genome.fa.s212.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168037.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_29, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  14313602

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   

This is table  1  of  74  ( 8765 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
396--621	61	3.7	58	81	10	256	35	12	6	46	1.67
637--700	13	5.2	12	79	11	60	78	1	4	15	1.00
637--714	17	4.5	16	77	15	66	75	1	5	17	1.05
637--699	11	5.4	11	80	14	56	77	1	4	15	1.01
1743--1825	6	14.7	6	76	12	52	79	1	6	13	0.97
1701--1825	17	7.4	17	70	22	68	78	0	6	14	0.99
1700--1814	39	2.9	39	75	18	96	78	0	6	14	0.99
1736--1793	26	2.2	26	81	6	64	77	1	1	18	0.94
1896--5943	181	22.6	179	74	9	2562	41	8	9	41	1.67
4016--4055	18	2.2	18	86	8	55	35	7	2	55	1.42
1896--5887	890	4.5	884	75	9	2475	41	8	9	41	1.67
5394--5431	18	2.2	17	86	9	51	47	2	7	42	1.46
6241--6993	181	4.2	178	77	6	644	38	7	10	42	1.68
6530--6932	180	2.2	181	81	1	461	40	7	11	40	1.68
6277--6948	358	1.9	357	79	4	737	40	7	10	41	1.68
6996--7527	179	3.0	176	76	8	522	42	7	9	40	1.66
7399--7647	133	1.9	133	86	3	358	38	6	9	44	1.63
6685--7814	491	2.3	484	78	6	1107	41	7	10	40	1.67
7604--11543	180	21.9	178	70	12	729	40	8	9	41	1.68
8663--11544	180	16.1	180	76	8	2078	40	8	9	41	1.67
7532--16267	358	24.1	361	69	14	2841	40	8	9	41	1.68
9411--11477	899	2.3	899	80	6	2138	41	8	8	41	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8662--12299	181	20.3	176	72	11	1201	40	8	9	41	1.67
11387--11690	162	1.9	161	82	4	380	42	6	10	41	1.65
13135--15926	181	15.3	180	73	8	1449	40	8	10	41	1.69
12903--14185	537	2.4	536	79	8	1242	39	7	10	42	1.67
14323--15926	179	8.9	180	78	6	1425	40	8	10	40	1.69
14323--15925	538	3.0	535	80	6	1706	40	8	10	40	1.69
15802--16132	163	2.0	162	79	4	355	42	9	10	36	1.72
16600--17452	180	4.8	172	74	12	489	41	7	8	41	1.65
19420--19893	181	2.6	179	78	4	524	42	8	9	39	1.68
19798--20017	117	1.9	116	84	5	298	45	8	13	32	1.73
20514--20560	19	2.7	18	74	12	53	42	4	12	40	1.63
20806--24682	181	21.7	180	75	8	2567	41	9	8	40	1.68
20806--24676	358	10.8	357	75	8	2543	41	9	8	40	1.68
24840--24872	18	1.9	17	88	11	50	39	6	6	48	1.53
24829--25154	181	1.8	181	84	1	447	42	10	7	39	1.67
25462--27805	181	12.9	181	71	10	1081	42	9	8	40	1.67
26284--26326	21	2.0	21	86	8	61	39	13	6	39	1.72
26100--26498	201	2.0	202	83	4	511	41	10	8	39	1.71
25797--26817	562	1.8	561	80	6	1224	41	9	8	40	1.68
26389--27806	538	2.6	538	79	8	1385	41	10	8	39	1.68
26303--27309	357	2.8	360	77	6	785	42	10	7	39	1.68
27834--31907	181	23.0	178	70	14	734	41	9	8	40	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30793--31883	179	6.1	175	74	13	533	41	8	8	41	1.66
28795--31880	362	8.7	357	70	14	1010	42	9	7	39	1.67
31776--32075	140	2.1	139	80	7	320	41	9	9	40	1.69
31932--32363	183	2.4	179	79	8	409	42	8	9	39	1.68
32600--33516	180	5.2	177	75	9	653	42	10	7	40	1.66
34815--36744	181	10.7	179	75	7	1440	41	9	9	40	1.69
34813--36716	361	5.3	355	75	9	1251	41	9	9	40	1.68
36940--36992	30	1.9	25	82	17	61	20	1	13	64	1.38
37038--37067	15	2.0	15	93	0	51	43	40	0	16	1.48
37440--37474	18	1.9	18	88	0	52	25	8	17	48	1.75
37301--38066	200	3.8	198	77	5	649	34	13	11	40	1.80
38765--39131	175	2.1	180	80	8	405	41	10	7	40	1.68
38258--43389	181	28.8	181	74	7	3035	39	8	9	42	1.68
38517--42528	536	7.5	535	75	9	1873	40	7	9	42	1.67
38517--51989	542	25.5	533	70	13	1787	40	8	9	41	1.67
43243--43646	164	2.4	164	82	6	476	38	9	9	42	1.72
43243--43729	169	2.9	168	79	6	510	40	9	9	40	1.71
43574--44148	181	3.2	180	77	6	459	39	7	9	43	1.66
44217--50066	181	33.0	181	73	10	3494	40	7	9	42	1.66
50172--50475	157	1.9	157	81	5	364	39	8	8	43	1.66
50787--51989	176	6.7	180	74	8	817	39	8	10	41	1.69
52405--53720	181	7.3	181	77	5	1126	41	8	8	41	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52430--53744	543	2.4	540	80	6	1478	41	8	8	41	1.66
54305--54337	18	1.9	17	88	11	50	48	6	6	39	1.53
54539--58415	181	21.6	181	76	7	2836	40	8	10	41	1.69
54539--58415	360	10.8	358	74	8	2505	40	8	10	41	1.69
58668--59284	180	3.4	181	78	4	572	37	10	9	42	1.72
59307--63079	180	21.1	178	76	7	2881	41	9	8	40	1.68
60762--61082	171	1.9	171	81	5	398	40	9	8	41	1.68
60915--64503	180	19.8	180	74	9	2263	40	10	8	40	1.68
59307--64508	361	14.4	361	73	10	3120	41	9	8	40	1.68
63151--64362	181	6.8	176	74	10	612	41	10	7	39	1.69
62192--64015	935	2.0	932	80	4	2118	40	9	8	40	1.69
63281--63956	356	1.9	357	80	3	788	41	9	8	40	1.68
65703--65774	15	5.1	15	74	16	82	59	13	20	5	1.54
65720--65771	25	2.1	25	92	0	86	57	15	21	5	1.58
66443--66481	13	2.7	15	88	11	55	15	0	7	76	0.99
66434--66510	34	2.3	33	80	6	84	20	2	7	68	1.27
66504--66572	10	6.7	10	74	22	54	11	5	1	81	0.93
66504--66576	6	12.3	6	76	12	62	12	5	1	80	0.93
66504--66536	17	1.9	17	93	0	57	15	3	0	81	0.80
66598--66880	60	4.7	61	82	7	337	46	7	12	33	1.69
66598--66880	61	4.7	61	83	7	364	46	7	12	33	1.69
67848--67906	31	1.9	31	82	0	73	27	18	10	44	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70798--70855	23	2.4	25	82	8	75	72	0	18	8	1.10
72122--72301	41	4.3	41	90	4	288	25	18	22	33	1.96
72122--72301	86	2.1	82	90	4	288	25	18	22	33	1.96
72122--72358	85	2.8	85	84	6	259	25	17	21	35	1.95
72587--72693	37	2.9	37	78	13	105	14	6	0	77	1.01
72567--72664	6	16.2	6	74	14	60	14	6	1	78	0.99
72772--72812	12	3.6	12	78	21	52	24	7	7	60	1.48
73691--73725	4	8.8	4	87	0	52	20	0	2	77	0.90
73748--73802	6	9.7	6	76	11	53	10	5	1	81	0.92
73748--73820	17	4.2	17	80	5	67	12	5	2	79	1.01
73749--73820	28	2.7	26	77	12	76	12	5	2	79	1.02
73816--74172	59	6.1	57	82	8	373	45	7	12	34	1.70
73845--74172	119	2.8	117	87	4	448	44	7	13	34	1.73
74198--74249	6	8.7	6	95	0	95	15	1	0	82	0.75
74669--75338	181	3.7	178	82	5	683	40	10	7	41	1.67
75251--75531	154	1.8	153	82	6	363	39	11	8	41	1.70
75403--76456	181	5.8	180	76	7	884	43	11	7	37	1.70
75457--76456	363	2.8	361	77	7	992	43	11	7	37	1.70
75414--76456	544	1.9	545	85	2	1454	43	11	7	37	1.70
76469--78016	181	8.6	180	72	11	778	42	9	8	39	1.68
78302--78328	14	1.9	14	100	0	54	0	14	0	85	0.61
78297--78337	20	2.1	20	86	4	57	2	17	0	80	0.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79444--79478	4	8.8	4	87	0	52	20	0	2	77	0.90
79496--79546	10	5.4	9	77	15	50	11	3	3	80	0.98
79573--79731	58	2.7	57	89	3	237	42	7	15	35	1.75
79757--79790	6	5.7	6	100	0	68	14	0	0	85	0.60
82658--82740	27	3.1	28	77	18	88	68	0	20	10	1.19
82662--82739	16	4.6	16	74	21	61	71	0	19	8	1.11
82685--82734	8	6.1	8	81	4	64	72	0	18	10	1.12
83981--84241	42	6.3	41	86	3	317	24	17	21	36	1.94
83981--84202	82	2.7	82	92	1	345	24	17	20	36	1.94
84501--84560	6	10.2	6	79	13	63	16	1	1	80	0.89

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74