genome.fa.s212.2.7.7.80.10.50.1000.38.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168037.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_29, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  14313602

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8071815--8072353	227	2.4	227	85	2	686	25	12	21	40	1.89
8072579--8072622	3	14.0	3	90	9	70	34	0	0	65	0.93
8073480--8073518	14	2.7	14	92	4	60	15	0	12	71	1.14
8078872--8078921	22	2.3	22	100	0	100	42	36	8	14	1.74
8085165--8085240	26	2.9	25	70	14	64	53	0	0	46	1.00
8089285--8089314	2	15.0	2	92	0	51	46	0	3	50	1.18
8089580--8089624	20	2.2	20	81	11	56	22	6	4	66	1.33
8089715--8089745	16	1.9	16	93	0	53	32	0	0	67	0.91
8089720--8089752	16	2.1	16	88	5	50	39	0	0	60	0.97
8093327--8093360	3	11.3	3	100	0	68	67	0	0	32	0.91
8094763--8094907	44	3.4	43	76	8	109	50	7	7	34	1.59
8094806--8095350	22	25.2	22	72	11	200	47	4	11	37	1.58
8094826--8095127	131	2.3	132	78	5	299	49	3	9	36	1.54
8095077--8095128	11	4.7	11	75	0	50	53	1	5	38	1.36
8094826--8095124	66	4.5	66	77	6	239	49	3	10	37	1.54
8095596--8095724	22	5.9	22	71	8	75	46	6	6	40	1.56
8095654--8095777	22	5.6	22	71	7	72	47	12	3	36	1.58
8095988--8096042	27	2.0	27	85	0	74	54	3	5	36	1.41
8096228--8096277	22	2.3	22	78	0	55	52	10	10	28	1.67
8096341--8096460	22	5.5	22	81	10	131	47	4	7	40	1.51
8096342--8096460	44	2.7	43	86	7	152	47	4	7	41	1.51
8096324--8096625	22	13.8	22	69	12	111	47	3	9	39	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8096532--8096692	22	7.3	22	74	5	92	44	4	11	39	1.60
8096756--8096859	11	9.5	11	68	0	73	50	5	2	40	1.41
8096755--8096909	22	7.0	22	84	4	152	50	7	4	37	1.50
8096691--8096859	66	2.6	65	80	4	171	46	7	4	41	1.53
8097184--8097229	21	2.2	21	84	7	58	58	8	4	28	1.47
8097199--8097280	21	3.9	21	79	3	74	47	12	8	31	1.71
8097380--8097412	16	2.1	16	88	11	50	66	0	0	33	0.92
8097549--8097583	2	17.5	2	93	0	61	48	2	0	48	1.16
8097550--8097589	8	4.7	9	82	17	50	50	5	0	45	1.23
8107659--8107698	19	2.1	19	86	13	55	45	15	37	2	1.59
8110320--8110487	82	2.0	82	96	0	309	43	23	13	19	1.87
8114414--8114468	16	3.9	14	72	27	53	45	0	1	52	1.11
8114403--8114468	27	2.5	26	79	15	75	43	0	1	54	1.09
8114735--8114876	71	2.0	69	91	5	232	42	4	3	50	1.39
8115995--8121980	545	11.0	545	98	0	11360	38	11	16	34	1.85
8122307--8122424	4	30.2	4	70	10	75	19	3	5	72	1.18
8122343--8122371	14	2.1	14	100	0	58	20	0	0	79	0.74
8122456--8122644	61	3.1	61	85	1	254	46	11	8	33	1.72
8127593--8127639	18	2.6	18	77	12	51	70	0	19	10	1.16
8127942--8127966	7	3.6	7	100	0	50	88	0	0	12	0.53
8128643--8128697	9	6.1	9	78	16	60	27	20	10	41	1.85
8128645--8128692	18	2.7	18	93	0	87	27	20	10	41	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8129042--8129196	59	2.6	59	88	0	229	23	18	13	45	1.84
8129111--8129168	27	2.2	27	84	3	73	24	17	12	46	1.81
8129042--8129237	59	3.3	58	83	4	223	21	16	12	48	1.80
8130739--8130814	38	2.0	39	85	10	104	21	3	2	72	1.13
8130768--8130924	28	5.6	28	72	17	112	22	2	3	71	1.15
8130765--8130910	56	2.6	55	91	4	229	21	2	3	71	1.13
8130874--8130942	4	17.2	4	81	11	79	23	1	2	72	1.06
8130752--8130942	8	24.0	8	71	17	96	23	3	3	70	1.16
8130765--8130944	56	3.3	52	82	11	202	22	2	3	70	1.17
8130970--8131162	60	3.2	59	83	5	237	45	10	9	35	1.71
8131930--8131971	22	2.0	21	86	9	59	9	4	35	50	1.56
8136583--8136630	17	2.8	17	84	12	55	43	0	2	54	1.12
8137630--8137680	24	2.1	25	85	3	68	52	1	0	45	1.12
8137791--8137824	12	2.8	12	86	0	50	44	5	2	47	1.42
8140017--8140074	22	2.9	19	71	24	57	72	5	0	22	1.04
8147336--8147364	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
8148637--8148661	13	1.9	13	100	0	50	64	8	8	20	1.46
8149133--8149158	6	4.3	6	100	0	52	0	0	19	80	0.71
8152372--8152400	10	3.0	10	95	5	51	62	0	0	37	0.96
8152596--8152680	35	2.3	37	90	6	129	48	17	2	31	1.60
8152758--8152786	10	3.0	10	95	5	51	62	0	0	37	0.96
8157816--8157861	22	2.1	22	88	4	67	76	2	21	0	0.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8157820--8157864	14	3.3	14	81	12	58	77	2	20	0	0.87
8158909--8158990	43	1.9	43	85	9	114	40	2	7	50	1.44
8161942--8162010	28	2.5	28	79	11	79	50	4	2	42	1.37
8175601--8175642	22	1.9	22	90	0	66	33	0	16	50	1.46
8175626--8175660	18	2.0	18	88	5	54	37	2	5	54	1.39
8175643--8175760	46	2.6	46	77	5	123	38	9	13	38	1.77
8175937--8176084	49	3.0	49	78	9	142	35	10	14	39	1.82
8175988--8176352	187	2.0	187	99	0	721	30	12	15	42	1.83
8176177--8176271	49	1.9	49	81	12	115	35	9	14	40	1.79
8176306--8176376	35	2.1	34	84	7	90	23	19	8	47	1.77
8177987--8178024	20	1.9	19	89	5	58	42	0	13	44	1.43
8178973--8179035	29	2.1	30	85	2	83	33	9	0	57	1.31
8179070--8179160	30	3.0	30	80	10	96	45	3	12	39	1.58
8179141--8179197	28	2.0	28	82	6	69	50	7	8	33	1.60
8179345--8179411	3	22.3	3	100	0	134	67	0	0	32	0.91
8181270--8181314	18	2.4	18	85	10	56	35	0	0	64	0.94
8181278--8181348	29	2.4	28	75	13	72	39	1	0	59	1.06
8181278--8181325	11	4.7	11	80	17	50	39	0	0	60	0.97
8181297--8181326	11	2.7	11	94	0	51	46	0	0	53	1.00
8181287--8181342	30	1.9	30	85	10	80	41	1	0	57	1.09
8181376--8181414	13	2.9	14	88	7	62	41	0	0	58	0.98
8181640--8181697	21	2.8	21	94	0	98	60	0	1	37	1.07
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8181622--8181706	24	3.5	26	75	19	85	61	0	1	37	1.04
8188290--8188350	17	3.4	18	88	6	79	9	11	42	36	1.74
8189142--8189190	22	2.3	22	93	6	84	48	0	0	51	1.00
8189163--8189223	30	2.0	30	83	0	77	55	0	0	44	0.99
8189178--8189216	16	2.4	16	86	0	51	61	0	0	38	0.96
8189599--8189681	33	2.5	33	80	9	89	46	16	12	24	1.81
8189599--8189671	34	2.2	34	83	11	89	47	17	12	21	1.80
8190195--8190543	60	6.0	58	84	7	438	33	12	8	46	1.70
8190195--8190545	59	6.0	58	87	5	478	33	11	7	46	1.70
8190553--8190646	27	3.3	27	72	20	75	73	1	7	18	1.12
8190563--8190634	17	4.2	17	75	5	56	75	1	8	15	1.11
8190561--8190633	28	2.6	28	80	6	76	73	1	8	16	1.13
8191700--8191755	25	2.3	24	80	17	62	58	5	0	35	1.21
8191910--8191948	21	1.9	21	89	5	62	17	28	33	20	1.96
8192043--8192112	8	8.8	8	83	9	63	2	0	12	84	0.73
8192042--8192112	10	7.6	9	83	13	74	2	0	12	84	0.73
8192042--8192105	20	3.3	19	87	10	85	3	0	12	84	0.74
8192123--8192842	41	17.7	41	87	7	1024	36	21	19	22	1.95
8192135--8192842	204	3.5	203	89	6	1069	37	21	18	22	1.95
8192123--8192848	285	2.6	284	90	5	1139	36	21	19	22	1.95
8194090--8194131	14	3.1	13	90	10	66	0	9	0	90	0.45
8194079--8194138	11	5.2	11	78	9	57	1	13	0	85	0.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8194080--8194139	18	3.4	17	77	9	57	1	15	0	83	0.73
8194098--8194131	1	34.0	1	87	0	50	0	5	0	94	0.32
8194065--8194131	7	9.3	7	78	12	57	2	14	0	82	0.79
8197971--8198441	59	8.0	59	90	4	688	33	12	7	46	1.70
8197971--8198441	119	4.0	117	90	4	700	33	12	7	46	1.70
8198449--8198542	27	3.3	27	72	20	75	73	1	7	18	1.12
8198459--8198530	17	4.2	17	75	5	56	75	1	8	15	1.11
8198457--8198529	28	2.6	28	80	6	76	73	1	8	16	1.13
8199601--8199656	25	2.3	24	80	17	62	58	5	0	35	1.21
8199810--8199848	20	1.9	21	89	5	62	15	25	30	28	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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