genome.fa.s224.2.7.7.80.10.50.1000.48.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168049.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_30, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  11202444

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7614813--7614850	19	2.0	20	89	5	60	13	2	2	81	0.90
7614846--7615021	4	43.5	4	66	17	62	26	3	4	65	1.29
7614815--7614867	20	2.7	19	80	8	61	16	1	3	77	1.01
7614940--7615036	23	4.5	20	73	15	70	25	3	2	69	1.14
7614942--7615012	23	3.1	23	72	8	72	25	2	2	69	1.16
7614922--7615012	46	2.0	45	82	8	112	26	3	4	65	1.26
7614892--7614980	31	2.9	30	74	12	81	26	4	4	64	1.32
7614957--7615042	11	7.8	11	67	22	56	25	2	1	70	1.06
7615045--7615082	16	2.4	16	95	0	67	13	10	5	71	1.30
7615912--7615964	7	7.4	7	85	8	63	13	0	1	84	0.69
7615922--7615967	4	12.5	4	78	17	55	17	0	2	80	0.81
7615921--7615982	29	2.1	28	85	8	79	19	0	6	74	1.03
7615991--7616078	5	16.4	5	73	19	63	15	5	2	76	1.08
7615990--7616070	6	13.7	6	71	14	53	16	6	1	76	1.05
7615991--7616078	11	8.2	10	76	17	63	15	5	2	76	1.08
7616103--7616472	55	6.7	55	93	4	631	47	6	11	35	1.64
7616103--7616473	163	2.2	167	93	5	655	47	6	11	35	1.64
7620335--7620377	10	4.1	10	85	11	59	83	0	11	4	0.78
7621648--7621875	41	5.3	41	83	10	249	23	16	22	37	1.93
7621662--7621797	49	2.9	49	81	14	171	22	16	20	41	1.90
7622049--7622101	19	2.8	19	78	13	56	15	1	3	79	0.96
7622129--7622278	4	36.8	4	69	14	83	25	3	2	68	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7622101--7622215	29	3.8	30	74	22	89	29	3	3	63	1.27
7622130--7622261	13	9.1	15	67	19	59	25	3	3	68	1.19
7622047--7622292	20	11.6	20	69	19	85	22	3	2	70	1.16
7622173--7622266	49	2.0	49	84	13	128	23	3	2	71	1.12
7622206--7622303	20	4.8	20	78	12	92	18	5	2	74	1.10
7623186--7623235	4	12.8	4	79	12	59	20	2	2	76	0.99
7623265--7623312	11	4.5	10	82	12	60	14	2	2	81	0.88
7623265--7623349	22	3.9	21	73	16	66	15	5	2	76	1.08
7623271--7623319	21	2.3	21	80	13	57	14	4	2	79	0.97
7623296--7623350	30	1.9	27	85	10	74	16	9	1	72	1.18
7623365--7623586	60	3.7	60	85	4	295	46	4	11	37	1.61
7623366--7623586	121	1.8	119	88	3	336	46	4	11	37	1.62
7628102--7628209	55	1.9	55	81	7	128	51	0	0	47	1.07
7628165--7628211	19	2.6	19	80	10	62	61	0	0	38	0.96
7634541--7634579	20	2.0	20	85	10	53	30	5	23	41	1.76
7639548--7639583	18	2.1	18	90	10	58	36	0	0	63	0.94
7639786--7639842	24	2.5	22	78	15	62	52	1	0	45	1.11
7639939--7640003	34	1.9	34	83	0	85	63	0	4	32	1.15
7641796--7641826	14	2.2	14	94	0	53	25	0	9	64	1.24
7641834--7641917	29	2.8	31	75	8	84	47	1	1	50	1.16
7650012--7650288	139	2.0	139	85	5	373	28	7	10	53	1.64
7650182--7650414	126	1.8	127	84	6	321	25	6	11	56	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7650300--7650345	17	2.7	18	77	12	53	26	4	13	56	1.55
7651590--7651640	19	2.5	21	81	12	70	64	3	13	17	1.42
7662822--7662899	33	2.4	33	91	4	122	35	17	14	32	1.90
7663157--7663223	34	2.0	34	84	0	89	28	16	19	35	1.93
7663191--7663269	40	2.0	40	87	5	115	27	15	12	44	1.82
7663248--7663339	36	2.6	36	71	0	85	29	18	14	38	1.90
7662949--7663517	276	2.1	274	86	2	793	30	14	15	39	1.87
7663433--7663505	32	2.2	34	80	4	87	27	12	16	43	1.83
7663488--7663673	40	4.8	40	75	14	172	29	14	16	39	1.88
7663589--7663660	34	2.1	34	84	0	90	30	16	18	34	1.93
7663941--7663979	3	13.0	3	100	0	78	66	0	0	33	0.92
7678291--7678319	12	2.4	12	100	0	58	20	27	6	44	1.77
7680932--7680958	13	2.1	13	100	0	54	44	22	0	33	1.53
7682650--7682805	75	2.1	75	92	0	258	37	16	17	28	1.91
7685693--7685758	33	2.0	33	96	0	123	39	19	6	34	1.77
7687929--7687969	22	1.9	22	85	14	59	34	0	0	65	0.93
7689855--7689897	14	3.0	14	86	13	61	0	11	4	83	0.78
7691472--7691515	21	2.3	19	88	11	63	2	6	2	88	0.67
7704454--7704502	21	2.3	20	80	10	53	14	16	0	69	1.19
7707393--7707448	29	1.9	29	85	7	78	46	0	0	53	1.00
7713628--7713671	16	2.5	18	82	10	56	43	2	0	54	1.12
7717696--7717761	18	3.6	19	74	10	66	40	3	0	56	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7718173--7718205	16	2.1	16	94	0	57	66	0	0	33	0.92
7718207--7718278	26	3.2	22	80	17	85	61	0	0	38	0.96
7718222--7718265	14	3.3	14	81	12	65	65	0	0	34	0.93
7718214--7718271	26	2.2	27	96	3	109	65	0	0	34	0.93
7718315--7718354	20	2.0	20	90	0	62	57	0	2	40	1.12
7719720--7719781	6	9.7	6	79	10	61	66	1	1	30	1.11
7719720--7719785	19	3.4	19	87	8	89	65	1	1	31	1.11
7719748--7719785	14	2.8	14	88	4	51	71	0	0	28	0.87
7719805--7719885	38	2.1	39	81	6	94	50	0	0	49	1.00
7719745--7719916	12	14.7	12	66	19	53	56	0	0	43	0.99
7719833--7719931	25	4.3	23	75	14	80	51	1	0	47	1.07
7726981--7727020	18	2.3	17	87	12	55	82	10	2	5	0.91
7727978--7728020	11	3.7	12	82	11	54	37	0	0	62	0.95
7727982--7728019	13	2.9	14	85	14	55	34	0	0	65	0.93
7727982--7728030	24	2.0	25	84	4	64	34	2	2	61	1.19
7734266--7734294	3	9.7	3	100	0	58	34	0	0	65	0.93
7736351--7736436	34	2.5	33	81	7	84	46	4	5	43	1.48
7741945--7741978	14	2.4	14	90	9	52	14	0	14	70	1.17
7744949--7744989	22	1.9	22	90	5	66	56	4	2	36	1.34
7745239--7745297	20	3.1	19	80	9	66	52	0	0	47	1.00
7745308--7745351	22	1.9	24	86	9	65	34	0	0	65	0.93
7745306--7745364	30	2.0	30	86	3	84	37	0	0	62	0.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7745336--7745397	24	2.6	24	77	10	72	46	0	1	51	1.10
7745466--7745529	23	2.7	23	80	2	65	57	1	4	35	1.29
7746629--7746672	20	2.2	20	96	4	81	50	0	0	50	1.00
7747386--7747471	40	2.2	39	83	6	111	52	0	2	45	1.13
7747396--7747462	22	3.4	18	72	23	55	49	0	1	49	1.10
7748158--7748263	34	3.2	35	81	13	118	56	0	0	43	0.99
7764886--7764951	32	2.1	32	94	0	114	36	18	18	27	1.94
7765736--7765786	27	1.9	27	88	4	77	52	13	5	27	1.63
7770770--7771247	156	3.0	160	92	2	761	38	17	14	29	1.89
7771317--7771371	15	3.5	16	85	9	69	1	34	43	20	1.62
7771329--7771371	5	8.6	5	85	10	61	0	34	44	20	1.52
7771317--7771378	15	4.0	15	78	4	61	3	32	45	19	1.66
7771592--7771636	19	2.4	19	88	0	63	24	22	31	22	1.99
7771687--7771759	31	2.4	31	90	4	112	27	24	26	21	2.00
7772179--7772348	3	53.7	3	70	21	75	62	5	1	30	1.26
7772080--7772199	48	2.5	45	77	10	107	64	5	6	23	1.40
7772867--7772896	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
7775763--7775831	28	2.4	28	78	7	77	59	0	8	31	1.28
7783142--7783192	23	2.3	23	93	3	86	45	1	0	52	1.12
7783722--7783899	93	1.9	93	95	0	320	29	17	18	33	1.95
7790423--7790461	20	2.0	20	85	10	53	46	0	5	48	1.24
7796824--7796876	27	2.0	27	81	7	63	32	9	5	52	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7809406--7809445	18	2.2	18	95	0	71	37	0	0	62	0.95
7809702--7809763	29	2.1	30	84	3	81	38	1	0	59	1.07
7809742--7809777	3	12.3	3	88	5	56	30	2	0	66	1.06
7810807--7810861	25	2.2	25	87	6	76	50	3	9	36	1.51
7812615--7812655	6	6.1	7	91	8	52	0	9	0	90	0.46
7812690--7812723	16	2.2	15	94	5	59	5	0	8	85	0.75
7813319--7813357	19	2.1	19	85	9	53	61	2	0	35	1.10
7816728--7816752	13	1.9	13	100	0	50	72	0	0	28	0.86
7816513--7816978	210	2.1	216	80	9	504	40	8	10	41	1.69
7843460--7843530	34	2.1	34	92	5	117	46	18	14	21	1.83

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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