genome.fa.s224.2.7.7.80.10.50.1000.3.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168049.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_30, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  11202444

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
235183--235250	19	3.6	19	80	16	61	47	1	2	48	1.26
235206--235303	22	4.6	23	72	21	65	43	1	4	51	1.27
235326--235390	14	4.7	13	75	17	51	47	3	3	46	1.33
235364--235396	15	2.1	16	88	5	50	48	6	0	45	1.27
236776--236827	22	2.4	20	76	17	50	40	1	3	53	1.30
236815--236846	12	2.7	12	90	0	55	40	0	0	59	0.97
236956--237033	19	4.3	18	69	18	56	48	2	1	47	1.23
237043--237163	15	8.1	15	70	19	85	50	1	0	47	1.16
237113--237176	14	4.1	16	75	19	64	56	0	1	42	1.09
237109--237192	39	2.2	39	79	12	93	57	0	2	40	1.12
237948--238008	25	2.5	24	81	10	61	49	3	0	47	1.18
238076--238130	23	2.2	24	84	9	67	45	0	3	50	1.19
238306--238360	22	2.4	23	82	11	78	50	0	0	49	1.00
238314--238375	28	2.3	26	78	13	70	51	0	0	48	1.00
239540--239586	17	2.8	17	84	9	53	42	0	4	53	1.20
239554--239586	16	2.0	17	88	5	50	45	0	6	48	1.27
241079--241340	131	2.0	131	99	0	515	34	9	22	32	1.87
241739--241771	18	1.9	17	88	11	50	39	6	6	48	1.53
241655--244752	181	16.8	181	69	12	985	42	9	8	39	1.68
241650--242592	358	2.6	355	79	5	970	41	8	7	42	1.64
241606--242590	180	5.5	179	78	5	888	40	8	7	42	1.65
242588--242727	69	2.0	70	88	1	210	51	13	10	25	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
242727--244744	181	11.2	182	74	7	1283	42	9	8	39	1.68
242727--245471	544	5.1	537	74	9	1761	42	9	8	40	1.67
244928--254767	181	54.9	177	68	14	1390	41	9	8	40	1.67
244928--245252	171	1.9	173	81	6	399	43	7	8	41	1.63
245326--245602	150	1.8	151	81	3	344	39	9	9	41	1.69
245172--245785	332	1.9	331	81	5	765	41	8	9	40	1.68
244974--245980	509	2.0	502	78	7	1058	42	8	8	40	1.66
245467--249408	181	22.0	179	75	7	2681	41	9	8	41	1.66
245467--254913	362	26.3	360	71	11	3585	41	9	8	40	1.67
249720--250366	357	1.8	354	79	5	759	43	9	8	38	1.68
250532--251003	180	2.6	181	79	6	447	41	11	7	40	1.69
251929--252256	180	1.8	180	81	3	410	42	7	7	42	1.61
250530--254913	181	24.5	181	74	7	2754	41	10	8	39	1.68
250530--254909	361	12.2	351	73	10	2009	41	10	8	39	1.68
255407--255863	176	2.6	175	79	6	443	41	10	8	39	1.71
255878--256395	184	2.9	177	79	7	481	43	10	6	39	1.65
256668--258113	180	8.1	181	76	7	1036	42	9	7	39	1.66
258130--258813	180	3.9	179	74	8	574	40	9	8	41	1.69
258449--258761	167	1.9	169	79	4	355	39	9	7	43	1.64
258680--258936	138	1.9	136	84	6	349	42	10	8	37	1.71
258332--259294	484	2.0	486	83	5	1211	41	9	7	40	1.67
258817--262173	182	18.6	181	76	6	2533	42	9	7	40	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
258817--262166	537	6.2	536	78	6	2578	42	9	7	40	1.67
262303--262600	156	1.9	158	90	1	474	40	10	6	42	1.64
262459--264731	181	12.8	175	72	12	449	41	9	7	41	1.65
264329--265025	181	3.9	178	78	5	628	42	10	7	39	1.66
264318--265025	180	4.0	180	78	5	638	42	10	7	39	1.67
265289--265365	25	3.0	26	76	16	79	53	2	0	44	1.14
265650--265694	24	2.0	22	86	8	63	40	2	6	51	1.41
265869--265899	16	1.9	16	100	0	62	29	6	6	58	1.48
267197--267432	120	2.0	120	86	1	330	43	8	12	36	1.72
267730--270306	181	14.5	172	69	14	625	40	8	10	41	1.70
267730--268675	177	5.3	178	75	8	695	39	8	10	41	1.70
267933--268675	353	2.1	356	81	7	837	38	7	11	42	1.70
268356--268965	329	1.8	331	80	8	740	37	8	11	43	1.71
268689--270416	181	9.6	181	76	7	1352	40	8	10	41	1.69
268689--270416	361	4.8	356	77	8	1267	40	8	10	41	1.69
268999--270416	542	2.6	542	80	5	1430	40	8	10	41	1.69
270560--270647	21	4.2	20	71	22	65	47	2	1	48	1.21
270559--270676	36	3.3	36	76	11	102	50	1	1	46	1.21
270631--270679	23	2.2	22	85	3	62	57	0	2	40	1.10
270620--270707	36	2.5	37	81	12	112	54	1	1	43	1.15
271451--272113	181	3.7	178	78	5	640	38	7	11	42	1.70
273823--273873	19	2.8	18	79	5	57	41	5	7	45	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
275083--275170	21	4.2	20	73	20	74	50	0	0	50	1.00
275087--275187	23	4.7	22	69	22	72	49	0	0	50	1.00
275088--275187	29	3.3	30	70	24	84	49	0	0	51	1.00
275096--275196	19	5.3	18	72	17	71	49	0	0	50	1.00
275245--275318	30	2.4	30	84	6	87	44	2	2	50	1.30
275400--275446	24	1.9	25	86	4	69	53	0	2	44	1.12
275478--275544	10	6.8	10	71	27	54	47	1	1	49	1.19
275484--275540	13	4.3	14	77	6	57	49	1	1	47	1.22
275741--275779	16	2.4	17	86	4	53	53	0	0	46	1.00
276003--276033	15	2.1	15	94	5	55	54	0	0	45	0.99
276014--276098	15	5.7	14	71	22	50	51	1	0	47	1.08
276066--276130	18	3.7	18	76	11	55	44	0	3	52	1.16
276269--276312	12	3.8	12	82	11	56	54	4	0	40	1.21
276513--276546	16	2.1	17	88	5	52	41	2	2	52	1.31
276742--276799	29	2.0	29	83	9	75	51	1	0	46	1.11
276756--276799	14	3.1	14	81	12	54	45	2	0	52	1.13
276798--277425	181	3.5	179	81	5	644	43	9	7	39	1.65
277584--277634	21	2.6	19	72	21	52	50	1	0	47	1.12
277582--277654	22	3.4	22	78	10	62	49	2	1	46	1.24
277929--277953	13	1.9	13	100	0	50	48	0	0	52	1.00
277916--277995	24	3.3	24	76	13	67	53	0	0	46	1.00
277877--277984	17	6.3	17	64	21	55	52	0	0	45	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
278164--278190	12	2.2	12	100	0	54	59	7	0	33	1.25
278823--278863	17	2.3	18	87	8	57	39	4	0	56	1.21
278889--278920	16	1.9	17	93	6	57	50	6	0	43	1.27
279124--279176	27	2.0	27	85	7	72	43	0	3	52	1.19
279151--279196	20	2.3	21	85	7	60	47	2	4	45	1.34
279754--279811	28	2.1	28	87	6	82	53	0	0	46	1.00
279904--279935	17	1.9	16	93	6	55	53	3	0	43	1.16
280051--280082	16	2.0	16	93	0	55	59	0	0	40	0.97
280251--280323	32	2.2	32	85	2	92	57	1	2	38	1.22
280681--280759	13	5.9	13	72	11	54	44	1	1	53	1.16
280711--280737	14	1.9	14	100	0	54	55	0	0	44	0.99
281012--281067	22	2.4	23	79	11	60	51	1	0	46	1.11
281259--281305	18	2.6	18	81	15	53	40	0	2	57	1.11
281449--281474	11	2.4	11	100	0	52	61	0	0	38	0.96
281948--282011	16	4.0	16	82	11	78	53	0	3	43	1.16
281947--282011	32	2.1	31	88	8	96	52	0	3	44	1.16
282409--282499	47	1.9	46	81	18	107	41	3	2	52	1.30
282645--282681	19	1.9	19	88	0	56	51	2	0	45	1.15
283097--283142	15	2.8	16	84	15	58	50	0	2	47	1.13
283186--283255	12	5.6	13	75	14	51	47	0	1	51	1.09
283194--283266	24	3.0	24	75	18	71	49	0	2	47	1.15
283185--283272	22	3.9	22	76	16	74	47	0	2	50	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
283551--283598	23	2.0	24	84	11	64	45	0	2	52	1.12
283562--283604	13	3.1	14	86	6	52	44	2	0	53	1.13
286716--287149	63	7.0	62	81	7	341	35	9	26	28	1.87
286716--287131	126	3.3	123	77	8	398	35	9	26	29	1.87
286714--287143	189	2.3	188	83	4	523	35	9	26	29	1.87
287036--287210	63	2.8	64	84	5	196	36	12	25	26	1.91
286714--287211	189	2.7	187	80	5	472	35	10	25	28	1.88
287609--287735	25	5.4	24	76	12	122	43	9	12	34	1.75
287609--287716	21	4.8	21	72	16	90	41	9	12	36	1.76
287792--287917	46	2.8	44	76	14	132	34	15	16	33	1.91

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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