genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.84.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr05 ID=Chr05-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  64140413

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  84  of  208  ( 24913 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24746186--24746394	89	2.3	90	82	5	237	37	14	27	20	1.91
24752939--24753086	75	2.0	75	94	0	260	45	8	13	32	1.74
24753062--24753770	141	5.0	138	88	6	971	41	7	5	45	1.56
24753062--24753765	279	2.5	275	85	9	956	41	7	5	45	1.56
24753636--24753662	13	2.1	13	100	0	54	40	7	0	51	1.30
24756090--24756127	20	1.9	20	88	0	58	44	0	5	50	1.24
24760561--24760648	43	2.0	43	97	0	167	36	14	2	46	1.58
24761904--24761979	9	8.4	9	86	5	84	40	18	9	31	1.82
24761904--24761979	27	2.8	28	90	7	122	40	18	9	31	1.82
24764762--24764942	40	4.5	40	86	3	247	35	17	29	17	1.93
24772195--24772332	40	3.4	40	82	3	179	33	13	30	22	1.93
24772229--24772332	20	5.2	20	63	10	59	31	14	32	21	1.93
24773135--24773204	24	3.0	23	78	14	81	2	18	8	70	1.26
24773139--24773209	22	3.1	22	73	15	72	2	15	8	73	1.19
24773768--24773828	32	1.9	32	96	3	115	45	13	8	32	1.72
24780898--24780969	33	2.2	33	85	5	92	26	44	1	27	1.63
24780908--24780976	33	2.1	33	86	5	95	24	49	1	24	1.59
24781456--24781780	117	2.8	116	89	1	506	44	23	9	22	1.82
24782023--24782069	17	2.9	17	81	6	53	25	6	27	40	1.80
24784408--24784482	36	2.1	37	94	2	134	42	14	8	34	1.75
24786383--24786449	32	2.1	32	100	0	134	34	8	14	41	1.78
24792192--24792232	21	1.9	22	85	5	57	56	4	0	39	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24792717--24792759	19	2.3	18	88	4	59	51	6	4	37	1.50
24799549--24799586	2	19.5	2	94	5	69	50	0	0	50	1.00
24802378--24802468	26	3.5	24	76	16	85	38	30	13	17	1.88
24802378--24802498	25	4.7	25	78	7	109	38	29	12	19	1.88
24807696--24808029	28	12.0	28	81	2	359	25	27	12	33	1.93
24807703--24808030	84	3.9	84	84	1	426	25	27	12	34	1.92
24810902--24810948	10	4.6	10	85	12	51	61	4	0	34	1.15
24812092--24812127	11	3.4	11	88	7	56	47	5	0	47	1.25
24818007--24818038	16	1.9	17	93	6	57	9	15	0	75	1.05
24818114--24818138	13	1.9	13	100	0	50	48	0	8	44	1.32
24820488--24820968	252	1.9	252	99	0	944	33	15	17	33	1.91
24821295--24821386	43	2.1	43	95	0	166	57	8	8	25	1.57
24821578--24821626	25	1.9	26	83	4	64	65	2	4	28	1.22
24821733--24822032	24	12.8	24	70	14	171	55	5	5	34	1.45
24821730--24822018	69	4.1	67	75	11	208	55	5	5	34	1.45
24822790--24822852	19	3.2	20	79	6	83	14	28	4	52	1.62
24822791--24822861	20	3.7	20	83	5	101	12	32	4	50	1.59
24825099--24825138	21	1.9	21	89	0	62	37	27	20	15	1.92
24825947--24826088	38	3.7	37	82	6	153	31	27	21	19	1.97
24826020--24826206	39	4.7	39	79	2	169	30	29	22	17	1.97
24826142--24826222	41	2.0	41	87	0	117	32	33	19	14	1.92
24826792--24827067	42	6.6	41	79	5	241	27	18	20	32	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24826962--24827088	43	3.0	43	77	2	130	33	20	16	29	1.95
24827461--24827507	21	2.2	21	92	0	76	2	48	17	31	1.58
24833008--24833050	16	2.7	15	86	10	59	27	0	13	58	1.37
24833012--24833208	66	3.0	66	84	3	245	32	3	18	45	1.65
24833078--24833117	16	2.5	16	88	8	55	30	0	17	52	1.45
24833070--24833153	41	2.0	41	86	4	116	32	3	19	45	1.67
24833097--24833166	25	2.8	25	77	16	74	34	2	18	44	1.65
24833134--24833199	25	2.6	25	83	4	80	30	3	16	50	1.61
24833157--24833212	25	2.2	25	80	0	67	32	1	19	46	1.61
24833221--24833297	40	1.9	40	97	0	145	28	5	19	46	1.71
24833498--24833551	21	2.8	19	84	13	74	53	1	0	44	1.11
24833500--24833551	18	2.8	18	86	13	70	51	1	0	46	1.12
24834450--24834504	30	1.9	29	85	10	78	56	10	3	29	1.51
24836294--24836333	7	5.7	7	88	5	55	32	55	0	12	1.38
24836294--24836337	14	3.1	14	90	6	63	34	50	0	15	1.45
24836505--24836567	7	8.9	7	79	10	56	28	50	3	17	1.61
24836505--24836567	15	4.4	14	76	9	56	28	50	3	17	1.61
24836528--24836566	7	5.4	7	87	6	60	28	48	0	23	1.51
24837219--24837571	114	3.1	114	78	8	333	30	21	18	29	1.97
24838403--24838469	26	2.9	22	83	16	98	31	19	5	43	1.75
24847677--24847712	19	1.9	19	88	5	56	58	5	5	30	1.44
24847776--24847836	27	2.1	30	85	8	83	60	0	4	34	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24848143--24848204	31	2.0	32	83	3	81	35	22	16	25	1.94
24852058--24852110	12	4.2	12	72	13	52	24	18	18	37	1.94
24853488--24853549	29	2.1	29	100	0	124	25	24	20	29	1.99
24858040--24858146	45	2.4	45	90	3	162	16	15	24	42	1.87
24875236--24875264	14	2.1	14	100	0	58	44	6	13	34	1.71
24876749--24876781	16	2.0	17	88	5	50	27	6	18	48	1.71
24878402--24878544	39	3.7	40	82	6	150	16	29	18	35	1.93
24879424--24879566	73	2.0	73	97	0	268	30	9	20	39	1.85
24893490--24893538	26	2.0	24	84	11	64	26	20	24	28	1.99
24898609--24898648	19	2.1	19	86	9	55	32	2	5	60	1.32
24904956--24905025	31	2.3	31	92	0	113	28	20	30	21	1.98
24907215--24907274	26	2.3	26	86	8	95	36	23	21	18	1.95
24910331--24910398	34	2.0	34	100	0	136	41	14	8	35	1.77
24916996--24917030	17	2.0	18	88	5	54	31	5	0	62	1.18
24919240--24919264	13	1.9	13	100	0	50	76	0	24	0	0.80
24922564--24922629	3	22.0	3	93	0	114	33	3	0	63	1.10
24925440--24925496	20	2.9	19	75	14	62	36	21	29	12	1.90
24925442--24925505	19	3.3	19	78	10	67	35	21	31	10	1.88
24925501--24925565	20	3.3	19	79	14	78	40	18	23	18	1.92
24925482--24925568	39	2.2	39	87	4	122	37	20	25	16	1.93
24929341--24929396	16	3.4	16	76	11	51	48	5	0	46	1.25
24937800--24937846	24	2.0	24	100	0	94	38	29	12	19	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24939677--24939718	19	2.2	20	95	4	77	40	26	26	7	1.81
24941712--24941762	10	5.4	10	77	13	54	31	1	0	66	1.03
24941721--24941763	19	2.3	19	88	4	61	27	2	0	69	1.00
24946841--24946883	16	2.7	16	83	16	54	37	9	18	34	1.83
24946851--24946882	17	1.9	16	93	6	55	34	6	21	37	1.79
24950417--24950548	67	2.0	65	91	2	210	45	17	6	30	1.74
24953378--24953446	22	3.1	22	93	0	111	30	17	26	26	1.97
24955193--24955231	20	2.0	19	90	5	60	48	0	35	15	1.45
24956480--24956867	51	7.7	50	83	6	442	28	25	15	29	1.96
24959795--24959839	22	2.0	22	82	0	54	40	17	26	15	1.90
24963856--24963912	18	3.2	18	77	7	62	43	26	15	14	1.85
24968355--24968420	29	2.3	29	97	2	125	40	16	12	30	1.85
24970173--24970205	12	2.8	12	100	0	66	36	21	27	15	1.93
24971729--24971822	17	5.5	17	71	12	59	31	27	19	21	1.97
24971835--24971896	18	3.5	19	78	10	69	35	29	17	17	1.93
24971854--24971931	34	2.3	35	82	6	88	35	32	16	15	1.90
24972082--24972131	3	16.7	3	100	0	100	34	0	0	66	0.92
24981573--24981610	13	2.9	13	96	0	67	26	7	26	39	1.83
24982123--24982149	8	3.4	8	100	0	54	51	0	0	48	1.00
24982392--24982539	30	5.0	29	80	4	125	34	19	4	41	1.70
24982415--24982539	60	2.1	60	84	1	162	37	18	3	40	1.67
24982415--24982539	30	4.2	30	85	1	144	37	18	3	40	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24982736--24982783	23	2.2	21	79	17	53	66	6	18	8	1.39
24982745--24982804	23	2.5	25	91	5	97	63	5	23	8	1.42
24982941--24982965	11	2.3	11	100	0	50	84	0	8	8	0.79
24983259--24983303	15	2.9	15	83	6	54	80	0	17	2	0.82
24984680--24984774	11	9.4	11	70	24	59	36	3	0	60	1.13
24984667--24984782	38	3.2	38	80	19	167	33	2	0	63	1.08
24984710--24984788	30	2.6	31	95	2	142	37	2	0	59	1.11
24984756--24984794	20	2.0	20	89	0	60	35	2	0	61	1.10
24985992--24986177	50	3.7	50	78	5	189	23	25	21	29	1.99
24985999--24986185	100	1.9	99	80	1	221	21	26	20	30	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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