genome.fa.s224.2.7.7.80.10.50.1000.51.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168049.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_30, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  11202444

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   

This is table  51  of  64  ( 7596 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8166795--8167004	111	1.9	110	81	5	253	25	20	14	40	1.90
8167094--8167198	22	4.8	22	77	6	97	30	21	16	31	1.95
8167090--8167198	44	2.5	44	86	3	139	32	21	15	31	1.94
8167261--8167305	22	2.0	22	91	0	72	33	24	11	31	1.90
8168711--8168775	18	3.7	18	75	4	78	16	1	6	75	1.08
8168709--8168778	9	7.9	9	67	3	52	17	1	5	75	1.06
8168714--8168791	35	2.2	35	100	0	156	19	2	5	73	1.14
8168732--8168791	17	3.5	17	72	4	66	20	3	3	73	1.12
8169064--8169104	3	13.7	3	100	0	82	68	0	0	31	0.90
8169226--8169299	38	1.9	38	82	15	91	44	33	0	21	1.53
8169259--8169486	58	4.0	57	82	8	243	46	33	0	19	1.56
8169259--8169481	87	2.6	84	81	6	229	46	33	0	19	1.56
8169259--8169482	29	7.9	28	75	9	159	45	33	0	19	1.56
8169409--8169457	13	3.7	13	72	5	53	51	28	0	20	1.48
8169405--8169495	27	3.3	27	85	1	119	48	34	0	17	1.48
8169380--8169495	14	8.3	14	70	10	76	50	33	0	16	1.46
8174941--8175024	8	10.9	8	76	12	70	21	2	26	50	1.61
8174943--8175025	15	5.4	15	70	21	57	21	2	25	50	1.61
8174941--8175046	23	4.5	24	74	18	98	20	2	27	49	1.63
8174942--8175111	31	5.5	31	69	14	84	22	2	25	49	1.62
8174950--8175070	8	15.6	8	68	18	53	23	2	24	49	1.62
8175075--8175132	16	3.7	16	68	21	50	20	5	27	46	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8175447--8175487	3	13.7	3	94	0	73	31	0	2	65	1.05
8175513--8175551	20	1.9	21	89	5	62	35	0	0	64	0.94
8187067--8187126	31	1.9	32	82	3	77	43	1	0	55	1.10
8190074--8190098	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
8190835--8190860	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
8196304--8196328	12	2.1	12	100	0	50	60	0	0	40	0.97
8198915--8198968	19	3.0	19	81	10	60	59	0	0	40	0.98
8198925--8198970	18	2.6	18	83	10	58	65	0	0	34	0.93
8200713--8200751	18	2.2	18	86	9	53	23	12	25	38	1.90
8205066--8205371	152	2.0	152	97	0	576	39	9	7	43	1.67
8205776--8205820	22	2.0	22	83	8	56	44	8	11	35	1.71
8205782--8205829	22	2.2	22	85	7	62	45	6	10	37	1.64
8205811--8205847	18	2.1	18	89	0	56	43	5	10	40	1.63
8205850--8205935	22	3.9	22	72	6	66	51	4	6	37	1.50
8205984--8206044	22	2.8	22	87	0	68	54	3	6	36	1.43
8205993--8206045	11	4.8	11	76	0	52	54	1	5	37	1.35
8206004--8206501	22	23.0	22	68	12	120	47	4	11	36	1.60
8206225--8206266	21	2.0	22	81	13	52	52	2	2	42	1.27
8206610--8206732	44	2.8	44	79	4	113	49	6	6	37	1.55
8206498--8206735	22	10.9	22	73	7	99	47	7	6	39	1.56
8206973--8207090	22	5.4	22	78	8	96	49	6	9	34	1.62
8207022--8207083	11	5.6	11	73	7	54	50	4	6	38	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8207004--8207175	22	7.8	22	74	11	120	44	4	11	39	1.61
8207013--8207175	89	1.8	88	87	6	240	44	4	11	40	1.59
8207010--8207219	44	4.8	44	74	9	160	46	5	10	38	1.60
8207116--8207239	44	2.8	44	79	10	117	48	6	8	37	1.59
8207568--8207708	22	6.4	22	83	0	138	42	6	9	41	1.64
8208056--8208114	21	2.8	21	75	12	59	44	11	6	37	1.68
8208056--8208126	21	3.4	21	69	23	51	45	11	7	36	1.67
8213120--8213144	6	4.2	6	100	0	50	68	0	0	32	0.90
8218115--8218157	19	2.4	17	80	7	50	30	2	2	65	1.18
8225077--8225107	2	15.5	2	93	0	53	51	3	0	45	1.17
8235293--8235428	71	1.9	71	89	3	211	58	18	7	15	1.59
8238797--8238878	29	2.9	28	85	5	105	45	6	3	45	1.46
8238797--8238878	26	3.0	26	83	10	110	45	6	3	45	1.46
8242019--8242051	17	1.9	17	93	0	57	75	0	0	24	0.80
8242524--8242575	27	1.9	27	88	0	77	38	1	13	46	1.54
8244410--8244464	26	2.3	23	78	12	56	80	3	10	5	1.01
8245474--8245818	71	4.9	70	82	3	356	26	10	16	45	1.80
8245499--8245860	138	2.6	139	81	6	335	26	10	16	46	1.80
8245973--8246022	20	2.5	19	78	9	55	24	14	14	48	1.80
8246109--8246267	39	4.1	38	80	8	144	35	11	16	36	1.84
8246174--8246294	39	3.1	38	79	10	111	33	9	20	35	1.86
8246341--8246438	43	2.3	42	81	8	108	29	11	12	46	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8246548--8246739	44	4.4	45	75	13	159	38	7	13	41	1.72
8246679--8246750	21	3.2	22	71	15	58	37	5	12	44	1.66
8246999--8247066	22	3.1	21	81	12	75	38	2	13	45	1.58
8247183--8247243	18	3.5	18	75	8	63	34	11	8	45	1.70
8247378--8247424	19	2.4	20	82	3	60	29	10	14	44	1.79
8247444--8247517	22	3.4	22	71	12	55	32	13	16	37	1.87
8248860--8248906	17	2.9	16	82	14	53	63	6	2	27	1.30
8250526--8250733	104	2.0	104	97	0	389	30	6	22	40	1.78
8251426--8251616	103	1.9	95	85	10	260	34	20	16	28	1.94
8253220--8253256	19	1.9	19	89	10	58	75	2	21	0	0.92
8255834--8255902	37	1.9	35	85	11	95	53	15	2	27	1.56
8256634--8256673	21	1.9	21	89	0	62	40	2	27	30	1.70
8260388--8260415	9	3.1	9	100	0	56	10	0	0	89	0.49
8260611--8260820	42	5.0	41	79	2	240	45	19	11	23	1.83
8261137--8261190	20	2.6	21	85	2	65	37	12	12	37	1.83
8261156--8261370	58	3.6	58	71	11	191	32	17	12	38	1.87
8261214--8261311	21	4.7	21	78	1	99	33	14	11	40	1.81
8261148--8261374	121	1.9	121	93	0	391	32	16	12	38	1.87
8261269--8261450	79	2.3	79	91	0	292	31	16	12	39	1.86
8262776--8262821	11	4.5	11	76	15	53	0	13	0	86	0.56
8262776--8262822	13	3.8	12	78	18	51	0	14	0	85	0.61
8262778--8262821	19	2.2	20	96	4	81	0	13	0	86	0.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8263198--8263230	14	2.2	16	89	10	52	0	9	9	81	0.87
8267397--8267430	9	3.7	9	92	7	59	8	2	0	88	0.62
8267397--8267430	10	3.5	10	88	4	52	8	2	0	88	0.62
8267387--8267435	9	5.8	8	83	9	53	10	4	2	83	0.85
8267231--8267631	218	1.8	218	83	8	530	33	8	5	51	1.58
8268244--8268316	37	2.0	37	91	0	119	38	16	6	38	1.75
8275066--8275134	6	11.7	6	71	20	56	20	1	1	76	0.94
8275067--8275134	12	5.8	11	77	13	73	20	1	1	76	0.94
8275095--8275136	15	2.8	15	82	13	59	23	0	0	76	0.79
8275154--8275194	18	2.3	19	80	16	52	78	0	2	19	0.87
8275155--8275196	17	2.5	17	85	11	59	76	0	4	19	0.96
8275953--8275991	19	2.2	18	90	9	62	7	12	5	74	1.20
8275952--8275995	17	2.4	18	85	14	63	6	13	4	75	1.17
8277723--8277784	23	2.7	22	80	14	63	22	17	8	51	1.71
8280634--8280685	12	4.4	11	77	22	52	78	0	17	3	0.89
8280609--8280674	20	3.4	19	76	21	73	80	0	15	4	0.87
8280609--8280685	40	2.0	36	85	9	100	79	0	15	5	0.91
8280609--8280685	13	6.0	12	73	19	66	79	0	15	5	0.91
8280609--8280674	31	2.2	28	82	10	78	80	0	15	4	0.87
8281894--8281933	20	2.0	20	85	0	53	35	7	17	40	1.78
8282317--8282545	42	5.5	41	78	8	212	24	17	15	42	1.88
8282678--8282749	35	2.0	36	86	2	101	27	26	20	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8282765--8282820	5	10.8	5	75	21	53	17	1	3	76	1.01
8282765--8282819	9	5.2	11	76	20	55	16	1	3	78	0.98
8283575--8283621	13	3.6	13	77	8	51	17	2	4	76	1.04
8285324--8285425	23	4.9	22	69	23	78	23	18	6	50	1.70
8288204--8288248	10	4.6	10	88	5	74	88	0	11	0	0.50
8288205--8288248	19	2.4	18	92	7	79	88	0	11	0	0.51
8288206--8288247	17	2.4	17	92	8	66	88	0	11	0	0.53
8289647--8289700	15	3.6	14	76	14	54	37	7	16	38	1.77
8289829--8290188	42	8.5	42	84	3	404	25	16	13	44	1.84
8289829--8290174	85	4.1	85	82	4	405	25	16	13	44	1.84

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64