genome.fa.s224.2.7.7.80.10.50.1000.54.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168049.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_30, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  11202444

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8588978--8589081	24	4.6	23	74	12	81	14	2	4	77	1.04
8589043--8589089	3	16.3	3	82	8	53	23	0	2	74	0.93
8589025--8589092	28	2.4	28	82	2	73	20	0	5	73	1.04
8589159--8589198	21	1.9	21	84	0	53	55	0	10	35	1.34
8589437--8589486	12	4.5	11	76	19	50	78	2	2	18	0.95
8589433--8589483	21	2.5	20	78	18	59	78	3	1	15	0.99
8589853--8589885	12	2.6	13	85	9	50	48	3	0	48	1.17
8601976--8602240	40	6.6	39	76	7	212	29	13	14	41	1.85
8601976--8602245	80	3.3	80	78	7	280	29	14	14	41	1.86
8602098--8602355	40	6.3	40	74	13	134	30	13	13	42	1.83
8602219--8602356	43	3.3	43	77	15	146	28	13	13	44	1.82
8603059--8603088	10	3.1	10	90	9	53	20	0	10	70	1.16
8603268--8603310	22	2.0	21	86	13	61	39	2	23	34	1.67
8603526--8603580	3	18.3	3	100	0	110	32	0	0	67	0.91
8603751--8603782	15	2.2	14	94	5	55	81	0	3	15	0.82
8604223--8604252	16	1.9	15	93	6	51	60	10	6	23	1.52
8604583--8604615	3	11.0	3	93	0	57	63	3	0	33	1.10
8604807--8604844	19	2.0	20	85	10	53	42	5	0	52	1.24
8606204--8606249	3	15.3	3	100	0	92	32	0	0	67	0.91
8607138--8607176	20	2.1	19	90	9	62	69	5	5	20	1.28
8608492--8608524	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
8611972--8612014	22	2.0	22	85	0	59	58	2	2	37	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8611999--8612057	20	3.1	19	87	4	75	49	0	0	50	1.00
8612030--8612060	15	2.1	15	93	0	53	48	0	0	51	1.00
8611984--8612063	20	3.8	20	74	12	70	52	0	0	47	1.00
8613223--8613297	36	2.1	35	83	11	91	56	4	1	38	1.27
8617146--8617200	25	2.2	25	93	3	94	54	1	0	43	1.10
8617135--8617233	29	3.6	28	74	16	82	51	2	0	46	1.12
8617190--8617265	33	2.3	34	84	8	104	44	0	0	55	0.99
8617615--8617667	20	2.7	20	77	11	56	37	0	0	62	0.96
8619156--8619203	17	2.8	17	84	12	62	16	4	2	77	1.03
8619131--8619207	19	4.1	18	77	15	75	20	5	2	71	1.18
8620329--8620359	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
8620559--8620592	12	2.7	13	90	4	52	58	0	2	38	1.13
8621482--8622153	366	1.8	367	92	0	1148	26	19	10	43	1.84
8622107--8622193	41	2.1	41	93	4	149	20	18	4	56	1.59
8623965--8624000	6	6.0	6	93	0	63	13	0	2	83	0.76
8625408--8625508	51	2.0	51	80	9	116	51	5	11	30	1.62
8625400--8625596	107	1.8	108	84	7	276	50	6	11	31	1.63
8626613--8626766	50	3.1	50	94	0	263	25	25	3	45	1.68
8626663--8626749	28	3.3	28	65	23	80	25	27	2	44	1.66
8626691--8626766	22	3.2	22	66	25	55	25	27	2	44	1.67
8636076--8636114	20	2.0	19	85	5	51	82	2	12	2	0.89
8637085--8637209	41	3.0	41	89	3	180	24	12	22	40	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8637085--8637229	41	3.5	42	87	3	179	26	12	19	41	1.87
8637135--8637250	41	2.8	41	85	2	117	25	12	18	43	1.85
8637463--8637493	6	5.2	6	100	0	62	16	0	0	83	0.64
8637897--8637936	20	2.0	20	90	0	62	17	12	15	55	1.70
8638900--8639000	52	1.9	52	88	4	150	51	7	12	27	1.68
8638945--8639052	44	2.5	44	83	6	121	54	7	8	29	1.57
8639257--8639328	34	2.1	35	97	2	137	51	13	11	23	1.73
8639621--8639691	28	2.6	28	88	2	108	23	9	22	43	1.83
8648856--8648898	21	2.0	22	86	4	61	4	11	6	76	1.13
8653577--8653610	7	4.7	7	88	3	50	70	0	14	14	1.17
8653575--8653611	15	2.4	16	82	13	51	70	0	13	16	1.17
8653578--8653617	21	1.9	21	84	0	53	75	0	12	12	1.06
8661978--8662029	27	1.9	27	92	0	86	65	0	0	34	0.93
8665209--8665237	9	3.2	9	100	0	58	20	13	20	44	1.85
8667677--8667703	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
8669129--8669160	2	16.0	2	93	0	55	50	0	3	46	1.17
8679953--8680087	67	2.0	67	95	0	243	26	13	28	31	1.94
8682820--8682846	4	6.8	4	100	0	54	51	0	0	48	1.00
8683118--8683143	4	6.5	4	100	0	52	46	0	0	53	1.00
8683531--8683592	30	2.1	29	88	11	90	50	1	0	48	1.10
8683526--8683592	32	2.2	30	89	5	98	50	1	0	47	1.10
8683796--8683820	12	2.1	12	100	0	50	68	0	0	32	0.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8684690--8684729	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
8687216--8687245	2	15.0	2	92	0	51	50	3	0	46	1.18
8692479--8692509	10	3.1	10	90	0	53	0	35	0	64	0.94
8694700--8694735	12	3.0	12	87	0	54	69	0	2	27	1.02
8695444--8695473	15	1.9	16	93	6	53	63	0	6	30	1.20
8698613--8698641	2	15.0	2	92	7	51	48	0	0	51	1.00
8700366--8700416	22	2.3	22	100	0	102	35	21	17	25	1.95
8704575--8704624	20	2.4	22	83	6	59	38	0	12	50	1.40
8709762--8709956	96	2.0	96	91	0	318	42	19	14	23	1.89
8716777--8716834	25	2.3	26	82	8	75	67	0	15	17	1.24
8716776--8716833	24	2.3	25	85	11	75	67	0	15	17	1.24
8731431--8731552	41	3.0	41	95	0	208	23	24	13	37	1.92
8735028--8735145	24	5.2	24	67	15	90	34	12	10	42	1.77
8735047--8735121	20	3.5	20	72	19	71	38	12	8	41	1.72
8735028--8735152	44	2.8	44	96	0	232	34	12	9	43	1.76
8743234--8743282	26	1.9	26	91	4	82	34	0	8	57	1.29
8743350--8743404	26	2.1	27	86	6	78	50	0	1	47	1.11
8743359--8743415	26	2.3	23	77	19	60	54	0	1	43	1.10
8743364--8743418	27	2.0	27	83	13	69	54	0	1	43	1.10
8743501--8743556	16	3.6	16	78	4	69	41	0	1	57	1.09
8743514--8743561	18	2.6	19	84	15	66	43	0	2	54	1.12
8744728--8744825	18	5.9	17	76	15	82	43	3	3	50	1.33
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8744715--8744789	34	2.2	35	86	11	102	42	2	1	53	1.23
8744783--8744824	15	2.8	15	79	10	50	35	2	7	54	1.41
8744715--8744804	34	2.6	33	79	10	94	41	3	2	53	1.30
8744749--8744819	16	4.4	15	74	13	52	39	2	2	54	1.29
8745114--8745154	20	2.0	20	85	0	55	31	31	19	17	1.95
8745723--8745751	13	2.2	13	100	0	58	51	0	13	34	1.42
8749849--8749874	2	13.0	2	100	0	52	0	50	0	50	1.00
8752517--8752564	19	2.5	20	87	9	66	43	0	2	54	1.12
8752563--8752609	16	3.0	16	90	9	71	65	0	0	34	0.93
8752561--8752613	7	7.3	7	78	21	56	67	0	0	32	0.91
8752560--8752619	16	3.4	16	72	24	57	66	0	0	33	0.92
8752560--8752615	12	4.5	12	75	16	60	66	0	0	33	0.92
8752560--8752643	6	14.3	6	71	22	54	63	0	0	36	0.95
8752560--8752641	38	2.2	38	87	8	116	63	0	0	36	0.95
8767345--8767391	23	2.0	23	95	0	85	53	4	14	27	1.60
8768422--8768460	21	1.9	20	84	5	51	58	2	0	38	1.12
8776078--8776195	63	1.9	63	85	5	168	45	12	12	28	1.79
8783367--8783412	15	3.3	15	71	22	55	43	0	2	54	1.12
8783564--8783615	21	2.5	20	78	9	50	42	0	1	55	1.10
8784279--8784330	27	2.0	25	81	7	59	36	3	1	57	1.28
8784301--8784349	22	2.3	21	86	6	71	30	4	2	63	1.24
8784623--8784650	6	4.7	6	100	0	56	32	35	0	32	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8785113--8785146	14	2.3	15	90	5	52	50	0	0	50	1.00
8785922--8785991	28	2.6	25	77	14	86	48	0	2	48	1.16
8786137--8786179	17	2.7	16	89	10	70	46	2	0	51	1.13
8786342--8786441	42	2.4	42	82	14	127	48	3	0	49	1.16
8786399--8786455	29	2.1	28	83	9	73	49	3	1	45	1.29
8786632--8786683	24	2.1	24	83	16	63	57	3	0	38	1.17
8787704--8787753	10	4.7	11	80	9	50	62	0	0	38	0.96
8787715--8787753	11	3.6	11	82	6	53	66	0	0	33	0.92
8787719--8787762	21	2.1	21	91	4	72	72	0	0	27	0.85
8788995--8789037	11	3.9	11	84	0	50	23	4	4	67	1.28

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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