genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr05 ID=Chr05-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  64140413

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   

This is table  1  of  208  ( 24913 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2--187	7	25.9	7	81	10	180	44	45	1	9	1.44
5--37	8	4.2	8	84	7	50	39	60	0	0	0.97
194--274	32	2.5	32	84	4	101	41	14	24	18	1.88
10105--10139	16	2.2	16	100	0	70	48	20	5	25	1.71
13357--13416	29	2.1	29	100	0	120	61	13	11	13	1.57
23824--23874	21	2.4	21	100	0	102	43	29	17	9	1.81
24829--24927	47	2.1	47	88	5	148	33	26	5	35	1.78
26775--27064	23	12.7	23	71	9	173	38	25	5	31	1.78
26769--27044	46	6.0	46	77	6	231	39	25	5	29	1.77
27558--27586	15	1.9	15	100	0	58	41	20	10	27	1.85
37528--37553	4	6.5	4	100	0	52	26	0	0	73	0.84
39556--39596	20	2.0	20	85	0	55	46	0	0	53	1.00
41771--41830	28	2.1	28	87	6	84	56	0	0	43	0.99
43647--43680	17	2.0	17	88	0	50	35	0	0	64	0.94
46708--46760	25	2.1	25	93	6	90	26	18	24	30	1.98
55059--55089	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
57178--57202	12	2.1	12	100	0	50	0	8	32	60	1.26
64120--64316	95	2.0	97	88	5	292	34	10	7	47	1.66
68542--68612	34	2.1	34	94	0	124	39	30	9	19	1.84
70572--70626	21	2.6	21	85	0	74	25	9	36	29	1.87
74174--74206	6	5.5	6	92	0	57	39	0	60	0	0.97
74174--74214	18	2.3	18	87	8	57	41	0	58	0	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81444--81488	14	3.1	14	87	6	63	44	0	6	48	1.29
89083--89114	6	5.3	6	100	0	64	0	15	65	18	1.27
101656--101801	36	4.1	36	90	0	220	15	19	39	25	1.91
103966--103992	4	6.8	4	100	0	54	25	0	0	74	0.83
107361--107408	23	2.1	22	81	14	53	68	6	2	22	1.23
107647--107676	9	3.3	9	100	0	60	10	33	0	56	1.32
109196--109238	18	2.4	18	84	0	59	41	0	44	13	1.44
112391--112496	4	26.5	4	90	0	77	43	33	6	16	1.74
115468--115521	25	2.1	26	89	3	83	53	16	14	14	1.73
129520--129560	21	1.9	21	90	5	64	58	4	14	21	1.55
135953--136013	31	2.0	31	87	6	88	44	9	8	37	1.68
142963--142990	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
143346--143749	129	3.2	126	85	4	546	40	11	18	29	1.86
146484--146512	12	2.4	12	100	0	58	34	34	13	17	1.89
149930--149962	4	8.2	4	100	0	66	51	24	0	24	1.48
154873--154925	26	2.0	26	82	7	63	24	5	0	69	1.09
162408--162496	2	44.0	2	76	18	78	44	5	1	48	1.33
164805--164835	13	2.4	13	94	0	53	41	6	12	38	1.69
164983--165030	14	3.3	15	80	11	55	39	4	6	50	1.47
168390--168460	36	2.0	36	94	0	124	25	36	5	32	1.79
179024--179068	21	2.1	21	100	0	90	22	13	24	40	1.90
180218--180289	13	5.5	13	89	0	99	41	23	11	23	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
180214--180289	26	2.9	26	94	0	125	39	25	10	25	1.87
200668--200713	19	2.4	19	85	7	58	39	13	2	45	1.55
201732--201771	19	2.1	19	86	9	55	57	2	0	40	1.12
211109--211149	19	2.0	21	86	13	59	43	0	2	53	1.13
215213--215257	15	2.8	17	74	19	51	48	2	2	46	1.26
215813--215877	34	1.9	34	87	6	96	46	6	0	47	1.27
222912--223145	117	2.0	117	100	0	468	29	22	13	34	1.92
224975--225068	47	2.0	47	100	0	188	48	19	19	12	1.80
231660--231708	24	2.0	24	84	0	62	24	24	14	36	1.93
235978--236019	13	3.3	13	83	3	50	69	4	9	16	1.33
259446--259498	19	2.6	20	88	8	72	33	3	7	54	1.46
260079--260124	24	1.9	24	90	0	74	43	6	10	39	1.66
266300--266348	25	1.9	25	87	4	71	32	2	10	55	1.45
266607--266632	12	2.2	12	100	0	52	53	0	15	30	1.42
272877--272915	5	7.8	5	88	0	60	41	5	0	53	1.23
272878--272915	20	1.9	20	94	0	67	42	5	0	52	1.24
280712--280781	30	2.5	28	81	9	79	38	4	4	52	1.41
280721--280794	30	2.4	31	80	13	82	37	2	4	55	1.33
282458--282493	17	2.1	17	90	10	56	58	0	0	41	0.98
293898--293997	49	2.0	49	94	0	173	23	17	22	38	1.93
304781--304821	22	1.9	21	85	5	55	46	9	24	19	1.80
308203--308238	3	12.0	3	93	0	63	36	0	33	30	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
308411--308439	15	1.9	15	100	0	58	13	0	0	86	0.58
310941--310973	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
319610--319635	13	2.0	13	100	0	52	46	0	7	46	1.31
320159--320210	27	2.0	25	85	7	68	65	5	1	26	1.26
320693--320739	25	1.9	24	86	4	67	27	6	6	59	1.46
335251--335285	15	2.3	15	95	0	61	0	14	0	85	0.59
336185--336248	7	9.3	7	75	20	55	71	0	6	21	1.07
336192--336251	12	5.2	12	75	20	58	73	0	5	21	1.02
343352--343390	2	19.5	2	100	0	78	48	0	0	51	1.00
344603--344654	24	2.1	25	89	3	79	59	0	3	36	1.16
344737--344769	16	2.1	16	100	0	66	36	0	6	57	1.23
348302--348327	12	2.2	12	100	0	52	46	15	15	23	1.83
350207--350259	21	2.5	21	96	0	97	35	13	13	37	1.83
350322--350365	21	2.1	21	83	8	54	50	4	11	34	1.59
363872--363917	2	23.0	2	86	0	65	50	0	6	43	1.28
372670--372715	20	2.4	19	81	3	56	30	0	19	50	1.48
377490--377930	218	2.0	218	99	0	873	34	14	14	37	1.86
383855--383923	37	1.9	34	83	13	86	47	0	1	50	1.09
383887--383937	26	1.9	26	88	4	75	47	0	0	52	1.00
383972--384087	57	2.0	57	100	0	232	32	18	8	40	1.81
400555--400591	9	4.1	9	92	0	65	45	13	10	29	1.77
402192--402225	2	17.0	2	93	0	59	52	0	0	47	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
410659--410708	16	3.1	16	72	16	50	64	0	18	18	1.30
412554--412620	31	2.2	31	86	2	91	40	2	14	41	1.62
414341--414371	2	16.0	2	93	6	55	48	0	0	51	1.00
416956--416994	20	2.0	20	89	0	60	53	5	0	41	1.23
420018--420050	15	2.1	17	88	11	52	36	12	24	27	1.91
421753--421801	24	2.0	24	100	0	98	24	12	20	42	1.86
429870--429921	25	2.1	25	100	0	104	19	15	15	50	1.79
440396--440572	69	2.5	70	82	5	223	42	20	10	27	1.84
447477--447519	19	2.3	19	80	8	52	53	2	2	41	1.26
449417--449475	31	1.9	31	92	0	100	32	10	13	44	1.77
450104--450153	25	2.0	25	100	0	100	44	16	16	24	1.86
454466--454541	30	2.5	30	81	10	75	38	6	10	44	1.65
459622--459723	31	3.3	32	78	9	97	39	8	7	44	1.65
459674--459800	63	2.1	60	80	12	134	41	17	4	36	1.70
460390--460420	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
467701--467761	20	3.1	19	73	15	61	39	3	0	57	1.15
467691--467801	42	2.8	38	73	20	109	41	6	0	52	1.27
470168--470221	26	2.1	26	92	0	90	20	14	33	31	1.93
475168--475226	27	2.1	28	81	12	68	32	6	6	54	1.53
476025--476062	11	3.4	11	96	3	67	39	2	0	57	1.12
476044--476110	27	2.5	27	85	0	80	34	1	5	58	1.32
476328--476352	9	2.8	9	100	0	50	60	0	0	40	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
476328--476373	13	4.3	11	82	17	53	56	0	0	43	0.99
483180--483220	18	2.4	17	92	8	73	12	17	36	34	1.87
483789--484147	129	2.8	128	75	10	306	25	11	19	43	1.84
484029--484289	122	2.1	123	80	4	305	26	12	16	44	1.83
491701--492102	117	3.4	119	78	10	362	28	13	16	41	1.87
491561--492102	239	2.2	242	78	9	525	27	12	17	42	1.86
497592--497685	37	2.6	38	81	5	104	14	14	40	29	1.87
497592--497672	36	2.2	36	84	4	99	16	16	37	30	1.90
503373--503773	116	3.4	119	78	9	360	28	13	16	41	1.87
505181--507294	720	2.9	720	89	4	3086	26	19	19	33	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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