genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr05 ID=Chr05-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  64140413

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  2  of  208  ( 24913 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
510250--510392	67	2.1	70	87	6	204	25	11	18	44	1.84
518554--518583	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
518775--518817	21	2.0	21	86	9	59	44	2	0	53	1.13
528781--528813	7	4.7	7	100	0	66	60	15	12	12	1.59
528768--528816	21	2.4	20	80	6	62	65	18	8	8	1.44
529506--529593	31	2.9	29	70	17	72	43	13	9	34	1.76
531864--531932	27	2.6	25	77	9	66	27	1	4	66	1.19
538358--538415	29	2.0	29	86	0	80	43	6	15	34	1.74
543479--543530	27	2.0	26	88	3	77	50	3	0	46	1.20
544671--544697	2	13.5	2	100	0	54	0	48	0	51	1.00
553873--553926	26	2.0	27	82	10	67	35	3	0	61	1.14
559575--559652	31	2.6	30	84	8	97	56	8	6	28	1.55
559625--559670	24	1.9	24	82	8	58	56	13	4	26	1.55
564436--564464	9	3.2	9	100	0	58	27	10	20	41	1.85
564761--564860	42	2.4	42	87	0	146	20	26	15	39	1.91
569168--569206	20	2.0	20	85	10	53	33	23	5	38	1.77
577733--577761	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
580103--580141	21	1.9	20	85	15	53	17	28	12	41	1.87
582502--582568	34	1.9	35	87	3	100	32	8	13	44	1.75
593099--593179	40	2.0	40	97	0	153	35	11	13	39	1.80
595485--595551	29	2.3	28	82	7	80	52	4	11	31	1.58
605335--605371	2	18.5	2	100	0	74	48	0	0	51	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
617287--617461	93	1.9	93	93	0	305	40	5	6	48	1.52
620054--620092	19	2.0	20	90	5	62	28	5	10	56	1.54
620222--620295	36	2.1	36	84	0	94	37	10	16	35	1.83
622446--622480	17	2.1	17	100	0	70	28	14	17	40	1.88
633592--633635	23	1.9	22	90	9	70	56	0	0	43	0.99
641395--641440	22	2.1	22	84	8	58	34	30	17	17	1.93
645560--645618	19	3.4	19	68	22	65	59	3	22	15	1.51
645556--645622	33	2.0	33	100	0	134	55	5	20	17	1.63
646645--647219	210	2.7	211	91	0	983	31	20	17	30	1.96
651507--651674	42	4.0	42	97	0	309	26	5	30	36	1.81
655729--655793	32	2.0	34	87	6	98	61	4	1	32	1.26
655849--655895	21	2.2	21	88	7	69	61	0	0	38	0.96
656570--656629	30	2.0	31	86	3	86	63	3	1	31	1.20
656648--656697	21	2.4	21	90	3	75	64	0	2	34	1.05
656663--656730	33	2.0	34	88	5	102	60	1	1	36	1.15
656703--656789	46	1.9	44	83	4	111	56	2	0	41	1.12
656702--656775	23	3.2	23	72	0	67	54	2	0	43	1.14
656771--656811	13	3.1	14	86	10	59	78	0	0	21	0.76
656795--656869	32	2.4	29	75	14	69	72	4	6	17	1.23
663261--664749	210	7.2	209	83	7	1630	32	19	17	30	1.95
663638--664685	210	5.0	210	93	0	1650	32	19	17	30	1.95
674317--675935	210	7.7	210	88	1	2201	32	17	18	30	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
674429--676225	630	2.9	627	83	5	1634	32	19	18	29	1.95
679614--679856	43	5.7	42	83	2	288	28	32	17	21	1.96
679614--679876	86	3.1	85	82	7	327	29	32	17	20	1.96
680236--680279	21	2.1	22	87	8	65	59	11	4	25	1.51
683009--683089	41	1.9	43	85	5	112	61	1	1	35	1.12
684282--684321	14	2.9	14	84	0	62	40	47	0	12	1.41
684496--684560	14	4.6	14	79	5	69	35	38	0	26	1.57
684496--684574	28	2.8	29	82	3	81	37	39	0	22	1.55
684647--684684	14	2.7	14	91	0	67	44	28	0	26	1.54
685012--685208	41	4.8	40	86	6	261	32	27	21	17	1.96
691275--693090	210	8.6	210	90	1	2530	33	18	18	30	1.95
693548--694222	210	3.2	210	91	0	1017	31	18	19	30	1.96
699254--699280	13	2.1	13	100	0	54	62	7	0	29	1.22
699759--699783	5	5.0	5	100	0	50	0	80	0	20	0.72
707039--707067	5	5.8	5	100	0	58	20	17	20	41	1.90
714480--714543	34	2.0	31	82	14	76	46	28	6	18	1.73
719799--719860	31	2.0	31	83	0	79	37	9	12	40	1.77
722346--722410	33	1.9	34	84	9	89	33	20	16	29	1.95
730353--730488	60	2.3	58	81	6	150	52	10	16	21	1.73
736831--736861	15	2.1	15	93	0	53	45	9	0	45	1.36
737601--737643	16	2.7	16	81	0	59	30	0	18	51	1.47
738373--738410	17	2.2	17	100	0	76	42	5	13	39	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
741349--741374	12	2.2	12	100	0	52	38	7	15	38	1.76
741449--741479	15	2.1	15	93	0	53	45	9	0	45	1.36
743168--743223	27	2.1	27	96	0	103	30	16	23	30	1.96
746023--746053	15	2.1	15	93	0	53	45	9	0	45	1.36
746102--746155	27	2.0	27	100	0	108	37	14	7	40	1.74
746819--746861	16	2.7	16	81	0	59	30	0	18	51	1.47
748815--748911	46	2.1	46	90	0	149	41	13	14	30	1.84
748861--749009	56	2.6	57	92	2	246	40	11	17	30	1.85
749081--749139	29	2.0	29	96	0	109	23	20	10	45	1.81
757280--757310	16	1.9	16	100	0	62	45	22	12	19	1.84
769118--769155	20	1.9	20	84	10	51	55	10	2	31	1.48
771388--771422	2	17.5	2	93	0	61	48	2	0	48	1.16
775268--775328	17	3.4	17	68	12	50	32	3	11	52	1.54
775246--775337	37	2.5	37	89	7	134	33	5	13	47	1.65
775342--775447	9	11.8	9	75	13	67	28	6	17	47	1.73
775336--775448	18	6.3	18	79	8	113	28	6	17	47	1.72
775344--775447	27	3.9	27	79	5	102	28	6	17	47	1.73
776400--776445	4	11.5	4	100	0	92	50	26	0	23	1.50
784149--784216	32	2.1	32	100	0	136	35	5	10	48	1.61
799202--799259	30	1.9	30	89	0	89	12	25	41	20	1.87
803711--803737	8	3.4	8	100	0	54	59	0	0	40	0.98
804045--804095	21	2.5	20	81	15	59	58	1	0	39	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
804045--804091	7	6.6	7	79	11	51	57	2	0	40	1.11
804540--804608	8	8.1	8	76	10	66	68	2	2	26	1.18
804540--804597	17	3.4	17	77	13	73	68	1	1	27	1.08
804555--804610	26	2.1	27	90	3	87	66	3	3	26	1.25
804933--804962	16	1.9	15	93	6	51	70	3	0	26	1.03
805852--805915	18	3.4	18	66	8	56	35	45	1	17	1.58
805839--805918	38	2.1	38	100	0	160	38	40	2	18	1.64
820045--820075	15	2.1	15	100	0	62	35	19	0	45	1.51
824787--824981	93	2.1	92	88	4	286	44	4	4	47	1.41
824988--825032	17	2.4	19	89	10	67	46	6	2	44	1.42
824988--825042	17	3.1	17	82	12	58	47	5	1	45	1.36
825131--825173	15	2.8	16	79	10	54	44	0	2	53	1.13
825478--825516	16	2.4	16	86	0	51	28	33	2	35	1.71
825490--825531	16	2.6	16	92	0	66	30	35	0	33	1.58
829828--829869	21	2.0	21	95	0	75	28	11	14	45	1.80
831810--831849	21	2.0	20	85	14	55	32	2	22	42	1.67
836479--836521	21	2.0	21	82	8	52	58	13	2	25	1.48
837259--837294	16	2.2	16	100	0	72	50	11	8	30	1.67
855674--855734	15	4.1	15	97	0	113	19	54	8	18	1.68
865868--866001	68	2.0	68	98	0	259	23	17	13	45	1.84
866898--866930	13	2.6	13	90	4	50	36	12	0	51	1.39
874036--874085	19	2.4	21	87	12	77	38	0	2	60	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
876775--876818	3	14.7	3	100	0	88	65	0	0	34	0.93
880941--880980	6	6.7	6	100	0	80	32	35	15	17	1.91
881892--881928	19	1.9	19	89	10	58	48	0	2	48	1.15
883946--883971	10	2.6	10	100	0	52	76	7	0	15	0.99
883945--883973	10	2.7	11	89	10	51	75	6	0	17	1.01
896348--896376	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
897680--897717	18	2.2	17	90	9	60	47	0	0	52	1.00
903307--903336	16	1.9	15	93	6	51	26	0	6	66	1.16
904360--904415	29	2.0	28	86	10	78	41	1	21	35	1.64
904403--904438	18	1.9	19	88	5	56	38	0	27	33	1.57

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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