genome.fa.s224.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168049.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_30, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  11202444

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   

This is table  1  of  64  ( 7596 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5559--6927	45	30.4	45	76	3	921	19	29	31	19	1.96
11014--11129	43	2.7	44	84	7	141	21	26	30	21	1.98
10703--11356	313	2.1	316	81	5	743	19	27	32	20	1.97
10270--11964	45	37.5	45	72	6	839	20	29	30	19	1.97
12789--13285	159	3.1	158	81	4	579	20	26	29	23	1.99
13259--13311	26	2.0	26	89	7	81	26	26	20	26	1.99
13503--13533	12	2.6	12	100	0	62	22	25	41	9	1.84
21119--21218	45	2.2	45	82	7	114	22	34	29	15	1.94
21233--22462	45	27.3	45	73	3	619	21	29	30	18	1.97
21233--22484	135	9.3	134	74	2	831	21	29	30	18	1.97
24367--24492	45	2.8	45	81	0	126	18	27	38	15	1.90
24850--24907	16	4.1	15	72	18	52	24	6	1	67	1.25
24870--24924	27	2.0	28	82	10	69	25	5	3	65	1.31
24837--24932	43	2.3	42	75	13	99	26	4	3	66	1.24
25860--25936	6	13.5	6	71	15	56	14	6	1	77	1.02
25860--25917	17	3.4	16	77	11	53	13	5	1	79	0.98
25845--25936	22	4.1	22	74	13	71	17	6	1	75	1.08
25867--25924	11	5.8	10	78	13	57	13	3	1	81	0.91
25871--25924	18	3.1	18	83	2	65	12	3	1	81	0.91
25876--25936	29	2.1	30	82	14	74	13	6	1	78	1.01
25899--25942	16	2.9	15	83	12	54	15	6	2	75	1.12
25959--26134	59	2.9	58	78	12	185	47	6	13	32	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30082--30136	7	7.9	7	88	11	60	87	0	9	3	0.66
30080--30137	28	2.1	28	84	6	75	87	0	8	3	0.64
30080--30157	17	4.5	18	78	12	74	83	0	11	5	0.80
30080--30137	1	58.0	1	78	0	53	87	0	8	3	0.64
31486--31589	43	2.4	43	79	10	122	36	11	18	33	1.87
31856--32287	41	11.1	40	81	14	450	24	17	22	35	1.96
32041--32102	31	2.0	31	96	0	115	29	14	19	37	1.91
31892--32263	195	2.0	180	89	7	555	24	17	23	35	1.95
32294--32332	8	4.8	8	85	14	53	89	7	2	0	0.56
32295--32329	18	1.9	18	94	0	61	88	8	2	0	0.61
32269--32570	117	2.6	117	82	5	373	46	12	15	26	1.80
32727--32890	11	14.1	11	69	18	68	22	4	2	70	1.19
32723--32759	18	2.1	18	90	10	58	18	0	5	75	0.99
32825--32874	12	4.5	11	76	16	50	14	6	0	80	0.90
32791--32874	33	2.5	33	81	9	82	22	4	0	72	1.03
32828--32878	21	2.4	21	83	3	66	15	5	0	78	0.93
32728--32901	93	1.8	97	81	7	223	23	5	2	68	1.21
32915--32961	21	2.2	22	77	11	53	29	4	2	63	1.25
33896--33960	11	6.4	10	82	12	53	13	4	1	80	0.95
33895--33972	6	13.7	6	71	15	58	14	6	1	78	1.01
33895--33953	17	3.4	16	77	11	55	13	5	1	79	0.97
33907--33960	18	3.1	18	83	2	74	12	3	1	81	0.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33935--33978	16	2.9	15	83	12	54	15	6	2	75	1.12
34005--34283	59	4.7	59	88	4	420	44	7	14	33	1.73
34782--36271	45	33.2	44	72	6	849	20	28	30	19	1.97
35397--36193	268	3.0	268	79	4	694	21	29	30	18	1.97
36159--36298	45	3.1	45	79	8	140	22	30	32	15	1.95
36443--36475	11	3.0	11	90	0	57	18	24	36	21	1.95
37056--37106	26	2.0	26	88	7	77	29	25	17	27	1.98
38500--38611	44	2.5	45	82	4	136	21	31	34	12	1.91
38851--38881	9	3.4	9	95	0	53	16	12	48	22	1.80
42015--43612	45	35.5	45	75	2	988	20	30	30	18	1.97
41996--42336	179	1.9	179	81	4	420	20	29	31	18	1.97
43091--43448	136	2.6	136	80	3	319	21	32	28	17	1.96
44448--44946	159	3.1	158	82	4	601	20	26	29	23	1.99
44920--44972	26	2.0	26	89	7	81	26	26	20	26	1.99
52881--54110	45	27.3	45	74	2	777	21	29	30	18	1.97
56595--56696	45	2.3	45	82	0	114	21	31	34	12	1.91
56953--57007	28	2.0	28	82	7	67	29	3	3	63	1.28
58072--58147	6	13.5	6	70	13	54	14	6	1	77	1.03
58072--58128	17	3.4	17	71	14	55	14	5	1	78	0.99
58057--58147	22	4.1	22	73	16	71	17	6	1	74	1.09
58083--58135	17	3.1	17	83	5	72	13	3	1	81	0.92
58084--58136	28	2.0	26	85	10	72	13	5	1	79	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58057--58155	16	6.0	16	73	12	67	17	7	2	73	1.14
58089--58153	17	3.9	17	80	6	62	13	7	3	75	1.14
58170--58345	59	2.9	58	77	12	176	46	6	14	32	1.69
61775--61938	11	14.1	11	69	18	68	22	4	2	70	1.19
61771--61807	18	2.1	18	90	10	58	18	0	5	75	0.99
61873--61922	12	4.5	11	76	16	50	14	6	0	80	0.90
61839--61922	33	2.5	33	81	9	82	22	4	0	72	1.03
61876--61926	21	2.4	21	83	3	66	15	5	0	78	0.93
61776--61949	93	1.8	97	81	7	223	23	5	2	68	1.21
61838--61981	17	9.0	16	68	19	70	24	4	1	69	1.16
61838--61906	12	5.2	13	73	13	52	24	4	0	71	1.05
62946--63003	17	3.4	16	77	15	55	13	5	1	79	0.98
62947--63022	11	6.8	11	76	13	66	14	6	1	77	1.03
62985--63028	16	2.9	15	83	12	54	15	6	2	75	1.12
63055--63338	60	4.7	60	81	10	339	44	8	15	32	1.76
63055--63338	120	2.4	118	86	7	376	44	8	15	32	1.76
63839--65331	45	33.2	45	73	4	934	20	28	30	19	1.97
65218--65358	45	3.1	45	79	9	133	21	29	31	16	1.95
66119--66169	26	2.0	26	92	0	84	29	27	17	25	1.98
66283--66683	158	2.5	158	76	5	398	20	24	28	25	1.99
66789--66841	26	2.0	26	88	0	79	26	22	18	32	1.97
67314--67366	26	2.0	26	89	7	81	26	22	20	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72734--74348	45	35.8	45	72	4	885	20	28	31	19	1.97
72761--73019	89	2.9	90	78	5	213	20	28	32	18	1.97
75407--75777	184	2.0	185	82	2	451	22	25	26	25	2.00
75921--75973	26	2.0	26	96	0	97	26	24	20	28	1.99
79585--79637	26	2.0	26	88	0	79	26	22	18	32	1.97
80108--80160	26	2.0	26	89	7	81	26	22	20	30	1.98
85510--87117	45	35.8	45	71	5	804	20	28	31	19	1.97
87851--87903	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
88176--88546	184	2.0	185	83	2	469	22	25	27	25	2.00
88690--88742	26	2.0	26	96	0	97	26	24	20	28	1.99
94081--95386	45	28.7	45	72	7	333	20	30	30	18	1.96
94060--95386	90	14.6	89	69	10	373	20	30	30	18	1.96
94060--94461	179	2.2	180	80	2	450	20	31	29	18	1.96
94060--95508	135	10.6	135	72	7	816	20	29	30	18	1.97
94374--94675	152	2.0	152	84	0	388	20	30	29	19	1.97
94750--95504	180	4.2	178	78	4	615	20	30	31	18	1.96
94566--95508	45	21.0	44	72	5	539	20	29	31	18	1.97
96237--98546	45	51.2	45	72	5	1407	20	29	31	18	1.96
104867--105064	45	4.4	44	77	5	164	18	27	33	20	1.96
104819--105163	135	2.6	135	81	7	379	20	27	32	19	1.97
104953--105187	128	1.8	128	81	7	298	20	26	33	20	1.97
105431--105457	14	1.9	14	100	0	54	14	29	14	40	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
105427--105464	12	3.0	12	85	14	58	15	26	15	42	1.87
112758--112801	23	1.9	23	85	0	61	29	36	22	11	1.89
112717--112847	68	1.9	68	87	0	190	22	32	30	13	1.93
112797--113187	45	8.7	45	79	1	381	20	32	30	16	1.95
116480--116558	26	3.0	26	96	0	149	27	26	18	26	1.98
123361--123414	23	2.3	23	100	0	108	24	35	29	11	1.90
123396--124503	45	24.7	45	76	4	853	20	30	31	17	1.96
129754--130849	45	24.4	45	73	4	654	20	28	31	19	1.97
130852--130876	13	1.9	13	100	0	50	24	36	16	24	1.94
131751--131803	26	2.0	26	92	0	88	28	24	20	26	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64