genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.8.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr05 ID=Chr05-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  64140413

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  8  of  208  ( 24913 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2542023--2542710	132	5.3	132	85	4	822	29	20	25	25	1.99
2543213--2543266	19	2.8	19	94	0	90	37	11	18	33	1.86
2543226--2543289	19	3.0	22	84	8	71	40	7	17	34	1.78
2543696--2543761	33	2.0	33	100	0	132	27	18	3	51	1.60
2544156--2544270	23	4.9	24	74	14	87	30	6	6	57	1.47
2544206--2544243	11	3.4	11	80	20	51	34	2	2	60	1.24
2544157--2544304	24	6.4	23	73	14	99	31	5	4	58	1.42
2544323--2544381	19	3.1	19	78	4	64	37	0	0	62	0.95
2544325--2544405	26	3.1	26	75	7	83	41	0	0	58	0.98
2558134--2558177	21	2.1	21	100	0	88	31	13	15	38	1.87
2560360--2560398	20	2.1	19	85	9	53	69	7	17	5	1.32
2564548--2564593	17	2.6	18	76	13	51	67	2	0	30	1.03
2564576--2564600	11	2.3	11	100	0	50	64	0	0	36	0.94
2570667--2570716	15	3.3	15	76	15	57	40	8	24	28	1.83
2570885--2570921	19	2.0	19	89	5	58	40	0	5	54	1.24
2571231--2571514	139	2.0	139	95	2	518	36	8	10	45	1.69
2578872--2578896	13	1.9	13	100	0	50	76	0	0	24	0.80
2579838--2579875	18	2.1	18	100	0	76	39	10	10	39	1.74
2580611--2580657	19	2.4	19	82	3	58	76	4	10	8	1.13
2581282--2581323	22	1.9	22	85	9	59	40	7	0	52	1.29
2582542--2582582	21	2.0	21	95	0	73	24	29	14	31	1.95
2582702--2582755	27	2.0	28	92	3	92	22	24	27	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2584020--2584126	45	2.4	45	87	1	169	18	21	20	39	1.93
2591600--2591637	19	2.0	19	85	10	51	10	42	0	47	1.38
2595245--2595287	16	2.7	15	85	10	50	72	2	0	25	0.97
2598202--2598652	217	2.1	219	88	3	658	27	19	18	34	1.95
2598681--2598884	72	2.8	72	87	1	284	28	17	18	35	1.94
2603028--2603097	3	23.0	3	75	13	54	27	4	4	64	1.31
2604602--2604637	18	2.1	16	90	10	54	33	0	2	63	1.08
2604974--2605018	4	11.2	4	86	9	65	24	0	2	73	0.95
2611168--2611224	21	2.8	21	86	7	73	36	0	7	56	1.27
2623040--2623203	50	3.4	49	72	19	155	28	21	20	29	1.98
2623084--2623318	123	1.9	123	85	3	330	30	22	18	28	1.97
2625474--2625686	106	2.0	106	87	1	311	30	16	13	39	1.87
2627767--2627801	10	3.6	10	92	3	54	88	0	11	0	0.51
2627767--2627799	16	2.1	16	94	0	57	90	0	9	0	0.44
2628847--2628957	19	5.8	19	88	0	168	36	10	15	37	1.82
2630025--2630219	98	2.0	98	95	0	354	27	10	25	36	1.89
2634348--2634546	72	2.8	72	81	3	238	30	20	17	32	1.95
2644377--2644410	2	17.0	2	93	0	59	47	0	0	52	1.00
2648916--2648978	32	2.0	31	81	6	74	41	4	7	46	1.54
2653099--2653152	27	2.0	27	100	0	108	25	18	37	18	1.94
2653947--2654878	193	4.8	194	92	1	1462	35	15	19	29	1.93
2656156--2656193	2	19.0	2	100	0	76	50	0	50	0	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2661502--2661531	6	5.0	6	100	0	60	16	16	16	50	1.79
2667103--2667143	6	6.8	6	100	0	82	0	51	0	48	1.00
2673806--2673871	28	2.4	28	80	10	82	42	1	4	51	1.31
2673996--2674047	2	26.0	2	100	0	104	50	0	0	50	1.00
2677187--2677235	25	2.0	25	88	4	73	36	6	0	57	1.24
2677216--2677244	14	2.1	14	93	6	51	34	0	0	65	0.93
2677762--2677841	40	2.0	41	82	4	101	45	1	7	46	1.39
2679036--2679087	24	2.2	24	82	0	59	50	5	3	40	1.45
2681680--2681757	29	2.6	30	75	17	81	28	10	5	56	1.54
2719188--2719212	7	3.6	7	100	0	50	88	0	12	0	0.53
2719878--2720004	63	2.0	63	100	0	254	40	6	4	48	1.49
2722281--2722323	19	2.4	18	81	11	52	44	9	0	46	1.35
2723080--2723141	29	2.2	29	85	8	83	43	11	1	43	1.50
2733940--2733978	16	2.4	16	87	8	53	41	17	5	35	1.72
2735219--2735277	29	2.0	29	86	3	82	40	13	8	37	1.75
2738453--2738494	16	2.6	16	80	0	57	35	0	16	47	1.47
2750781--2750910	65	2.0	65	80	0	143	30	29	20	20	1.97
2758145--2758204	20	2.7	22	72	15	61	45	3	11	40	1.57
2760481--2760535	22	2.5	22	82	8	58	54	1	1	41	1.21
2768230--2768255	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
2770457--2770493	19	1.9	19	94	0	65	27	10	24	37	1.88
2771442--2771945	249	2.0	249	100	0	1008	22	15	19	42	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2773728--2773833	44	2.5	41	75	18	117	35	30	3	30	1.75
2773815--2773851	16	2.3	16	95	0	65	21	32	5	40	1.76
2788120--2788152	2	17.0	2	87	6	50	51	0	0	48	1.00
2794059--2794132	23	3.2	23	67	7	69	64	1	9	24	1.31
2794044--2794137	46	2.0	46	97	0	179	58	2	9	29	1.42
2795568--2795643	25	2.6	31	73	25	85	50	5	7	36	1.54
2796448--2796514	27	2.5	27	82	4	91	25	7	20	46	1.77
2796448--2796514	9	7.4	9	83	6	82	25	7	20	46	1.77
2802089--2802121	16	2.1	16	88	5	50	51	9	15	24	1.72
2802540--2802582	19	2.3	19	95	0	77	34	23	16	25	1.95
2807440--2809018	808	1.9	793	91	4	2105	40	11	7	40	1.70
2813799--2813833	16	2.2	16	100	0	70	28	5	11	54	1.59
2815810--2815862	23	2.3	23	84	12	65	43	7	7	41	1.61
2815810--2815863	22	2.3	23	78	15	58	42	7	7	42	1.61
2825784--2825898	35	3.3	34	79	3	122	23	7	14	53	1.67
2827420--2827483	21	2.7	24	86	11	80	31	6	1	60	1.30
2827426--2827483	25	2.6	21	86	10	71	31	6	1	60	1.33
2829400--2829447	24	2.0	25	83	4	62	68	6	6	18	1.32
2831007--2831052	11	3.8	12	78	16	51	60	0	2	36	1.09
2831666--2831710	21	2.2	20	84	7	56	33	24	15	26	1.95
2842255--2842330	21	3.5	21	77	15	66	50	1	7	40	1.40
2842450--2842488	20	2.0	20	84	0	51	51	2	10	35	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2844631--2844665	2	17.5	2	93	0	61	48	0	2	48	1.16
2846469--2846537	30	2.3	31	82	7	79	46	24	7	21	1.77
2846469--2846537	31	2.3	30	82	7	77	46	24	7	21	1.77
2847270--2847315	3	16.0	3	82	8	60	2	34	0	63	1.07
2849681--2849714	7	4.9	7	100	0	68	85	0	14	0	0.60
2855620--2855664	20	2.2	20	88	7	65	24	0	0	75	0.80
2857008--2857050	21	2.0	21	81	0	50	72	2	9	16	1.21
2858350--2858812	240	1.9	242	88	3	700	37	14	12	35	1.84
2860913--2860972	31	2.0	29	87	6	84	36	0	10	53	1.35
2860913--2860993	29	2.7	30	84	7	94	37	0	9	53	1.35
2862713--2862750	15	2.4	17	82	13	53	34	0	0	65	0.93
2864344--2864436	25	3.7	24	69	9	60	26	6	3	63	1.34
2865580--2865672	3	29.7	3	83	6	114	61	1	4	33	1.23
2868584--2868626	19	2.3	19	95	0	77	34	23	16	25	1.95
2874709--2875720	515	2.0	506	89	5	1570	39	13	11	35	1.81
2881887--2881926	19	2.1	19	100	0	80	37	25	5	32	1.77
2891239--2891281	19	2.3	19	91	0	68	34	20	18	25	1.96
2892077--2892170	30	3.1	30	87	1	125	26	22	6	44	1.76
2892087--2892164	15	5.2	15	68	11	61	26	19	7	46	1.77
2896741--2896852	30	3.7	30	93	0	188	25	20	7	47	1.75
2896768--2896848	15	5.4	15	68	11	67	24	20	7	46	1.76
2906891--2907005	35	3.3	34	81	3	131	23	7	14	53	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2906896--2907032	70	2.0	70	81	2	161	22	8	15	54	1.67
2907535--2907580	22	2.1	22	84	8	58	56	2	4	36	1.31
2911779--2911804	10	2.6	10	100	0	52	61	0	19	19	1.35
2913239--2913298	31	1.9	31	83	6	77	53	15	8	23	1.68
2916583--2916625	22	2.0	22	81	9	52	48	2	2	46	1.27
2935794--2935836	21	2.0	21	100	0	86	27	4	18	48	1.68
2940016--2940071	28	2.0	28	96	0	103	23	21	23	32	1.98
2941611--2941665	26	2.1	26	96	0	101	38	30	10	20	1.87
2947525--2947558	13	2.6	13	90	0	50	79	2	0	17	0.86
2950913--2950956	7	6.4	7	94	5	81	59	11	0	29	1.32

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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