genome.fa.s224.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168049.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_30, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  11202444

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
132107--132159	26	2.0	26	85	7	72	30	20	18	30	1.97
140173--141005	45	18.5	45	75	4	491	20	28	30	19	1.97
146918--148313	45	30.8	45	73	5	804	19	28	32	18	1.96
147465--147665	100	2.0	100	91	0	321	20	29	31	17	1.96
147375--147750	190	2.0	190	82	3	452	20	29	32	17	1.96
149205--149258	26	2.1	26	92	0	90	31	25	16	25	1.97
149050--149429	196	1.9	197	82	3	480	22	27	27	22	1.99
153574--154441	135	6.4	135	78	3	630	20	29	30	18	1.97
153574--154436	45	19.0	45	73	5	469	20	29	30	18	1.97
153551--154436	90	9.7	90	75	5	546	20	29	30	18	1.97
155431--155473	21	2.0	21	100	0	86	20	27	37	13	1.91
160390--160717	45	7.3	45	72	5	207	20	32	30	17	1.95
160410--160662	90	2.8	90	76	4	260	20	31	30	17	1.96
160410--160802	178	2.2	179	82	5	445	20	30	30	18	1.96
160820--161015	90	2.2	90	83	1	241	21	27	30	20	1.98
160393--161015	45	13.9	44	70	6	141	20	29	30	18	1.97
161960--162012	26	2.0	26	92	0	88	26	24	22	26	2.00
161804--162184	197	1.9	197	81	4	464	22	28	28	20	1.99
162473--162840	157	2.3	157	79	4	380	20	26	27	24	1.99
170207--170513	45	6.8	45	77	5	244	19	29	31	19	1.96
173123--174452	45	29.5	45	72	2	239	20	29	30	19	1.97
173188--173432	90	2.7	90	84	2	269	21	27	30	20	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
173218--173450	90	2.6	90	86	1	297	21	28	30	19	1.98
173463--173885	135	3.1	132	72	4	344	19	27	31	20	1.97
173863--174202	181	1.9	181	80	1	403	19	29	31	19	1.97
175457--175535	26	3.0	26	92	0	131	30	22	17	29	1.97
177612--179438	45	40.7	45	73	4	508	20	30	30	18	1.96
177633--179450	90	20.2	90	76	3	1278	20	30	30	18	1.96
177611--179488	135	13.9	134	73	4	918	20	30	30	18	1.96
177636--179327	449	3.8	449	78	3	1032	20	30	30	18	1.96
179355--179450	45	2.1	45	86	0	129	22	33	30	13	1.93
180771--180823	26	2.0	26	96	0	97	26	24	20	28	1.99
189655--189800	45	3.2	45	72	3	114	20	31	30	17	1.96
189832--190319	45	10.8	46	74	8	209	20	31	30	17	1.96
189631--190039	90	4.5	90	75	3	295	21	30	30	17	1.96
189835--190124	135	2.1	135	80	1	339	21	29	30	19	1.97
189833--190317	90	5.4	90	71	5	302	20	31	30	17	1.96
189968--190527	224	2.5	221	79	4	516	20	29	30	19	1.97
190115--190559	45	9.9	45	74	5	211	20	29	30	18	1.97
191518--191570	26	2.0	26	88	0	79	26	22	22	28	1.99
191347--191742	197	2.0	197	83	2	501	22	26	28	22	1.99
191874--191926	26	2.0	26	92	0	88	24	24	20	30	1.99
199494--199580	45	1.9	45	83	4	113	22	27	29	19	1.98
199514--200202	45	15.3	45	71	6	293	21	27	30	20	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
199752--200257	135	3.7	135	72	4	419	20	28	31	20	1.97
199514--199909	180	2.2	179	79	7	435	21	29	29	19	1.98
199583--200217	45	14.1	45	72	3	344	21	28	30	20	1.98
208928--213231	45	95.9	45	71	4	1341	21	28	29	19	1.98
208928--213160	270	15.7	269	73	5	1558	21	28	29	19	1.98
213078--213247	89	1.9	90	82	3	218	21	27	32	18	1.97
214177--214227	26	2.0	26	96	0	93	29	23	17	29	1.97
214006--214389	197	1.9	197	83	1	491	23	27	26	22	2.00
214068--214911	356	2.4	357	82	3	1053	21	27	27	23	1.99
214792--215207	148	2.8	146	82	5	480	22	31	24	21	1.98
217411--217448	20	1.9	20	89	10	60	81	0	7	10	0.87
218993--219040	22	2.0	25	84	11	66	54	0	4	41	1.20
219868--219937	25	3.0	25	76	19	80	50	0	0	50	1.00
219864--219937	22	3.4	22	81	5	87	48	0	0	51	1.00
219875--219929	19	2.8	20	81	8	69	50	0	0	49	1.00
219859--219924	14	4.9	15	77	20	74	45	0	0	54	0.99
221066--221146	31	2.8	29	74	9	69	44	4	4	45	1.46
221870--221928	16	3.9	16	78	14	63	50	1	0	47	1.11
223098--223153	21	2.7	21	94	5	96	46	5	0	48	1.25
223149--223192	18	2.5	17	85	7	52	45	2	0	52	1.13
223320--223487	60	2.8	60	79	13	161	47	1	1	50	1.19
223393--223438	21	2.2	21	84	7	58	45	2	0	52	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
223453--223485	12	2.5	13	90	9	50	48	0	0	51	1.00
224129--224179	9	5.1	10	78	21	54	52	0	0	47	1.00
224134--224177	23	2.0	23	95	4	81	54	0	0	45	0.99
224162--224242	31	2.8	29	78	9	78	46	4	3	44	1.42
224127--224229	19	5.1	19	71	21	61	47	3	1	46	1.32
224382--224416	17	2.1	17	88	0	52	54	2	0	42	1.15
224535--224578	22	2.0	22	100	0	88	36	13	13	36	1.85
224754--224801	21	2.2	22	88	3	71	39	2	2	56	1.23
224995--225033	13	3.0	13	88	7	53	56	0	0	43	0.99
225382--225441	9	6.3	9	72	14	50	50	1	0	48	1.11
225293--225441	17	8.1	17	68	21	54	47	4	1	46	1.31
225717--225790	29	2.4	30	80	14	73	51	4	0	44	1.20
226189--226239	10	4.9	10	78	21	52	41	1	1	54	1.22
226185--226225	20	2.0	21	90	4	66	43	0	0	56	0.99
226695--226780	18	4.5	19	72	19	63	56	0	1	41	1.06
226959--227004	20	2.3	20	85	7	58	47	2	2	47	1.26
227126--227190	22	2.7	22	86	11	76	47	3	3	46	1.33
227492--227552	27	2.3	26	81	10	70	50	0	1	47	1.10
227512--227552	13	3.1	14	79	10	50	51	0	2	46	1.14
227518--227615	40	2.3	40	79	10	97	52	2	2	43	1.24
227614--227673	25	2.5	24	72	20	61	40	1	3	55	1.27
228641--228723	22	3.6	22	75	22	64	44	0	1	54	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
228643--228727	12	6.6	13	72	17	54	45	0	1	52	1.08
228651--228729	22	3.5	22	78	11	88	46	0	1	51	1.08
228651--228723	25	3.0	23	75	15	76	46	0	1	52	1.09
229354--229397	18	2.4	19	88	7	65	56	0	0	43	0.99
229368--229401	9	3.8	9	85	14	52	55	0	0	44	0.99
229832--229864	18	1.9	17	88	11	50	48	3	6	42	1.43
230279--230347	29	2.4	29	76	9	70	52	1	1	44	1.19
230356--230381	3	8.7	3	100	0	52	65	0	0	34	0.93
230432--230473	13	3.1	14	86	10	52	42	0	2	54	1.13
230432--230473	7	6.1	7	86	13	52	42	0	2	54	1.13
230432--230473	20	2.0	21	86	4	59	42	0	2	54	1.13
230896--230969	26	2.7	26	73	21	71	52	6	1	39	1.36
231058--231095	18	2.2	18	86	9	53	57	0	2	39	1.12
231057--231138	35	2.2	36	77	14	87	52	1	6	40	1.34
231648--231708	28	2.2	27	82	11	70	36	3	0	60	1.13
231662--231728	23	2.8	24	84	13	86	37	1	0	61	1.05
231655--231718	28	2.2	28	78	8	67	37	3	0	59	1.13
231662--231737	24	3.0	24	81	18	77	40	1	0	57	1.07
232313--232363	16	2.8	19	72	27	56	54	0	1	43	1.11
232301--232355	16	3.6	16	73	26	57	54	0	1	43	1.10
232747--232821	13	5.8	13	77	14	66	50	0	0	49	1.00
232764--232822	7	8.9	7	74	7	52	54	0	0	45	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
232764--232821	20	3.0	20	73	16	59	55	0	0	44	0.99
233095--233124	16	1.9	15	93	6	51	40	0	0	60	0.97
233185--233225	21	2.0	21	90	0	64	48	2	4	43	1.37
233761--233822	11	5.8	11	74	14	58	45	3	0	51	1.17
233777--233823	14	3.3	15	80	14	55	44	0	0	55	0.99
233850--233882	18	1.9	17	88	11	50	48	6	6	39	1.53
234233--234293	17	3.3	19	80	19	67	55	0	4	39	1.21
234358--234403	17	2.7	18	83	10	60	45	0	0	54	0.99
234351--234402	22	2.2	25	83	10	74	44	0	0	55	0.99
235012--235051	21	1.9	21	85	10	55	47	5	2	45	1.38

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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