genome.fa.s212.2.7.7.80.10.50.1000.40.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168037.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_29, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  14313602

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8403427--8403579	66	2.3	65	75	10	148	40	7	4	47	1.51
8403481--8403575	44	2.2	44	81	7	113	41	4	6	48	1.48
8403653--8403710	22	2.6	23	81	5	66	36	6	3	53	1.45
8403800--8403905	22	5.0	22	73	15	71	37	8	3	50	1.51
8404018--8404122	22	4.8	22	77	2	95	36	7	4	51	1.52
8403998--8404095	44	2.2	44	83	0	115	41	6	4	47	1.47
8404020--8404078	11	5.4	11	79	0	64	37	5	3	54	1.39
8404018--8404122	44	2.4	44	82	6	124	36	7	4	51	1.52
8404172--8404258	22	4.0	22	73	7	70	35	6	4	52	1.49
8404150--8404329	44	4.2	44	75	13	133	37	7	5	50	1.54
8404185--8404338	22	7.2	21	68	17	59	35	7	7	50	1.57
8404897--8404941	24	1.9	23	81	4	54	66	2	0	31	1.04
8406381--8406425	16	2.7	17	79	3	56	46	2	2	48	1.26
8410947--8410996	21	2.3	22	86	10	68	28	0	12	60	1.32
8413198--8413258	19	3.3	19	66	13	54	44	8	3	44	1.50
8413191--8413270	37	2.2	37	95	0	142	43	10	2	43	1.51
8421709--8421777	34	2.1	34	83	8	88	34	18	18	27	1.95
8421853--8421885	16	2.1	16	94	0	57	36	0	21	42	1.53
8426947--8426980	16	2.1	16	88	0	50	35	2	20	41	1.68
8444386--8444437	15	3.3	17	79	12	58	26	0	1	71	0.97
8444404--8444442	15	2.6	14	84	11	51	28	2	2	66	1.18
8444508--8444681	88	2.0	88	86	4	244	31	5	5	57	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8447528--8447561	15	2.4	14	90	9	52	50	8	0	41	1.34
8448843--8449256	215	1.9	214	80	4	485	36	11	7	45	1.67
8449230--8449277	20	2.3	21	89	3	71	29	0	4	66	1.10
8449595--8449682	41	2.1	41	91	0	140	11	18	45	25	1.82
8450515--8450549	5	6.8	5	87	6	52	80	2	0	17	0.84
8450513--8450553	16	2.5	17	88	8	66	80	2	0	17	0.82
8450589--8450648	28	2.1	28	87	0	84	38	13	16	31	1.87
8457333--8457372	19	2.1	19	86	9	55	42	2	5	50	1.37
8460106--8460187	16	5.0	16	78	10	76	18	1	30	50	1.55
8460134--8460187	17	3.2	17	82	10	74	16	0	27	55	1.42
8461276--8461309	15	2.3	15	89	0	50	2	2	11	82	0.89
8461721--8461766	18	2.6	18	86	6	67	43	0	0	56	0.99
8462036--8462078	22	2.0	22	85	0	59	30	23	18	27	1.98
8462009--8462293	110	2.6	109	82	3	322	38	17	20	24	1.93
8462414--8462459	23	2.0	23	86	0	65	30	19	21	28	1.98
8462331--8462659	111	3.0	111	82	3	398	40	16	17	25	1.90
8462629--8462717	23	4.0	23	76	4	76	33	17	19	29	1.95
8462687--8462727	21	2.0	21	100	0	82	26	14	24	34	1.94
8463153--8463259	41	2.6	41	80	5	119	31	14	16	36	1.90
8463561--8463640	41	2.0	41	82	5	99	32	18	21	27	1.97
8466853--8466903	25	2.0	25	100	0	102	35	7	21	35	1.83
8470311--8470381	31	2.3	31	85	0	88	26	25	22	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8470792--8470863	28	2.6	26	82	8	72	15	4	2	77	1.03
8470936--8471339	59	6.8	59	85	10	549	43	8	13	33	1.75
8473727--8473761	12	2.8	13	82	8	54	22	0	40	37	1.55
8473829--8473859	16	1.9	16	93	0	53	19	0	35	45	1.51
8473845--8473884	20	2.0	20	90	0	62	15	0	32	52	1.43
8473816--8473888	36	2.1	36	87	7	105	16	0	35	47	1.47
8473816--8473901	36	2.4	36	84	9	95	16	0	33	50	1.46
8473945--8474033	16	5.5	16	81	6	108	14	0	32	52	1.42
8473949--8474025	34	2.3	33	88	4	111	16	0	27	55	1.41
8475302--8475347	23	2.0	23	100	0	92	39	4	39	17	1.69
8475537--8475576	21	1.9	21	94	0	71	42	0	0	57	0.98
8475799--8475840	21	2.0	21	85	0	57	40	11	11	35	1.79
8475982--8476109	50	2.5	52	84	10	181	50	2	0	46	1.19
8476598--8476637	19	2.1	19	86	9	55	42	2	5	50	1.37
8484362--8484413	21	2.4	22	84	12	63	19	7	48	25	1.75
8484580--8484609	15	2.0	15	93	0	51	43	0	0	56	0.99
8485648--8485698	25	2.0	25	96	0	93	31	23	11	33	1.91
8485921--8485979	30	2.0	30	96	0	109	30	16	6	45	1.74
8486023--8486076	17	3.2	18	76	21	55	48	0	0	51	1.00
8487053--8487084	16	2.0	16	100	0	64	25	18	6	50	1.70
8488522--8488551	15	2.0	15	93	0	51	0	23	0	76	0.78
8510129--8510435	153	2.0	151	94	1	533	41	9	15	33	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8510850--8510883	17	1.9	18	88	5	52	61	0	8	29	1.26
8510850--8510884	18	2.1	17	89	10	54	60	0	8	31	1.27
8515994--8516091	7	12.9	7	71	16	54	21	3	3	72	1.12
8515996--8516040	17	2.9	15	81	12	54	17	2	4	75	1.07
8515994--8516267	4	66.8	4	67	18	79	25	4	2	68	1.18
8516111--8516144	9	3.7	9	92	4	50	20	0	0	79	0.73
8516056--8516219	26	6.3	27	72	20	109	30	3	2	64	1.22
8516158--8516219	24	2.5	24	89	5	88	35	3	1	59	1.23
8516228--8516276	17	2.9	16	88	8	71	12	4	0	83	0.77
8516228--8516276	8	5.9	8	90	7	71	12	4	0	83	0.77
8516236--8516289	25	2.2	25	82	0	63	11	9	0	79	0.93
8516824--8516866	15	2.9	15	83	16	54	55	0	44	0	0.99
8517130--8517161	15	2.2	14	94	5	55	25	0	0	75	0.81
8517175--8517218	13	3.5	13	90	9	65	20	0	0	79	0.73
8517186--8517238	5	10.4	5	82	15	56	18	1	0	79	0.83
8517185--8517245	6	10.0	6	77	19	56	19	1	0	78	0.83
8517175--8517243	13	5.2	13	77	19	52	20	1	0	78	0.83
8517253--8517366	59	1.9	59	82	10	144	45	8	12	33	1.72
8522504--8522729	111	2.0	111	92	1	373	36	15	23	24	1.94
8527880--8527925	17	2.6	18	89	6	76	80	0	8	10	0.91
8528927--8529139	41	5.1	41	84	7	245	24	16	21	37	1.93
8529342--8529430	46	1.9	46	80	13	103	22	3	4	69	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8529374--8529568	4	48.8	4	70	17	65	27	2	3	67	1.19
8529405--8529567	3	50.7	3	69	26	54	28	2	2	66	1.17
8529327--8529434	54	2.0	54	83	7	139	22	3	4	69	1.23
8529402--8529539	14	10.1	14	69	12	54	30	2	2	64	1.20
8529362--8529523	77	2.2	73	79	10	166	27	1	3	67	1.18
8529373--8529564	87	2.2	86	80	14	216	27	2	3	67	1.19
8529330--8529473	15	9.5	15	71	19	61	23	2	3	70	1.13
8529356--8529572	10	23.7	9	67	22	73	26	2	2	68	1.15
8529356--8529569	15	14.8	14	68	20	54	27	2	2	67	1.16
8530462--8530537	9	7.7	10	70	12	50	28	0	3	67	1.09
8530513--8530553	5	8.4	5	84	10	50	17	2	0	80	0.82
8530509--8530558	12	4.1	12	82	12	66	18	2	0	80	0.82
8530509--8530558	18	2.7	18	82	11	66	18	2	0	80	0.82
8530509--8530569	24	2.3	26	81	13	81	18	4	0	77	0.95
8530569--8530864	61	4.9	61	84	6	347	44	5	11	38	1.63
8530582--8530864	120	2.3	120	91	3	444	43	4	12	39	1.64
8533020--8533067	15	3.3	15	82	8	55	56	0	0	43	0.99
8533565--8533594	15	2.1	14	93	6	51	53	10	16	20	1.71
8535455--8535509	21	2.7	21	80	2	58	29	5	16	49	1.68
8535568--8535612	21	2.1	22	87	4	65	33	6	6	53	1.53
8537532--8537715	66	2.8	67	82	8	191	41	9	5	43	1.61
8537624--8537715	33	2.8	33	72	18	91	39	8	6	45	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8537510--8537726	22	9.9	22	75	7	154	41	9	5	43	1.61
8537750--8537795	23	2.0	23	91	0	74	50	6	2	41	1.40
8538432--8538465	11	3.1	11	82	0	50	32	0	8	58	1.29
8538432--8538531	22	4.5	22	67	14	62	33	7	7	53	1.55
8538927--8538973	23	2.0	23	87	0	67	38	6	6	48	1.54
8539002--8539093	22	4.2	22	77	2	87	38	7	5	48	1.55
8538978--8539123	66	2.2	65	80	9	163	35	8	4	52	1.51
8539015--8539116	44	2.3	44	83	3	116	37	6	2	52	1.43
8539046--8539123	22	3.5	22	77	6	70	37	7	1	53	1.38
8539432--8539495	22	2.9	22	85	2	83	39	9	1	50	1.44

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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