genome.fa.s212.2.7.7.80.10.50.1000.42.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168037.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_29, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  14313602

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
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This is table  42  of  74  ( 8765 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8683402--8683476	30	2.7	27	81	15	91	30	2	4	62	1.27
8683437--8683498	24	2.5	24	86	5	79	35	3	3	58	1.31
8683415--8683495	24	2.9	29	70	24	75	34	3	3	58	1.34
8683415--8683507	28	3.5	25	76	19	82	32	4	4	59	1.37
8684391--8684482	14	6.2	14	69	22	55	21	2	3	72	1.09
8684444--8684493	21	2.4	22	80	12	61	16	8	0	76	1.02
8684514--8684853	59	5.8	56	77	13	310	43	7	12	36	1.71
8684511--8684853	121	2.9	118	84	6	460	43	7	12	36	1.72
8690728--8690772	17	2.7	17	86	3	65	46	0	0	53	1.00
8691005--8691052	19	2.6	19	83	3	62	56	0	6	37	1.25
8691170--8691203	16	2.3	15	90	10	52	58	0	0	41	0.98
8695848--8695890	19	2.1	21	87	12	63	25	0	6	67	1.15
8697934--8697963	16	1.9	16	93	6	53	23	10	0	66	1.21
8698697--8698976	153	1.8	153	95	0	506	39	9	15	35	1.80
8699396--8699429	17	1.9	18	88	5	52	61	0	8	29	1.26
8699396--8699430	18	2.1	17	89	10	54	60	0	8	31	1.27
8704737--8705016	118	2.4	117	88	4	402	36	13	7	42	1.71
8704735--8705016	59	4.8	57	83	8	343	36	13	7	42	1.73
8706991--8707025	18	1.9	18	94	0	61	14	42	8	34	1.76
8707237--8707291	23	2.4	23	85	11	69	72	1	5	20	1.13
8707899--8707935	18	2.1	18	94	0	65	29	37	10	21	1.88
8714397--8714426	15	2.1	14	93	6	51	53	10	16	20	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8714764--8714798	12	2.8	12	91	4	52	8	0	22	68	1.16
8715822--8715875	22	2.6	19	81	16	63	46	0	0	53	1.00
8716192--8716244	20	2.5	20	84	6	61	16	1	3	77	1.01
8716998--8717128	20	6.6	20	68	14	65	32	8	8	51	1.62
8717048--8717143	21	4.8	20	73	12	72	34	7	6	52	1.55
8718901--8718942	22	1.9	22	85	0	57	38	4	7	50	1.51
8718960--8719086	22	5.8	21	74	10	78	42	10	4	42	1.59
8718912--8719046	44	3.0	45	75	7	107	44	9	3	42	1.55
8719070--8719121	22	2.4	22	80	0	59	38	13	3	44	1.62
8719130--8719176	22	2.1	22	88	0	67	42	19	0	38	1.51
8719824--8719874	22	2.3	22	86	6	68	31	3	13	50	1.60
8720200--8720383	22	8.4	22	68	12	83	39	8	4	47	1.54
8720427--8720469	22	2.0	22	85	0	59	30	11	9	48	1.71
8720456--8720514	22	2.7	23	81	5	68	37	6	3	52	1.45
8720604--8720709	22	5.0	22	73	15	71	37	8	3	50	1.51
8720824--8720928	22	4.8	22	72	2	77	34	7	5	52	1.54
8720947--8721038	44	2.1	44	89	0	139	35	7	4	52	1.50
8720978--8721064	22	4.0	22	73	7	70	35	6	4	52	1.49
8720947--8721064	44	2.7	44	85	2	121	36	7	4	51	1.50
8721087--8721123	11	3.4	11	85	14	58	37	0	5	56	1.22
8721089--8721132	22	2.0	22	90	0	70	43	2	4	50	1.35
8723178--8723231	16	3.3	16	81	2	63	46	1	1	50	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8727764--8727808	20	2.3	19	85	11	56	24	0	8	66	1.20
8729427--8729458	14	2.1	16	88	11	50	9	0	3	87	0.64
8729488--8729605	50	2.3	50	81	9	134	46	1	0	50	1.17
8729751--8729800	21	2.4	21	83	6	66	40	10	4	46	1.56
8733730--8733827	32	3.2	32	64	30	86	34	11	9	44	1.72
8733624--8733986	59	6.1	58	85	8	453	33	11	9	46	1.71
8733988--8734029	22	1.9	22	90	0	66	78	2	9	9	1.05
8733982--8734044	32	2.0	32	84	3	83	77	1	12	7	1.05
8733977--8734043	15	4.3	15	77	7	62	76	1	13	8	1.09
8734509--8734567	31	1.9	31	89	0	91	38	20	11	28	1.88
8734538--8734573	18	1.9	18	88	5	54	41	22	8	27	1.82
8734965--8735087	5	24.6	5	78	13	80	69	1	2	26	1.09
8734965--8735086	9	12.8	9	75	17	72	69	1	2	26	1.10
8734969--8735090	34	3.6	33	75	20	94	69	1	2	26	1.10
8735001--8735104	4	24.8	4	74	11	50	68	0	1	28	1.07
8735035--8735160	13	9.8	13	66	20	59	67	1	3	26	1.17
8735357--8735569	41	5.2	41	89	4	297	34	23	17	23	1.96
8736569--8736641	17	4.4	16	83	8	85	12	16	0	71	1.15
8736569--8736641	8	8.9	8	81	11	85	12	16	0	71	1.15
8736608--8736639	9	3.4	10	87	12	50	9	15	0	75	1.05
8746383--8746444	30	2.0	31	81	9	74	56	11	8	24	1.61
8747003--8747426	59	7.1	59	85	7	502	33	12	8	45	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8747423--8747524	5	19.2	5	75	14	71	78	0	5	14	0.99
8747423--8747567	11	13.2	11	68	16	70	75	3	4	17	1.10
8747425--8747524	16	6.1	17	73	13	75	78	1	6	15	1.00
8747426--8747506	27	2.9	27	80	9	65	77	1	7	13	1.03
8747417--8747579	32	5.1	31	72	16	111	74	3	4	17	1.14
8747493--8747588	4	24.0	4	71	19	58	71	5	0	22	1.05
8747493--8747587	16	5.7	16	73	17	77	72	5	0	22	1.04
8747542--8747588	20	2.3	20	89	7	69	76	4	0	19	0.95
8748051--8748087	19	1.9	19	94	0	65	43	21	8	27	1.80
8748475--8748688	4	54.2	4	68	18	55	69	2	2	25	1.14
8748477--8748580	9	10.8	9	75	19	63	70	1	1	25	1.08
8748482--8748615	6	21.3	6	73	20	57	67	1	2	28	1.14
8748477--8748689	39	6.1	33	70	24	102	69	2	2	24	1.13
8754477--8754513	15	2.4	15	95	4	65	35	16	10	37	1.83
8757447--8757486	20	2.0	20	100	0	80	50	15	15	20	1.79
8764783--8764852	19	3.7	19	76	3	70	57	8	2	31	1.44
8764918--8764974	18	3.1	17	85	12	69	42	10	0	47	1.38
8764924--8764981	18	3.2	17	85	4	53	51	8	0	39	1.33
8764993--8765064	30	2.4	29	77	11	74	50	2	4	43	1.36
8765329--8765362	7	4.7	7	85	7	50	73	5	0	20	1.04
8765391--8765438	20	2.5	19	86	6	62	56	2	2	39	1.23
8765404--8765442	19	2.0	20	85	5	53	58	5	2	33	1.33
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8765819--8765884	10	6.9	9	73	19	53	27	0	4	68	1.09
8765819--8765893	20	3.9	18	75	17	71	29	0	4	66	1.09
8765844--8765893	19	2.7	17	82	17	64	28	0	4	68	1.08
8765821--8765876	28	1.9	30	92	7	98	28	0	5	66	1.14
8765819--8765893	28	2.6	28	82	4	96	29	0	4	66	1.09
8765887--8765917	11	2.8	11	95	0	53	58	3	0	38	1.15
8766344--8766398	10	5.5	10	79	14	60	63	9	0	27	1.24
8766469--8766529	28	2.1	28	87	3	86	63	9	0	26	1.25
8766476--8766513	19	2.0	20	84	5	51	65	10	0	23	1.23
8766667--8766803	10	14.4	9	72	17	91	29	1	4	64	1.22
8766670--8766831	9	16.8	10	71	21	69	31	1	4	62	1.24
8766663--8766802	19	7.5	18	73	14	106	31	1	4	62	1.23
8766667--8766805	38	3.6	38	74	12	131	30	1	5	63	1.24
8766913--8766951	17	2.3	16	83	12	51	20	7	0	71	1.10
8769053--8769101	20	2.4	19	81	18	55	51	0	4	44	1.20
8769708--8769745	10	3.9	10	93	6	69	52	5	0	42	1.24
8769708--8769746	19	2.1	19	100	0	78	51	5	0	43	1.24
8769767--8769833	25	2.7	25	77	13	75	23	1	1	73	1.00
8769791--8769871	31	2.6	33	85	11	102	28	0	3	67	1.07
8769820--8769863	19	2.4	19	81	14	56	27	0	2	70	0.99
8769795--8769919	10	11.8	10	66	21	51	29	1	3	65	1.17
8769991--8770031	17	2.5	17	88	7	59	34	0	7	58	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8769977--8770031	17	3.4	16	82	10	58	34	0	7	58	1.26
8776391--8776428	19	2.0	19	85	10	51	55	7	5	31	1.51
8779128--8779152	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
8779152--8779176	2	12.5	2	100	0	50	52	0	48	0	1.00
8784299--8784352	15	3.5	15	80	5	54	35	3	5	55	1.41
8784342--8784375	15	2.4	14	90	9	52	38	5	8	47	1.59
8790173--8790228	28	2.0	28	100	0	112	28	14	21	35	1.92
8792249--8792301	5	10.4	5	76	11	54	35	0	7	56	1.28
8792424--8792470	18	2.5	19	82	6	60	61	0	0	38	0.96
8793207--8793247	3	13.7	3	100	0	82	31	0	0	68	0.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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