genome.fa.s212.2.7.7.80.10.50.1000.35.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168037.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_29, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  14313602

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7603026--7603103	38	2.1	38	95	0	138	42	16	8	32	1.79
7604122--7604158	19	1.9	19	94	0	65	40	21	8	29	1.82
7604168--7604219	10	5.0	10	75	9	50	67	7	3	21	1.32
7604168--7604206	11	3.5	11	82	0	51	74	7	2	15	1.15
7604168--7604214	22	2.2	21	92	3	76	72	6	2	19	1.17
7604644--7604669	3	8.7	3	100	0	52	69	0	0	30	0.89
7604934--7605226	118	2.5	117	82	3	320	46	15	20	17	1.85
7606118--7606158	20	2.0	22	85	9	59	9	12	0	78	0.98
7616882--7616920	10	3.8	10	83	6	51	69	7	0	23	1.14
7617334--7617423	6	15.0	6	80	9	58	71	2	1	25	1.05
7617352--7617408	3	19.3	3	92	3	98	68	1	0	29	1.00
7620370--7620613	62	4.0	59	76	13	188	32	13	13	40	1.84
7620453--7620576	64	1.9	65	86	4	180	32	12	12	42	1.80
7629520--7629615	46	2.1	47	88	2	140	23	3	28	44	1.68
7629593--7629686	17	5.8	16	82	7	100	15	1	39	43	1.54
7629593--7629686	32	2.9	33	79	9	120	15	1	39	43	1.54
7629610--7629686	33	2.4	33	82	10	113	18	0	37	44	1.50
7630295--7630329	14	2.5	14	100	0	70	11	14	51	22	1.74
7630722--7630755	16	2.1	16	88	0	50	0	5	11	82	0.83
7631408--7631577	88	1.9	88	79	2	189	41	17	17	23	1.90
7631482--7631873	133	2.9	131	82	5	441	37	18	19	23	1.94
7631695--7631761	23	3.0	23	85	10	93	28	19	26	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7631717--7632273	111	5.0	110	77	10	512	39	16	18	24	1.91
7631723--7632314	110	5.3	109	78	6	568	39	17	19	24	1.92
7632270--7632338	23	3.0	23	80	2	77	27	21	24	26	1.99
7632190--7632725	133	4.1	133	81	2	580	36	17	20	24	1.94
7632563--7632603	21	2.0	21	95	0	73	29	17	29	24	1.97
7632671--7632758	22	4.0	22	85	7	108	28	17	26	28	1.97
7632672--7632774	45	2.3	44	88	3	143	30	16	25	28	1.97
7632668--7632772	23	4.7	23	80	8	108	27	19	25	27	1.98
7632608--7632932	178	1.8	177	83	5	433	36	16	20	26	1.94
7632847--7632932	23	3.8	23	81	1	84	32	17	20	29	1.96
7632706--7633036	156	2.1	155	83	1	403	36	15	20	28	1.92
7632888--7633264	110	3.4	110	83	3	461	37	17	20	24	1.94
7633109--7633390	133	2.1	133	82	1	341	35	18	20	25	1.95
7633220--7633287	23	3.0	23	86	2	93	30	20	22	26	1.98
7633388--7633605	121	1.8	121	93	0	382	36	15	14	33	1.87
7633661--7633765	41	2.6	41	81	6	115	30	16	18	35	1.92
7641692--7641725	15	2.3	15	89	0	50	29	17	20	32	1.96
7642116--7642213	46	2.2	46	83	9	121	23	3	27	45	1.67
7642215--7642299	16	5.2	16	77	9	75	16	2	37	43	1.61
7642200--7642303	33	3.2	33	79	6	95	16	2	35	45	1.62
7642226--7642316	33	2.8	34	77	9	100	19	1	32	46	1.58
7642226--7642312	32	2.7	33	79	10	99	19	1	31	48	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7642226--7642320	16	5.9	16	75	11	77	18	1	31	48	1.56
7643305--7643339	16	2.3	15	90	5	52	0	14	2	82	0.77
7643305--7643349	15	2.9	15	86	3	54	0	11	6	82	0.84
7644530--7644691	81	2.0	81	93	0	279	33	16	17	32	1.92
7645067--7645116	25	2.1	23	88	7	73	26	18	16	40	1.90
7648085--7648273	64	3.0	62	76	6	182	38	12	15	32	1.86
7648372--7648494	65	1.9	64	83	6	160	44	9	9	35	1.70
7653042--7653079	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
7653587--7653669	41	2.0	41	100	0	166	36	24	7	32	1.83
7658231--7658287	21	2.7	21	88	0	87	43	7	28	21	1.78
7669257--7669313	30	1.9	30	88	0	87	19	12	24	43	1.85
7669257--7669341	15	5.7	15	81	0	71	22	15	21	41	1.90
7669334--7669463	30	4.3	30	90	3	199	13	25	25	35	1.93
7672215--7672262	24	2.0	24	91	0	78	33	20	12	33	1.90
7672586--7672620	4	8.8	4	93	0	61	22	22	0	54	1.45
7672681--7672716	18	2.0	18	100	0	72	50	27	0	22	1.50
7672787--7672949	62	2.6	62	84	4	206	30	14	12	42	1.83
7673979--7674012	13	2.6	14	86	13	54	52	2	44	0	1.16
7674340--7674364	11	2.3	11	100	0	50	0	8	0	92	0.40
7674917--7674957	21	2.0	21	85	0	55	56	4	0	39	1.21
7677110--7677215	30	3.5	30	81	2	106	35	7	2	53	1.44
7680194--7680228	2	17.5	2	93	0	61	45	0	2	51	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7682877--7682924	6	7.7	6	86	9	60	14	2	4	79	0.98
7683751--7683775	12	2.1	12	100	0	50	0	8	48	44	1.32
7684386--7684424	12	3.6	11	87	12	55	10	7	2	79	1.02
7684655--7684679	9	2.8	9	100	0	50	32	0	24	44	1.54
7685185--7685240	24	2.3	24	87	0	85	37	37	8	16	1.80
7688676--7688733	31	1.9	30	85	3	80	41	6	13	37	1.72
7691067--7691163	50	1.9	50	83	4	124	52	9	9	28	1.64
7695237--7695278	19	2.3	18	84	12	50	78	0	14	7	0.95
7695220--7695282	34	1.9	32	83	6	81	77	0	12	9	0.98
7695978--7696198	63	3.4	63	81	10	234	34	9	26	29	1.88
7696535--7696590	21	2.7	21	94	0	94	35	8	17	37	1.82
7696722--7696762	20	2.0	20	90	0	64	36	17	17	29	1.92
7696833--7696867	16	2.1	17	89	5	54	34	11	14	40	1.82
7697029--7697359	41	8.0	41	82	4	380	23	12	19	44	1.84
7697029--7697359	83	4.0	82	81	4	362	23	12	19	44	1.84
7697605--7697657	24	2.1	24	89	6	79	47	0	24	28	1.52
7698987--7699011	13	1.9	13	100	0	50	88	0	0	12	0.53
7703987--7704037	25	2.0	25	100	0	102	41	7	27	23	1.82
7709675--7709728	24	2.2	25	86	6	74	40	0	0	59	0.98
7712430--7712477	18	2.7	18	96	3	89	35	14	25	25	1.94
7714482--7714532	24	2.1	24	92	3	68	47	0	1	50	1.12
7714921--7714970	24	2.1	25	88	7	77	42	4	0	54	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7720580--7720622	21	2.0	21	100	0	86	23	44	4	27	1.73
7720580--7720666	18	4.7	18	81	12	88	31	37	5	25	1.79
7746956--7747117	81	2.0	81	98	0	315	38	11	9	40	1.74
7749191--7749232	17	2.4	17	88	4	57	80	2	2	14	0.90
7755824--7756047	121	1.9	120	82	2	288	49	7	7	36	1.58
7761000--7761067	17	3.8	19	75	16	58	23	0	7	69	1.14
7762825--7762907	43	1.9	43	82	0	103	26	9	9	54	1.64
7768225--7768284	18	3.4	18	72	17	54	76	0	11	11	1.02
7768803--7768846	22	2.0	22	90	0	70	45	11	11	31	1.76
7768806--7768858	22	2.4	22	81	6	63	50	7	11	30	1.65
7769738--7769784	19	2.5	19	93	6	78	36	17	10	36	1.84
7772462--7772524	25	2.5	25	84	0	81	38	14	25	22	1.92
7772484--7772542	26	2.3	25	85	8	75	47	13	20	18	1.82
7772918--7772967	14	3.4	14	81	13	64	74	8	10	8	1.24
7772918--7772968	16	3.3	15	78	10	59	74	7	9	7	1.22
7774159--7774205	21	2.2	21	92	0	76	36	2	8	53	1.44
7774154--7774211	21	2.5	24	76	21	70	37	1	6	53	1.38
7774205--7774265	17	3.2	20	76	19	60	27	4	13	54	1.59
7779446--7779900	228	2.0	229	96	0	840	31	17	10	40	1.84
7781606--7781669	21	3.0	20	82	8	74	32	1	21	43	1.62
7781687--7781788	46	2.3	45	84	6	127	34	5	15	44	1.71
7782019--7782192	17	10.3	17	74	6	111	37	10	9	42	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7782136--7782226	34	2.7	34	82	1	103	35	9	8	46	1.68
7782183--7782226	17	2.6	18	75	10	56	34	6	13	45	1.70
7782203--7782251	25	2.0	25	87	0	71	36	12	10	40	1.77
7782225--7782287	18	3.6	18	82	2	83	38	12	6	42	1.68
7783529--7783579	27	1.9	26	84	4	66	23	1	3	70	1.14
7790339--7790372	16	2.1	17	94	5	61	67	0	0	32	0.91
7791817--7791849	16	2.1	16	88	11	50	30	3	6	60	1.36
7793005--7793237	19	11.9	19	68	20	90	48	25	3	21	1.67
7793142--7793203	33	1.9	32	83	9	81	53	24	0	22	1.46
7793121--7793220	40	2.5	39	79	9	103	50	27	1	22	1.56

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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