genome.fa.s212.2.7.7.80.10.50.1000.9.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168037.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_29, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  14313602

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2403284--2403323	20	2.0	20	85	5	53	45	2	2	50	1.28
2403848--2403896	24	2.0	24	84	0	62	30	0	2	67	1.02
2403868--2403903	16	2.1	18	90	10	58	36	0	0	63	0.94
2403861--2403916	24	2.2	25	84	6	69	32	1	0	66	1.03
2424538--2424590	22	2.5	22	84	6	65	33	0	1	64	1.05
2425422--2425464	22	1.9	23	86	13	63	48	2	0	48	1.14
2425517--2425551	16	2.2	16	89	0	52	60	0	2	37	1.12
2428042--2428088	24	2.0	23	87	4	67	40	0	0	59	0.97
2428119--2428174	26	2.2	26	80	6	60	58	1	0	39	1.08
2428177--2428224	16	3.0	16	75	0	51	62	6	0	31	1.20
2439355--2439383	12	2.3	13	94	5	51	34	0	0	65	0.93
2446550--2446586	18	2.1	18	100	0	74	32	5	10	51	1.60
2447394--2447438	15	2.9	15	83	16	56	55	0	2	42	1.12
2454564--2454592	3	9.7	3	100	0	58	34	0	0	65	0.93
2468071--2468096	11	2.4	11	100	0	52	38	0	7	53	1.30
2469256--2469280	2	12.5	2	100	0	50	0	52	0	48	1.00
2479084--2479123	2	20.0	2	89	0	62	50	0	0	50	1.00
2484490--2484535	19	2.4	19	85	0	56	26	0	0	73	0.83
2485092--2485135	9	4.6	10	81	18	58	18	2	0	79	0.83
2485091--2485135	19	2.3	19	92	3	72	17	2	0	80	0.82
2485227--2485261	17	2.1	17	88	0	52	74	2	2	20	1.08
2487698--2487760	29	2.2	29	88	2	92	46	0	3	50	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2493656--2493701	14	3.2	15	81	9	51	56	0	0	43	0.99
2494313--2494345	6	5.8	6	86	13	52	69	0	30	0	0.88
2498425--2498459	16	2.1	17	89	5	54	65	2	0	31	1.07
2498591--2498641	21	2.4	21	76	0	57	35	1	0	62	1.06
2506522--2506551	12	2.5	12	88	0	51	80	0	20	0	0.72
2507187--2507221	3	11.7	3	100	0	70	31	0	0	68	0.90
2509056--2509095	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
2531897--2531949	20	2.7	19	77	14	54	50	0	0	49	1.00
2531901--2531973	15	4.5	15	76	17	67	53	0	0	46	1.00
2531898--2531969	24	2.9	24	72	11	65	52	0	0	47	1.00
2531898--2531996	50	2.0	50	84	4	128	51	1	0	47	1.07
2533028--2533098	33	2.2	33	84	2	90	53	4	1	40	1.29
2565076--2565114	21	1.9	20	84	5	51	48	2	20	28	1.62
2573854--2573884	16	1.9	16	93	0	53	48	35	3	12	1.58
2594140--2594195	27	2.1	27	100	0	112	21	23	30	25	1.99
2595132--2595157	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
2595472--2595519	2	24.0	2	100	0	96	50	0	0	50	1.00
2598779--2598813	3	11.7	3	100	0	70	31	0	0	68	0.90
2607732--2607761	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
2608423--2608469	25	1.9	24	82	4	58	74	2	4	19	1.09
2612844--2612954	34	3.3	34	80	7	127	45	6	5	43	1.52
2613034--2613162	68	1.9	68	82	3	161	40	3	6	48	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2613061--2613182	34	3.6	34	78	9	124	36	4	4	54	1.41
2614020--2614176	52	3.0	51	81	3	179	26	24	8	40	1.83
2615037--2615193	52	3.0	52	83	1	181	25	24	8	40	1.84
2615218--2615249	11	2.9	11	95	0	55	46	28	0	25	1.53
2619084--2619122	16	2.4	16	86	0	51	33	15	30	20	1.94
2622974--2623034	30	2.1	29	87	3	86	37	9	1	50	1.45
2623057--2623195	30	4.6	30	83	4	145	53	2	4	39	1.32
2623057--2623188	61	2.2	60	80	4	158	55	2	4	37	1.33
2623077--2623195	61	2.0	61	86	6	170	52	1	4	41	1.30
2624281--2624357	36	2.2	35	80	13	86	50	1	5	42	1.32
2628926--2628963	12	3.1	12	82	17	51	55	0	5	39	1.23
2629188--2629212	13	1.9	13	100	0	50	32	0	4	64	1.12
2629472--2629511	18	2.2	19	86	4	55	82	5	12	0	0.82
2630628--2630664	17	2.2	16	95	4	65	67	0	2	29	1.04
2631085--2631205	59	2.1	59	93	4	210	47	14	9	28	1.75
2634809--2634880	29	2.5	28	79	4	81	50	0	1	48	1.09
2634953--2634991	20	1.9	21	89	5	62	56	0	0	43	0.99
2635662--2635761	41	2.6	38	78	12	103	50	0	0	50	1.00
2635676--2635762	41	2.1	42	87	6	124	49	0	0	50	1.00
2635923--2635969	24	2.0	24	86	0	67	53	0	4	42	1.20
2646431--2646464	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
2654254--2654286	4	8.2	4	93	0	57	24	3	21	51	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2655620--2655661	20	2.2	20	83	8	52	38	7	2	52	1.42
2662017--2662050	18	1.9	18	88	5	52	11	14	2	70	1.27
2678082--2678121	17	2.4	17	91	0	62	67	0	0	32	0.91
2678120--2678157	11	3.2	12	81	11	51	15	2	5	76	1.08
2678220--2678256	20	2.0	20	89	10	60	48	8	0	43	1.32
2686642--2686683	18	2.3	19	84	12	61	40	0	4	54	1.21
2686995--2687067	20	3.5	20	77	12	85	53	0	0	46	1.00
2687033--2687069	15	2.4	16	86	9	58	45	0	0	54	1.00
2688157--2688199	23	1.9	23	90	4	70	37	4	4	53	1.43
2688401--2688426	12	2.2	12	100	0	52	61	0	0	38	0.96
2708057--2708323	133	2.0	133	97	0	498	15	30	11	42	1.82
2713392--2713482	46	2.0	46	88	0	137	51	9	18	19	1.74
2717500--2717547	24	2.0	24	83	0	60	41	10	8	39	1.69
2720464--2720489	2	13.0	2	100	0	52	0	50	0	50	1.00
2720489--2720520	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
2721508--2721649	71	2.0	72	92	1	241	26	23	10	40	1.87
2721590--2721774	94	2.0	94	92	2	309	27	25	11	35	1.91
2725320--2725388	32	2.2	32	83	0	84	37	27	11	23	1.89
2726986--2727033	25	1.9	25	86	0	69	41	14	16	27	1.87
2744399--2744435	6	6.0	6	87	6	56	54	29	16	0	1.43
2744399--2744435	19	2.0	18	89	5	56	54	29	16	0	1.43
2757664--2757699	6	6.0	6	96	0	63	16	30	16	36	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2758139--2758175	13	3.0	13	84	7	51	75	0	2	21	0.92
2758396--2758439	22	2.0	22	86	8	63	43	0	0	56	0.99
2767945--2767970	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
2769218--2769243	2	13.0	2	100	0	52	0	50	0	50	1.00
2771889--2771931	12	3.4	12	78	12	50	74	2	23	0	0.93
2774554--2774615	20	3.3	19	80	11	56	11	3	9	75	1.14
2774814--2774981	49	3.3	51	81	7	184	38	19	12	29	1.88
2774814--2774981	51	3.3	50	79	8	173	38	19	12	29	1.88
2775036--2775402	147	2.5	147	80	5	429	41	21	11	24	1.87
2775287--2775465	48	3.6	48	67	25	120	44	20	11	23	1.83
2775299--2775547	105	2.4	105	82	7	280	44	19	11	24	1.83
2775670--2775954	105	2.7	105	85	1	376	44	20	12	22	1.84
2775931--2776256	42	7.5	42	71	17	206	43	20	10	25	1.83
2775957--2776198	84	2.8	83	79	10	265	42	20	10	26	1.84
2776187--2776408	104	2.1	105	85	4	297	42	19	13	23	1.87
2776396--2776670	42	6.4	41	73	11	201	44	19	9	27	1.81
2776486--2776641	84	1.8	85	87	4	235	42	19	10	26	1.84
2777053--2777139	35	2.5	35	86	3	122	40	12	10	36	1.78
2777288--2777333	20	2.3	20	88	7	67	26	32	0	41	1.56
2783489--2783529	7	5.6	7	85	8	55	80	4	0	14	0.87
2799239--2799279	13	3.2	13	82	0	55	39	0	0	60	0.96
2801961--2802028	25	2.7	24	72	12	57	61	1	1	35	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2802650--2802703	16	3.4	17	72	15	60	42	0	0	57	0.98
2803029--2803087	28	2.1	27	84	12	75	49	1	0	49	1.11
2806532--2806561	11	2.7	11	94	0	51	50	6	20	23	1.71
2813990--2814295	119	2.6	116	81	12	327	36	9	4	49	1.55
2813981--2814301	59	5.4	59	74	11	255	37	8	4	48	1.56
2814330--2814389	21	2.8	21	74	2	57	75	3	5	16	1.12
2814626--2814674	14	3.3	15	77	8	55	0	46	0	53	1.00
2815151--2815201	22	2.3	21	80	9	57	74	0	1	23	0.92
2815824--2815906	15	5.6	15	83	8	89	56	2	0	40	1.12
2815817--2815888	31	2.3	31	85	9	92	56	2	0	40	1.13

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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