	32	76	7	167	33	16	17	32	1.93
725096--725178	27	3.1	27	73	13	80	6	21	1	71	1.15
725092--725166	32	2.3	33	80	8	91	4	18	1	76	1.02
725671--725722	22	2.4	21	87	6	68	1	21	0	76	0.87
725672--725722	11	4.8	10	79	11	57	1	21	0	76	0.88
725693--725744	12	4.5	11	76	9	50	5	11	0	82	0.82
725716--725767	11	5.0	10	79	11	52	11	9	1	76	1.09
726424--726456	11	3.1	11	91	4	50	0	18	0	81	0.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
728475--728511	19	1.9	19	88	0	56	64	5	16	13	1.45
729065--729336	137	2.0	137	89	0	418	45	8	17	28	1.78
731326--731533	36	5.7	36	73	7	170	51	12	18	16	1.75
731314--731413	36	2.8	34	79	11	112	53	13	17	17	1.74
731312--731481	74	2.4	69	81	7	187	52	11	17	18	1.74
731331--731529	110	1.8	110	84	4	276	52	12	18	17	1.74
731606--731735	36	3.7	34	74	11	100	55	17	14	12	1.69
731614--731717	36	2.9	35	78	7	120	55	17	15	11	1.68
731793--732026	36	6.6	36	76	4	206	52	14	16	17	1.75
731614--731843	72	3.2	69	75	11	196	53	15	16	14	1.73
731763--731986	106	2.1	108	84	3	283	53	16	15	15	1.74
732007--732194	35	5.3	35	73	8	141	50	12	18	18	1.77
731967--732197	106	2.2	106	85	0	300	50	12	17	18	1.77
732007--732162	71	2.2	71	80	5	165	50	10	19	19	1.76
732004--732242	106	2.2	106	78	2	255	51	13	16	17	1.76
732209--732307	38	2.7	36	81	6	117	57	16	13	13	1.65
732179--732310	36	3.6	38	77	13	134	58	15	12	12	1.64
732408--732484	33	2.4	32	84	6	93	36	15	15	32	1.89
732503--732573	28	2.5	28	86	0	88	39	18	16	25	1.91
732474--732695	90	2.5	88	83	3	302	33	16	19	30	1.94
732600--732662	28	2.3	28	88	2	101	41	12	22	23	1.88
732640--732700	33	1.9	31	90	6	95	29	18	18	34	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
732834--732933	32	3.0	33	73	15	98	37	16	14	33	1.88
733099--733181	22	3.7	22	73	9	78	27	21	21	28	1.99
736983--737017	8	4.4	8	85	0	52	45	0	28	25	1.54
736988--737018	16	1.9	16	100	0	62	48	0	25	25	1.52
738378--738410	12	2.8	12	90	0	57	0	12	9	78	0.95
739909--739938	12	2.5	12	94	0	51	33	26	0	40	1.57
740184--740241	13	4.6	13	72	8	57	43	12	1	43	1.52
741105--741145	17	2.3	18	87	4	57	70	4	9	14	1.30
754762--754836	21	3.6	21	67	7	64	17	20	30	32	1.95
755070--755222	37	4.1	37	85	0	153	39	12	13	34	1.83
755429--755492	32	2.0	32	82	11	78	6	10	4	78	1.08
755459--755485	7	3.9	7	100	0	54	0	11	0	88	0.50
757358--757461	50	2.1	50	83	3	129	48	12	9	29	1.73
758720--759120	143	2.8	141	75	9	373	41	14	11	32	1.82
763244--763276	17	1.9	17	93	0	57	54	12	9	24	1.66
765558--765592	16	2.2	16	94	0	61	42	11	11	34	1.77
769953--769985	17	1.9	17	93	0	57	54	12	9	24	1.66
772348--772389	19	2.2	19	87	8	59	19	14	9	57	1.64
775567--775605	20	2.0	20	85	9	55	41	28	5	25	1.77
775571--775667	20	4.8	21	79	12	96	48	26	5	19	1.70
775571--775693	40	3.1	39	83	8	158	47	27	4	20	1.70
775602--775696	39	2.4	39	80	5	93	46	28	5	20	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
775767--775814	23	2.0	24	88	4	71	45	31	0	22	1.53
775913--775966	26	2.1	25	80	16	58	50	27	5	16	1.68
777322--777350	14	2.1	14	100	0	58	31	0	13	55	1.39
779270--779306	17	2.2	17	90	0	56	40	10	8	40	1.70
780884--781398	257	2.0	257	94	1	908	33	17	17	31	1.93
789518--789583	26	2.6	25	78	7	78	50	0	3	46	1.16
789675--789805	15	8.6	15	69	17	83	41	0	2	54	1.18
789695--789870	18	9.8	18	70	22	113	40	0	2	55	1.19
789676--789856	41	4.4	41	73	15	183	41	0	2	55	1.18
789674--789863	23	8.8	22	71	13	121	41	0	2	55	1.17
789817--789869	10	5.6	10	72	19	51	37	0	1	60	1.08
791867--791909	8	5.4	8	91	0	68	41	0	0	58	0.98
791867--791912	16	3.0	16	93	6	78	41	0	0	58	0.98
791854--791931	30	2.6	30	74	11	79	46	0	0	53	1.00
791898--791950	21	2.4	21	93	6	88	50	0	0	49	1.00
793508--793610	53	1.9	53	98	0	197	38	19	8	33	1.82
796222--796393	90	1.9	90	90	4	276	28	14	13	43	1.84
800926--800950	11	2.3	11	100	0	50	28	16	8	48	1.74
803394--803458	20	3.2	20	79	12	71	72	4	0	23	1.03
803421--803498	22	3.3	24	71	25	69	70	0	1	28	0.95
803429--803505	22	3.4	22	77	15	77	71	0	2	25	0.99
803389--803493	40	2.8	38	76	15	94	71	2	0	24	1.06
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
804360--804396	16	2.2	18	85	9	51	67	0	24	8	1.17
805200--805247	3	15.7	3	95	4	87	66	0	0	33	0.92
805730--805821	12	7.8	13	69	19	60	63	0	7	29	1.22
805788--805824	3	12.3	3	100	0	74	67	0	0	32	0.91
805882--805923	3	14.0	3	100	0	84	66	0	0	33	0.92
805784--805971	96	2.0	94	92	4	315	57	1	6	34	1.35
806046--806108	19	3.3	19	78	8	74	41	22	14	22	1.89
806061--806116	19	2.9	19	72	15	53	39	25	16	19	1.91
806035--806133	38	2.6	38	79	4	110	45	23	11	20	1.82
815155--815303	74	2.0	75	82	1	183	37	10	20	30	1.87
817710--817774	17	3.7	17	78	15	62	80	1	16	1	0.88
817737--817799	26	2.4	27	86	7	85	80	1	15	1	0.86
817737--817799	27	2.4	27	84	10	85	80	1	15	1	0.86
819871--819911	7	6.1	7	80	8	50	73	4	0	21	1.02
819864--819908	20	2.2	20	96	0	81	73	6	0	20	1.05
819899--819958	19	3.4	18	76	19	72	71	3	0	25	1.01
819895--819955	13	4.8	12	74	20	52	72	3	0	24	1.00
821726--821751	3	8.7	3	100	0	52	34	0	30	34	1.58
822335--822457	15	8.0	16	78	12	89	65	0	4	30	1.17
822394--822455	3	20.7	3	100	0	124	67	0	0	32	0.91
822541--822614	26	2.9	26	80	9	89	54	18	10	16	1.71
822592--822677	19	4.5	18	79	7	91	41	25	12	19	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
822592--822677	38	2.2	38	83	6	111	41	25	12	19	1.87
827528--827560	16	2.1	16	100	0	66	18	0	12	69	1.18
827471--827678	74	3.0	73	78	13	235	30	9	9	50	1.67
827544--827785	60	4.1	59	83	10	278	31	11	9	46	1.74
836439--836482	20	2.2	20	84	8	54	50	9	4	36	1.55
836651--836728	11	7.0	11	71	18	54	46	29	3	20	1.68
839630--839685	27	2.1	27	96	0	103	28	10	23	37	1.88
844813--845017	80	2.6	80	82	5	254	30	13	16	40	1.86
846218--846547	131	2.5	129	78	8	342	19	18	9	52	1.72
850890--850922	4	8.2	4	100	0	66	75	0	0	24	0.80

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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