genome.fa.s224.2.7.7.80.10.50.1000.19.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168049.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_30, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  11202444

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2557881--2557967	45	1.9	45	81	4	104	54	3	2	40	1.30
2558193--2558218	13	2.0	13	100	0	52	53	0	0	46	1.00
2560386--2560447	23	2.7	24	80	5	74	50	1	1	46	1.20
2560581--2560667	34	2.6	34	80	12	90	49	2	4	43	1.35
2560764--2560811	9	5.1	9	80	7	51	64	0	0	35	0.94
2563185--2563257	38	1.9	37	83	8	94	31	13	10	43	1.79
2563701--2563795	44	2.2	42	83	10	122	12	17	7	62	1.53
2564124--2564174	23	2.2	23	85	0	66	72	3	1	21	1.11
2567835--2567892	26	2.2	26	93	0	98	39	8	22	29	1.84
2579111--2579166	27	2.1	27	93	3	96	41	14	14	30	1.85
2582394--2582426	13	2.5	13	90	0	57	66	0	3	30	1.06
2583248--2583319	14	5.6	14	71	21	50	45	2	1	50	1.25
2583251--2583344	39	2.4	40	78	10	95	44	3	4	47	1.38
2583408--2583494	34	2.6	34	80	12	90	49	2	4	43	1.35
2584576--2584612	18	2.1	18	100	0	74	51	21	0	27	1.48
2584989--2585015	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
2585015--2585039	2	12.5	2	100	0	50	0	0	48	52	1.00
2585060--2585084	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
2586081--2586153	38	1.9	37	83	8	94	32	10	9	46	1.71
2587020--2587070	23	2.2	23	85	0	66	72	3	1	21	1.11
2590731--2590788	26	2.2	26	93	0	98	39	8	22	29	1.84
2602018--2602074	27	2.1	27	96	0	105	40	14	14	31	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2604329--2604393	32	2.0	32	100	0	130	53	15	9	21	1.69
2607202--2607267	25	2.7	24	80	17	82	18	6	3	72	1.18
2612739--2612822	42	2.0	41	90	2	132	25	13	14	47	1.79
2615281--2615318	9	4.0	9	87	12	58	10	13	0	76	1.02
2615274--2615318	20	2.3	20	88	3	65	13	11	0	75	1.05
2615287--2615325	10	3.6	11	83	16	55	7	17	0	74	1.05
2615281--2615325	20	2.3	19	92	7	72	8	15	0	75	1.03
2615281--2615333	10	5.1	11	82	13	51	9	20	0	69	1.15
2616271--2616329	30	2.0	30	100	0	118	54	8	6	30	1.57
2628540--2628671	50	2.6	51	78	6	133	38	9	15	36	1.80
2629167--2629232	25	2.7	24	80	17	82	18	6	3	72	1.18
2636023--2636828	356	2.3	353	82	7	967	36	11	14	37	1.83
2656991--2657047	27	2.1	27	96	0	105	40	14	14	31	1.85
2662027--2662089	25	2.5	25	89	0	99	33	23	7	34	1.84
2679489--2679573	42	2.0	42	100	0	170	42	7	11	38	1.69
2681549--2681578	10	3.1	10	95	4	53	36	0	0	63	0.95
2681551--2681580	9	3.2	9	95	4	51	36	0	0	63	0.95
2683017--2683060	13	3.2	13	81	12	52	75	0	20	4	0.98
2684442--2684595	79	1.9	79	90	0	245	29	18	19	33	1.95
2692091--2693053	186	5.2	184	84	3	1216	35	14	11	39	1.82
2692085--2693031	370	2.6	370	87	2	1346	35	13	11	39	1.82
2692947--2693071	62	2.0	62	84	6	164	34	16	8	41	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2693528--2693582	28	2.0	28	85	0	74	23	7	20	49	1.74
2695026--2695075	21	2.4	21	75	0	55	44	20	20	16	1.87
2696789--2696858	35	2.0	35	83	5	88	34	20	11	34	1.88
2697223--2697696	244	1.9	242	83	7	611	37	15	12	34	1.85
2698594--2698769	87	2.0	87	100	0	352	43	7	5	42	1.57
2698606--2698790	87	2.1	87	91	2	266	47	8	5	38	1.57
2698980--2699019	21	1.9	21	100	0	80	45	5	0	50	1.23
2700191--2700291	50	2.0	50	100	0	202	40	7	5	45	1.58
2701713--2701760	23	2.0	24	88	4	71	8	4	14	72	1.23
2702573--2702597	13	1.9	13	100	0	50	20	0	0	80	0.72
2706555--2706599	19	2.4	18	89	10	65	24	26	4	44	1.72
2713422--2713474	22	2.4	23	78	12	58	33	20	11	33	1.88
2722503--2722558	26	2.2	26	100	0	112	50	17	16	16	1.79
2726399--2726451	25	2.2	25	83	6	65	52	18	9	18	1.72
2726579--2726627	21	2.2	23	78	10	57	34	18	10	36	1.85
2727902--2727957	27	2.1	27	100	0	112	39	25	0	35	1.56
2733283--2733321	3	13.3	3	94	5	71	69	0	0	30	0.89
2734436--2734475	12	3.5	12	86	10	57	87	10	0	2	0.63
2734935--2734991	3	19.3	3	92	3	98	33	0	1	64	1.04
2735484--2735513	12	2.5	12	94	0	51	56	16	0	26	1.40
2740388--2740438	3	17.3	3	91	4	86	33	0	1	64	1.05
2749583--2749622	21	1.9	21	85	10	55	75	2	7	15	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2754433--2754466	12	2.8	12	86	0	50	26	17	8	47	1.77
2758792--2759050	124	2.1	123	85	5	337	36	16	14	32	1.89
2758717--2759019	62	4.9	61	73	11	242	38	15	15	30	1.89
2758851--2759050	62	3.2	63	73	10	180	36	16	14	33	1.88
2762006--2762058	21	2.5	21	90	0	79	22	15	22	39	1.91
2762006--2762073	21	3.2	21	85	0	73	26	13	20	39	1.89
2764363--2764397	17	2.1	17	94	0	61	45	8	22	22	1.79
2764917--2765205	154	1.9	152	82	5	366	32	10	13	43	1.78
2765067--2765873	324	2.5	320	78	7	831	33	8	13	44	1.74
2764884--2765876	486	2.1	475	80	5	1084	33	9	13	44	1.75
2764895--2765876	162	6.1	158	73	12	607	33	9	13	44	1.76
2767011--2767105	32	3.0	32	76	16	90	42	9	11	36	1.74
2770638--2770685	23	2.1	23	84	7	62	6	25	10	58	1.54
2775408--2775470	15	4.1	15	77	4	63	47	3	3	46	1.34
2776980--2777037	21	2.7	21	71	12	55	53	0	0	46	1.00
2778561--2778983	188	2.2	187	81	7	473	34	14	12	39	1.83
2780226--2780564	170	2.0	170	98	0	660	36	11	20	30	1.88
2783126--2783535	146	2.8	143	78	7	425	32	14	12	40	1.83
2783841--2783905	27	2.3	28	82	10	71	80	0	18	1	0.80
2785253--2785300	3	16.0	3	95	0	87	66	2	0	31	1.03
2789213--2789251	3	13.3	3	94	5	71	33	0	0	66	0.92
2789254--2789303	16	3.1	15	83	11	64	0	18	6	76	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2789773--2789809	19	2.0	19	94	5	67	16	5	21	56	1.59
2796221--2796345	5	24.4	5	72	16	96	38	3	3	55	1.32
2796219--2796344	3	45.7	3	72	24	64	38	3	3	55	1.32
2796245--2796359	59	1.9	59	91	3	187	38	3	4	53	1.38
2796771--2796831	20	3.0	20	85	7	79	14	4	26	54	1.61
2797386--2797465	34	2.2	36	82	6	101	66	10	2	21	1.33
2797383--2797463	37	2.3	34	82	8	99	66	8	2	22	1.31
2797504--2797564	17	3.4	17	72	17	52	57	11	1	29	1.44
2798774--2798809	15	2.5	14	90	4	54	25	27	11	36	1.90
2802552--2802651	51	2.0	51	84	4	130	31	22	11	36	1.89
2802678--2802714	18	2.1	17	90	5	56	37	18	8	35	1.81
2802991--2803323	120	2.8	120	76	2	312	18	21	14	45	1.85
2803699--2803790	3	32.3	3	78	16	72	35	1	2	60	1.16
2803678--2803758	5	15.4	5	75	16	58	37	3	3	55	1.35
2804152--2804211	21	3.0	21	76	16	65	20	3	25	51	1.62
2804280--2804329	19	2.6	19	93	0	82	28	4	26	42	1.73
2804321--2804345	13	1.9	13	100	0	50	24	0	16	60	1.36
2808027--2808099	29	2.4	29	79	16	87	72	5	8	13	1.25
2808085--2808117	16	2.0	17	88	5	50	78	0	18	3	0.87
2809438--2809780	86	4.0	85	77	7	323	29	16	14	39	1.88
2813890--2813929	11	3.6	11	83	9	55	20	7	10	62	1.50
2816475--2816508	13	2.6	13	90	9	52	44	0	2	52	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2817211--2817257	21	2.1	23	84	7	62	53	4	6	36	1.46
2818049--2818104	14	3.9	14	73	13	51	46	5	7	41	1.54
2818498--2818567	22	3.0	23	78	19	74	60	0	4	35	1.17
2818538--2818568	16	1.9	16	93	0	53	67	0	0	32	0.91
2821797--2821832	15	2.5	14	90	4	54	25	27	11	36	1.90
2825390--2825441	27	2.0	26	82	14	63	19	21	11	48	1.80
2826705--2826762	5	11.8	5	75	17	59	37	1	1	58	1.18
2826707--2826791	3	30.3	3	77	17	67	36	1	2	60	1.18
2827160--2827222	21	3.2	19	73	10	63	20	1	25	52	1.56
2827289--2827338	19	2.6	19	93	0	82	28	4	26	42	1.73

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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