genome.fa.s224.2.7.7.80.10.50.1000.55.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168049.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_30, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  11202444

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8788995--8789039	22	2.0	22	86	0	63	24	4	4	66	1.29
8789116--8789170	15	3.6	16	83	14	62	32	1	5	60	1.30
8789162--8789223	26	2.4	26	89	5	90	38	6	1	53	1.37
8789714--8789852	69	2.0	71	87	8	205	40	7	5	46	1.55
8795966--8796006	18	2.3	18	100	0	82	48	9	9	31	1.69
8806747--8806774	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
8806579--8806759	86	2.1	88	94	2	321	35	12	9	42	1.75
8806896--8807017	52	2.3	53	78	5	131	46	5	19	27	1.72
8807633--8807681	25	2.0	25	87	0	71	42	4	28	24	1.73
8807928--8807959	11	2.9	11	90	0	55	15	0	31	53	1.43
8807983--8808139	52	3.0	52	78	7	176	42	8	21	27	1.81
8811666--8811725	26	2.4	24	81	13	75	50	0	1	48	1.11
8811898--8811940	17	2.7	16	86	10	61	44	2	2	51	1.27
8811977--8812016	12	3.2	12	82	6	53	37	0	0	62	0.95
8811977--8812018	13	3.3	13	83	3	50	38	0	0	61	0.96
8812300--8812346	23	2.0	23	83	4	58	48	0	0	51	1.00
8814404--8814431	13	2.2	13	100	0	56	35	0	0	64	0.94
8814634--8814688	25	2.2	25	78	12	60	32	0	3	63	1.12
8814638--8814689	15	3.5	15	80	15	63	32	0	3	63	1.12
8814645--8814691	14	3.3	14	80	16	60	31	0	4	63	1.13
8815665--8815711	21	2.2	21	100	0	94	23	6	25	44	1.77
8817770--8817840	37	1.9	37	91	0	115	50	7	15	26	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8825244--8825274	16	1.9	16	93	0	53	19	0	35	45	1.51
8825262--8825295	14	2.3	15	90	5	52	2	0	44	52	1.16
8825230--8825339	51	2.2	51	80	6	125	15	0	34	50	1.45
8825304--8825461	16	9.9	16	76	11	155	18	0	30	50	1.52
8825603--8825653	27	1.9	27	84	4	68	41	1	0	56	1.10
8827228--8827571	88	3.9	88	85	3	395	40	16	20	22	1.91
8827556--8827623	23	3.0	22	77	10	66	32	23	20	23	1.98
8827468--8827728	133	2.0	133	89	0	405	37	19	21	21	1.94
8827556--8827905	154	2.3	156	83	4	458	36	19	21	23	1.95
8827769--8828031	132	2.0	132	89	1	402	37	19	20	22	1.95
8827975--8828063	22	4.0	23	80	4	101	30	22	23	23	1.99
8827976--8828063	45	2.0	45	88	0	131	29	22	23	23	1.99
8827466--8828322	287	3.0	285	85	2	1101	36	19	20	23	1.95
8827861--8828192	155	2.1	155	85	4	447	35	21	21	22	1.96
8828130--8828196	23	3.0	23	86	2	82	25	25	26	22	2.00
8828016--8828401	132	2.9	131	82	1	477	36	19	20	22	1.95
8828420--8828650	123	1.9	123	95	1	419	33	17	16	32	1.92
8828717--8828894	41	4.3	41	91	1	277	32	12	18	35	1.89
8830178--8830202	10	2.5	10	100	0	50	0	8	0	92	0.40
8830601--8830646	1	46.0	1	82	0	56	4	2	2	91	0.56
8830601--8830646	21	2.2	21	88	0	65	4	2	2	91	0.56
8835788--8835821	14	2.3	15	90	5	52	2	0	44	52	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8835830--8835969	16	8.9	16	82	6	135	20	2	29	48	1.61
8835836--8835969	15	8.6	16	83	9	125	20	2	29	47	1.62
8837468--8837546	27	2.7	28	84	13	90	29	0	1	69	0.96
8837491--8837550	3	21.7	3	83	13	76	31	0	0	68	0.90
8847888--8847956	34	2.0	34	100	0	138	44	14	11	28	1.80
8849460--8849495	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
8853376--8853742	202	1.8	201	84	4	497	37	16	17	28	1.91
8857795--8857827	14	2.4	14	90	5	50	36	0	0	63	0.95
8857933--8857966	11	3.1	11	88	12	52	26	0	0	73	0.83
8857933--8857985	12	4.3	12	79	11	63	28	0	1	69	0.99
8858007--8858049	22	2.0	22	81	9	52	51	4	0	44	1.22
8858688--8858740	27	1.9	28	88	11	83	45	13	5	35	1.67
8858788--8858827	16	2.5	16	83	0	53	37	22	5	35	1.76
8861894--8861973	28	2.9	27	79	7	81	37	20	5	37	1.74
8870502--8870582	40	2.0	40	95	0	144	41	0	22	35	1.54
8872067--8872159	21	4.4	21	71	8	64	48	3	2	46	1.30
8872097--8872157	32	2.0	30	87	6	86	49	4	1	44	1.33
8885952--8886042	30	3.1	30	78	12	107	37	8	2	51	1.45
8887132--8887193	30	2.1	30	87	0	88	43	9	4	41	1.59
8887491--8887585	30	3.1	29	76	8	100	34	11	4	49	1.58
8891137--8891252	57	2.0	57	86	6	164	23	15	24	37	1.93
8895929--8895970	18	2.3	19	95	4	77	69	0	0	30	0.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8896006--8896050	18	2.5	17	79	10	54	37	2	0	60	1.09
8897491--8897523	16	2.1	16	94	0	57	72	0	0	27	0.85
8899270--8899294	12	2.1	12	100	0	50	72	0	20	8	1.10
8904710--8904743	2	17.0	2	100	0	68	0	50	0	50	1.00
8904743--8904774	2	16.0	2	100	0	64	50	50	0	0	1.00
8908632--8908687	24	2.3	24	84	6	69	30	3	12	53	1.55
8908891--8908924	4	8.5	4	86	0	50	0	47	2	50	1.16
8908891--8908924	6	5.7	6	92	0	50	0	47	2	50	1.16
8912392--8912416	13	1.9	13	100	0	50	8	32	12	48	1.69
8913939--8913991	26	2.0	26	100	0	106	26	18	9	45	1.80
8915631--8915659	3	9.7	3	100	0	58	0	34	0	65	0.93
8922185--8922341	76	2.1	77	85	8	214	36	7	7	49	1.57
8922863--8922915	24	2.1	26	83	13	67	71	0	0	28	0.86
8922915--8922951	18	2.1	18	94	0	65	37	0	5	56	1.22
8923009--8923062	27	2.0	27	82	7	65	37	1	3	57	1.27
8923362--8923420	21	2.7	21	82	7	64	50	1	1	45	1.21
8924014--8924061	16	2.9	16	81	9	60	68	0	0	31	0.90
8924002--8924074	23	3.1	23	86	4	83	65	1	0	32	1.01
8924124--8924197	38	1.9	38	86	8	105	52	0	2	44	1.15
8929586--8929630	23	2.0	23	100	0	90	13	17	20	48	1.80
8933406--8933440	16	2.2	16	89	0	52	65	0	2	31	1.07
8933495--8933588	30	3.1	30	85	8	104	50	1	0	48	1.07
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8933503--8933577	12	6.2	12	76	6	62	56	1	0	42	1.08
8940399--8940451	21	2.5	21	82	17	74	16	7	0	75	1.02
8940896--8940931	19	1.9	19	88	5	56	36	11	0	52	1.37
8941199--8941239	17	2.4	18	80	12	50	39	4	2	53	1.35
8942426--8942509	34	2.5	34	78	5	91	41	7	11	39	1.69
8947265--8947411	74	2.0	74	87	2	215	46	14	12	25	1.80
8947910--8947951	6	7.0	6	88	0	66	33	2	16	47	1.60
8950374--8950419	24	1.9	24	81	0	56	50	2	0	47	1.13
8950654--8950717	31	2.1	31	90	0	101	51	3	15	29	1.59
8961926--8961957	15	2.1	16	94	5	57	43	0	0	56	0.99
8961925--8961961	16	2.3	17	86	13	60	45	0	0	54	1.00
8961942--8962003	24	2.7	23	87	7	90	41	1	0	56	1.09
8961951--8962004	24	2.2	24	96	0	99	37	1	0	61	1.07
8963845--8963880	14	2.7	13	83	8	54	47	0	0	52	1.00
8963845--8963899	27	2.0	27	86	6	76	41	1	0	56	1.10
8963883--8963932	22	2.3	22	85	0	64	44	6	0	50	1.26
8964388--8964447	23	2.6	23	78	2	66	48	1	3	46	1.28
8968986--8969087	20	4.8	21	78	14	104	53	0	0	45	1.06
8968961--8969089	40	3.2	39	78	15	111	52	1	0	45	1.10
8968987--8969087	40	2.5	40	81	13	120	54	0	0	44	1.06
8971578--8971611	16	2.1	16	88	0	50	17	2	2	76	1.04
8972502--8972574	34	2.2	33	82	2	83	46	2	0	50	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8972904--8972971	21	3.3	22	78	19	83	51	0	0	48	1.00
8974646--8974690	18	2.4	19	85	14	58	53	0	8	37	1.32
8974705--8974742	20	1.9	20	84	10	51	52	0	7	39	1.31
8974789--8974842	18	2.7	21	75	13	60	48	1	7	42	1.42
8976186--8976221	17	2.1	17	89	0	54	52	0	0	47	1.00
8976426--8976486	13	4.8	13	73	13	56	45	0	3	50	1.17
8978897--8978947	16	3.2	16	72	10	50	37	7	5	49	1.56
8982951--8982992	2	21.0	2	100	0	84	50	0	0	50	1.00
8982992--8983034	2	21.5	2	100	0	86	51	0	48	0	1.00
8983838--8983894	29	2.0	29	86	6	80	49	5	1	43	1.35

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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