genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.74.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr05 ID=Chr05-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  64140413

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   

This is table  74  of  208  ( 24913 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21518370--21518394	10	2.5	10	100	0	50	44	8	0	48	1.32
21518313--21518538	121	1.9	122	96	0	418	40	8	8	42	1.67
21518482--21518591	53	2.1	53	94	0	193	30	8	14	47	1.73
21521675--21522024	123	2.8	125	90	4	557	33	21	15	29	1.94
21528224--21528291	20	3.4	19	78	8	64	48	13	5	32	1.66
21532366--21532402	18	2.1	18	94	0	65	54	0	18	27	1.44
21541140--21541382	131	1.9	131	83	3	319	28	19	4	47	1.69
21550468--21550513	23	2.0	23	95	0	83	34	15	13	36	1.86
21552399--21552442	17	2.6	17	96	0	79	13	13	40	31	1.84
21560174--21560229	27	2.1	27	90	6	87	28	21	12	37	1.90
21567954--21568456	165	3.1	164	90	2	794	41	18	9	30	1.82
21573225--21573254	16	1.9	16	93	6	53	20	13	0	66	1.24
21579538--21579571	5	6.4	5	90	10	50	58	0	41	0	0.98
21581895--21581963	26	2.6	25	73	8	66	37	13	10	39	1.78
21584069--21584108	21	1.9	21	94	0	71	17	12	15	55	1.70
21599676--21599725	20	2.4	21	86	3	66	32	2	6	60	1.32
21600170--21600211	22	1.9	22	100	0	84	38	14	26	21	1.91
21606095--21606148	2	27.0	2	100	0	108	50	50	0	0	1.00
21607611--21607640	14	2.1	14	93	0	51	26	16	6	50	1.70
21620675--21620736	23	2.7	23	79	0	79	32	17	30	19	1.95
21638960--21639028	31	2.2	31	82	10	79	28	10	8	52	1.65
21642743--21642774	7	4.6	7	96	0	55	18	0	37	43	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21642905--21643191	124	2.3	124	87	4	425	31	18	21	29	1.97
21644086--21644114	14	2.1	14	100	0	58	20	51	13	13	1.75
21646375--21646544	49	3.5	49	95	0	304	45	7	2	44	1.47
21646964--21647006	18	2.4	18	88	0	59	46	6	25	20	1.76
21649250--21649316	31	2.2	29	86	5	89	38	0	4	56	1.19
21649267--21649325	29	2.1	29	81	9	68	35	0	6	57	1.25
21649276--21649333	30	2.0	29	86	3	80	36	0	5	58	1.20
21650499--21650524	5	5.2	5	100	0	52	38	19	19	23	1.93
21653393--21653455	16	3.9	16	82	0	72	33	22	17	26	1.96
21653538--21653588	24	2.1	24	85	0	66	37	23	11	27	1.90
21657893--21657950	3	19.3	3	100	0	116	32	0	0	67	0.91
21658277--21658312	16	2.2	16	100	0	72	25	0	36	38	1.56
21658548--21658582	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
21658435--21658750	156	2.0	157	95	0	571	43	3	5	47	1.42
21658803--21658974	15	11.6	15	65	23	62	50	4	1	43	1.31
21658687--21659092	120	3.4	120	95	2	710	49	4	2	42	1.39
21659140--21659187	26	1.9	25	84	16	64	52	2	0	45	1.12
21662150--21662176	11	2.5	11	100	0	54	25	0	25	48	1.52
21665636--21665712	3	25.7	3	97	0	145	32	0	1	66	1.00
21667718--21667776	24	2.5	24	88	0	91	30	20	16	32	1.95
21667640--21667902	130	2.0	129	85	2	357	36	18	15	30	1.91
21674718--21674765	17	2.7	17	83	6	51	72	2	8	16	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21674731--21674779	19	2.6	19	80	3	55	67	0	12	20	1.22
21682525--21682605	26	3.2	25	65	28	62	24	12	28	34	1.92
21682417--21682605	51	3.8	49	74	6	157	24	15	26	32	1.96
21685611--21685809	83	2.4	81	80	7	204	42	12	13	31	1.81
21685818--21686126	78	4.0	78	90	0	467	37	11	17	33	1.86
21685818--21686126	155	2.0	156	89	1	469	37	11	17	33	1.86
21688781--21688822	22	1.9	21	85	9	57	52	0	4	42	1.22
21696268--21696305	17	2.3	16	95	4	67	50	5	0	44	1.24
21699609--21699706	13	7.2	14	70	21	75	45	4	14	35	1.64
21699665--21699730	27	2.5	25	79	20	64	39	4	15	40	1.67
21700673--21700716	15	2.9	15	89	0	61	63	18	13	4	1.46
21708739--21708826	44	2.0	44	100	0	176	45	9	13	31	1.75
21731227--21731259	17	1.9	18	88	11	52	42	15	0	42	1.46
21746281--21746341	32	1.9	31	87	9	88	42	8	8	40	1.64
21747905--21747975	32	2.3	31	85	2	88	42	5	8	43	1.58
21748104--21748146	16	2.6	17	85	7	54	44	0	2	53	1.13
21748104--21748143	17	2.5	16	84	11	55	42	0	2	55	1.13
21748614--21748707	43	2.2	43	82	5	109	55	1	10	32	1.41
21749651--21749703	22	2.4	22	83	0	70	30	13	26	30	1.94
21751647--21751705	23	2.4	24	80	11	66	32	20	27	20	1.97
21751694--21751751	26	2.3	25	81	3	71	39	22	20	17	1.92
21751499--21751760	25	10.6	25	65	14	66	35	19	25	19	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21753787--21753977	58	3.4	57	76	13	162	35	22	15	27	1.94
21753830--21753993	84	1.9	83	80	9	188	34	21	14	29	1.92
21753803--21753995	29	6.8	29	74	6	128	35	20	15	28	1.93
21758553--21758709	45	3.5	44	86	5	197	36	28	13	22	1.92
21769805--21769902	33	3.0	33	98	0	187	22	27	19	30	1.98
21770772--21770810	15	2.6	14	80	11	51	12	28	35	23	1.91
21773348--21773403	20	2.8	21	76	17	73	35	10	12	41	1.78
21784490--21784543	21	2.6	21	84	0	72	37	24	7	31	1.83
21808047--21808524	27	17.7	27	83	3	525	35	18	21	24	1.96
21808715--21808768	26	2.1	26	92	0	90	16	22	25	35	1.95
21808715--21808780	26	2.5	26	82	0	69	18	22	25	33	1.97
21808771--21808955	32	5.8	32	71	11	110	19	18	24	37	1.94
21808767--21808979	64	3.3	64	76	8	191	18	19	24	37	1.94
21808839--21808979	32	4.4	32	79	0	138	17	19	26	36	1.94
21813492--21813543	28	1.9	26	84	7	68	51	3	17	26	1.62
21817190--21817220	15	2.1	15	94	5	55	6	12	0	80	0.89
21818764--21818812	24	2.0	24	92	0	80	28	14	26	30	1.95
21820174--21820213	21	1.9	21	84	0	53	25	7	7	60	1.50
21827554--21827614	10	6.0	10	74	9	52	50	0	0	49	1.00
21827557--21827620	32	2.0	32	96	0	119	54	0	0	45	0.99
21827657--21827749	26	3.3	26	69	16	69	47	2	1	49	1.20
21827618--21827754	58	2.3	58	89	1	202	45	2	2	50	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21831088--21831175	29	3.0	29	90	6	142	23	9	32	34	1.86
21831261--21831323	24	2.6	24	84	0	81	36	3	9	50	1.51
21831754--21831793	18	2.2	18	86	8	55	37	0	0	62	0.95
21835657--21835694	15	2.5	15	91	0	58	63	0	10	26	1.27
21838476--21838500	2	12.5	2	100	0	50	0	0	48	52	1.00
21839162--21839318	40	3.8	41	80	5	156	38	14	21	26	1.91
21840900--21840954	25	2.2	25	83	3	65	67	12	9	10	1.43
21843955--21843979	11	2.3	11	100	0	50	48	8	20	24	1.76
21844922--21845070	39	4.0	40	68	17	102	40	12	21	25	1.88
21844940--21845000	32	1.9	32	89	0	95	39	8	26	26	1.84
21844972--21845070	39	2.5	40	81	1	110	40	12	20	27	1.87
21845207--21845276	26	2.6	27	81	4	88	44	8	22	24	1.81
21845207--21845292	27	3.2	27	80	3	93	43	6	22	27	1.79
21848939--21849061	43	2.8	44	81	3	142	26	13	21	39	1.89
21851541--21851577	5	7.2	5	96	3	65	56	0	0	43	0.99
21851523--21851651	63	2.0	67	83	7	167	44	0	1	52	1.15
21851541--21851645	20	5.5	19	74	17	78	46	0	0	51	1.13
21851544--21851639	25	3.8	25	70	17	65	47	1	1	50	1.15
21855711--21855792	40	2.0	40	95	0	146	43	7	18	30	1.77
21858288--21858338	25	2.2	22	83	16	59	64	3	7	23	1.37
21859277--21859380	30	3.4	29	73	19	95	55	5	27	10	1.56
21861928--21861970	20	2.1	20	82	4	50	23	16	6	53	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21867963--21868218	39	6.5	39	86	0	332	21	33	15	29	1.94
21868114--21868181	20	3.5	20	70	11	68	20	35	17	26	1.95
21868137--21868200	19	3.3	19	67	16	51	17	35	15	31	1.91
21883329--21883354	11	2.4	11	100	0	52	61	7	7	23	1.49
21883830--21883864	17	2.0	17	88	5	52	77	0	5	17	0.96
21884988--21885050	20	3.3	19	77	4	56	63	1	3	31	1.19
21885397--21885454	24	2.4	24	97	0	107	17	25	24	32	1.96
21885971--21886033	24	2.5	25	80	12	58	34	3	1	60	1.22
21886438--21886509	32	2.2	32	80	12	83	45	4	0	50	1.21
21886483--21886537	25	2.2	25	83	3	67	43	1	0	54	1.10

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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