genome.fa.s212.2.7.7.80.10.50.1000.8.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168037.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_29, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  14313602

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2137221--2137289	32	2.2	30	84	7	84	50	8	1	39	1.42
2152637--2152670	15	2.4	14	85	9	50	35	0	2	61	1.11
2153303--2153362	22	2.6	22	78	5	66	43	0	1	55	1.10
2153302--2153372	24	3.0	23	75	19	58	45	0	1	53	1.09
2154246--2154307	32	2.0	31	84	9	81	51	8	1	38	1.41
2162550--2162600	14	3.5	14	75	19	59	33	1	0	64	1.05
2162551--2162599	15	3.3	15	72	11	55	30	2	0	67	1.02
2162532--2162613	30	2.7	30	88	3	121	35	4	0	59	1.19
2163924--2163963	19	2.0	21	85	9	57	45	0	0	55	0.99
2164670--2164719	23	2.2	23	82	7	57	40	0	2	58	1.10
2164677--2164720	23	1.9	23	90	9	72	36	0	0	63	0.95
2169729--2169753	13	1.9	13	100	0	50	60	0	0	40	0.97
2170231--2170295	23	3.0	23	77	6	73	67	1	6	24	1.22
2170272--2170359	25	3.5	25	72	17	74	75	0	5	19	1.00
2170272--2170363	45	2.1	44	80	11	100	76	0	5	18	0.98
2171535--2171602	4	15.8	4	78	17	66	76	0	2	20	0.92
2171535--2171604	9	8.0	9	83	13	85	75	0	2	21	0.93
2171531--2171602	30	2.4	31	82	15	89	76	0	4	19	0.95
2171532--2171621	44	2.1	43	91	6	146	75	0	4	20	0.97
2171539--2171620	9	8.7	10	79	15	54	74	0	4	20	1.00
2171980--2172037	23	2.6	23	86	5	75	44	31	8	15	1.76
2172014--2172047	15	2.3	15	94	0	59	41	32	5	20	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2172391--2172417	3	9.0	3	100	0	54	66	0	0	33	0.92
2174397--2174715	58	5.6	58	84	9	376	37	12	6	42	1.70
2174397--2174715	113	2.8	114	85	7	418	37	12	6	42	1.70
2174397--2174711	171	1.9	168	87	7	467	37	13	6	42	1.71
2174752--2174842	6	16.0	6	86	11	138	82	0	1	16	0.73
2174749--2174842	11	8.4	11	92	4	145	81	0	1	17	0.74
2175686--2175886	20	10.4	20	73	14	104	65	2	4	27	1.24
2175670--2175767	21	5.0	20	74	12	80	70	2	6	21	1.19
2175708--2175897	19	10.1	18	72	16	73	66	2	4	25	1.24
2175687--2175833	37	3.7	41	76	12	130	64	2	4	27	1.27
2175740--2175938	7	27.7	7	71	21	87	70	1	3	25	1.10
2175740--2175938	25	7.2	28	69	22	84	70	1	3	25	1.10
2175753--2175875	31	3.8	31	77	13	115	65	2	3	29	1.21
2175730--2175876	78	1.9	78	85	5	208	65	2	3	28	1.23
2175820--2175939	6	18.3	6	76	19	84	75	0	2	20	0.96
2175740--2175920	4	47.2	4	68	22	79	69	1	3	25	1.13
2175827--2175940	24	4.6	25	73	12	101	74	0	2	21	0.99
2176546--2176582	17	2.2	17	100	0	74	72	0	5	21	1.04
2177157--2177478	22	15.3	21	69	18	127	52	5	8	33	1.54
2177408--2177469	11	5.6	11	76	0	61	51	6	4	37	1.49
2177799--2178049	22	11.2	22	67	15	88	51	4	7	35	1.52
2178108--2178160	22	2.4	22	90	0	79	47	3	13	35	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2178323--2178395	22	3.3	22	73	7	76	46	9	10	32	1.71
2178320--2178405	44	2.0	44	85	0	118	47	8	11	32	1.69
2178386--2178431	22	2.1	22	83	0	56	45	0	8	45	1.34
2178397--2178453	11	5.1	12	79	10	59	43	0	7	49	1.29
2178423--2178464	22	1.9	22	95	0	75	47	0	7	45	1.30
2178472--2178645	22	8.0	23	80	5	141	48	7	5	39	1.54
2178468--2178645	66	2.7	66	84	4	209	48	7	5	39	1.53
2178529--2178665	44	3.1	44	81	3	116	46	6	8	38	1.59
2178855--2178946	31	3.2	31	63	28	85	46	5	7	40	1.55
2178854--2178960	54	2.0	54	98	0	205	45	5	9	39	1.60
2178983--2179043	22	2.8	21	73	7	59	47	4	9	37	1.58
2179162--2179318	22	7.3	21	73	13	81	45	11	6	36	1.66
2179197--2179310	44	2.6	44	76	8	115	47	12	4	35	1.61
2179491--2179523	17	1.9	17	93	0	57	54	12	9	24	1.66
2181041--2181069	10	2.7	11	89	10	51	62	13	6	17	1.52
2181383--2181419	5	6.7	6	90	9	53	45	0	0	54	1.00
2183151--2183207	29	2.0	28	83	10	71	54	12	10	22	1.68
2188453--2188500	24	2.0	24	83	0	60	45	14	6	33	1.70
2194529--2194587	29	2.0	30	86	3	84	45	0	1	52	1.10
2194684--2194708	13	1.9	13	100	0	50	60	0	0	40	0.97
2196020--2196105	24	3.4	24	74	14	75	40	0	0	59	0.97
2196074--2196116	20	2.4	17	79	20	59	48	0	0	51	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2196079--2196119	20	2.0	20	100	0	82	48	0	0	51	1.00
2200204--2200238	3	11.7	3	100	0	70	34	0	31	34	1.58
2201518--2201546	14	2.1	14	100	0	58	44	0	0	55	0.99
2216565--2216680	42	2.8	42	82	0	142	27	25	21	25	1.99
2236193--2236249	30	1.9	30	88	0	87	52	0	0	47	1.00
2236210--2236274	24	2.7	23	75	13	60	60	0	0	40	0.97
2236212--2236280	12	5.8	12	75	14	54	59	0	0	40	0.97
2236729--2236755	14	1.9	14	100	0	54	70	0	0	29	0.88
2236970--2237029	21	2.9	21	80	7	61	51	0	1	46	1.10
2237042--2237132	32	2.8	32	83	8	103	49	1	1	48	1.15
2237384--2237414	3	10.7	3	93	6	55	67	0	0	32	0.91
2248046--2248071	2	13.0	2	100	0	52	0	50	0	50	1.00
2269954--2269987	17	1.9	18	88	5	52	44	0	0	55	0.99
2269973--2270020	24	2.0	24	87	0	69	29	2	0	68	1.01
2269932--2270012	33	2.6	30	73	17	76	34	0	0	65	0.93
2291225--2291300	25	3.0	25	100	0	152	27	40	7	23	1.82
2294012--2294068	26	2.2	26	87	6	80	35	0	0	64	0.93
2294067--2294111	18	2.6	16	80	16	54	46	0	0	53	1.00
2299096--2299147	23	2.2	24	80	16	65	51	3	3	40	1.38
2299700--2299729	8	3.8	8	100	0	60	13	40	23	23	1.90
2299701--2299736	16	2.2	16	90	0	54	16	44	16	22	1.86
2299807--2299845	17	2.4	16	82	4	51	41	0	0	58	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2303280--2303316	5	7.4	5	100	0	74	0	18	0	81	0.70
2303724--2303776	24	2.2	24	83	6	63	64	0	7	28	1.21
2311781--2311829	14	3.5	14	85	0	62	46	0	0	53	1.00
2311766--2311853	28	3.3	27	78	9	83	45	0	0	54	0.99
2311809--2311856	24	2.0	24	92	4	80	47	0	0	52	1.00
2311923--2311975	16	3.3	16	82	10	72	56	0	0	43	0.99
2311920--2311971	5	10.0	5	76	15	52	57	0	0	42	0.98
2312013--2312049	2	18.5	2	94	0	65	54	0	0	45	1.00
2320385--2320432	21	2.3	21	86	10	64	62	0	0	37	0.95
2320385--2320440	20	2.9	19	80	17	62	60	0	0	39	0.97
2322329--2322395	34	2.0	33	86	11	93	52	0	0	47	1.00
2326030--2326174	74	2.0	74	86	2	202	39	15	9	35	1.81
2330791--2330864	22	3.3	22	76	10	62	40	1	0	58	1.07
2344330--2344390	26	2.3	25	75	13	59	54	4	6	34	1.48
2345028--2345063	18	1.9	19	88	5	56	61	0	8	30	1.26
2363847--2363878	15	2.1	15	100	0	64	21	12	6	59	1.55
2365613--2365813	106	1.9	107	89	1	314	28	17	24	29	1.97
2369701--2369744	23	1.9	23	85	0	61	31	2	6	59	1.36
2373847--2374039	97	2.0	97	88	2	289	39	18	17	24	1.92
2386517--2386549	2	17.0	2	93	6	59	48	0	0	51	1.00
2387377--2387416	14	2.8	14	84	3	53	37	0	2	60	1.11
2387981--2388252	135	2.0	135	97	0	517	34	18	20	26	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2388485--2388521	18	2.0	19	89	5	58	43	0	5	51	1.24
2388813--2388884	30	2.4	30	86	4	92	41	5	2	50	1.40
2388921--2388991	29	2.4	29	85	2	97	61	4	2	30	1.29
2389562--2389602	18	2.2	19	91	4	66	65	0	0	34	0.93
2398896--2398920	12	2.1	12	100	0	50	40	0	0	60	0.97
2400259--2400293	16	2.1	17	89	5	54	25	0	5	68	1.11
2400429--2400509	41	2.0	41	85	9	112	60	3	0	35	1.15
2400423--2400565	73	2.0	73	82	6	166	58	4	0	36	1.22
2400425--2400516	41	2.2	42	80	14	111	59	4	0	35	1.17
2400427--2400553	67	1.9	67	82	6	159	59	3	0	37	1.16

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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