genome.fa.s224.2.7.7.80.10.50.1000.50.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168049.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_30, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  11202444

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7955948--7956110	62	2.7	61	77	14	151	44	3	11	40	1.57
7956045--7956096	26	1.9	28	84	7	72	44	3	13	38	1.62
7959190--7959259	24	3.0	23	74	11	65	31	2	2	62	1.24
7959337--7959386	18	2.8	18	75	25	52	74	4	0	22	0.99
7959346--7959403	17	3.4	17	75	13	57	74	3	0	22	0.97
7959977--7960016	15	2.7	15	88	3	55	10	17	42	30	1.82
7960497--7960529	12	2.8	12	95	0	57	42	0	0	57	0.98
7960930--7961063	35	3.8	35	71	14	96	50	13	19	17	1.78
7960930--7961224	34	8.6	34	68	7	128	47	12	20	18	1.81
7961208--7961308	36	2.9	33	73	21	100	47	8	21	21	1.78
7960835--7961312	241	2.0	240	82	2	593	48	12	19	19	1.81
7961006--7961433	171	2.5	171	81	4	461	46	12	20	20	1.82
7973934--7973972	14	2.7	15	88	4	53	15	0	28	56	1.40
7973941--7974000	14	4.2	14	75	10	50	15	0	30	55	1.41
7974426--7974467	22	1.9	22	85	9	59	54	4	0	40	1.21
7975550--7975579	12	2.5	12	100	0	60	43	0	0	56	0.99
7979963--7979989	6	4.5	6	100	0	54	14	51	0	33	1.43
7979993--7980028	6	6.0	6	100	0	72	33	66	0	0	0.92
7983184--7983218	14	2.7	13	91	8	54	42	0	0	57	0.99
7983344--7983490	74	2.0	74	87	2	215	34	9	1	54	1.41
7983698--7983732	16	2.1	18	89	10	56	37	14	5	42	1.69
7984756--7984815	24	2.5	22	77	15	66	43	5	5	46	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7984820--7984858	20	2.0	20	90	5	62	64	0	0	35	0.94
7985001--7985046	21	2.2	21	88	7	67	28	0	10	60	1.30
7985003--7985046	20	2.1	21	87	4	63	27	0	11	61	1.30
7986692--7986747	26	2.2	26	87	3	78	25	23	17	33	1.96
7997389--7997435	14	3.3	14	88	5	67	53	0	0	46	1.00
7999208--7999256	26	1.9	26	91	4	82	26	0	4	69	1.06
7999213--7999265	26	2.0	26	85	3	70	32	0	3	64	1.12
8002000--8002025	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
8002667--8002701	16	2.2	16	94	0	61	51	14	14	20	1.76
8009704--8010321	309	2.0	309	100	0	1236	23	16	22	36	1.94
8016152--8016218	12	5.7	12	73	15	59	40	2	8	47	1.50
8016160--8016214	11	4.6	12	74	14	51	43	3	9	43	1.53
8016189--8016239	26	1.9	27	92	4	86	35	3	9	50	1.54
8020805--8020871	27	2.5	28	80	9	68	47	1	1	49	1.19
8020833--8020878	16	2.9	16	75	21	51	45	0	4	50	1.21
8020833--8020881	17	3.0	17	76	11	57	46	0	4	48	1.20
8020886--8020926	21	1.9	22	85	5	57	41	0	2	56	1.13
8022049--8022074	12	2.2	12	100	0	52	19	38	34	7	1.80
8041910--8041969	23	2.6	23	72	0	57	43	1	5	50	1.34
8041953--8041993	20	2.0	20	90	9	66	60	0	0	39	0.96
8042094--8042134	20	2.1	20	82	13	50	48	2	2	46	1.28
8043022--8043085	16	4.1	16	73	4	67	62	3	12	21	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8044705--8044765	27	2.4	25	81	10	61	70	6	1	21	1.19
8046474--8046533	23	2.6	23	72	0	57	43	1	5	50	1.34
8046517--8046557	20	2.0	20	90	9	66	60	0	0	39	0.96
8046658--8046698	20	2.1	20	82	13	50	48	2	2	46	1.28
8047590--8047653	16	4.1	16	73	4	67	62	3	12	21	1.43
8053995--8054019	1	25.0	1	100	0	50	100	0	0	0	0.00
8054374--8054419	18	2.8	16	78	12	56	34	8	0	56	1.30
8055571--8055616	24	1.9	24	90	0	74	34	19	15	30	1.93
8058057--8058129	30	2.4	30	86	0	92	41	5	21	31	1.76
8061274--8061303	1	30.0	1	100	0	60	100	0	0	0	0.00
8063616--8063656	18	2.3	18	91	0	64	41	14	14	29	1.86
8066854--8066911	21	2.6	21	78	10	53	63	5	1	29	1.25
8069976--8070060	40	2.1	40	91	0	134	34	14	23	28	1.93
8073990--8074030	20	2.1	20	82	13	50	48	2	2	46	1.28
8077710--8077746	19	1.9	19	94	0	65	27	2	0	70	1.01
8082584--8082638	24	2.2	24	84	9	67	9	14	1	74	1.14
8083955--8084002	24	2.0	24	100	0	96	33	20	16	29	1.95
8086446--8086518	30	2.4	30	88	0	101	39	5	23	31	1.77
8088703--8088737	16	2.2	16	89	0	52	28	5	17	48	1.69
8091892--8091930	20	1.9	21	84	5	53	28	12	2	56	1.50
8092137--8092178	18	2.3	18	87	0	57	42	11	14	30	1.81
8095394--8095451	21	2.6	21	78	10	53	63	5	1	29	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8095751--8095787	12	2.9	13	84	15	51	35	0	0	64	0.94
8098502--8098586	40	2.1	40	89	4	127	32	15	23	28	1.95
8111252--8111279	5	5.6	5	100	0	56	64	17	17	0	1.30
8111252--8111294	15	2.9	16	86	10	56	69	11	18	0	1.17
8113662--8113695	3	11.3	3	93	0	59	35	2	0	61	1.11
8120134--8120176	7	6.4	7	81	7	54	0	2	11	86	0.67
8120129--8120176	22	2.3	21	83	13	64	0	2	12	85	0.69
8120129--8120176	13	3.8	12	82	15	60	0	2	12	85	0.69
8123490--8123560	27	2.8	26	72	21	69	57	0	8	33	1.29
8124801--8124835	16	2.1	17	89	5	54	48	0	2	48	1.16
8124809--8124875	30	2.2	31	84	10	84	61	0	0	38	0.96
8125007--8125195	93	2.0	93	83	4	238	38	8	13	39	1.75
8125764--8125794	6	5.3	6	92	7	55	87	0	12	0	0.55
8125899--8125924	3	8.7	3	100	0	52	30	0	0	69	0.89
8126950--8126978	12	2.3	13	94	5	51	51	0	0	48	1.00
8131881--8131922	2	21.0	2	100	0	84	50	0	0	50	1.00
8132162--8132194	9	3.8	9	92	8	59	69	0	0	30	0.88
8132162--8132226	17	3.8	17	75	8	69	64	1	0	33	1.03
8132161--8132268	42	2.6	40	76	15	94	63	1	0	33	1.11
8132211--8132301	35	2.7	34	82	14	93	67	5	2	25	1.24
8132204--8132293	16	5.3	16	73	21	69	68	4	2	24	1.19
8132244--8132300	16	3.4	17	77	13	55	68	8	1	21	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8132285--8132331	20	2.4	20	82	10	53	70	8	0	21	1.14
8132288--8132349	18	3.3	18	78	8	52	67	8	1	22	1.25
8132357--8132403	25	1.9	24	86	4	67	61	4	4	29	1.34
8132381--8132438	19	3.0	19	77	5	71	55	6	3	34	1.44
8137202--8137363	60	2.7	60	75	14	172	36	14	3	45	1.63
8137202--8137364	59	2.7	62	75	8	176	36	14	3	45	1.63
8137493--8137546	12	4.6	11	82	11	54	75	5	1	16	1.07
8137492--8137570	25	3.3	23	79	10	72	75	7	2	13	1.11
8146164--8146383	63	3.5	63	76	10	209	40	8	10	40	1.69
8147040--8147087	8	5.8	8	79	18	53	35	2	0	62	1.07
8147037--8147087	16	3.1	16	83	10	66	37	1	0	60	1.08
8147070--8147130	23	2.6	24	75	17	65	44	1	0	54	1.10
8147087--8147147	22	2.9	21	87	4	86	45	1	0	52	1.10
8147081--8147147	21	3.2	21	85	8	84	44	1	0	53	1.09
8148616--8148685	18	4.0	17	78	10	79	27	1	10	61	1.36
8148601--8148685	6	14.3	6	72	2	64	25	1	11	61	1.38
8150257--8150349	23	4.0	24	72	16	81	23	4	11	60	1.49
8151537--8152262	276	2.6	275	79	8	767	26	11	12	50	1.73
8151538--8152269	138	5.3	134	78	7	641	25	11	12	50	1.73
8154172--8154295	36	3.4	36	73	8	101	33	18	12	35	1.88
8154169--8154295	18	7.1	18	73	6	78	33	18	12	35	1.89
8154759--8154920	74	2.1	77	84	5	206	31	8	22	37	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8154812--8154911	37	2.7	37	73	6	103	33	9	21	37	1.84
8154775--8155020	38	6.5	38	72	10	157	31	8	21	38	1.83
8155325--8155387	12	5.4	12	84	3	85	22	0	11	66	1.22
8155324--8155400	18	4.4	17	80	4	82	23	0	11	64	1.26
8155325--8155387	6	10.8	6	82	1	67	22	0	11	66	1.22
8156923--8156973	19	2.7	19	84	0	66	37	5	7	49	1.56
8158420--8158460	20	2.0	21	90	4	66	63	0	2	34	1.08
8166576--8166647	22	3.2	22	88	5	101	27	15	13	43	1.85
8166847--8166891	23	2.0	23	91	8	74	35	20	8	35	1.84
8166962--8167021	22	2.8	21	80	7	66	30	25	16	28	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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