genome.fa.s212.2.7.7.80.10.50.1000.44.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168037.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_29, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  14313602

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8948984--8949012	3	9.7	3	100	0	58	34	65	0	0	0.93
8950708--8950746	20	2.0	20	84	0	51	48	10	17	23	1.78
8956219--8956419	48	4.2	49	72	6	162	31	12	11	44	1.79
8956245--8956425	97	1.9	97	85	4	251	32	13	11	42	1.80
8959149--8959239	27	3.2	27	68	22	78	37	16	6	39	1.75
8959145--8959355	58	3.6	58	84	7	277	36	16	6	40	1.74
8959378--8959448	6	11.8	6	78	16	76	80	0	2	16	0.83
8959379--8959447	10	6.4	11	80	9	72	79	0	2	17	0.85
8960335--8960446	21	5.3	21	72	12	86	64	2	7	25	1.33
8960341--8960455	42	2.7	41	82	6	115	63	2	6	26	1.33
8960396--8960606	4	53.8	4	68	16	70	63	1	3	30	1.20
8960394--8960576	22	8.5	21	69	16	106	62	1	3	32	1.23
8960394--8960565	42	4.2	42	77	10	144	62	1	4	32	1.22
8960490--8960582	28	3.5	26	78	17	86	64	2	1	32	1.12
8960490--8960576	31	2.8	31	83	14	94	65	2	0	32	1.05
8960514--8960606	15	5.8	16	75	14	84	69	1	2	26	1.06
8960586--8960624	12	3.6	11	90	10	55	87	0	0	12	0.55
8960578--8960633	14	4.1	14	77	15	55	82	1	1	14	0.84
8960863--8960991	27	4.7	27	76	8	102	41	36	1	20	1.62
8960933--8960990	21	2.8	20	78	5	62	44	34	1	18	1.60
8961008--8961085	7	11.6	7	81	8	90	46	39	1	12	1.50
8960885--8961085	13	14.9	13	71	10	79	42	36	2	18	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8960863--8961085	20	10.7	20	70	13	94	42	36	2	18	1.63
8960885--8961085	27	7.7	27	74	10	132	42	36	2	18	1.64
8961468--8961578	46	2.3	45	80	13	116	49	1	11	36	1.50
8969772--8969819	6	7.8	6	81	4	51	50	8	2	39	1.44
8971629--8971654	8	3.2	8	100	0	52	23	0	0	76	0.78
8971795--8971852	4	14.5	4	76	20	59	70	0	1	27	0.97
8971801--8971856	18	3.2	17	82	12	69	71	0	1	26	0.96
8971805--8971856	14	3.4	15	80	19	63	71	0	1	26	0.97
8971795--8971862	22	3.0	22	83	10	77	70	0	1	27	0.96
8972707--8972747	3	13.7	3	84	0	55	70	24	0	4	1.06
8972704--8972750	9	5.6	9	78	14	55	70	21	0	8	1.14
8972713--8972747	15	2.3	15	100	0	70	68	25	0	5	1.11
8977631--8977692	15	4.4	13	73	15	52	75	1	1	20	0.97
8979907--8979973	25	2.9	22	79	12	80	29	5	8	55	1.55
8980926--8981001	39	1.9	39	84	5	100	28	15	10	44	1.80
8981689--8981715	13	2.1	13	100	0	54	22	18	14	44	1.86
8990891--8990929	21	1.9	20	89	5	60	71	2	0	25	0.98
8990877--8990943	27	2.4	27	78	9	73	68	1	0	29	0.98
8991901--8991926	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
9010777--9010802	13	2.0	13	100	0	52	76	0	15	7	0.99
9011421--9011682	142	1.9	141	86	2	382	38	14	20	25	1.91
9015937--9015961	6	4.2	6	100	0	50	84	0	16	0	0.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9019888--9019913	3	8.7	3	100	0	52	69	0	0	30	0.89
9020914--9020947	15	2.3	15	89	0	50	55	2	2	38	1.30
9024240--9024279	20	2.0	20	85	4	55	50	2	0	47	1.14
9025664--9025690	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
9027069--9027153	30	2.7	30	81	5	89	37	16	2	43	1.61
9027109--9027165	30	1.9	30	92	0	96	38	15	0	45	1.47
9029078--9029174	8	11.9	8	69	18	58	21	1	1	76	0.91
9029098--9029172	4	18.5	4	80	17	84	22	0	0	77	0.77
9029102--9029177	11	6.8	12	79	20	85	22	0	0	77	0.77
9029105--9029177	17	4.4	17	77	19	82	21	0	0	78	0.76
9031621--9031662	15	2.8	16	78	10	52	0	50	0	50	1.00
9032116--9032158	15	2.7	15	89	7	59	76	0	4	18	0.95
9032122--9032179	15	4.1	14	83	14	66	77	0	3	18	0.91
9032118--9032183	24	2.9	22	74	24	57	77	0	3	19	0.90
9034746--9034797	13	3.8	13	77	7	50	61	1	5	30	1.30
9035337--9035373	14	2.5	15	83	16	51	35	0	0	64	0.94
9040330--9040356	14	1.9	14	100	0	54	14	0	0	85	0.61
9040635--9040669	13	2.7	13	83	16	54	2	0	20	77	0.90
9040635--9040672	18	2.1	18	85	9	51	5	0	18	76	0.97
9056950--9057373	212	2.0	212	92	0	706	33	24	13	28	1.93
9060531--9060562	15	2.1	16	88	11	50	43	12	0	43	1.42
9062600--9062630	2	15.5	2	93	0	53	3	48	0	48	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9062860--9062892	12	2.6	13	80	9	50	75	3	21	0	0.93
9066290--9066454	81	2.0	81	89	8	255	38	20	12	29	1.88
9070161--9071036	63	13.9	62	71	9	335	46	8	6	38	1.60
9070298--9070463	32	5.3	31	65	18	85	43	4	7	43	1.54
9070572--9070667	29	3.1	29	64	23	70	44	9	9	36	1.69
9070117--9070842	126	5.8	126	75	6	506	46	7	6	38	1.58
9070433--9070842	189	2.2	189	85	3	545	45	8	7	38	1.62
9070623--9071020	126	3.2	127	78	6	387	45	9	6	38	1.62
9070433--9070892	189	2.4	188	83	3	512	45	9	6	38	1.63
9082694--9082733	18	2.3	18	86	4	55	45	0	17	37	1.49
9082770--9082896	30	4.3	30	78	7	125	30	7	16	45	1.74
9082785--9082837	17	3.4	17	65	20	51	28	3	16	50	1.62
9085360--9085441	14	5.9	14	73	18	55	12	1	36	50	1.48
9085375--9085582	14	14.8	13	70	14	98	13	1	37	47	1.53
9085513--9085581	29	2.4	29	85	7	88	11	0	39	49	1.39
9085520--9085582	22	3.0	20	77	9	63	14	0	38	47	1.44
9085486--9085582	7	13.7	7	70	9	54	13	0	38	48	1.43
9085361--9085589	126	1.8	126	83	5	311	14	1	35	48	1.52
9086277--9086318	20	2.1	20	82	8	50	23	0	7	69	1.13
9093802--9093847	23	2.0	23	91	0	74	28	2	10	58	1.43
9094186--9094215	7	4.3	7	100	0	60	30	13	0	56	1.37
9104293--9104398	31	3.4	31	78	0	104	36	15	27	20	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9104536--9104907	32	11.9	32	70	11	164	35	14	17	32	1.90
9104686--9104915	95	2.4	96	78	2	230	36	14	14	34	1.87
9104681--9104915	32	7.4	32	78	2	186	35	14	14	34	1.88
9105776--9105815	17	2.4	16	84	12	53	7	12	2	77	1.07
9105810--9105845	14	2.6	14	87	12	56	5	16	0	77	0.94
9105793--9105864	22	3.3	22	81	14	87	5	19	0	75	1.00
9105795--9105864	36	1.9	37	85	8	99	5	20	0	74	1.02
9111533--9111596	19	3.2	20	72	14	60	18	4	28	48	1.68
9111762--9111786	3	8.3	3	100	0	50	64	0	0	36	0.94
9111785--9111810	3	8.7	3	100	0	52	34	0	0	65	0.93
9112138--9112214	21	3.6	22	73	15	81	64	6	3	24	1.34
9112145--9112229	42	2.0	42	100	0	170	61	7	4	27	1.42
9113680--9113714	9	3.9	9	100	0	70	31	22	22	22	1.98
9120071--9120108	20	1.9	20	89	10	60	44	7	0	47	1.32
9126037--9126079	18	2.4	18	81	14	54	39	2	6	51	1.42
9134388--9134430	12	3.8	11	82	14	52	74	4	2	18	1.10
9134381--9134447	17	3.9	17	73	19	50	70	2	5	20	1.22
9134410--9134484	29	2.6	29	91	4	116	69	1	6	22	1.20
9134402--9134459	12	4.3	12	74	21	53	74	1	3	20	1.06
9134421--9134471	17	3.3	17	74	25	67	66	0	7	25	1.18
9137813--9137841	15	2.0	15	93	6	51	24	0	0	75	0.80
9138229--9138279	24	2.2	23	89	3	75	52	0	3	43	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9142183--9142216	14	2.3	15	90	5	52	67	2	0	29	1.05
9145572--9145613	22	1.9	22	90	0	66	45	4	11	38	1.62
9149528--9149570	22	2.0	22	90	0	68	48	2	6	41	1.43
9154551--9154580	9	3.2	9	95	4	51	26	0	0	73	0.84
9158403--9158621	107	2.0	107	85	3	298	40	3	13	42	1.61
9159750--9159780	14	2.1	15	94	5	55	61	0	0	38	0.96
9159850--9159879	14	2.1	14	100	0	60	56	0	0	43	0.99
9160591--9160623	16	2.0	17	88	5	50	57	0	0	42	0.98
9176210--9176497	127	2.3	124	84	3	371	30	17	12	38	1.87
9176231--9176568	124	2.7	122	80	8	333	31	17	13	37	1.88

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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